基于3′/5′端表达不平衡策略的荧光定量PCR法检测非小细胞肺癌患者血浆游离循环RNA中ALK融合基因

目的分析非小细胞肺癌(NSCLC)患者血浆游离循环RNA(cfRNA)中的ALK融合基因的表达水平,为指导临床个体化用药提供依据。方法选取经高通量测序验证的已知ALK融合基因的NSCLC患者13例、ALK融合基因阴性的NSCLC患者16例和30例体检健康者,采集各组血液样本并分离血浆cfRNA,用荧光定量PCR检测各组ALK基因3'端第20外显子(E20)和5'端3外显子(E3)的表达量,并计算ALK融合基因的表达水平。结果已知ALK融合基因的NSCLC患者、ALK融合基因阴性的NSCLC患者和体检健康者血浆cfRNA中ALK融合基因表达水平分别为278.3(45.3,987.4),4.08(0.38,9.04),3.77(0.34,8.37),各组间差异有统计学意义(H=29.93,P0.01);组间两两比较结果表明,已知ALK融合基因的NSCLC患者血浆中ALK融合基因的表达水平高于ALK融合基因阴性的NSCLC患者或体检健康者(U分别为0,0,P均0.01),而后两组间差异无统计学意义(U=232,P=0.86)。结论基于3'/5'端表达不平衡策略的荧光定量PCR法可以快速检测NSCLC患者血浆cfRNA中ALK融合基因。     

湖北地区无创产前基因检测结果分析

目的探讨无创产前基因检测(NIPT)在产前筛查和产前诊断中的应用,评价其准确性和适用范围。方法回顾性分析从2016年1月至2017年12月在湖北省人民医院行NIPT检测的孕妇9 584例,评价湖北地区不同区域的胎儿染色体非整倍体异常的一致性,将孕妇按照年龄、孕周、胎儿DNA浓度以及孕产史的不同分组,分析影响NIPT结果的因素。NIPT高风险孕妇采用染色体核型分析或染色体微阵列分析进行产前诊断,NIPT低风险孕妇进一步行超声检查;对所有孕妇进行电话随访或病历随访,根据随访结果评价NIPT对染色体非整倍体异常的检测效能。结果在湖北地区9 584例孕妇中,各区域孕妇的21、18、13-三体、性染色体异常和其余染色体异常高风险率差异无统计学意义(P0.05);9 584例孕妇中,高龄组(≥35岁)孕妇2 425例,其21、18-三体、其余染色体高风险率和总体高风险率较低龄(35岁)组孕妇显著上升(P0.05);具有不良孕产史孕妇2 794例,其21、18-三体,性染色体、其余染色体高风险率和总体高风险率显著升高(P0.05)。该方法对21、18、13-三体、性染色体异常和其余染色体异常诊断的特异度均在99.98%以上,阳性预测值分别为95.8%、85.7%、62.5%、53.8%和33.3%。结论 NIPT对湖北地区染色体非整倍体异常的筛查效能良好,有效地降低漏诊和介入性产前诊断的比例,是有效的产前筛查方法;高龄和不良孕产史是影响胎儿染色体非整倍体异常的危险因素。     

Toll样受体9基因rs187084和rs352140位点多态性与Hp感染及其相关疾病易患性的关系

目的探讨Toll样受体9(Toll-like receptors 9,TLR9)基因rs187084和rs352140位点多态性与幽门螺杆菌(Helicobacter pylori,Hp)感染以及相关疾病的关系。方法收集2012年12月到2013年6月在武汉大学人民医院内镜中心进行胃镜活检的患者326例,同时采集患者外周血标本。用胶体金免疫分析法检测患者外周血中抗Hp抗体。用等位基因特异性聚合酶链式反应(allele specific polymerase chain reaction,AS-PCR)方法检测TLR9基因rs352140和rs187084位点基因多态性。结果TLR9基因rs187084位点和rs352140位点CC、TT和CT各基因型在抗Hp抗体阳性组和阴性组中的分布差异均无统计学意义(χ2=3.91,0.90;P=0.14,0.64);TLR9基因rs187084和rs352140位点各基因型在正常胃黏膜组织组与Hp感染相关疾病组中的分布差异均无统计学意义;在分析rs187084位点时,基因型频率的相对风险分析显示,CC基因型患胃癌的风险是TT和CT基因型的2.46倍(OR=2.46,95%CI:1.01~6.01,P=0.04)。结论 TLR9基因rs187084和rs352140位点多态性与Hp感染可能无相关性;rs187084位点CC基因型可能是胃癌发病的危险因素。     

高分辨熔解曲线分析技术检测ALDH2和ADH1B基因多态性

目的建立高分辨率熔解曲线分析体系检测乙醛脱氢酶-2(ALDH2)和乙醇脱氢酶-1B(ADH1B)基因多态性。方法针对ALDH2和ADH1B基因序列设计短片段引物,在核酸扩增后,使用Eva Green染料分析不同聚合酶链反应(PCR)产物,并与Sanger测序法相比较。结果采用高分辨熔解曲线(HRM)法在同一程序下,90min内即可成功检测出ALDH2rs671和ADH1Brs1229984各种基因型,且其结果与Sanger测序一致。结论采用HRM法检测ALDH2和ADH1B基因多态性快速简单、经济有效,值得推广。     

武汉地区536名体检人群ALDH2的基因多态性分布

目的 了解武汉地区体检人群ALDH2基因多态性的分布情况.方法 选取2015年6月至2016年4月在武汉大学人民医院进行ALDH2基因检测的无亲缘关系健康体检人群536名,其中男性384名,女性152名.采用基因芯片法检测ALDH2 rs671基因多态性,同时与已报道的其他地区ALDH2 rs671基因型结果进行比较.结果 在武汉地区536名体检人群中,ALDH2 rs671三种基因型即GG型、GA型和AA型频率分别为64.18%、31.90%和3.92%;不同年龄段ALDH2基因型分布比较差异无统计学意义(P>0.05).本地区与上海、洛阳、西宁、四川地区ALDH2 rs671基因型比较差异均无统计学意义(P>0.05),与北京、台湾和山东地区比较差异均有统计学意义(P<0.05).结论 武汉地区ALDH2 rs671基因多态性分布具有地域特异性,ALDH2 GG型是本地区优势基因型.     

Toll样受体7和9基因多态性与慢性丙型肝炎病毒感染的相关性

目的 分析慢性丙型肝炎病毒(HCV)感染与Toll样受体7(TLR7)和Toll样受体9(TLR9)单核苷酸多态性(SNP)的相关性.方法 选择2011年1月至2012年5月武汉大学人民医院150例慢性丙型肝炎(CHC)患者及同期体检的168名健康对照者.采用Sanger测序法检测TLR7IVS2-151(rs179009)基因型,应用聚合酶链反应-限制性片段长度多态性(PCR-RFLP)方法检测TLR9T-1486C(rs187084)基因型.采用SPSS 15.0软件进行统计学分析,对基因型进行Hardy-Weinberg平衡吻合度检验.结果 TLR7 IVS2-151G频率在男性CHC患者中高于对照组男性(41.4％∶21.6％,x2=7.250,P=0.007,OR=0.389,95％ CI:0.194 ～0.781);TLR7 IVS2-151A的频率在女性CHC患者中显著高于对照组女性(76.9％∶63.1％,x2=7.202,P=0.007, OR=1.942,95％ CI:1.192 ～3.164).TLR9 T-1486C (rs187084)位点不同基因型和等位基因在CHC组和健康对照组间的分布频率差异均无统计学意义(P＞0.05).结论 TLR7 IVS2-151 (rs179009)位点与HCV感染存在相关性,其可能参与了CHC的发病.     

LNA PCR检测骨髓增殖性疾病JAK2基因V617F突变

目的:建立一种检测酪氨酸激酶2(JAK2)基因V617F突变的锁核酸PCR(LNA PCR)方法,并探讨其对骨髓增殖性疾病(MPD)的临床应用价值。方法:收集68例确诊为MPD患者外周血或骨髓标本,其中真性红细胞增多症(PV)37例、原发性血小板增多症(ET)22例、原发性骨髓纤维化(MF)9例。根据JAK2基因V617F突变位点设计引物和LNA,建立快速检测JAK2基因V617F突变的LNA PCR方法,同时以DNA直接测序法进行验证,并检测上述标本JAK2基因V617F突变率。结果:所建立的LNA PCR方法能有效检测JAK2基因V617F突变,其特异性和灵敏度明显高于DNA测序法(P<0.05);LNA PCR方法可以检测出1%的JAK2基因V617F突变型杂合子。68例MPD患者标本共检测出JAK2基因V617F突变55例,检出率80.88%。其中37例PV中JAK2基因V617F突变34例(91.89%),22例ET中JAK2基因V617F突变15例(68.18%),9例MF中JAK2基因V617F突变6例(66.67%)。结论:LNA PCR方法检测灵敏度高,能有效提高JAK2基因V617F突变检出率。     

利用抑制性消减杂交技术构建太空诱变宫颈癌细胞cDNA消减文库

目的利用抑制性消减杂交技术构建太空诱变宫颈癌细胞的消减文库,为进一步从基因表达水平研究空间特殊环境影响肿瘤细胞生物学行为改变的分子机制奠定基础。方法采用SuperSMART和SSH技术,以太空诱变的宫颈癌48A9细胞株作为Tester,地面正常对照组宫颈癌细胞株作为Driver,分离太空诱变的宫颈癌48A9细胞中差异表达的基因片段;连接T载体,转化宿主菌,构建太空诱变的宫颈癌48A9细胞cDNA抑制性消减文库。结果经蓝白筛选后随机挑取300个阳性克隆,以接头1和2R内侧序列为引物进行菌液PCR扩增鉴定阳性克隆,结果显示其中288个克隆有插入片段,阳性率为96％,大小分布在0．2—1．0kb间。结论本实验利用抑制性消减杂交技术成功的构建了高质量的太空诱变宫颈癌细胞消减文库,为进一步从基因水平阐明太空特殊环境对肿瘤细胞生物学行为改变的分子机制奠定了基础。     

湖北省输入性皮肤利什曼病一例并文献复习

患者,男,37岁。左下肢皮疹4周,伴轻压痛。无发热等全身症状。患者曾在伊拉克援外工作。皮肤科专科检查:左小腿屈侧见3个暗红色斑块,中央见浅溃疡面,上覆淡黄色分泌物。皮损组织病理学检查:皮肤溃疡形成及散在小灶状微脓肿形成,伴淋巴细胞、组织细胞浸润,组织细胞内可见直径2~4μm嗜碱性圆形小体。Giemsa染色(+)。皮损组织PCR检测提示硕大利什曼原虫。特比萘芬片口服6周治疗无效后,改为氟康唑胶囊口服,8周后皮损基本痊愈。治疗期间未出现严重不良反应。     

采用生物信息学策略对鼻咽癌相关抗原基因NPC—A—7组织分布的初步分析

目的 应用生物信息学的方法分析鼻咽癌相关抗原基因NPC—A—7的组织分布情况，以推测鼻咽癌相关抗原基因NPC—A—7的生物学功能与特性。方法 应用美国国家生物信息中心(NCBI)中的核酸数据库、EST数据库、Unigen数据库、Source资源和相应软件分析。结果 鼻咽癌相关抗原基因NPC—A—7定位于19p13．11，广泛表达于许多肿瘤组织，特别是在脂肪肉瘤、转移性卵巢癌、鼻咽癌、乳腺癌等肿瘤组织中明显高表达，而在皮肤、子宫颈、胃等正常组织中不表达。结论 鼻咽癌相关抗原基因NPC—A—7编码的抗原可能与人类多种肿瘤的发生发展密切相关。