生物信息学分析筛选肺腺癌关键基因及通路

目的 利用生物信息学分析方法对基因芯片数据进行分析,筛选出肺腺癌相关靶基因并进行验证。方法 从美国国立生物技术信息中心创建并维护的基因表达数据库（Gene Expression Omnibus,GEO）中下载编号为GSE10072的基因芯片,得到49例正常肺组织样本和58例肺腺癌组织样本,应用R软件读取原始数据并进行预处理,分析差异表达基因(differentially expressed genes,DEGs),接着对这些DEGs进行聚类分析和功能富集分析,构建蛋白质互作网络,进一步从网络中筛选出核心基因,最后从转录水平和预后来验证分析结果。结果 肺腺癌组织和正常肺组织DEGs共888个,其中上调基因有317个,下调基因有571个。根据功能富集分析,细胞粘附、药物反应以及细胞外基质的组成是其较突出的生物学功能,细胞外基质受体相互作用通路以及补体和凝血级联反应通路是其突出的信号通路。得到8个核心基因进一步验证发现,GAPDH, TOP2A, BIRC5和CCNB1 4个基因的表达量与肺腺癌患者的预后相关。结论筛选出的核心基因可能在肺腺癌发展中具有重要作用,并有可能成为肺腺癌的治疗靶点和诊断靶标。     

LncRNA HOTAIR对胶质母细胞瘤细胞增殖的影响及在临床治疗中的意义

目的：探讨在胶质母细胞瘤（GBM）中lncRNA HOTAIR基因表达的生物学价值。方法：利用生物信息学技术挖掘癌症基因组图谱（TCGA）和中国胶质瘤基因组图谱计划（CGGA）的测序及芯片数据，评估HOTAIR表达水平与GBM患者预后的关系并分析其可能的机制，构建HOTAIR过表达质粒并转染U251人脑胶质瘤细胞系，细胞增殖及克隆实验研究HOTAIR对胶质瘤细胞的作用。利用癌症治疗反应数据库（CTRP）和PRISM数据库中的药敏数据探寻靶向HOTAIR的潜在药物。结果：HOTAIR在GBM中表达明显上调，其表达量越高患者预后越差。过表达HOTAIR显著提高U251细胞的增殖活力。烟酰胺磷酸核糖转移酶抑制剂等9种药物对HOTAIR高表达患者或许具有靶向治疗作用。结论：HOTAIR可能通过调控细胞周期影响GBM患者预后，有可能作为药物治疗的潜在靶点。