基于分子对接和系统药理学探讨沙棘抗糖尿病的作用机制

目的通过分子对接和中药系统药理学平台探讨沙棘的物质基础及抗糖尿病作用机制。方法类药性评估筛选沙棘活性成分并查找相关靶点;通过OMIM、Genecards数据库搜索糖尿病相关靶点;将有效成分靶点和疾病靶点进行韦恩映射。借助Cytoscape构建药物、成分、靶点、疾病网络图;应用STRING数据库构建蛋白互作网络;筛选前5个核心基因与候选化合物利用Autodock vina做分子对接;利用Bioconductor对核心靶点进行GO和KEGG富集。结果从沙棘中获得33个候选成分,相关靶点蛋白170个;筛选糖尿病相关靶点9310个,韦恩映射得到159个交集基因,蛋白互作网络筛选5个关键靶标JUN、AKT1、MAPK1、RELA、IL-6,涉及AGE-RAGE、Fluid shear stress and atherosclerosis、TNF等通路发挥抗糖尿病作用。结论沙棘具有多成分、多靶点、多途径调节糖尿病的作用特点,为后续实验研究提供理论依据。     

基于网络药理学和分子对接技术探讨生脉注射液抗新型冠状病毒肺炎的作用机制

目的采用网络药理学与分子对接技术探讨生脉注射液的活性成分和治疗新型冠状病毒肺炎(COVID-19)的潜在作用机制。方法利用TCMSP及BATMAN-TCM数据库筛选生脉注射液的活性化合物,通过TCMSP及Targetnet在线数据库预测作用靶点,通过Cytoscape3.7.1构建活性成分-作用靶点网络图;在GeneCards及OMIM数据库中以"coronavirus pneumonia"为关键词搜索冠状病毒肺炎相关疾病靶点,与生脉注射液化合物靶点进行交集筛选出共同靶点作为研究靶点,将共同靶点导入STRING数据库获取数据后在Cytoscape 3.7.1软件中构建蛋白质-蛋白质相互作用网络图;利用R语言进行GO(gene ontology)功能、KEGG(Kyoto encyclopedia of genes and genomes)通路富集分析,预测其作用机制,并构建"成分-靶点-通路"网络图;通过DiscoveryStudio 2.5软件对关键靶点进行分子对接分析。结果生脉注射液筛选得到22个活性化合物,分别为邻苯二甲酸二辛酯、β-谷甾醇、当归酰基戈米辛O、戈米辛A、戈米辛R、五味子丙素、内南五味子酯乙、长南酸、南五味子内酯、香蒲木脂素B、新杜松烷酸A、新杜松烷酸B、新杜松烷酸C、新南五味子木脂宁、五味子内酯A、五味子内酯E、五味子酸、尿苷、薯蓣皂苷元、鸟嘌呤核苷、N-反式阿魏酰酪胺、豆甾醇。相应作用靶点224个,与COVID-19的共同靶点16个,分别为CASP3、CASP8、PTGS2、BCL2、BAX、PRKCA、PTGS1、PIK3CG、F10、NOS3、DPP4、NOS2、TLR9、ACE、ICAM1、PRKCE,关键靶点涉及CASP3、PTGS2、NOS2、NOS3、ICAM1。GO功能富集分析得到生物过程(BP)条目771个,细胞组成(CC)条目11个,分子功能(MF)条目79个。KEGG通路富集分析筛选得到67条(P0.05)信号通路,主要涉及糖尿病并发症AGE-RAGE信号通路、凋亡通路、P53信号通路、小细胞肺癌通路等。分子对接结果显示与关键靶点对接较好的成分有五味子内酯E、豆甾醇、N-反式阿魏酰酪胺。结论生脉注射液中的活性化合物五味子内酯E、豆甾醇、N-反式阿魏酰酪胺等能作用于CASP3、PTGS2、NOS2、NOS3等靶点调节多条信号通路发挥抗炎、免疫调节、抗休克、增加血氧饱和度等作用,从而可能发挥对COVID-19的治疗作用。     

肺鳞癌治疗新靶点FGFR的研究进展

肺癌是目前全球发病率和死亡率均居前列的恶性肿瘤，其中肺鳞癌经手术、放化疗等综合治疗后，其疗效仍不满意。随着分子靶向治疗在肺腺癌中取得了令人瞩目的成果，而肺鳞癌患者中EGFR基因突变及ALK融合基因少见，急需探索新的靶点指导肺鳞癌患者的临床治疗。研究表明，FGFR家族（FGFR1-4）是肺鳞癌中突变频率较高的基因，FGFR基因的激活突变和扩增与肺鳞癌的发生和发展密切相关，同时许多小分子 FGFR 抑制剂在临床应用中已经取得较好的治疗效果。目前，许多FGFR抑制剂治疗肺鳞癌的临床试验也正在进行研究，针对FGFR靶点的基因治疗可为肺鳞癌的治疗提供一种新的策略。本文就FGFR在肺鳞癌的靶向治疗中的最新研究进展进行综述。     

胃癌相关核心基因的生物信息学分析

目的：筛选胃癌相关的核心基因及其与胃癌诊断、预后的关系，为胃癌分子诊断、靶向治疗、预后评判提供研究方向。方法：从基因表达数据库（GEO）下载胃癌相关的mRNA表达谱芯片数据，利用R软件的Limma包分别筛选出胃癌组织中较癌旁组织相比具有显著差异表达的基因（DEGs），在基因功能注释数据库（DAVID）中对DEGs进行基因本体（GO）功能注释及京都基因与基因组百科全书（KEGG）富集分析，交互基因检索工具（STRING）及Cytoscape软件的网络分析插件CytoHubba用于构建蛋白互作网络（PPI）并进行可视化分析，筛选出核心基因；利用生存分析工具（KM数据库）分析核心基因与胃癌患者预后的关系，并量化具有预后意义的核心基因的诊断价值，利用GraphPad软件将其可视化。最后用皮尔逊（Pearson）法检验核心基因之间的相关性。结果：在GEO数据库得到的3个基因芯片表达谱中，胃癌组织与正常组织差异表达显著的基因有1 839个，上调基因851个，下调基因988个，三者取交集后，在3个表达谱芯片中均有显著差异表达的基因有66个，上调基因24个，下调基因42个；GO富集分析显示，差异表达基因的功能主要集中在细胞外空间、细胞外外泌体、消化、细胞外基质组织、胶原纤维组织；KEGG富集分析提示，差异表达基因的通路主要涉及蛋白质消化和吸收、胃酸分泌、氮代谢、ECM-受体相互作用、矿物质吸收等；PPI网络中，Cytoscape可视化分析发现10个核心基因的差异表达与胃癌的发生密切相关，KM数据库检索发现，FN1、COL1A1低表达组患者预后更佳，高表达组更差。FN1、COL1A1的AUC分别为0.93、0.90，提示两者均具有较高的诊断价值，两者的相关性分析得出相关系数r=0.59（P < 0.05），提示COL1A1与FN1两者在胃癌中的表达呈正相关。结论：生物信息分析筛选的核心基因FN1、COL1A1可能成为提示胃癌患者预后、早期诊断、研发胃癌靶向药物的候选标志物或靶点。     

基于网络药理学的当归补血汤治疗慢性肾脏病作用机制研究

目的利用网络药理学探讨当归补血汤治疗慢性肾脏病(CKD)的作用机制。方法从中药系统药理学分析平台(TCMSP)中筛选当归补血汤的化学成分,并利用Pharm Mapper服务器进行分子靶点预测,同时利用OMIM、TTD及DiGSeE数据库查询CKD的相关靶点,然后应用Cytoscape3.2.1软件绘制当归补血汤治疗CKD的成分-靶点网络图,最后借助DAVID数据库进行GO生物过程及KEGG信号通路富集分析,并将结果通过OmicShare Tools作图呈现。结果筛选出当归补血汤活性成分22个,治疗CKD相关靶点36个,主要通过PI3K-Akt、Jak-STAT、HIF-1等41个信号通路,参与91个生物过程,14个细胞组成过程,29个分子功能发挥其治疗作用。结论研究初步全方位展示了当归补血汤治疗CKD的可能靶点与途径,为其系统阐释其物质基础与作用机制提供了参考依据。     

我院药物代谢酶和药物作用靶点基因检测与精准药学服务实践与总结

目的回顾我院药物代谢酶和药物作用靶点相关基因检测与精准药学服务实践过程,总结经验,与同行分享。方法从准备工作、相关检测项目的确定,学术推广、项目优化和开展情况等方面详细阐述我院基因检测开展过程与精准药学服务情况。结果根据临床需求,我院已开展了以心脑血管药和抗精神病药为主的27种药物,26项检测,2018年全年位1587名患者提供个体化用药建议,受到临床医生和患者欢迎。结论基于代谢酶和药物作用靶点相关基因检测的个体化用药建议是临床药师参与精准治疗的重要途径,有助于医生和药师之间的沟通,有利于提高药学服务水平。     

基于多元统计分析和网络药理学的五味子醋制前后质量标志物预测分析

目的基于多元统计分析和网络药理学分析预测五味子醋制前后潜在的质量标志物。方法采用UPLC-Q/TOF-MS解析生、醋五味子饮片中主要的木脂素类成分,并运用多元统计方法筛选出炮制前后潜在的差异化学成分,即化学标记物。进一步通过网络药理学以及生物信息学分析显著差异成分相关的主要作用靶点和通路,构建"成分-靶点-通路"网络关系,预测生、醋五味子潜在的质量标志物。结果筛选了五味子醋制前后差异性成分40个,其中8个为生、醋五味子之间显著性差异成分(即化学标记物)。鉴定并确认了其中的5个化学成分,分别是5-羟甲基糠醛、五味子甲素及其同分异构体、五味子乙素和五味子酯丁。而其余3个化学标记物通过解析一级、二级质谱信息,推测它们很可能也属于木脂素类成分。网络药理学分析结果表明,鉴定并确认的5个潜在质量标志物与五味子的主要药理作用密切相关。最终五味子乙素和5-羟甲基糠醛被确定为最具代表性的潜在质量标志物。结论五味子醋制前后其化学成分发生了一系列复杂的变化,经研究分析确定五味子乙素和5-羟甲基糠醛可作为五味子醋制前后代表性的潜在质量标志物,并推测木脂素类成分可能为五味子醋制保肝的重要效应物质基础。