浙江省柯萨奇病毒A16 VP1基因特征分析及B细胞抗原表位预测

目的了解浙江省柯萨奇病毒A16(CA16)VP1基因特征及其变迁规律并预测VP1蛋白上B细胞抗原表位。方法在Gen Bank检索并下载35个浙江省CA16流行株及69个已知基因型CA16参考株的VP1基因序列,使用MEGA 6.0软件进行比对分析和构建种系进化树,确定浙江省CA16流行株的基因型,并分析VP1核苷酸和氨基酸同源性及氨基酸变异;运用DNA Star中的Protean模块预测VP1上可能的线性B淋巴细胞抗原表位。结果浙江省CA16病毒基因型为B1基因型(34株)和A基因型(1株)。B1型中以B1b亚型(24株)占绝对优势,其次为B1a亚型(10株)。浙江省CA16流行株VP1核苷酸和氨基酸同源性分别为75.5%~100%和89.5%~100%;VP1区氨基酸序列高度保守,但也存在部分变异。VP1中可能的B细胞抗原表位(氨基酸肽段)有13个,分别为10-20、30-38、57-62、73-79、98-106、118-123、159-168、173-177、184-189、240-246、265-273、274-284和289-295。结论浙江省CA16流行株存在A、B1 2个基因型,B1b和B1a为主要基因型,其VP1区氨基酸变异程度较低,VP1中13个预测的B细胞抗原表位可为CA16疫苗的研制提供科学依据。     

杭州市2013~2014年流感暴发流行期甲型流感病毒H3N2亚型基因特性分析

目的分析杭州2013~2014年冬春季流感暴发期间流行的甲型流感病毒H3N2亚型的分子特性。方法选取H3N2阳性标本提取病毒RNA,PCR扩增全基因组并测序,构建血凝素(HA)及神经氨酸酶(NA)分子进化树,对H3N2亚型的病毒进化进行分析。结果 6个代表株中H3N2未发生片段间的重配。以WHO推荐流感疫苗株A/TEXAS/50/2012为参考,HA1蛋白主要抗原决定区发生N145S氨基酸替换,并有其他多个位点的突变。病毒基质蛋白(M2)的金刚烷胺耐药位点全为S31N,神经氨酸酶抑制剂耐药位点未发生突变。结论 H3N2亚型甲型流感病毒HA1蛋白的氨基酸变异与2013~2014年杭州地区暴发流行有关。另外,病毒已出现对金刚烷胺的耐药突变,而对神经氨酸酶未发生耐药突变。     

浙江省急性腹泻副溶血弧菌的流行及多位点序列分型分析

目的 了解浙江省2010年急性腹泻患者中副溶血弧菌(Vibrio parahaemolyticus,VP)的分布与分子分型特征,为副溶血弧菌的分子流行病学研究提供参考依据.方法 对急性腹泻病例的粪便标本进行致病菌分离培养,采用纸片扩散法(Kirby-Bauer)开展副溶血弧菌分离株药敏试验,利用多位点序列分型(MLST)进行副溶血弧菌分子分型研究.结果 从1812例腹泻病患者粪便标本中检出病原菌552株,其中副溶血弧菌150株,分离率为8.3％(150/1812),居细菌性病原第二位.副溶血弧菌感染主要发生在7-9月份,并以18-45岁青壮年发病为主.副溶血弧菌对头孢吡肟和碳氢酶烯类抗生素(亚胺培南、美洛培南)的敏感性达到100％,但对氨苄西林、头孢唑啉耐药率却分别达到了81.3％和63.4％.50株副溶血弧菌菌株MIST分型结果为ST-3型47株,ST-120型2株,ST-8型1株.结论 浙江省副溶血弧菌感染在夏秋季急性腹泻中占有重要地位,ST-3是最主要的流行克隆株.长期持续监测副溶血弧菌,对于防控其在环境和人群中的传播具有重要意义.     

利用甲型流感病毒阳性标本制备质控品的研究

目的 制备一种能适用于甲型流感病毒核酸提取、PCR检测的全程质控品。方法 采用TRIzol试剂灭活高中低三种浓度的甲型流感病毒阳性的临床标本,分析TRIzol试剂对检测结果的影响;放置于不同温度以及反复冻融,评估灭活后标本的稳定性。结果 TRIzol试剂对核酸检测无明显影响,处理后的高、中、低浓度标本反复冻融40次病毒浓度无明显降低,变异系数分别为1.26%、1.54%、1.54%,均低于试剂盒批间精密度。TRIzol试剂处理的标本在35℃环境保存40天开始有下降趋势,高中低浓度变异系数分别为3.13%、2.77%、2.20%,变异系数均低于试剂盒批间精密度。TRIzol试剂处理的标本在25℃环境、保存40天的过程中病毒浓度无明显降低,变异系数均低于试剂盒批内精密度。结论 临床实验室可采用TRIzol试剂灭活甲型流感病毒阳性标本制备质控品。     

利用甲型流感病毒阳性临床标本制备质控品

目的制备一种能适用于甲型流感病毒核酸提取和PCR检测全过程的质控品。方法采用TRIzol试剂灭活高、中、低3种浓度的甲型流感病毒阳性的痰液标本,分析TRIzol试剂对检测结果的影响;放置于35℃以及反复冻融,评估灭活后标本的稳定性;并在不同实验室间采用不同试剂进行适用性评价。结果 TRIzol试剂对核酸检测无影响,处理后的高、中、低浓度标本反复冻融40次病毒浓度无明显降低,变异系数分别为1.26%、1.54%、1.54%,均低于试剂盒批内精密度。TRIzol试剂处理的标本在35℃环境保存40 d后高、中、低浓度变异系数分别为3.13%、2.77%、2.20%,变异系数均低于试剂盒批间精密度。在不同单位采用不同试剂均能检测出高、中、低不同浓度质控品。结论采用TRIzol试剂灭活甲型流感病毒阳性标本制备的质控品在瓶间差、热稳定和长期保存时效等方面性能较优,可成为日后临床实验室开展甲型流感病毒核酸检测的理想质控品。     

住院患者HBV血清标志物筛查70 582例结果回顾性分析

目的分析近6年来HBV血清标志物检出率变化情况.方法收集3家大型医院2003-2008年6年间排除肝炎及相关病区共70 582例住院患者.采用AxSYM微粒子酶免疫分析技术检测HBV血清标志物5项,包括HBsAg、HBeAg、抗-HBc、抗-HBe和抗-HBs结果及相关资料,并将每例5项标志物结果作为一种模式,对各项标志物及模式检出率逐年变化情况进行回顾性分析.结果 HBV血清标志物5项检出率由高到低依次为抗-HBc(55.17%)、抗-HBs(49.57%)、抗-HBe(28.42%)、HBsAg(8.92%)、HBeAg(2.12%),且6年来均呈逐渐下降趋势.HBsAg由2003年的9.30%降至2008年8.70%,1992年以后出生人群HBsAg检出率(2.28%)明显低于总人群检出率(8.92%),且逐年下降趋势明显,从2003年的3.57%降至2008年1.85%.每项标志物检出率男性(HBsAg、HBeAg、抗-HBc、抗-HBe和抗-HBs检出率依次为12.38%、2.72%、56.57%、41.50%、65.48%)均高于女性(HBsAg、HBeAg、抗-HBc、抗-HBe和抗-HBs检出率依次为7.25%、1.58%、53.43%、28.35%、50.00%),差异有统计学意义(x2值分别为509.74、105.78、69.66、1 321.61、1 726.91,P均＜0.01).在70 582例患者中,5项HBV血清标志物结果可归纳为26种模式,检出率≥1%的模式有8种,"全阴性"模式占第一位,6年间无明显变化.近6年来,人群不同年龄段不同检测模式检测结果不同,≤20岁人群以"全阴性"和"抗-HBs单独阳性"模式为主,＞20岁人群以"抗-HBc和(或)抗-HBe、抗-HBs阳性"等模式为主."HBsAg、HBeAg、抗-HBc阳性"和"HBsAg、抗-HBc、抗-HBe阳性"等模式检出率呈两端低、中间高分布,20～70岁人群检出率高.结论近6年HBV血清标志物检出率呈缓慢下降趋势,低龄人群HBsAg检出率明显下降.总人群HBV感染率依然较高,不断改进HBV血清筛查技术对于降低HBV感染率十分重要.     

人血浆百草枯高效液相色谱-串联质谱法的建立与评价

目的建立测定人血浆百草枯浓度的高效液相色谱-串联质谱法并评价。方法用甲醇蛋白质沉淀法对血浆样品预处理后,以乙腈-水(含200 mmol/L甲酸铵和0.1%甲酸)为流动相梯度进样,流速为0.4 mL/min。通过色谱柱(Waters XBridge BEH HILIC,2.5μm,2.1 mm×100 mm)分离样品。以ESI正离子模式、多反应离子监测(MRM)模式监测百草枯(m/z 186.1→171.1作为定量离子对)。用该方法检测临床患者血浆百草枯浓度,用ROC曲线评价血浆百草枯浓度和百草枯中毒严重指数(SIPP)对临床结局的判断价值。结果血浆百草枯浓度在50～10 000 ng/mL时,线性关系良好(R~2=0.997),最低定量下限为50 ng/mL。低(100 ng/mL)、中(2 000 ng/mL)、高(8 000 ng/mL)3个浓度水平质控品的不精密度均符合要求,且无基质效应。处理后样品室温放置6 h内稳定,样本反复冻融3次对结果无影响。31例中毒患者SIPP为17.76(0.30～90.91)h·mg/L,死亡组SIPP高于存活组(P0.05)。SIPP的ROC曲线下面积为0.889,最佳临床临界值为11.679 h·mg/L。结论本法灵敏、准确、快速、特异性好,适用于临床检测百草枯中毒患者。     

浙江地区2012年麻疹病毒流行株基因特征研究

摘要:目的：探讨浙江地区2012年3～9月麻疹病毒（MV）的基因特征。 方法：用逆转录-聚合酶链反应（RT-PCR）检测麻疹患者的咽拭子标本,对部分PCR扩增阳性的片段进行基因测序并绘制系统进化树进行同源性分析。 结果：88例麻疹患者咽拭子标本中经RT-PCR检测阳性76例,阴性12例;随机选择13例阳性标本进行基因测序,结果显示均为H1a亚型;系统进化树分析结果表明,13株均为H1a基因亚型,与该型参考株AF045205、AF045206核苷酸同源性为98.0%～99.0%。 结论：H1a基因型是浙江地区2012年MV流行的优势亚型,无输入性的其他亚型出现。     

杭州地区2014-2015年急性胃肠炎患者感染诺如病毒的流行病学特征分析

目的 了解2014-2015年杭州地区急性胃肠炎患者中诺如病毒的流行病学特征。方法 收集1 109份急性胃肠炎患者的临床流行病学资料和粪便样本,采用一步法双重荧光RT-PCR对样本中诺如病毒(GⅠ、GⅡ型)进行初筛,然后随机选择诺如病毒阳性的样本核酸进行多重RT-PCR扩增,对产物进行测序分析。结果 1 109份的粪便样本中,诺如病毒检出率为26.87%(298/1 109),以GⅡ亚型为主,占25.52%(283/1 109),GⅠ亚型占1.35%(15/1 109);不同性别人群诺如病毒检出率差异无统计学意义(P>0.05);不同年龄组人群中诺如病毒检出率分别为16.94%(<5岁)、19.45%(5~18岁)和32.26%(≥18岁);全年均可检出诺如病毒感染,高发季节为12月至次年3月,阳性率为29.67%~37.08%。序列分析显示,GⅡ基因亚型中以GⅡ-4/Sydney株为主(46.43%,13/28),其次为GⅡ-4/2006b株;GⅠ基因亚型中以GⅠ-1亚型为主(55.56%,5/9)。结论 诺如病毒是导致2014-2015年杭州地区急性胃肠炎的主要病原之一,GⅡ基因亚型特别是GⅡ-4/Sydney变异株和GⅡ-4/2006b变异株是该地区流行的优势毒株。     

2016年浙江省急性胃肠炎患者诺如病毒的分子流行病学特征分析

摘要：目的：探讨2016年浙江省急性胃肠炎患者中诺如病毒的流行病学和基因特征。 方法：收集2016年1月至12月共1 308份急性胃肠炎患者的临床流行病学资料和粪便标本,用一步法双重荧光RT-PCR技术检测诺如病毒GⅠ和GⅡ型,用分层抽样抽取阳性标本核酸进行普通RT-PCR扩增,并对扩增产物进行测序分析。 结果：诺如病毒阳性率为10.55%（138/1 308）,其中GⅠ型12例,GⅡ型118例,GⅠ/GⅡ型混合感染8例。诺如病毒在不同年龄组的阳性率随患者年龄上升而下降,以≥60岁组最低;不同性别组间的阳性率差异无统计学意义;诺如病毒感染全年分布,其中12月阳性率达到顶峰,为37.50%。测序结果显示GⅠ的基因亚型主要是GⅠ.6;GⅡ的基因亚型以GⅡ.4与GⅡ.17为主,分别占40.91%（18/44）和34.09%（15/44）。 结论：诺如病毒是引起2016年浙江省急性胃肠炎的重要病原体,且GⅡ.4和GⅡ.17是主要的基因亚型。