基于生物信息学分析筛选重性抑郁障碍关键基因及构建诊断模型

目的 通过整合分析外周血转录组数据探究重性抑郁障碍（major depressive disorder,MDD）关键基因并创建诊断模型。方法 检索基因表达汇编（Gene Expression Omnibus,GEO）公共数据库得到5个MDD外周血相关数据集。使用R limma包及稳健排序聚合（robust rank aggregation,RRA）算法筛选出差异表达基因。以包含最大样本量的GSE98793为训练集，使用Boruta算法进行关键基因筛选，使用logistic回归分析关键基因表达水平与抑郁症的关系。使用Bootstrap法进行内部验证，将剩余4个数据集作为外部验证集，使用受试者工作特征（receiver operating characteristic, ROC）曲线评估诊断模型的诊断性能。结果 分析共得到31个差异表达基因，其中上调基因20个，下调基因11个，从中筛选出7个基因为关键基因，分别为MMP8、TDRD9、FAM3B、LCN2、ARG1、NPTN和FANCF。将7个基因纳入多因素logistic回归分析构建诊断模型，绘制ROC曲线，曲线下面积（area unde...