Comparative metavirome analysis in polytransfused patients

Due to the high transfusion volume, polytransfused patients with sickle cell disease (SCD) and beta-thalassemia are constantly exposed to parenterally transmitted infections. Currently, we have little information about the virome of such patients and how the virological composition might be influenced by the hemotherapy procedures that these patients receive. The objective of this study was to compare the viral diversity between these two groups with respect to the viral abundance and how it might be affected by the specific conditions of these groups. We sequenced by next-generation sequencing (NGS) and compared the virome of 30 patients with beta-thalassemia major, 45 with SCD, and 16 blood donors from the Blood Center of Ribeirão Preto, Brazil. Predominantly, commensal viruses including Torque teno virus (TTV) genotypes and human pegiviris-1 (HPgV-1) were identified in each group. Strikingly, while HPgV-1 reads were dominant in the SCD group, thalassemic patients showed high TTV abundance, expressed both in viral reads and genotypes. We speculated that the commensal virome of polytransfused patients might be influenced by the transfusion frequency and disease characteristics and that commensal viruses might be used as important genetic biomarkers for these hematological disturbances. Nevertheless, more specific studies are necessary to confirm a relationship between blood virome and transfusion treatment.     

耶氏肺孢子菌肺炎的临床特征分析

目的分析耶氏肺孢子菌肺炎患者的临床特点,以提高对此类疾病的认识,做到早诊早治。 方法选择2017年3月1日至2022年3月1日,空军军医大学第二附属医院收治的耶氏肺孢子菌肺炎患者43例,按是否感染HIV分为非HIV感染组17例,HIV感染组26例。分析两组患者性别、年龄、吸烟史,基础疾病,既往用药,临床症状、实验室检查、胸部CT资料及治疗、疗效。 结果非HIV感染组年龄(52.29±13.59)岁大于HIV感染组(39.42±12.55)岁;两组患者性别,临床症状,起病时间,白细胞总数、淋巴细胞总数及胸部CT表现差异无统计学意义(P>0.05),吸烟史、起病时间小于1周、既往用药基础疾病、合并症,静滴丙种球蛋白、使用机械通气及疗效差异有统计学意义(P<0.05)。非HIV感染组,胸部CT表现、起病时间、治疗中激素使用、丙种球蛋白使用无统计学意义(P>0.05),机械通气使用有统计学意义(P<0.05)。 结论中年,有吸烟史,基础疾病,服用激素或免疫抑制剂患者,在小于1周内出现双肺弥漫性病变后应考虑耶氏肺孢子菌肺炎可能,静滴丙种球蛋白有可能疗效亦不佳,使用机械通气可改善预后,完善宏基因组二代测序,精准治疗,降低病死率。     

宏基因组二代测序在疑难感染性疾病中的临床应用价值北大核心CSCD

感染性疾病是临床常见疾病,病原体诊断是其诊治中的关键环节。而常规病原体检测方法耗时长、阳性率低,难以满足临床需求,宏基因组二代测序(metagenomic next-generation sequencing,mNGS)作为一种新型病原检测方法,检测范围广泛,可检测细菌、病毒、真菌、寄生虫、罕见病原体、甚至未知病原体。mNGS具有无偏倚性,可以快速、高效、准确获得检测样本中所有核酸信息,分析出致病病原体,指导临床诊断和治疗,在疑难感染性疾病中发挥着重要作用。该文综述mNGS在细菌、真菌、病毒、寄生虫等感染中的诊断优势和临床应用价值。     

宏基因组二代测序在伴有中枢神经系统受累儿童噬血细胞综合征中的应用价值

目的 探究宏基因组二代测序（metagenomic next-generation sequencing,mNGS）技术检测伴有中枢神经系统受累的噬血细胞综合征患儿颅内EB病毒（Epstein-Barr virus,EBV）感染的应用价值及临床意义。 方法 回顾性分析30例伴有中枢神经系统受累的噬血细胞综合征患儿的脑脊液mNGS结果,与脑脊液EBV-DNA定性检测、血清EBV抗体谱检测结果进行比较,以治疗前后血清EBV-DNA拷贝数变化反映针对性治疗效果。 结果 脑脊液mNGS EBV检测阳性率为100%（30/30）,高于脑脊液EBV-DNA定性检测阳性率（10%,3/30;P<0.001）,与血清EBV抗体谱检测阳性率（93%,28/30）比较差异无统计学意义（P>0.05）。中位mNGS EBV检出序列数为2 400,治疗前血清EBV-DNA拷贝数与EBV检出序列数呈中度正相关（r_s=0.693,P<0.001）。多元线性回归分析结果显示,治疗前血清EBV-DNA拷贝数越高,脑脊液mNGS EBV检出序列数越高（P<0.05）。 结论 EBV相关噬血细胞综合征容易诱发EBV感染引起的病毒性脑炎,mNGS可以显著提高脑脊液EBV检测的阳性率,协助临床诊断。     

肝硬化患者肠道微生态与肌量减少的相关性研究*

目的 探讨肝硬化患者肌量减少与肠道微生态的相关性。方法 2019年4月～2019年10月在山西白求恩医院住院的60例肝硬化患者和同期30例健康者,取粪便,进行宏基因组测序。根据第三腰椎骨骼肌指数(L3 SMI)将肝硬化患者分为肌量减少组24例和肌量正常组36例,分析两组间肠道微生态的差异。结果 肌量减少的肝硬化组L3 SMI为(30.9±5.1)cm²/m²,显著低于肌量正常组【(52.0±12.9)cm²/m²,P＜0.05】;肌量减少的肝硬化组shannon指数为(2.1±0.8),显著低于肌量正常组【(2.7±0.8),P＜0.05】;在门水平,肝硬化组变形菌门相对丰度为(6.2±7.9)%,显著高于健康人【(1.7±1.5)%,P＜0.05】;肌量减少组变形菌门相对丰度为(7.7±9.3)%,显著高于肌量正常组【(3.6±4.1)%,P＜0.05】;在种水平,两组之间存在16个菌种的差异(P＜0.05),进一步通过关联分析发现毛螺科菌和多形棒状杆菌相对丰度与SMI呈显著正相关(P＜0.05)。结论 肝硬化患者肌量减少与肠道微生态改变相关,改善肝硬化患者的肠道微生态可能有助于改善肝硬化患者的营养不良。     

肺泡灌洗液宏基因测序诊断儿童肺放线菌感染一例

儿童肺放线菌感染很罕见,且临床症状不典型,仅凭影像学表现易误诊为真菌、结核、肿瘤等。该文报道了1例儿童肺放线菌感染病例的诊治经过：7岁男性患儿,临床表现为发热、咳嗽,血常规提示白细胞及CRP明显升高,肺部CT提示肺部感染、待排除真菌等特殊菌群感染,常规抗感染治疗1周后肺部影像学无明显变化,行纤维支气管镜冲洗并取肺泡灌洗液进行宏基因测序后提示为放线菌感染,确诊后予静脉大剂量青霉素治疗,出院后予阿莫西林克拉维酸钾口服近2个月后复查CT明显好转。该例诊治过程提示,肺泡灌洗液宏基因测序有助于儿童肺放线菌感染的早期诊断,大剂量足疗程的青霉素可获得较好的疗效。