基于生物信息学分析的肝细胞癌预后相关基因的筛选

[摘要] 目的：利用生物信息学方法筛选出肝细胞癌（HCC）组织与正常肝组织之间差异表达基因（DEG）,从转录组层面分析这些候选基因参与HCC发生发展的内在机制及其与HCC患者预后相关基因的临床意义。方法: 分别从基因表达数据库（GEO）及人类癌症基因组图谱（TCGA）网站中下载GSE45267、GSE64041、GSE84402 和TCGA中的基因表达谱,R软件和Bioconductor安装包用于筛选HCC组织与癌旁组织之间DEG,然后对这些DEG进行基因本体（GO）富集分析、京都基因与基因组百科全书（KEGG）通路分析、蛋白质相互作用（PPI）网络分析及生存分析。结果：共筛选出46 个上调基因和154 个下调基因,GO富集分析显示,这些DEG主要与细胞分裂、增殖、周期调控、氧化还原过程及某些代谢途径密切相关;KEGG通路分析显示DEG主要与色氨酸、视黄醇等代谢途径及P53 通路有关。在TCGA数据集中,6 个上调的中枢基因CCNA2、CDK1、DLGAP5、KIF20A、KPNA2、MELK的过表达被认为与HCC患者预后呈明显负相关（均P<0.01）。结论：筛选出的一组与预后负相关的中枢上调基因对HCC诊断和治疗的临床研究可能具有潜在的指导价值。     

CD39 在头颈部鳞状细胞癌组织中的表达及其预后价值

目的：检测CD39 在头颈鳞状细胞癌（head and neck squamous cell carcinoma,HNSCC）组织中的表达,分析其表达与患者临床病理特征的关系及其预后意义。方法：选用2012 年5 月至2013 年12 月在天津市肿瘤医院接受外科手术的85 例HNSCC患者的组织标本及病例资料,Oncomine 数据库获取的基因芯片,以及HNSCC细胞系SCC15、UM1 和Cal25。在线分析CD39 在HNSCC组织与正常颊黏膜组织转录水平的差异性,用Western blotting 和免疫组化法检测HNSCC组织中CD39 蛋白的表达。采用Spearman’s 检验分析HNSCC组织中CD39 的表达与患者临床病理特征的相关性,Kaplan-Meier 曲线法和Log rank 检验分析HNSCC组织CD39 表达与生存的关系,Cox风险比例回归模型评价CD39 表达与复发风险的关系。结果：CD39 在HNSCC组织的转录水平显著高于正常颊黏膜组织（P<0.01）,其在HNSCC细胞Cal25、SCC-15 和UM1 中均有表达,UM1 细胞中CD39的表达呈地塞米松（dexamethasone, DXM）剂量依赖性。CD39 高表达患者53（62.4%）例,其高表达与术前化疗正相关（r=0.234,P<0.05）,CD39 高表达患者的无复发生存期较低表达组显著缩短（P<0.05）,CD39 高表达是HNSCC 复发的独立风险因素（HR=2.328,95%CI=1.091~4.967;P<0.05）。结论：CD39 在HNSCC中呈DXM诱导性表达和组成性表达,其在癌组织中过表达是HNSCC患者不良预后的独立预测因子,提示其在HNSCC进展过程中可能发挥重要作用。