基于全基因组测序的耐碳青霉烯类抗生素鲍曼不动杆菌耐药基因、毒力因子及同源性分析

摘要：目的 通过应用全基因组测序(whole genome sequencing, WGS)技术分析某三级医疗机构耐碳青霉烯类抗生素鲍曼不 动杆菌(carbapenem-resistant Acinetobacter baumannii, CRAB)的耐药基因、毒力因子及同源性。方法 收集该院2020年1月至3月 重症监护病房(Intensive care unit, ICU)、神经外科分离的11株医院感染CRAB菌株，通过二代测序平台进行全基因组测序, 应用 基因组流行病学中心(Center for genomic epidemiology, CGE)ResFinder 4. 0软件分析其耐药基因型，并应用MORPHEUS在线制作 热图，应用毒力因子数据库(virulence factors of pathogenic bacteria, VFDB)VFanalyzer软件筛选毒力因子，应用MLST软件检测菌 株的ST型，应用Kaptive软件检测荚膜型，应用CSI Phylogeny 1. 4软件及FigTree v1. 4. 4软件构建最大似然树(maximum likelihood tree, MLT)以分析其同源性。结果 11株CRAB对亚胺培南、美罗培南、头孢菌素、环丙沙星均呈现耐药，而对阿米卡星、左氧 氟沙星耐药的菌株株数较少。11株CRAB共检测出18种耐药基因，11株同时携带碳青霉烯酶耐药基因blaOXA-23和blaOXA-66，β-内酰 胺酶耐药基因以blaTEM-1D和blaADC-25为主，大部分菌株携带多种外排泵相关耐药基因及抗菌药物修饰酶耐药基因。11株CRAB均携 带多种毒力因子，包括外膜孔蛋白、脂多糖、生物膜、外排泵、磷脂酶和效应蛋白等，如OmpA、Lps、Csu、Pga、Ade、Plc、 Bas、Bau、Ent、Hem、Aba、Bfm、Pbp和Kat等。11株CRAB均为ST2-K22型，同源性分析结果显示C组内同源性关系相近，存 在院内传播的可能。结论 该院CRAB的耐药性、毒力特征复杂多样，同源性分析显示该院存在1种优势克隆株，该克隆株有医 院内传播的风险。     

CETP基因多态性与脓毒症急性肾损伤风险及血脂水平的关联性

目的 探讨胆固醇酯转运蛋白(CETP)基因多态性与脓毒症患者急性肾损伤(AKI)风险及血脂水平的关联性。方法 选择福建医科大学附属第二医院急诊科2020年1月-2020年12月脓毒症住院患者为研究对象，根据患者入院后7 d内是否发生AKI分为合并AKI组46例和未合并AKI组40例。针对CETP基因rs1800777位点设计特异性引物并采用聚合酶链式扩增反应和Sanger测序确定分型结果。患者均在入院时检测血清总胆固醇(TG)、甘油三酯(TC)、高密度脂蛋白(HDL-C)和低密度脂蛋白(LDL-C)水平。结果 CETP基因rs1800777位点由GG、GA、AA三种基因型构成，其中合并AKI组AA基因型、A等位基因频率均高于未合并AKI组(P<0.05);合并AKI组TC、HDL-C水平低于未合并AKI组(P<0.05),两组TG、LDL-C水平比较，无统计学差异；脓毒症合并AKI携带GG型、GA型和AA型患者HDL-C水平整体比较差异具有统计学意义(P<0.05),其中AA型HDL-C水平低于GA型和GG型(P<0.05),3组TG、TC以及LDL-C水平以及GG型和GA型患者HDL-C水平比较，无统计学差异。结论 CETP基因rs1800777位点AA基因型显著增加脓毒症AKI风险，其原因可能与该基因调节HDL-C表达有关。     

基于TCGA数据库挖掘甲状腺乳头状癌淋巴结转移相关的突变基因及其机制探讨北大核心

目的:挖掘并筛选与甲状腺乳头状癌(papillary thyroid carcinoma,PTC)淋巴结转移相关的突变基因及其潜在的机制。方法:从TCGA数据库获得377例PTC患者的测序数据及完整的临床资料,并分为淋巴结转移组(LM,n=212)与无淋巴结转移组(NLM,n=165)。利用R语言(v3.6.2)对转移组特有的突变基因进行富集分析。采用String在线软件绘制蛋白互作网络,Cytoscape软件筛选网络中的核心基因。在UALCAN网站上验证基因表达量与淋巴结转移之间的关系。利用荧光实时定量PCR测定候选基因在细胞系中mRNA的表达量。结果:一共筛选出1197个仅在LM组发生突变的基因,它们主要富集在黏着连接、细胞黏附分子(cell adhesion molecules,CAMs)通路。CAMs通路的核心基因ITGB1与VCAN的表达量与淋巴结转移相关。与正常甲状腺细胞系相比,VCAN基因在PTC细胞系TPC-1和B-CPAP中mRNA的表达量较高,尤其是B-CPAP细胞系。结论:CAMs通路可能是PTC淋巴结转移相关机制之一,其中VCAN基因可能是潜在的分子标志物。     

p53基因突变与骨髓增殖性肿瘤临床特征及预后关系

探究p53 基因突变与骨髓增殖性肿瘤（MPN）临床特征及预后的关系。方法 选取2017年1月～2020年1月本院收治的MPN患者126例，二代测序法检测患者p53 基因突变情况。对患者进行随访，统计患者总生存（OS）时间和累计生存率；分析p53 基因突变对患者临床特征、预后的影响。结果 126例MPN患者中12例（9.52%）检出p53基因突变，突变主要位于4~8号外显子上，不同类型患者的p53 基因突变检出率比较差异无统计学意义（P＞0.05）。p53突变组患者年龄大于p53 非突变组，WBC水平低于p53 非突变组（P＜0.05），两组患者的染色体核型、IPSS预后分层比较差异无统计学意义（P＞0.05）；p53 非突变组患者的OS时间、累计生存率均明显高于p53突变组患者（P＜0.05）。结论 MPN患者p53 基因突变发生率较高，与患者年龄、WBC水平、异常核型及IPSS预后分层相关，p53 基因突变会影响患者的预后，可作为临床筛查预后不良高风险人群的客观指标。     

鼻息肉鼻窦炎患者金黄色葡萄球菌感染率及其毒力和耐药基因

目的 分析鼻息肉鼻窦炎(CRSwNP)患者金黄色葡萄球菌的毒力和耐药基因。方法 以淄博市第一医院2018年6月-2020年6月收治的93例CRSwNP患者为研究对象，分析金黄色葡萄球菌检出率及其药敏结果，并对耐药基因及毒力基因进行分析。结果 93例CRSwNP患者检出金黄色葡萄球菌42株，感染率为45.16%,其中耐甲氧西林金黄色葡萄球菌(MRSA)检出14株，检出率为33.33%。CRSwNP患者检出的金黄色葡萄球菌对青霉素、红霉素、克林霉素的耐药性较高。金黄色葡萄球菌检出mecA、tetM、ermA、ermC耐药基因型分别为33.33%、16.67%、2.38%、11.90%;毒力基因sea、sec、seb、sed、hlg、pvl、tst检出率分别为38.10%、28.57%、83.33%、28.57%、19.05%、7.14%、23.81%。结论 CRSwNP患者金黄色葡萄球菌感染率相对较高，金黄色葡萄球菌对常见抗菌药物耐药率较高，其耐药性主要与耐甲氧西林、四环素类、耐大环内酯类耐药基因关系密切，且肠毒素基因检出率较高，值得临床重视。     

Bmi-1基因在不同预后口腔白斑中的表达及其临床意义

目的检测Bmi-1基因在口腔白斑细胞和组织中的表达, 分析其在口腔白斑恶性转化中的作用及临床意义。方法免疫组化法检测南京医科大学附属无锡人民医院口腔科和华中科技大学同济医学院附属同济医院口腔医学中心1996至2018年收治的109例口腔白斑患者(其中男51例, 女58例, 年龄18～74岁)白斑组织样本中Bmi-1表达, 分析其表达水平与口腔白斑患者临床病理参数、预后的关联;采用荧光定量逆转录聚合酶链反应(RT-qPCR)和Western蛋白印迹法检测正常口腔黏膜上皮细胞、口腔白斑细胞、口腔鳞癌细胞、口腔白斑组织和配对的邻近正常组织中Bmi-1基因mRNA和蛋白表达水平;在口腔白斑细胞系Leuk-1中沉默Bmi-1基因表达后分析其对Leuk-1细胞增殖、克隆形成和凋亡的影响。结果 Bmi-1在重度和轻度上皮异常增生的口腔白斑组织中的蛋白表达水平差异有统计学意义(6 819±994比4 713±372, P=0.017);Bmi-1高表达的口腔白斑患者的未癌变生存率为65.5%(36/55), 低于Bmi-1低表达者[88.9%(48/54), P=0.003]。Cox回归分析显示Bmi...     

长链非编码RNA在丙型肝炎病毒感染中的作用研究进展

长链非编码RNA(lncRNA)是一类含有200多个碱基的RNA分子，不具备编码蛋白质的功能。大多数lncRNA在丙型肝炎病毒(HCV)感染细胞中被解除调控，具有增强或阻断抗病毒反应的功能，从而影响HCV复制。现从影响病毒细胞生命周期、调控干扰素(IFN)应答、调控干扰素刺激基因(ISG)表达和转录几方面对HCV感染后lncRNA调节的作用进展进行阐述。     

我国弓形虫Chinese 1优势基因型感染对小鼠脑组织铁代谢影响

目的　探讨我国弓形虫Chinese 1优势基因型感染对宿主脑组织铁代谢及脑损伤的影响。方法　将20只C57BL/6（体质量15～17 g）小鼠随机分为对照组和感染组，每组10只。感染组每只小鼠腹腔注射4 000个弓形虫Chinese 1优势基因型TgCtwh3虫株速殖子，对照组小鼠注射等量无菌PBS，饲养6 d后处死小鼠并取其脑组织。采用电感耦合等离子体质谱法（inductively coupled plasma mass spectrometry, ICP⁃MS）检测小鼠脑组织铁元素水平；采用RNA芯片检测两组小鼠脑组织差异基因数目并对功能基因表达情况进行基因本体论（Gene Ontology, GO）功能富集；采用实时荧光定量PCR（fluorescent quantitative real⁃time PCR, qPCR）技术检测小鼠脑组织中弓形虫表面抗原1（Toxoplasma gondii surface antigen 1，TgSAG1）基因及部分锌铁调控蛋白（Zrt⁃ and Irt⁃like protein, ZIP）家族mRNA表达水平；采用光镜和电镜观察小鼠脑组织海马齿轮回（dentate gyrus, DG）超微结构；采用Western blotting检测谷胱甘肽过氧化物酶4（glutathione peroxidase 4, GPx4）蛋白表达水平；采用硫代巴比妥酸（TBA）法检测丙二醛（malondialdehyde, MDA）水平；采用免疫组化检测血管内皮生长因子（vascular endothelial growth factor, VEGF）蛋白表达光密度（optical density, OD）值。结果　光镜下可见感染组小鼠脑组织海马DG区细胞坏死，电镜下见感染组小鼠脑组织海马区出现胞质空泡化、核皱缩坏死、线粒体嵴断裂消融、自噬小体增加等超微结构变化。与对照组相比，感染组小鼠脑组织中铁元素水平上调[（32.92 ± 0.90） µg/g vs.（37.72 ± 1.10） µg/g；t = 3.397, P < 0.01]；RNA芯片检测感染组小鼠脑组织发现721个基因上调、276个基因下调，差异表达基因在金属离子结合能力上有明显富集。与对照组相比，感染组小鼠脑组织金属元素转运体ZIP2 mRNA表达水平上调（t = 8.659，P < 0.05）、GPx4表达下降[（1.046 ± 0.025） vs. （0.720 ± 0.101）；t = 3.129，P < 0.01]）、MDA水平升高[（4.37 ± 0.33） nmol/mgprot vs.（5.93 ± 0.54） nmol/mgprot；t = 2.451，P < 0.05）]、VEGF蛋白平均OD值上调[（0.348 3 ± 0.017 8） vs. （0.490 6 ± 0.010 5）；t = 6.641，P < 0.01]。结论　Chinese 1优势基因型弓形虫感染后，小鼠脑组织中铁元素蓄积、抗氧化能力下调、氧化应激水平升高，提示弓形虫感染可影响宿主脑组织铁代谢而导致脑损伤。