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1.
人体内定植着数量庞大、结构复杂的微生物群,微生物群之间、微生物群及宿主细胞间存在着复杂的相互作用。互作转录组测序技术(dual RNA sequencing, Dual RNA-seq)可同时分析两个(或多个)互作物种间基因表达的动态变化,并通过互作模型图获得物种间基因的调控关系,得到物种间的相互作用机制。本文就近年来Dual RNA-seq技术在肠道、呼吸道、皮肤及口腔微生物研究中的应用现状及发展前景作一综述。自Dual RNA-seq的概念被引入以来,该技术已被应用于一系列感染模型。在分子水平上直接研究物种间动态相互作用,有助于更好地理解感染过程中病原体和宿主的生理变化,从而揭示潜在的新靶点或生物标志物。但是,Dual RNA-seq目前仍然处于起步阶段,在实验技术方面存在一定的局限性,比如由于物种间的相互作用是动态变化的,最佳实验条件以及采样点的选择以及如何实现实时观测是亟需解决的难题;此外,由于Dual RNA-seq的生物信息学数据量大,如何快速灵活地处理互作信息仍然需要进一步的探索。 相似文献
2.
3.
摘要:目的 通过应用全基因组测序(whole genome sequencing, WGS)技术分析某三级医疗机构耐碳青霉烯类抗生素鲍曼不
动杆菌(carbapenem-resistant Acinetobacter baumannii, CRAB)的耐药基因、毒力因子及同源性。方法 收集该院2020年1月至3月
重症监护病房(Intensive care unit, ICU)、神经外科分离的11株医院感染CRAB菌株,通过二代测序平台进行全基因组测序, 应用
基因组流行病学中心(Center for genomic epidemiology, CGE)ResFinder 4. 0软件分析其耐药基因型,并应用MORPHEUS在线制作
热图,应用毒力因子数据库(virulence factors of pathogenic bacteria, VFDB)VFanalyzer软件筛选毒力因子,应用MLST软件检测菌
株的ST型,应用Kaptive软件检测荚膜型,应用CSI Phylogeny 1. 4软件及FigTree v1. 4. 4软件构建最大似然树(maximum likelihood
tree, MLT)以分析其同源性。结果 11株CRAB对亚胺培南、美罗培南、头孢菌素、环丙沙星均呈现耐药,而对阿米卡星、左氧
氟沙星耐药的菌株株数较少。11株CRAB共检测出18种耐药基因,11株同时携带碳青霉烯酶耐药基因blaOXA-23和blaOXA-66,β-内酰
胺酶耐药基因以blaTEM-1D和blaADC-25为主,大部分菌株携带多种外排泵相关耐药基因及抗菌药物修饰酶耐药基因。11株CRAB均携
带多种毒力因子,包括外膜孔蛋白、脂多糖、生物膜、外排泵、磷脂酶和效应蛋白等,如OmpA、Lps、Csu、Pga、Ade、Plc、
Bas、Bau、Ent、Hem、Aba、Bfm、Pbp和Kat等。11株CRAB均为ST2-K22型,同源性分析结果显示C组内同源性关系相近,存
在院内传播的可能。结论 该院CRAB的耐药性、毒力特征复杂多样,同源性分析显示该院存在1种优势克隆株,该克隆株有医
院内传播的风险。 相似文献
5.
6.
目的 探究慢性炎性疼痛对小鼠肠道菌群多样性和结构的影响。方法 选取SPF级雌性C57BL/6J小鼠12只,随机分为CFA组和Mock组,每组6只;Mock组右后足底皮下注射50μl的0.9%氯化钠溶液,CFA组右后足底皮下注射50μl的CFA作为慢性炎性疼痛模型组。2周后,安乐死小鼠,解剖后取结肠内粪便,组内两只小鼠结肠内粪便进行混样,采用16S rRNA高通量基因测序技术检测分析肠道菌群多样性和结构。结果 两组小鼠在肠道菌群构成上差异明显。与Mock组相比,CFA组肠道菌群丰富度及多样性降低;门水平上,厚壁菌门和TM7丰度升高;科、属水平上,气球菌属、乳酸杆菌属和脱硫弧菌属丰度显著升高,嗜冷杆菌属、普雷沃氏菌属、颤螺菌属和双歧杆菌属丰度明显降低;从门到属主要分类等级上,发现的生物标志物较多。结论 慢性炎性疼痛的小鼠肠道菌群结构尤其是优势菌群结构发生了明显变化,这些数据可为慢性炎性疼痛导致的微生态失衡的治疗及通过“肠-脑轴”改善患者消极情绪提供依据。 相似文献
7.
目的 研究凉血通瘀方对高血压大鼠急性脑出血模型脑组织miRNA表达的影响,对差异表达的miRNA靶基因进行分析,探索凉血通瘀方可能的药效机制。方法 将自发性高血压大鼠随机分成对照组(B)和实验组(C)。适应性饲养一周后,C组灌胃凉血通瘀方,B组灌胃等体积生理盐水,连续5天,每天1次。构建脑出血模型后收集脑组织,借助全转录组测序技术获得miRNA表达量,与miRBase数据库比对获取已知miRNA,使用miRDeep2预测新miRNA。差异分析软件为DESeq2,筛选阈值为|log2FC| ≥1 并且P <0.05。对显著差异表达的miRNA进行靶基因预测,对靶基因进行GO功能、KEGG通路富集和PPI网络分析。结果 实验组和对照组对比,共发现21个显著差异表达的miRNA,上调有9个,下调有12个,共预测得到1243个有统计学意义的靶基因。GO富集分析发现,生物过程中突触囊泡分泌的调节、神经递质分泌的调节和神经递质运输的调节占前三位,神经元投射终点、全膜、质膜区域和细胞投射则是主要的细胞成分。分子功能分别为小GTPase绑定、底物特异性跨膜转运蛋白活性和离子跨膜转运体活性。通路分析结果显示,靶基因在癌证通路、pI3K-Akt信号通路、人类乳头瘤病毒感染、神经活性配体-受体相互作用和MAPK通路等分布广泛。采用STRING网站和Cytoscape软件,根据MCC算法筛选出ADRA2C、CASR、CCL28、CCR1、DRD2、GNAT3、GRM2、DYNC1LI1、GABBR1、GNAI1等核心靶基因。结论 凉血通瘀方对脑出血急性期鼠脑组织内miRNA的表达有重要影响;显著差异表达miRNAs可能通过靶向核心基因调控凉血通瘀方干预急性脑出血的病理过程及预后。 相似文献
8.
目的 了解成都市2020年猪肉源沙门菌优势血清型分离株的耐药表型及耐药基因携带情况,为成都市食品安全市场监管提供数据支撑。方法 对2020年成都市202株猪肉源沙门菌分离株用微量肉汤稀释法对临床常用的15种抗生素进行药敏实验,并开展全基因组测序,对分离株进行血清型预测、耐药基因注释。结果 202株沙门菌共包含17种血清型,优势血清型为罗森31.68%(64/202)、伦敦18.81 %(38/202)、德尔比18.32 %(37/202)血清型,耐药率分别为96.88%、89.47%、97.30%;三种沙门菌均对四环素耐药率最高,分别为92.19%、89.47%、94.59%;三种沙门菌多重耐药严重、耐药谱复杂;三种沙门菌共检出7大类49种耐药基因,以氨基糖苷类携带率最高(98.44%、97.37%、94.59%)且种类最多(19种),大环内酯类携带率最低(12.50%、39.47%、8.11%)且种类最少(3种),其余抗生素耐药基因携带情况各有差异。结论 成都市猪肉源沙门菌优势血清型对常用抗生素耐药较为严重,耐药谱复杂,耐药基因携带率高。 相似文献
9.
目的 探讨昆明地区人群珠蛋白生成障碍性贫血(thalassemia) 基因变异情况,为昆明地区珠蛋白生成障碍性贫血防控工作提供理论依据。方法 对2018 年昆明市政府“十大惠民项目”中25 家医疗机构收集的5 787 例婚前、孕前优生及健康体检样本采用高通量测序技术检测,进行珠蛋白生成障碍性贫血基因(α+β)301 型筛查应用情况分析。结果 ①通过高通量测序检测发现,在5 787 例样本中,共检出465 例阳性,阳性率为8.04%。其中α- 检出285 例,β-检出131 例,复合型检出10 例,异常血红蛋白变异类型检出17 例,其他变异型检出22 例。② α- 珠蛋白生成障碍性贫血携带者检出285 例,以-α3.7/αα 基因型最为常见,为152 例(53.33%)。β- 珠蛋白生成障碍性贫血携带者检出131 例,以Hb E 杂合子、Codon 17(A > T) 基因型最为常见,各占26.72%;③ αβ 复合型珠蛋白生成障碍性贫血变异类型检出10 例,占2.15%;异常血红蛋白变异类型检出17 例,占3.66%;检出其他变异型22 例,占4.73%。结论 昆明地区人群珠蛋白生成障碍性贫血变异基因类型较为复杂,高通量测序技术可更全面检测珠蛋白生成障碍性贫血变异基因类型。 相似文献
10.
目的 探讨分析鹦鹉热衣原体肺炎患者的临床表现及辅助检查结果特征,以提高对该病的认识。方法 回顾性分析某医院2019年6月- 2021年8月经宏基因组二代测序(mNGS)诊断鹦鹉热衣原体肺炎的9例患者临床资料。结果 9例患者中男性7例,女性2 例,包含1例妊娠36+2周孕妇;年龄25~70岁,中位年龄63岁;临床主要表现为高热(9例)、咳嗽(9例)、咳痰(7例)。白细胞计数正常8例,淋巴细胞计数降低9例,CRP升高9例,ESR升高9例,PCT正常4例,门冬氨酸氨基转移酶和丙氨酸氨基转移酶升高6例。9例患者胸部 CT均表现为斑片或斑片实变影。经血及肺泡灌洗液mNGS确诊后使用多西环素、莫西沙星、左氧氟沙星、阿奇霉素单药治疗方案,疗程14~21 d,均好转出院。结论 鹦鹉热衣原体肺炎临床表现多样、诊断困难,mNGS检测可以快速明确病原学诊断,有助于及时启动特异性抗感染治疗,可减少抗菌药物的使用,改善预后。 相似文献