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相似文献
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1.
目的 寻找食管癌放射抗拒关键分子及通路,从分子水平揭示食管癌放射抗拒发生机制。方法 从基因芯片公共数据库GEO中下载食管癌放射抗拒相关芯片数据(GSE61772,GSE61620);进一步运用GEO2R进行差异基因分析,利用DAVID、String等分析软件对差异基因进行生物信息学分析。RT-PCR技术检测差异基因在不同放射敏感性细胞中表达差异。结果 两组芯片数据中共筛选出49个差异基因,这些基因参与生物学过程主要集中在调节多细胞生物合成、离子转运、DNA合成、代谢、调节细胞增殖等。差异基因涉及的主要生物学通路是Wnt信号通路。12个差异基因间存在相互作用关系,关键节点为CHN2。CHN2基因在不同放射敏感性食管癌细胞中表达未见明显差异。结论 包括CHN2在内的49个差异基因可能与食管癌放射抗拒发生相关, Wnt信号通路在其中具有重要作用。  相似文献   

2.
目的 探讨γ射线照射对大鼠外周血淋巴细胞基因表达的影响,筛选与辐射损伤密切相关的差异表达基因及生物学通路。方法 采用基因芯片技术对2 Gy 60Co γ射线离体和整体照射后6 h大鼠外周血淋巴细胞差异表达基因进行筛选,利用基因本体(gene ontology,GO)和京都基因与基因组百科全书(KEGG)数据库对差异表达基因进行生物信息学分析,并应用实时荧光定量PCR技术对基因芯片结果进行验证。结果 离体照射组与整体照射组筛选出差异表达3倍以上的共同差异基因55条;共同差异表达基因涉及的生物学通路有6个;2条差异表达基因的PCR扩增结果与芯片结果具有良好的一致性。结论 γ射线离体和整体照射可引起大鼠外周血淋巴细胞基因差异表达,涉及到多种生物学过程,表明淋巴细胞对辐射损伤的应答反应是复杂的、多基因协同作用的结果。  相似文献   

3.
目的 对3例60Co辐照装置事故受照人员的外周血淋巴细胞亚群、血清蛋白组成及白细胞基因表达谱进行分析,寻找晚发性辐射损伤早期诊断治疗候选指标。方法 利用流式细胞仪检测淋巴细胞亚群百分比;琼脂糖凝胶电泳法分离和定量血清蛋白;基因芯片方法筛选辐射损伤差异表达基因,并用RT-PCR方法对差异表达基因进行验证。结果 与正常对照相比,患者在受照后3年其外周血CD4+T细胞持续降低,CD8+T细胞升高,CD4+T 细胞与CD8+T细胞比值降低;白蛋白含量下降,β球蛋白升高。基因芯片结果显示,上调差异基因285个,下调基因446个;RT-PCR对下调基因KDR,上调基因CEACAM8及OSM的验证结果与基因芯片检测结果一致。结论 CD4+T细胞及CD4+与CD8+T细胞的比值可作为晚发性损伤预测指标。  相似文献   

4.
目的 探讨急性照射后比格犬外周血淋巴细胞基因表达谱的变化。方法 将20只雄性成年比格犬用单纯随机数字表法均衡分为4组:空白对照组和0.5、2.0、5.0 Gy 3个照射组,60Co γ射线急性照射相应剂量,照后6 h采集外周血,分离淋巴细胞进行总RNA提取和基因芯片杂交以开展差异表达基因筛选,并对差异表达基因进行基因本体(GO)分析,以及京都基因与基因组百科数据库(KEGG)通路分析,以实时定量PCR(qRT-PCR)进行结果验证。结果 与空白对照组相比,3个剂量组受照后6 h共有308条基因差异表达2倍以上,其中61条表达上调,247条表达下调,主要涉及免疫反应、肿瘤发生等。共同差异表达基因的GO富集分析涉及细胞连接、信号转导、氧化还原及物质代谢等,共同涉及的KEGG通路包含肿瘤途径、p53信号通路和JAK-STAT信号通路、酪氨酸代谢等。通过qRT-PCR验证,凋亡增强核酸酶(AEN)和促分裂原活化蛋白激酶13(MAP3K13)基因表达结果与基因芯片结果一致。结论 不同剂量的γ射线急性照射均对比格犬外周血淋巴细胞的基因表达谱产生明显影响,共同差异表达基因涉及免疫系统、物质代谢及致癌效应等多项生物学功能及相关通路。  相似文献   

5.
目的 MicroRNA及其靶基因参与直肠癌放化疗疗效应答,本研究旨在筛选直肠癌放化疗疗效相关的microRNA及其靶基因,推动直肠癌放化疗疗效的基础研究。方法 基于PubMed数据库挖掘与直肠癌放化疗疗效相关的microRNA,结合microRNA-mRNA调控关系以及基因芯片表达谱数据,寻找与直肠癌放化疗疗效相关的靶基因。通过DAVID、IPA等工具对靶基因进行基因本体论和信号转导通路富集分析。结果 通过文本挖掘,共搜集到38个与直肠癌放化疗相关的microRNA,结合实验验证和计算机预测的microRNA-mRNA调控关系,共得到潜在的靶基因3 545个。其中,131个在基因芯片表达谱(GSE35452)中具有显著的差异表达现象(P<0.05)。基因本体论以及信号转导通路富集结果表明,这些基因与直肠放化疗疗效密切相关。结论 上述microRNA及其调控的差异表达基因参与了直肠癌放化疗疗效相关的多条信号通路,在一定程度上从生物机制的角度解释了直肠癌放化疗疗效的差异。同时,筛选出的microRNA及其靶基因也为预测直肠癌放化疗疗效的研究提供了理论依据。  相似文献   

6.
目的基于生物信息学的方法,筛选结直肠癌辐射抗性细胞中的差异表达基因,从分子水平上初步探讨与结直肠癌抗辐射相关的潜在基因。方法从基因芯片公共数据库(GEO)中下载耐辐射的结直肠癌细胞基因表达谱数据(GSE43206),并利用R语言中的limma包进行差异基因筛选。对差异基因中的编码基因分别进行基因本体论(GO)富集分析、京都基因和基因组百科全书(KEGG)通路分析以及蛋白相互作用(PPI)分析,进一步筛选出PPI网络中的关键基因。通过实时荧光定量PCR实验确定5 Gy γ射线照射后人结肠癌HCT116细胞中关键基因的mRNA相对表达水平。采用Student t-test检验进行统计学分析,P < 0.05表示差异有统计学意义。结果共筛选出101个差异基因,包含67个上调基因,34个下调基因。GO富集分析发现这些差异基因在细胞迁移、DNA复制等生物学过程中富集。KEGG通路分析证实这些差异基因主要富集在乏氧诱导因子1信号通路。通过构建PPI网络,筛选出NDRG1、PAG1、LRP1、PIM1、LDLR和PLAUR共6个与结直肠癌抗辐射相关的潜在基因。实时荧光定量PCR实验结果显示,与照射前比较,照射后人结肠癌HCT116细胞中NDRG1、PAG1、LRP1、PIM1、LDLR和NDRG1、PAG1、LRP1、PIM1、LDLR关键基因的mRNA表达量显著上升,差异均有统计学意义(t=49.981,P < 0.01;t=26.420、28.698、21.358、23.545,均P < 0.05;t=50.601,P < 0.01)。结论利用生物信息学能够快速地筛选出与结直肠癌抗辐射相关的潜在基因,且潜在基因在结直肠癌HCT116细胞中差异表达。  相似文献   

7.
目的 在建立氡染毒小鼠模型的基础上,筛选和鉴定氡染毒小鼠外周血细胞差异表达基因。方法 采用HD-3型多功能氡室对BALB/c小鼠动态吸入染毒,建立实验动物模型。按照小鼠吸入氡及其子体的累积剂量分为实验组(累积剂量105 WLM)和对照组(室内本底浓度,1 WLM)。采用RNA转录物5'末端启动机制技术(SMART)和抑制性消减杂交技术(SSH)构建正、反向消减cDNA文库,选取含有插入cDNA片段的克隆进行反向Northern杂交筛选上调或下调的阳性克隆。克隆的测序结果进行同源性检索和生物信息学分析。结果 在成功构建了消减cDNA文库基础上,挑取白斑390个,获得312个含有插入片段的单克隆,进行反向Northern杂交,分析基因的上调或下调水平。选取差异表达克隆41个进行测序及生物信息学分析,最终获得10条已知功能或有注释的差异基因片段和3条未知的表达序列标签(EST)。筛选出的差异表达基因涉及氧化损伤、细胞增殖和肿瘤发生等多方面的功能。结论 氡染毒可引起一系列基因表达的上调或下调,利用SSH技术可以筛选到氡染毒的差异表达基因,为探讨氡损伤机制提供参考。  相似文献   

8.
目的 探究miR-885-3p对结直肠癌细胞HT-29放射敏感性的影响以及作用机制。方法 荧光定量PCR检测经不同剂量(0、2、4、6、8 Gy)X射线照射后HT-29细胞中miR-885-3p的表达量;建立过表达miR-885-3p细胞株,功能试验探讨其对HT-29细胞放射敏感性的影响;生物信息学预测miR-885-3p下游调控的靶基因,双荧光素酶报告基因法进一步验证;上调和下调miR-885-3p表达量探讨miR-885-3p与靶基因丝苏氨酸蛋白激酶1(AKT1)表达量的调控关系;慢病毒转染敲减AKT1表达量,观察其对HT-29细胞放射敏感性的影响;共转染miR-885-3p模拟物,探讨过表达AKT1对miR-885-3p诱导的HT-29细胞放射敏感性的影响。结果 miR-885-3p在放射诱导的HT-29细胞中表达上调(F=46.64,P<0.05);过表达miR-885-3p和敲减AKT1可通过抑制HT-29细胞存活、促进其凋亡,从而增强HT-29细胞放射敏感性(t=12.33、12.95,P<0.05),放射增敏比(SER)分别为1.602和1.946;抑制miR-885-3p可通过促进HT-29细胞存活、抑制其凋亡从而促进HT-29细胞放射抵抗(t=11.94,P<0.05),SER为0.839;AKT1是miR-885-3p下游靶基因;过表达AKT1反转miR-885-3p增强HT-29放射敏感性的作用,SER为0.680。结论 miR-885-3p通过直接靶向AKT1增加结直肠癌HT-29细胞放射敏感性,为提高临床结直肠癌放疗敏感性提供一个靶点。  相似文献   

9.
目的 探讨重离子束照射对人淋巴细胞基因转录谱的改变。方法 人淋巴细胞Peng-EBV分别经0.1、0.5和2 Gy 56Fe17+12C6+重离子束照射后,提取各实验组细胞总RNA,利用Agilent人表达谱基因芯片进行基因转录谱的检测并筛选差异表达基因;对差异表达基因进行GO分析;利用KEGG数据库对差异表达基因进行通路分析。结果 Peng-EBV细胞系经56Fe17+12C6+重离子束照射后,0.1、0.5和2.0 Gy剂量组共同差异表达基因分别为101、199和229个。3个剂量组共同差异表达基因14个,其中,GPSM1、TSPYL5、WFDC2、LAD1等基因在两种离子束各剂量组呈现特征性差异表达。0.1和0.5 Gy剂量组涉及主要基因功能包括细胞粘连、胞外基质构建等,参与的显著性Pathway通路分别为3和6条,主要为细胞因子受体相互作用通路等。2 Gy剂量组主要基因功能包括细胞黏连、Rho蛋白信号转导调节等,参与的显著性Pathway通路3条,主要为p53信号通路等。结论 56Fe17+12C6+重离子束可诱导人淋巴细胞基因转录谱的改变,且不同剂量重离子可诱发不同的差异表达基因及通路。  相似文献   

10.
目的 分析PDLIM4(PDZ and LIM domain 4)基因与胶质瘤预后及放射敏感性的影响。方法 应用生物信息学技术对GSE53733芯片进行分析得出差异性表达基因,并使用免疫印迹法(Western blot)检测PDLIM4蛋白表达,实时荧光定量PCR、siRNA、MTT、流式细胞法检测、X射线照射等方法研究PDLIM4基因对胶质瘤预后及胶质瘤细胞照射敏感的相关性。结果 生物信息学分析结果提示PDLIM4在芯片中表达差异最明显(logFC=1.055 897, P<0.05)。通过40例胶质瘤的qPCR结果证实PDLIM4在高级别与低级别胶质瘤中差异表达(t=4.44, P<0.05),并与患者生存时间具有相关性(χ2=5.52, P<0.05),且PDLIM4基因与胶质瘤细胞的放射敏感性相关(t=35.99, P<0.05)。结论 PDLIM4基因表达水平与胶质瘤恶性程度及预后相关,并参与了细胞的X射线抵抗。  相似文献   

11.
目的研究超高剂量率照射(FLASH-RT)和常规照射(CONV-RT)对小鼠肝脏基因表达谱的影响, 为揭示FLASH-RT的潜在作用机制提供理论依据。方法将11只C57BL/6J雄性小鼠, 按照随机数字法分为健康对照组(Ctrl组)、常规照射组(CONV-RT组)和超高剂量率照射组(FLASH-RT组)。CONV-RT组和FLASH-RT组采用相应的方式对小鼠进行腹部照射, 剂量均为12 Gy, 照后将小鼠脱颈处死, 分别收集肝脏组织, 提取总RNA。通过转录组测序技术和生物信息学分析方法, 探究小鼠受照后肝脏组织基因表达谱变化。利用实时定量PCR法对3个基因(Stat1、Irf9和Rela)表达水平进行验证分析。结果 FLASH-RT组与CONV-RT组之间共发现1 762个差异表达基因(DEGs), 其中上调基因660个, 下调基因1 102个;FLASH-RT组与Ctrl组之间共发现1 918个差异表达基因, 其中上调基因728个, 下调基因1 190个;CONV-RT组与Ctrl组之间共发现1 569个差异表达基因, 其中上调基因1 046个, 下调基因523个。基因本体论(G...  相似文献   

12.
It is of great value to use bioinformatics methods to screen the core differentially expressed genes (DEGs) at different times after mouse skin and skeletal muscle wound, and to explore the relationship between them and the wound age. To this end, we downloaded the gene expression profiles of GSE140517 and GSE23006 from the NCBI-GEO gene database, used GEO2R online tools and Venn diagrams to screen out DEGs at different times and common-DEGs. The Gene Ontology (GO) analysis and Kyoto Encyclopedia of Genes and Genomes (KEGG) channel analysis were carried out through the DAVID website respectively. Use STRING tool to build a Protein-protein Interaction (PPI) network, and use Cytoscape software to screen out core DEGs. The results showed that 13, 53, 43 and 13 core DEGs were screened out in the 6 h, 12 h, 24 h and common-DEGs group after wound. There were 7 core DEGs (Cxcl2, Cxcl3, Il1b, Ptgs2, Cxcl1, Timp1, Ccl3) in both the different time point and the common DEGs group. Meanwhile, there are 1 core DEGs (Ccl4) specifically expressed in the 6 h, 29 specifically expressed core DEGs (Isg20, Rtp4, Fcgr1, Ifi44, Trim30a, etc.) in the 12 h, and 18 specifically expressed core DEGs (Ccr7, Myd88, Igsf6, Ccr2, Gpsm3, etc.) in the 24 h, there are 6 core DEGs (Ccl4, Ccl7, Saa3, Cxcl5, Ccl2, Lcn2) specifically expressed in the common-DEGs group. The results of GO and KEGG analysis showed that the deterioration and exudation of the inflammatory response were the main cause at 6 h after wound. In addition to inflammation at 12 h and 24 h, the systemic immune response against viral and bacterial infections also gradually increased. In summary, the core DEGs selected in this study have combined characteristics, consistent with the healing function at the corresponding time point, and they are also has specificity and correlation with wound age. Therefore, by detecting the changes in the expression of co-expressed core DEGs at different times after wound, as well as detecting specific expressed DEGs at a specific time point or a specific period of time, it is very promising to provide help for the wound age estimation. However, limited by the GSE140517 gene expression profile in the database, only the difference in gene expression at different times within 24 h after wound was explored, and the research on the late wound age still needs to be further in-depth.  相似文献   

13.
 

目的 应用生物信息学方法分析与胶质母细胞瘤(glioblastoma,GBM)生物学行为密切相关的关键(HUB)基因。方法 在基因表达综合数据库(gene expression omnibus, GEO)中获取GBM相关芯片数据,并利用R语言分析GBM组织与正常脑组织之间的差异表达基因;利用GO 数据库和 KEGG数据库对差异表达基因进行功能富集和注释;利用 STRING 数据库和 Cytoscape 软件构建蛋白质相互作用网络(protein-protein interaction, PPI),分析HUB基因;利用TCGA数据库分析HUB基因对胶质瘤患者预后的影响。结果 共鉴定出 628个差异表达基因,其中 87个为上调基因,541个为下调基因。生物学过程主要富集在神经递质分泌、胞外分泌的监管、化学突触传递等方面。通过不同算法的比较,最终得到19个HUB基因,HUB基因主要富集的信号通路包括逆行神经的信号通路、突触囊泡循环通路及GABA相关通路等。在HUB基因中GABRD基因表达情况与肿瘤预后显著相关。结论 DNM1、RBFOX1、GABRD等HUB基因可能在GBM的生物学过程中发挥重要作用。

  相似文献   

14.
目的 筛选电离辐射诱导的长链非编码RNA LOC102606465靶基因,探索其潜在生物学功能。方法 基因芯片检测LOC102606465下游差异表达基因(differentially expressed genes,DEGs),qRT-PCR对部分DEGs进行验证。对DEGs进行GO和KEGG功能富集分析,构建PPI蛋白互作网络,以筛选显著模块及关键枢纽基因。结果 siRNA-447和siRNA-541的LOC102606465表达量显著低于siRNA-NC,差异具有统计学意义(t=29.095、13.751,P<0.01)。siRNA-447,siRNA-541共同变化的DEGs有374个(112个上调,262个下调)。qRT-PCR验证发现DEGs表达变化趋势与基因芯片结果一致。GO富集分析发现,下调DEGs显著富集于"氧化还原酶活性作用集群"(分子功能),"基底层" (细胞组分),"铵离子代谢过程" (生物过程);上调DEGs显著富集于"蛋白磷酸酶抑制剂活性"(分子功能),"SNARE复合体" (细胞组分),"纤维蛋白溶解负调节" (生物过程)。KEGG分析发现,DEGs显著富集在外源物质细胞色素P450代谢通路,背腹轴形成信号通路,溶酶体信号通路,甘油酯代谢通路和P53信号通路。基于STRING数据库构建蛋白互作网络(包括194个节点与268个边缘),筛选出1个显著功能模块和5个关键枢纽基因ACTRT3、CDKN1A、DPYD、TMP4、PRKACB。结论 LOC102606465可能是调节电离辐射敏感性潜在的生物标志物,其表达下调在细胞响应辐射过程中发挥重要作用,并有望成为调节辐射敏感性的重要靶标。  相似文献   

15.
林启鹏  朱茜  马立伟 《武警医学》2019,30(2):124-127
 目的 比较肌萎缩侧索硬化的两种不同基因突变型(C9orf72与CHMP2B)表达谱差异来探讨该类疾病可能的发病机制及治疗靶点。方法 从GEO数据库中下载C9orf72基因突变肌萎缩侧索硬化数据集(GSE68605)及CHMP2B基因突变肌萎缩侧索硬化数据集(GSE19332)。使用R软件(3.5.0版本)、Cytoscape 3.6.1软件及在线工具(DAVID及STRING)进行数据分析。结果 从两个数据集中,获得了11个样本,其中8个为C9orf72基因突变,3个为CHMP2B基因。发现了13个差异表达基因,在GO及KEGG功能富集分析中发现仅有CALM1-3及RYR2富集在钙离子检测、通过钙离子释放的调节影响心肌的收缩功能等。其中钙调蛋白是引起C9orf72基因突变肌萎缩侧索硬化及CHMP2B基因突变肌萎缩侧索硬化差异的关键蛋白。结论 CALM基因在C9orf72基因突变肌萎缩侧索硬化患者中高表达,钙调蛋白可能是诊断及治疗C9orf72基因突变肌萎缩侧索硬化患者的重要靶点。  相似文献   

16.
Abstract

Purpose: In contrast to in vitro studies, most clinical trials testing the radiosensitivity of BRCA (Breast cancer susceptibility gene) mutations do not find a correlation between BRCA status and enhanced radiosensitivity. These trials include different ethnicities, and there is a lack of clinical data on BRCA1/2 mutation carriers and radiosensitivity in non-Caucasian patients. The goal of this study was to investigate acute skin toxicity, as a part of radiosensitivity, in breast cancer patients with BRCA1/2 mutations.

Material and methods: BRCA mutation analysis was performed for 213 patients who underwent breast-conserving therapy using radiotherapy. Skin toxicity was scored according to the Radiation Therapy Oncology Group (RTOG) criteria during treatment and during one-month follow-up after radiation therapy.

Results: Forty-six patients had BRCA1/2 mutations and 57 patients showed higher than grade 2 (RTOG) skin toxicity. In multivariate analysis, significant associations were found between mean breast volume and acute skin toxicity. BRCA mutation status, however, failed to show a significant correlation.

Conclusions: Our results indicate that carriers of BRCA1/2 mutations among non-Caucasian breast cancer patients showed no enhancement in radiation sensitivity. Multiple genetic markers may be correlated with normal tissue responses after radiotherapy. Further studies are needed to identify genetic predispositions to normal tissue responses after radiotherapy.  相似文献   

17.
目的 评价前列腺癌术后中等分割照射的急性不良反应。方法 选取2017年2月至8月,本院20例前列腺癌术后患者入组。中等分割处方剂量为盆腔45 Gy/25次,1.8 Gy/次;前列腺床62.75 Gy/25次,2.51 Gy/次。不良反应的评价采用北美放射肿瘤协作组(RTOG)急性不良反应评价标准和常见不良事件评价标准(CTCAE)4.0。结果 中位随访时间7.5个月。1例(5%)患者出现了2级急性胃肠反应;2例(10%)患者出现了2级急性泌尿反应。2例(10%)患者放射治疗期间出现了2级尿失禁,放疗后1个月恢复至0级或1级。结论 与既往常规分割照射文献相比,前列腺癌术后中等分割照射模式(2.51 Gy/次×25次)没有明显增加患者急性胃肠、泌尿系统不良反应。近期随访结果显示,没有增加患者尿失禁风险。  相似文献   

18.
目的通过GEO数据库和生物信息学分析,寻找食管鳞状细胞癌(esophageal squamous cell carcinoma,ESCC)潜在的血清学标志物,并探讨其在ESCC筛查诊断中的应用价值。方法通过GEO数据库(GSE38129)对ESCC患者癌组织和癌旁组织各30例样本进行分析,筛选出表达差异最明显的mRNA-基质金属蛋白酶1(matrix metalloproteinase 1,MMP1),并进一步通过在线基因表达谱分析工具(gene expression profiling interactive analysis,GEPIA)验证MMP1在癌组织和癌旁组织(para-cancerous tissues,PCT)的表达差异和预后的相关性。随后采用电化学发光免疫分析仪检测食管癌患者(109例)及健康人群(110例)血清样本中鳞状细胞癌抗原(squamous cell carcinoma antigen,SCC)、癌胚抗原(carcinoembryonic antigen,CEA)、细胞角蛋白19片段(cytokeratin 19 fragment antigen 21-1,CYFRA21-1)的浓度,同时双抗体夹心酶联免疫吸附法检测血清MMP1浓度。结果在GEO数据库(GSE38129)中MMP1的表达差异最为明显(logFC=4.849,P=7.90E-12)。在GEPIA数据库182例癌组织和286例癌旁样本中MMP1表达也有差异(P<0.05),生存分析显示MMP1与ESCA的总体生存率(Logrank P=0.4)和无瘤生存率(Logrank P=0.73)无关。ESCC患者血清MMP1、CEA、CYFRA21-1和SCC浓度均明显高于对照组的健康体检者(P<0.05);ESCC患者血清MMP1、CEA、CYFRA21-1和SCC浓度均随肿瘤分期升高而升高,呈正相关;血清MMP1和SCC联合检测ESCC的诊断灵敏度和特异性分别为82.13%和76.80%。结论外周血MMP1和SCC联合检测能显著提高ESCC的灵敏度与特异性,有利于ESCC的筛查诊断。  相似文献   

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