川贝母的本草考证与DNA条形码鉴定研究

通过分析GenBank数据库下载序列的种内与种间变异与遗传距离,构建系统发育树,评价序列的鉴定能力.土贝母、老鸭瓣、浙贝母、湖北贝母与川贝母分别代表了不同时期的贝母药材主流品种;贝母道地产区经历了中国北方向南方的迁移过程;不同贝母药材品种存在药效性味的差异获得历史验证.结合基于ITS1与ITS2的分子系统发育关系分析,...     

应用种子形态及DNA条形码技术鉴定黄芪及混伪品种子

目的 采用传统形态鉴定方法结合DNA条形码分子检测技术对黄芪及混伪品种子进行鉴定。方法 收集黄芪及混伪品种子、市售黄芪种子样品共58份,利用体视显微镜和游标卡尺进行种子外观形态特征的观察和记录,测定千粒重;提取单粒种子的基因组DNA,PCR扩增、双向测序获得ITS2及psbA-trnH序列。使用邻接法（neighbor joining,NJ）构建系统发育树,kimura二参数（kimura two-parameter,K2P）模型计算遗传距离,进行物种鉴定分析。结果 黄芪及混伪品种子在颜色、形状、长、宽、厚度及千粒重等方面存在细微差别;ITS2的测序成功率为100%,黄芪种间最小遗传距离均大于种内最大遗传距离;ITS2序列构建的NJ系统进化树将蒙古黄芪A.mongholicus var. mongholicus聚为独立一支,并将蒙古黄芪Astragalus membranaceus、紫花苜蓿Medicago sativa、锦鸡儿Caragana sinica、蜀葵Althaea rosea及黄芪属其他物种分开,可进行黄芪及其混伪品种子的鉴定。基于外观形态和ITS2条形码序列鉴定发现12份市售黄芪种子中有1份为斜茎黄芪。结论 基于种子形态鉴定和ITS2条形码相结合的方法可以准确鉴定黄芪及混伪品种子,为规范黄芪种源及种植生产,进而保障黄芪药材质量提供科学依据。     

草鱼肠炎嗜水气单胞菌分离株的主要特性及系统发育学分析

目的对分离于草鱼(Ctenopharyngodonidellus)肠炎的病原嗜水气单胞菌(Aeromonashydrophila),进行了主要理化特性方面较系统的表观分类学指征检验及系统发育学分析,为对该菌的有效鉴定提供依据。方法对死于肠炎病的鱼中分离到的5株病原嗜水气单胞菌(HC960715-1至HC960715-5),按常规方法进行形态特征、培养特性、主要生化及药物敏感性的检测。同时,择代表菌株(HC960715-1)进行16SrRNA基因的分子鉴定,测定16SrRNA基因序列、分析相关细菌相应序列的同源性,构建系统发生树。结果5株供试菌的主要生物学性状表现一致,代表菌株(HC960715-1)的16SrRNA基因序列长度为1429bp(GenBank登录号:AY966887),与GenBank数据库中的气单胞菌基因序列的相似性在98%和100%。结论根据表观分类学指征及系统发育分析结果,表明供试5株菌均为嗜水气单胞菌。对37种供试抗菌类药物的敏感性在株间无明显差异。     

泥鳅气单胞菌感染的检验与分析

目的对一起养殖泥鳅病害进行发病情况、临床表现与病理变化、病原等方面的检验,旨在明确感染症的特征及相应的病原菌。方法随机取6尾病死泥鳅的肝及溃烂组织做细菌分离,对分离菌进行形态特征、生长表现、理化特性及代表菌株16S rRNA基因序列测定等方面的鉴定明确细菌种类。选择代表菌株制备成3×108CFU/ml的菌液,分别经腹腔、肌肉途径感染健康泥鳅,测定其致病作用;对鉴定后的菌株以琼脂扩散法(K-B)做对抗菌类药物的敏感性测定。结果被检病死泥鳅的下颌部肌肉溃烂,肝脏及脾脏肿胀等。从肝、溃烂组织均检出了纯一的同种细菌,经鉴定表明为气单胞菌属(Aero-monasKluyver and van Niel1936)的新种并定名为泥鳅气单胞菌(Aeromonals misgurnussp.nov.)。人工感染试验结果对泥鳅具有较强的致病作用,用37种抗菌类药物所做的药敏试验结果显示在不同株间无明显的敏感与耐药性差异。结论所检病例为细菌性败血感染症,其病原为泥鳅气单胞菌。     

人巴通体感染

巴通体(Bartonellae)是一类兼性细胞内寄生的革兰阴性小杆菌或小球杆菌,在系统发育分类中,巴通体属包括Bergey系统细菌学手册中立克次体目内的巴通体属(Bartonella)和罗沙利马体属(Rochalimaea)。在1990年以前,人们仅知道杆菌样巴通体(Bartonella bacilliformis)引起的卡里翁氏(Carrion)病和五日热巴通体(B.qintana)引起的战壕热。然而,到目前为止已有10余种新的巴通体已被发现,其中某些种已证明能够引起人的感染(表1)。     

微小按蚊种群成员分子变异与系统发育的关系

目的：研究微小按蚊与种群之间（乌头按蚊、吉甫按蚊、微小按蚊A／C型）线粒体DNA的分子变异及系统发育关系。方法：PCR扩增和mtDNA测序。结果：在云南发现两个微小按蚊隐形种,即微小按蚊A／D型;证实了微小按蚊种团之间遗传差异,微小按蚊A／C分歧时间稍晚于乌头按蚊,吉甫按蚊分歧时间远早于前2种。结论：地理环境对mtDNA遗传差异有一定影响,但不同地理的群体之间微小按蚊的遗传没有明显变化。     

全球柯萨奇病毒A组6型VP1区进化与正向选择位点分析

目的基于柯萨奇病毒A组6型(coxsackievirus group A type 6, CV-A6)VP1编码区寻找与其流行强度增加有关的关键氨基酸位点。方法对GenBank数据库中全部CV-A6 VP1编码区核苷酸序列进行筛选, 获得其中的1 533条序列进行比对。使用RAxML软件构建最大似然树。使用Shannon Entropy在线分析工具计算序列的氨基酸置换熵值, 并用Datamonkey在线分析平台通过MEME, SLAC和FUBAR三种方法来分析正向选择位点。结果目前全球流行的CV-A6以D3基因亚型为主。在VP1编码区存在三个高度可变的氨基酸位点, 分别是VP1-5、VP1-30、VP1-137。三种方法均发现VP1-5、VP1-90、VP1-137三个位点在流行中受到过正向选择的作用。结论应继续加强对D3基因亚型CV-A6的监测, D3基因亚型的CV-A6在位于DE环中的VP1-137高度可变且受到了正向选择的作用, 需要加以重视, 并通过进一步研究来确定它与D3亚型广泛流行的关系。     

痤疮丙酸杆菌系统发育型及其在痤疮发病中作用研究进展

痤疮丙酸杆菌（C. acnes）为痤疮最重要致病菌,近年来随着对痤疮与C. acnes之间的研究深入,发现痤疮的发生与C. acnes的系统发育型密切相关。该文从C. acnes系统发育型不同分型与痤疮关系,C. acnes分型与其分泌的蛋白和胞外酶、Christie-Atkins-Munch-Petersen(CAMP)因子、卟啉及生物被膜等致病因素关系,以及促进炎症等方面进行总结归纳,更深刻和系统性地了解C. acnes,进一步了解C. acnes在痤疮发生发展中的重要作用,为有针对性地治疗痤疮,及相关药品及化妆品的开发提供更好的研究思路。     

红花龙胆叶绿体基因组特征及适应性进化分析

红花龙胆(Gentiana rhodantha)为特色苗族药材,在治疗湿热黄疸、小便不利、肺热咳嗽等方面具有显著疗效,但在物种进化关系及分类鉴定方面存在争议。本研究对红花龙胆叶绿体基因组进行了二代、三代测序,并分析其结构特点及适应性进化分析。结果表明,红花龙胆叶绿体基因组全长148 844 bp,大单拷贝区(LSC) 80 076 bp、小单拷贝区(SSC) 17 596 bp和反向重复区(IR) 25 586 bp, GC含量37.75%。共注释到124个基因,包括80个蛋白编码基因(CDS)、36个tRNA基因和8个rRNA基因;红花龙胆叶绿体基因组密码子偏好性较弱,影响因素主要是自然选择,最优密码子为CUU、UCU、UCA、CCA、ACU; MISA共发现169个SSR,其中单核苷酸重复最多(114个,67.50%),其次是二核苷酸重复(43个, 25.44%);与同组及同属其他物种相比,红花龙胆叶绿体基因的Ka/Ks值基本小于1,表明在长期的进化过程中受到了较强的纯化选择,存在进化事件的光合作用基因psaI和表达相关基因rpl22、rps11出现组间差异,且系统发育分析结果支持...