TCGA数据库4种消化系统癌症分子特征的比较北大核心CSCD

目的:探索4种消化系统癌症(DSCs)分子特征的异同及分子特征同临床基本特征的关系。方法:基于生物信息学方法从TCGA数据库中获取食管癌(ESCA)、胃癌(STAD)、直肠癌(READ)、结肠癌(COAD)4种DSCs的分子特征,包括基因突变、拷贝数变异、基因表达以及甲基化,结合MIF算法、差异分析筛选出癌症驱动基因、差异甲基化基因(DMGs)以及差异表达基因(DEGs),并利用富集分析、生存分析、相关性分析比较4种癌症类型中分子特征的异同,进一步探索分子特征同临床基本特征的关系。结果:4种癌症类型具有相似的分子特征,包括:突变频率与基因表达、甲基化水平相关性很低,线性关系均不明显;MaxMIF软件获得的30个癌症驱动基因中均仅有少数几个基因具有预后效果,包括ESCA 2个、STAD 2个、READ 1个、COAD 1个;拷贝数变化数据在癌症组织样本和正常组织样本中的分布并不均匀;DEGs中仅有少部分基因具有预后效果,包括食管癌(29/829)、胃癌(0/394)、直肠癌(71/606)、结肠癌(50/591),并且KEGG通路均富集于“神经活性的配体-受体相互作用”。另外,4种癌症类型之间具有不同的癌症驱动基因、具有预后效果的DEGs,以及DMGs。结论:经分析得到4种DSCs分子特征的异同点有助于了解整个DSCs,并有望为深入理解DSCs的分子特征及相应的分子靶向治疗方案的设计提供有效的依据。     

脂质纳米粒-mRNA递送系统及其在嵌合抗原受体T细胞治疗中的应用

尽管嵌合抗原受体（CAR）T细胞治疗在血液系统恶性肿瘤患者中取得了显著的临床疗效，但需要进一步优化。脂质纳米粒（LNP）-信使核糖核酸（mRNA）递送系统作为一种非病毒性基因载体运用于CAR-T细胞治疗研究中，一方面通过LNP将密封蛋白-6 mRNA靶向递送至抗原提呈细胞，从而实现抗原提呈细胞辅助性增强密封蛋白-6靶向的CAR-T细胞的功能，以进一步诱导对实体瘤的清除；另一方面，通过LNP将成纤维细胞激活蛋白（FAP）CARmRNA靶向递送至T细胞，实现体内FAP靶向的CAR-T细胞的制备，以通过阻断心脏纤维化过程达到治疗急性心肌损伤的目的。在CAR-T细胞研究和治疗中，LNP-mRNA递送系统具有不与细胞基因组整合、价格便宜、毒副作用小及可修饰等优点，亦存在蛋白瞬时表达导致调控细胞功能的持久性不足及制备等方面的技术局限性。本文综述了LNP-mRNA递送系统及其在CAR-T细胞治疗中的应用研究。     

肠杆菌目细菌产耐碳青霉烯酶的基因分型检测方法进展

碳青霉烯类耐药肠杆菌科细菌（CRE）已成为全球性的公共卫生问题。有文献报道由CRE引起的感染，尤其是血流感染，会导致患者死亡率较高，为临床治疗带来了极大的挑战。肠杆菌科细菌耐碳青霉烯类药物的主要机制是细菌产生了不同型别的耐碳青霉烯类水解酶。目前只有少数几种新型抗菌药物可以用于CRE的治疗如头孢他啶/阿维巴坦，但头孢他啶/阿维巴坦对持有金属β内酰胺酶的CRE没有活性，所以快速、准确地检测CRE菌株所产碳青霉烯酶种类，对临床合理选择抗菌药物至关重要。本文就目前检测肠杆菌科细菌耐碳青霉烯类药物的基因分型实验方法的优缺点进行总结分析。     

基于转录组测序方法研究加替沙星对小鼠的肝损伤作用

目的： 探讨加替沙星（GAT）对小鼠肝脏的损伤作用及其机制。方法： 选取32只SPF级雄性昆明小鼠作为研究对象，随机分为4组：低、中、高剂量（分别为25、50、100 mg/kg） GAT组和对照组。给药体积按10 mL/kg，连续灌胃给药7 d，对照组给予对应体积的生理盐水。通过检测各组小鼠血清中的谷丙转氨酶（ALT）、谷草转氨酶（AST）、碱性磷酸酶（AKP）、肌酐（CRE）和甘油三酯（TG）浓度，初步评价加替沙星导致的小鼠肝组织损伤。进一步利用转录组测序技术检测各组小鼠肝脏的基因表达谱，筛选差异表达基因，对差异基因进行基因本体论（GO）功能分类，并采用京都基因与基因组百科全书（KEGG）数据库进行信号通路富集分析。结果： 与对照组比较，高剂量GAT组小鼠肝脏质量显著降低（P<0.01）；低、中剂量GAT组肝脏系数显著降低（P<0.01）；低、中剂量GAT组小鼠血清ALT浓度显著降低（P<0.05或0.01）；低剂量GAT组小鼠血清AST浓度显著降低（P<0.01）。与对照组比较，中剂量GAT组共筛选出27个差异表达基因（包括20个上调基因，7个下调基因）。GO功能分类提示这些基因主要富集在免疫系统、多细胞生物、多生物及生殖过程等17个生物过程中。KEGG通路分析提示差异基因主要富集于脂质代谢、萜类化合物和聚酮化合物的代谢等22条通路中。结论： GAT可导致小鼠肝功能发生变化，并通过影响小鼠肝脏内胆汁酸和胆固醇等内分泌系统和脂质代谢等的平衡，造成肝组织损伤。     

类脂蛋白沉积症ECM1基因突变1例

患者男，14岁，半年前双眼睑出现少许肤色丘疹，随后逐渐扩展至颈部、躯干。双眼睑可见特征性串珠样半透明丘疹。皮损组织病理示：真皮上部及毛囊周围可见均一红染物质沉积，PAS染色阳性。外周血DNA二代测序示，患者ECM1基因存在两个杂合突变位点：c.629T>C (p.Leu210Pro)与c.1441C>T(p.Arg481*)。诊断：类脂蛋白沉积症。     

惠州地区亚甲基四氢叶酸还原酶基因多态性特征分析

目的调查惠州地区人群中亚甲基四氢叶酸还原酶(MTHFR)基因C677T位点多态性的分布特征,为个体化指导育龄妇女增补叶酸及有效地降低新生儿出生缺陷风险提供科学依据。方法收集2017年6月至2019年12月在产前诊断中心门诊就诊的育龄妇女、妊娠期夫妇的外周血样本765例。采用PCR-荧光探针法检测MTHFR基因C677T位点的多态性,并与其他地区或种族人群的数据相比较。结果检出MTHFR基因C677T位点分布特征为CC野生型占54.12% (414例)、CT杂合突变型占38.43% (294例)和TT纯合突变型占7.45% (57例),三种基因型分布比值约为7:5:1。根据年龄以30岁为分界点,将基因型和等位基因分为两组,两年龄组均以野生型为主,依次为杂合突变型和纯合突变型。结论惠州地区MTHFR基因C677T位点的分布特征与其他地区存在差异,具有该地区与种族的特异性。叶酸代谢能力与个体基因型相关,该基因多态性的检测能够科学有效地指导叶酸的补充和监测。