亲缘群体单体型推断的研究进展

随着高通量的基因分型技术的出现,越来越多的单核苷酸多态性( single nucleotide polymorphism,SNP)可被检测。基因组研究中,单体型分析已被运用到SNP位点与复杂性状的关联分析中。现有的单体型推断方法包括基于非亲缘群体的方法,DNA pool样本方法和系谱资料方法。不过家庭及亲缘数据可为单体型推断提供很重要的信息,利用这些信息进行单体型推断会增加准确性。如今对亲缘群体单体型推断的算法和软件已有很多报道。该文的目的是回顾这些算法、软件以及它们的优缺点和适用的群体类型,同时探讨仍然存在的问题和面临的挑战。     

水泡口炎病毒在人前列腺癌模型的溶瘤效应

目的 探讨利用水泡口炎病毒(VSV)作为一种新型药物治疗前列腺癌的可能性.方法 (1)确定VSV-绿色荧光蛋白(GFP)在不同时段对癌细胞的细胞毒性作用;(2)利用DU145细胞在裸鼠建立动物肿瘤模型,荷瘤动物经注射不同剂量的VSV-GFP(1×106、1×107 PFU/100μ1)后,观察不同时间点肿瘤的变化及治疗效果,并确定瘤体内病毒的复制水平、肿瘤大小变化及动物生存期的相关性.结果 VSV-GFP能选择性地杀伤前列腺癌细胞,在转染倍数(MOI) =0.1时,DU145细胞死亡率＞85％,与之比较,RWPE-1细胞死亡率＜20％,而RPMI 1640对照组细胞死亡率＜5％.体内实验中,移植瘤体内不同时间点(12、24、48 h)病毒复制滴度分别为2.36×107 PFU/g、3.82×107 PFU/g、4.38×107 PFU/g,1×107 PFU剂量组,1×106 PFU剂量组,RPMI 1640对照组在治疗48 d后,移植瘤平均体积分别为(1470.54±480.67)、(903.40±3245.50)、(408.54±224.40)mm3,3组比较差异有统计学意义(P＜0.05),与注射不含病毒RPMI 1640对照组比较,肿瘤明显缩小,动物生存期延长.结论 溶瘤病毒VSV-GFP在DU145为模型的体内、外实验中具有较好的治疗效果.     

氟对鸡红细胞膜唾液酸代谢的影响

目的 探讨氟对鸡红细脑膜唾液酸(SA)代谢的影响。方法 选用250只1日龄蛋鸡，随机分为5组，每组50只。第1组为正常对照组，第2—5组在日粮中添加不同水平的氟化钠，使日粮中氟的含量分别为500，1000，1500，2000mg/kg实验期为150d。测定血清中氟及红细脑膜SA的含量。结果 成功地复制出了不同程度的鸡慢性氟中毒模型，氟中毒组鸡红细脑膜SA含量均不同程度地降低，SA含量与血清氟含量呈显著的负相关(r＝-0．526，P＜0．01)。结论 氟能破坏红细脑膜SA的代谢，是导致机体贫血的原因之一。     

伯氏疟原虫氯喹抗性株和敏感株基因组DNA比较研究

目的　比较伯氏疟原虫敏感株 (N株 )和抗性株 (RC株 )基因组DNA差异。　方法　应用基因组DNA随机多态性扩增 (RAPD)和锚定引物扩增DNA(APAD) ,分别对抽提的伯氏疟原虫N株和RC株基因组DNA进行PCR扩增 ,并对扩增的产物进行电泳 ,对结果进行统计分析。　结果　 3 7条随机引物RAPD方法扩增出 44 0条DNA条带 ,其中RC株和N株的共有条带是 196条 ,差异带 43条。 84条锚定多聚A引物APAD方法扩增出 95 2条DNA条带 ,其中RC株和N株的共有条带是 43 6条 ,差异带 5 3条。两种方法得到N株和RC株基因组DNA的同源性分别为 0 .89和0 .91;距离系数分别为 0 .197和 0 .15 5。　结论　伯氏疟原虫N株和RC株基因组DNA具有高度同源性。     

乌韭的化学成分研究（Ⅱ）

目的 进一步研究乌韭的化学成分。方法 采用多种柱色谱手段，对乌韭全草的70%乙醇提取物进行分离，根据理化性质和波谱数据等确定单体化合物的结构。结果 得到7个单体化合物，分别鉴定为牡荆素鼠李糖苷(Ⅰ)、牡荆素吡喃葡萄糖苷(Ⅱ)、6，7-二羟基香豆素(Ⅲ)、十五烷醇(Ⅳ)、十六烷酸(Ⅴ)、β-谷甾醇(Ⅵ)和胡萝卜苷(Ⅶ)。结论 化合物Ⅰ～Ⅶ均为首次从该植物中分离得到。     

氟化钠对原代培养大鼠甲状腺细胞形态学的影响

目的 观察不同染氟(氟化钠)剂量对体外培养原代SD大鼠甲状腺细胞形态学的影响,为探讨氟引起甲状腺组织损伤提供理论依据.方法 采用原代细胞培养方法,体外培养SD大鼠甲状腺细胞,96 h后收集对数生长期的细胞,将细胞密度调整约5.0×108个/L;取5 ml(约 2.5×106个细胞)加入到6孔培养板中,培养12h,按不同染氟剂量分为0(对照)、10、100、1000 μmol/L组,每组设6个重复样.相差显微镜下观察甲状腺细胞的形态变化.48 h后收集细胞,扫描电镜下进行甲状腺形态学观察和分析.结果 相差显微镜下,对照组甲状腺细胞透明度良好.聚集成群,贴壁良好,细胞存活率在90%以上;染氟组甲状腺细胞有大量悬浮,透明度差,细胞存活率约55%.扫描电镜下,可见对照组甲状腺细胞胞膜完整,细胞之间嵌合紧密,界限清晰,分裂良好;10、100μmol/L组甲状腺细胞明显皱缩和变形;1000μmo/L组甲状腺细胞胞膜不完整,集结在一起生长的细胞间界限不明显,有的细胞发生明显皱缩,有的细胞则完全破碎.结论 氟影响甲状腺细胞的生长和发育,使细胞的形态发生改变,损伤程度与剂量有关.     

超声波辅助提取板蓝根多糖的工艺优化

目的 研究超声波辅助提取板蓝根多糖的最佳工艺条件.方法 采用响应面分析法,以超声功率、超声时间及料水比为自变量,多糖提取率为响应值,做3因素3水平响应面回归分析.结果 优化得到板蓝根多糖超声波辅助提取的最佳工艺条件为:超声功率149.8W,超声时间30.5 min及料水比1:30.2,在此条件下实验获得多糖的提取率为15.52％.结论 获得的超声波辅助法提取板蓝根多糖的最佳条件稳定可行,与传统的热水浸提法相比,大大缩短了提取时间,减少了料水比,提高了多糖的提取率.     

酵母双杂交报告基因β-半乳糖苷酶活性测定方法的研究

目的 建立标准的酵母双杂交系统报告基因表达的β-半乳糖苷酶活性测定方法.方法 采用o-硝基-β-D-半乳糖苷(ONPG)为底物,以液氮反复冻融破碎酵母细胞壁,通过比较不同测定时间、接种阳性克隆数目、转化方法以及酵母株对β-半乳糖苷酶酶活的影响,确定最佳酶活测定条件. 结果相同条件下,单个克隆之间的酶活有差异,相对标准偏差(RSD)＞8%;相同条件下,Y187酵母株比AH109酵母株酶活高18～20倍,并且本底水平很低甚至没有;双倍体酵母的酶活介于两个单倍体酵母之间,同预计一致;质粒顺序转化与共转化在AH109 中差异有统计学意义(P＜0.001),而在Y187中没有明显差异(P＞0.05). 结论测定酵母双杂交报告基因β-半乳糖苷酶的活性宜采用Y187酵母株,酶活变化范围大,本底小,受转化方法影响小,测定时选取5个以上阳性克隆混合培养更有利于酶活的准确测定.     

酵母双杂交研究小鼠肝脏再生TGF-β调控通路中相关转录因子的相互作用

目的采用酵母双杂交系统研究肝脏再生调控途径转化生长因子β(TGF-β)信号通路中4种转录因子的相互作用。方法经CCl4腹腔注射诱导建立小鼠肝损伤再生模型,提取模型小鼠肝脏组织总RNA作为模板,经RT-PCR获得cDNA。经肝脏再生基因芯片检测显示差异表达且与TGF-β信号通路相关的激活转录因子3(ATF3)、DNA结合抑制因子3(ID3)、DNA损伤诱导的转录因子3(DDIT3)和LIM蛋白家族成员FHL2(FHL2)作为候选基因,进行基因克隆和载体构建,PCR及DNA测序鉴定。采用酵母双杂交系统进行自激活检测实验和酵母双杂交实验,观察ATF3、FHL2、DDIT3和ID3之间的相互作用。结果 PCR及DNA测序鉴定表明,ATF3、FHL2、DDIT3、ID3基因克隆与载体构建成功。自激活检测显示ATF3、FHL2、DDIT3和ID3不存在自激活现象;酵母双杂交实验发现7对蛋白互作,分别为ID3/ATF3、FHL2/ATF3、ATF3/ATF3、FHL2/FHL2、ID3/FHL2、ID3/ID3和ID3/DDIT3。结论 ATF3、FHL2和ID3间的蛋白互作可能对TGF-β信号通路具有调控作用;蛋白互作网...     

siRNA抑制外源绿色荧光蛋白在neuro-2a细胞株中的表达

目的：用RNAi技术抑制哺乳动物神经元中外源报告基因的表达，并探讨该过程中RNAi的时间及剂量效应，为利用RNAi技术研究神经元基因功能提供参考。方法：采用神经细胞来源的细胞系neuro-2a小鼠神经瘤细胞为模型，将外源绿色荧光蛋白（GFP）基因转染到neuro-2a细胞内，利用体外转录法合成siRNA，分为3个剂量组对其进行干扰。结果：Neuro-2a细胞可以被有效地转染，而且siRNA在neuro-2a细胞内可以有效发挥干扰作用。这种干扰作用呈现出一定的剂量效应。结论：RNAi技术可以成功用于neuro-2a细胞抑制基因的表达，这种对GFP表达规律及RNAi剂量效应的研究为利用RNAi技术研究神经元基因功能提供了一定的理论参考和依据。