应用慢病毒shRNA文库结合二代测序筛选口腔鳞癌放疗抵抗相关分子

目的 用高通量方法筛选口腔鳞癌放疗抵抗相关的激酶基因,为口腔鳞癌的临床治疗决策提供理论基础。方法 以慢病毒构建的短发夹核糖核酸(shRNA)激酶文库(含4 675个不同shRNA序列,覆盖709个人激酶基因)感染舌鳞癌Cal-27细胞,嘌呤霉素筛选去除未成功感染的细胞后,以光子射线进行照射(0、10和15 cGy),然后继续培养3 d,以增加不同射线抗性细胞的丰度差异。提取细胞基因组DNA,利用PCR获得完整shRNA序列,同时每组引入不同标签序列,利用illumina平台进行二代测序,找出丰度发生显著变化的shRNA,其对应基因即为影响射线抗性的基因。结果 本次实验共筛选到5个影响口腔鳞癌放射线抗性的激酶基因,其中,PKLR和IPMK敲减后会增加射线抵抗,AURKB、ITPKB和DLG2敲减后会导致放射敏感,其高表达会导致患者对放疗耐受。结论 本研究利用shRNA慢病毒文库结合二代测序方法筛选到3个口腔鳞癌放射抵抗基因,但具体作用机制尚需进一步探究。