药用昆虫金环胡蜂及其混伪品DNA条形码鉴别研究

目的：以COI序列作为DNA条形码对药用昆虫金环胡蜂及其混伪品进行物种鉴别,探讨快速、准确鉴别金环胡蜂及其混伪品的方法。方法：以COI条形码序列为基础,对金环胡蜂及其近缘种混伪品黄纹大胡蜂进行总DNA提取、PCR扩增和双向测序,并比对GenBank中金环胡蜂及其混伪品的COI序列,继而用MEGA6.06软件对所有序列进行分析、计算种内及种间遗传距离,并用邻接（Neighbor-Joining,NJ）法构建出系统进化树。结果：金环胡蜂及黄纹大胡蜂COI序列扩增成功。金环胡蜂与其混伪品COI序列种间最小遗传距离为0.152±0.017,远大于金环胡蜂种内的最大遗传距离0.009±0.004。构建出的系统进化树图也明确显示,各物种都形成了独立的分支。结论：基于COI序列的DNA条形码技术可有效鉴别药用昆虫金环胡蜂及其混伪品,为其质量控制和市场监管提供了新的技术手段,保证金环胡蜂相关药材的安全性。     

线粒体COI和CYTB基因在虫草属物种寄主昆虫鉴定中的适用性分析

目的：利用DNA条形码技术对冬虫夏草、凉山虫草、亚香棒虫草、戴氏虫草等物种的寄主昆虫分别通过COI序列和Cytb序列进行条形码分析,探索虫草属物种寄主昆虫鉴定序列的适用性。方法：通过DNA提取、PCR、电泳检测和序列测定,分别获得26份虫草寄主虫体的COI序列和Cytb序列,再用拼接和分析软件进行序列的比对和聚类分析。结果：COI序列和Cytb序列都能很好地区分鉴定虫草类各物种,但COI序列的扩增成功率大于Cytb基因,同时在COI基因片段中共检测到129个多态位点,变异率为19.51%;在Cytb基因片段中共检测到113个多态位点,变异率为26.10%。COI序列的简约信息点多于Cytb序列,且基因变异率低于后者。结论：本研究建议COI序列更适用于虫草寄主昆虫的DNA条形码研究。     

HBsAg和HBeAg临界值指数与PreS1-Ag相关性及应用价值的探讨

目的分析HBsAg和HBeAg临界值指数(COI)的相关性及其与PreS1-Ag阳性率的关系,为探讨有效的HBV筛查和检测提供依据。方法电化学发光法检测500例HBsAg阳性标本,测其HBsAg和HBeAg的COI,按照HBeAg的阴阳性及HBsAg COI的大小进行分组,采用卡方检验分别分析比较HBsAg COI和HBeAg COI大小的关系及其与PreS1-Ag的相关性。结果 HBeAg与HBsAg的COI大小呈负相关,差异有统计学意义(χ2=20.788,P<0.05);HBeAg阳性组,HBsAg的COI大小与PreS1-Ag差异无统计学意义;HBeAg阴性组,HBsAg的COI<1000组PreS1-Ag阳性率明显低于COI>1000组(χ2=55.816,P<0.05);HBeAg阳性组与阴性组PreS1Ag阳性率差异有统计学意义(χ2=40.28,P<0.05)。结论 HBeAg与PreS1-Ag有很好的相关性,可作为急性乙型肝炎辅助诊断和预后的指标,当HBeAg阴性时,HBsAg的COI可以作为HBsAg含量的初步判断指标,且在一定范围内,COI高可以作为乙型肝炎感染急性期的一个指征。     

甘肃省鼠疫疫源地蚤类DNA条形码分析

目的将DNA条形码技术应用到蚤类鉴定中,提高甘肃省鼠疫监测质量。方法在甘肃省鼠疫疫源地4个县(区)采集57份蚤类样本,PCR扩增细胞色素c氧化酶亚基(COI)基因片段,PCR产物进行测序;序列进行比对,采用Mega 7.0软件计算种内及种间遗传距离,邻接法构建系统发育树。结果共测得4科9属11种57条COI基因序列。发现种内遗传距离为0~1.8%,种间遗传距离为12%~25%;种间遗传距离显著大于种内遗传距离。进化树显示所有蚤类COI序列形成11个单一分支,种间分支明显。结论 DNA条形码能够用于甘肃省鼠疫疫源地蚤类的分子鉴定,克服形态学鉴定方法的缺陷。     

Amygdalar shape analysis method using surface contour aligning,spherical mapping,and probabilistic subregional segmentation

The objective of this study was to develop a reliable method for the shape analysis of the amygdala, a structure that is important in gaining a better understanding of the limbic system in the human brain. The goal of this study was threefold; to develop (1) a robust method for aligning the contour of the amygdala; (2) a reproducible method for extracting surface parameters of the amygdala using a spherical mapping technique; and (3) a standardized approach for statistical assessment and visualization of shape alterations by applying the probabilistic maps of amygdalar subregions. This technique was validated by conducting an artificial phantom study and by assessing sex-related amygdalar shape differences using T1-weighted images from healthy volunteers. In the phantom study, the region with atrophy was detected successfully through the shape analysis process. In the human study, the average radii of the centromedial (CM) subregion in the left amygdala and laterobasal (LB), superficial (SF) and CM subregions in the right amygdala were different between sexes (t-tests, p = 0.02, 0.04, 0.04, and 0.002, respectively). In addition, focal regions with larger radii in amygdalae of men than those of women were found predominantly on the surfaces of bilateral SF and bilateral CM subregions, after the volumes of the amygdala had been scaled to the unit volume (1000 mm³) (Mann–Whitney U-test, false discovery rate corrected p < 0.05, clustered vertex points > 25). Regions with smaller radii in amygdalae of men were found predominantly on the anterior surfaces of the right LB and SF subregions (Mann–Whitney U-test, false discovery rate corrected p < 0.05, clustered vertex points > 25). This is generally in agreement with previous findings from animal studies. The current method may be used for measuring subtle local shape changes of the amygdala in various psychiatric or neurologic disorders.     

广西地区家畜牛、羊体表硬蜱情况调查及种类鉴定

目的 掌握广西地区牛羊场硬蜱种类及其分子特征,了解该地区蜱类的分类地位,为养殖户防控硬蜱及蜱媒传染病提供参考依据。方法 本实验于2019年1月至2021年11月,采用动物体表法采集寄生的蜱类;提取蜱基因组,PCR扩增3种硬蜱的线粒体16S rDNA 和COI基因片段,并进行同源性分析。基于邻接法,用MEGA6.0软件分别构建系统发生树,进行遗传进化分析。结果 牛羊体表上共采集蜱2 030只,隶属1科2 属3种,其中微小扇头蜱1 968只,长角血蜱49只,具角血蜱13只。PCR扩增微小扇头蜱、长角血蜱和具角血蜱16S rDNA 和COI基因片段长度分别是460 bp和710 bp左右,分别与GenBank 中已登录的相应种类相似较高且在一个进化分支上。结论 广西地区牛羊场优势蜱种是微小扇头蜱且存在长角血蜱和具角血蜱。三蜱种16S rDNA 和COI序列存在多样性和地域差异性。     

DNA条形码技术应用于口岸吸血蠓类快速分子鉴定的研究

目的建立口岸吸血蠓类快速分子鉴定方法,提高鉴定效率和准确率。方法选择口岸区域采集点,采集吸血蠓类。经形态学鉴定后,单只蠓提取基因组DNA,采用自行设计的COI基因扩增引物进行扩增。PCR产物经电泳鉴定后,进行双向测序。序列经分析后,去除引物序列和不稳定序列,进行拼接。提交至NCBI和BOLD数据库进行比对,并建立系统进化树进行验证。结果得到12个新序列,已登录至GenBank,登录号为KF528689~KF528700。其中台湾蠛蠓的COI序列(683 bp)填补了NCBI数据库的空白。所得序列经分析后可以将多种蠛蠓、库蠓很好地区分开。结论本项目所建立的基于吸血蠓类COI基因的DNA条形码快速分子鉴定方法可以很好地鉴定各吸血蠓种,值得进一步推广应用。     

DNA条形码技术在福建省大田县山地生境中鼠种调查的初步应用

目的 探讨和应用基于COI的DNA条形码技术对福建省大田县野外生境进行鼠种调查。方法 采用笼夜法在大田县境内捕鼠,对捕获鼠进行形态学鉴定后,经肝脏组织核酸提取、目标条带COI基因片段的扩增及测序获取序列信息,通过同源性比对、遗传距离分析和系统进化树构建对所捕获的野栖鼠进行准确鉴定。结果 本次调查共捕获24只野栖鼠,经形态学鉴定青毛鼠14只、板齿鼠6只、白腹巨鼠3只、黄毛鼠1只。经DNA条形码技术鉴定,其中青毛鼠13只、板齿鼠6只、白腹巨鼠4只、大足鼠1只。各鼠种种内遗传距离为0.00%~0.21%,种间遗传距离为13.24%~18.03%,种间遗传距离显著高于种内遗传距离。DNA条形码技术鉴定结果与形态学鉴定结果存在2份标本的差异,经再次鉴定,更正了形态学鉴定结果。结论 DNA条形码技术可作为形态学鉴定方法的补充,应用于鼠种调查和分析中。探讨和应用基于COI的DNA条形码技术对大田县山地生境进行鼠种调查。     

三斑海马及其混伪品的DNA条形码分子鉴定研究

目的 建立三斑海马Hippocampus trimaculatus的COI、16 S rRNA和ATP6的条形码序列数据库,应用DNA条形码技术从分子水平快速准确鉴定三斑海马和其他正伪品海马,探讨海马属药材鉴定的新方法。方法 提取三斑海马药材的基因组DNA,PCR扩增COI、16 S rRNA和ATP6的序列并进行双向测序,所得序列采用软件Codon Code Aligner V4.2对测序峰图进行校对拼接,应用ClustalX软件进行序列比对,MAGA5.0软件计算三斑海马的种内种间遗传距离(Kimura2-Parameter,K2P),构建邻接树(Neighbor-joingtree,NJTree)聚类分析不同品种海马药材的鉴定结果。结果 获得的三斑海马线粒体COI、16 S rRNA、ATP6序列长度分别649、572、603～605 bp,其中3个条形码序列的种内变异位点碱基数分别为8、4和15,种内的变异率较小,COI、16 S r RNA、ATP6序列的平均种内K2P遗传距离0.002、0.001和0.006,均远小于三斑海马的种间K2P距离;NJ树结果显示三斑海马与其他海马均可明显区分,具有良好的单系性。结论 COI、16 S r RNA、ATP6序列作为条形码均可以鉴定三斑海马及其他混伪品海马药材,为动物类药材及其混伪品和近源物种的分子鉴定提供依据,为对保障海马临床用药安全提供了新的技术手段。     

Mitochondrial COI sequences in mites: evidence for variations in base composition

Studies of mitochondrial DNA sequences in a variety of animals have shown important differences between phyla, including differences in the genetic codes used, and varying constraints on base composition. In that respect, little is known of mites, an important and diversified group. We sequenced a portion (340 nt) of the cytochrome oxidase subunit I (COI) encoding gene in twenty species of phytophagous mites belonging to nine genera of the two families Tetranychidae and Tenuipalpidae. The mitochondrial genetic code used in mites appeared to be the same as in insects. As is generally also the case in insects, the mite sequences were very rich in A + T (75% on average), especially at the third codon position (94%). However, important variations of base composition were observed among mite species, one of them showing as little as 69% A + T. Variations of base composition occur mostly through synonymous transitions, and do not have detectable effects on polypeptide evolution in this group.