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1.
2.
目的 通过对现有4种拷贝数变异(CNV)分析工具CODEX、CONTRA、cn.MOPS和VarScan 2的评估,找到检测CNV的最适工具,以更好地进行眼遗传学研究。方法 我们同时采用由软件模拟的数据、2组含有144个眼病基因的靶向二代测序和1组遗传性眼病患者-正常对照的全外显子测序(WES)数据来分析评价CNV检测软件,以灵敏度(sensitivity)和错误发现率(FDR)作为评价指标。结果 4种工具均有较高的灵敏度(70%~90%)和较低的FDR(30%左右),且都能很好地检测扩增情况。cn.MOPS (灵敏度88.70%)和VarScan2(灵敏度80.26%)分别在检测扩增和缺失时有良好的表现。cn.MOPS虽然在算法上降低了FDR且在检测扩增时稍优于其他软件,但是在检测缺失情况时的效果相对较差。结论 用于评估的CNV分析软件各有优缺点,可以根据研究的需要选择合适的CNV检测软件。 相似文献
3.
目的:基于网络药理学探讨胆宁片治疗慢性胆囊炎的活性成分及其分子作用机制。方法:通过中药系统药理学数据库与分析平台数据库和草本组鉴数据库获得中药胆宁片的化学组分,并根据药动学参数筛选有效活性成分和潜在作用靶点;通过GeneCards、DisGeNET及Drugbank数据库获取慢性胆囊炎的相关靶点,通过Venny 2.1.1绘制韦恩图得到两者共有靶点;应用STRING数据库构建化合物和疾病共有靶点蛋白质-蛋白质相互作用网络图后,运用Cytoscape 3.7.2软件实现可视化并进行网络拓扑学分析筛选核心靶点,最后利用R语言软件Cluster Profiler GO.R插件对核心靶点进行富集分析。结果:中药胆宁片与慢性胆囊炎共有靶点60个,其中关键靶点有肿瘤蛋白p53、Cyclin依赖性激酶抑制剂1、G1/S-特异性Cyclin-D1、原癌基因丝氨酸/苏氨酸-蛋白激酶1、表皮生长因子受体、血管内皮生长因子A、肿瘤坏死因子、基质金属蛋白酶9、受体酪氨酸蛋白激酶2和视网膜母细胞瘤相关蛋白1等,主要涉及膀胱癌、人巨细胞病毒感染以及磷脂酰肌醇-3-激酶/蛋白激酶B等信号通路。结论:胆宁片治疗慢性胆... 相似文献
4.
人纤溶酶原kringle区缺失突变体的毕赤酵母表达、产物纯化及鉴定 总被引:1,自引:0,他引:1
目的研究人纤溶酶原kringle区缺失突变体(PLGAK)的毕赤酵母(Pichia pastoris)表达、产物纯化及理化性质鉴定。方法采用7.5L发酵罐对工程菌PLG△K/GS115进行高密度培养、甲醇诱导表达,培液经离心、超滤、离子交换层析、凝胶滤过、透析后冷冻干燥。等电聚焦电泳、HPLC、质谱分别检测PLG△K等电点、纯度和分子量;纤维蛋白平板、肽底物S-2403分别测定PLG△K激活后的纤维蛋白和酰胺水解活性。结果7.5L高密度发酵可获得约为400mg/L培液的表达量,经三步纯化后制备的PLG△K纯度大于96%。理化分析显示PLG△K的等电点为7.5~7.8,分子量:27.787kD,比活性:23.6U/mg。结论初步建立了PLG△K的酵母高密度发酵及纯化工艺,所制备半成品活性与血浆提取的PLG相近,具备放大生产和应用的潜力。 相似文献
5.
目的:探讨同种异体移植抗原抗原特异性免疫耐受诱导的新途径,以达到心肺移植长期存活的目的。方法:以同种异体反应性淋巴细胞克隆在体外培养条件下大量增殖后,作为自身独特性疫苗,体内注射免疫家兔,以混合淋巴细胞反应来观察免疫前和免疫后对供体淋巴细胞刺激指数(SI)的变化。结果:同种异体反应性自身独特型淋巴细胞疫苗具有显著诱导特异性免疫应答移植现象,SI值显著降低(P<0.05),而对卡介苗诱导的特异性免疫应答并未因独特型淋巴细胞疫苗的应用而下降,结论:同种异体反应性自身独特型淋巴细胞疫苗有可能成为诱导抗原特异性免疫耐受的一种手段。 相似文献
6.
7.
目的 构建KPIC原位胰腺癌小鼠模型用于吲哚胺2,3-双加氧酶1(indoleamine 2,3-dioxygenase 1,IDO1)抑制剂药效学研究。方法 采用实时定量荧光PCR和Western blot等方法鉴定KPIC细胞中IDO1的表达情况;使用HPLC检测IDO1抑制剂1-甲基-L-色氨酸(1-methyl-L-tryptophan,1-L-MT)对KPIC细胞中IDO1活性的抑制作用及KPIC原位胰腺癌小鼠血清中IDO1活性;接种KPIC细胞到小鼠胰腺构建KPIC原位胰腺癌小鼠;免疫组化法检测KPIC原位胰腺癌小鼠肿瘤中IDO1、肿瘤增殖指数Ki67、胆系标志物Sox9的表达。结果 经mRNA及蛋白质水平鉴定,KPIC细胞内有IDO1及其同工酶的表达;1-L-MT能够下调KPIC细胞中IDO1活性;KPIC原位胰腺癌小鼠构建成功,在原位肿瘤中IDO1、Ki67和Sox9均有表达,小鼠血清中IDO1活性上调。结论 KPIC原位胰腺癌小鼠表达IDO1,可用于IDO1抑制剂的筛选及药效学评价。 相似文献
8.
目的为了提升排卵(LH)快速测试笔(乳胶法)的抗溢流性能。方法通过加高测试笔的下盖中的胫的高度,来提升其抗溢流的性能。结果下盖胫高度加高后的测试笔的抗溢流性能能够得到很显著的提升。结论通过下盖胫高度的改良,提升了测试笔对于因错误操作导致溢流的抵御能力,避免了部分客户错误操作引起溢流从而导致的错误判读结果。 相似文献
9.
目的:构建经糖蛋白gD信号肽修饰的单纯疱疹病毒2型(HSV-2)糖蛋白gD、gB、gC和早期表达蛋白ICP 27的多表位复合DNA疫苗.方法:国内HSV-2野生株经测序与PCR鉴定后利用PCR技术从其基因组中扩增出HSV-2 ICP27 377-459、gD146-179、gD223-306、gB529-606、gC247-282、gD1-77 6个基因片段,PCR鉴定后按先后顺序,采用多基因片段一步酶切连接法获得HV融合基因片段,经pGEMT载体克隆后定向插入真核表达质粒pcDNA3.1载体中,构建出重组真核表达质粒HV-pcDNA3.1,并对其进行酶切分析及测序鉴定.PCR扩增gD146-179信号肽片段,进一步酶切连接构建重组质粒gDs-HV-his-pcDNA3.1,并对其进行测序鉴定.结果:酶切重组质粒HV-pcDNA3.1,电泳可见两条带,分别为融合基因HV(1.3 kb)和线性质粒pcDNA3.1(5.4 kb).测序结果表明,克隆基因插入方向正确,重组质粒gDs-HV-his-pcDNA3.1与GenBank HSV-2中相关序列同源性达99.9%.结论:成功构建了经糖蛋白gD信号肽修饰的HSV-2多表位复合DNA疫苗. 相似文献
10.
利用基因芯片研究与胶质母细胞瘤侵袭性相关的基因 总被引:2,自引:1,他引:2
目的探讨利用基因表达谱芯片筛选人脑胶质母细胞瘤与侵袭性相关基因的表达及功能。方法用含13 939种人类基因的BioStarH140S型芯片,以成人脑及6例胶质母细胞瘤组织总RNA制备的探针杂交芯片;ScanArray4 000扫描芯片荧光信号,提取脑及胶质母细胞瘤组织差异基因,并进行生物信息分析及功能研究。结果表达谱芯片筛选出胶质母细胞瘤差异基因198条(1.42%),与细胞信号和传递蛋白、细胞骨架、代谢、蛋白翻译合成、细胞周期蛋白类、癌基因和抑癌基因等多类基因密切相关;与侵袭性相关的8条细胞骨架和细胞外基质基因表达谱相似,均在胶质母细胞瘤中显著上调,生物信息分析为α-连环素基因、钙粘附素1基因、层粘连蛋白、纤连蛋白1基因、基质金属蛋白酶2、Ⅲ型胶原基因、组织金属蛋白酶抑制1基因和血小板衍生生长因子受体A基因。结论表达谱芯片是高通量筛选胶质瘤相关基因的生物高新技术,侵袭性相关基因为判断胶质母细胞瘤患者的预后提供了分子生物学指标,有助于临床诊治。 相似文献