乌头汤治疗骨关节炎作用机制的网络药理学研究

目的:研究乌头汤治疗骨关节炎的作用机制,为骨关节炎的治疗提供新的方向与靶点。方法:以口服生物利用度(OB)≥30%、类药性(DL)≥0.18为指标,借助中药系统药理学数据库及分析平台(TCMSP)筛选乌头汤中川乌、麻黄、黄芪、白芍与甘草的活性成分;通过检索治疗靶点数据库(TTD)等数据库和挖掘基因表达数据库(GEO)中的芯片数据获取骨关节炎的作用靶点;利用生物学信息注释数据库(DAVID)对靶点基因进行基因本体(GO)和京都基因与基因组百科全书(KEGG)通路富集分析。结果:从乌头汤中共筛选出活性成分30个,包括槲皮素、丁子香萜、栀子醇等,与骨关节炎相关的作用靶点31个,包括β2肾上腺素能受体、花生四烯酸5-脂氧合酶、雄激素受体等。乌头汤治疗骨关节炎的生物过程与白细胞介素1受体信号转导、过氧化物酶增殖激活受体的协同激活作用、酪氨酸激酶受体2的信号转导作用等有关。乌头汤主要通过调节肿瘤坏死因子信号通路、血管内皮生长因子信号通路、破骨细胞分化信号通路、核转录因子κB信号通路、Toll样受体信号通路等发挥治疗骨关节炎的作用。结论:本研究采用网络药理学分析了乌头汤治疗骨关节炎的潜在作用机制,可为进一步研究乌头汤治疗骨关节炎的药效物质基础及作用靶点提供参考。     

当归补血汤治疗血管性痴呆作用机制网络药理学研究

目的 探讨当归补血汤治疗血管性痴呆（VD）的作用机制。方法 检索中药系统药理学数据库与分析平台（TCMSP）获取当归补血汤活性成分,预测其作用靶点,利用GeneCards、OMIM数据库获取VD的疾病靶点;采用R 3.6.1软件获得共有靶点,利用Cytoscape 3.7.2软件构建成分-共有靶点网络,并筛选核心成分;通过String数据库构建共有靶点蛋白相互作用（PPI）网络,采用R 3.6.1软件筛选核心靶点和关键靶点,对共有靶点进行基因本体论（GO）功能富集分析和京都基因与基因组百科全书（KEGG）通路富集分析;采用AutoDock Vina 1.1.2软件对核心成分与关键靶点进行分子对接。结果 共获得当归补血汤活性成分22个（当归2个、黄芪20个）,作用靶点142个,疾病靶点3 414个,共有靶点81个。成分-共有靶点网络共获得毛蕊异黄酮、芒柄花素、异鼠李素等7个核心成分。PPI网络分析共获得丝氨酸/苏氨酸蛋白激酶1(AKT1)、雌激素受体1、过氧化物酶体增殖物激活受体γ(PPARγ)等10个核心靶点,以及AKT1、血红素加氧酶1(HMOX1)、丝裂原活化蛋白激酶8(MAPK8...     

基于网络药理学的三黄汤治疗湿疹作用机制研究

目的：基于网络药理学方法并结合体外THP-1巨噬细胞炎症模型预测三黄汤治疗湿疹的有效成分及可能作用机制。方法：采用中药系统药理数据库和分析平台（TCMSP）筛选三黄汤中的活性化学成分,通过GeneCard数据库查找化合物与湿疹共有靶点;采用Cytoscape软件构建“成分-靶点-疾病”网络,利用STRING数据库进行蛋白互作（PPI）网络分析,用DAVID数据库进行基因功能注释分析（GO）和信号通路富集分析（KEGG）,预测三黄汤治疗湿疹的作用机制。使用PMA联合脂多糖（LPS）刺激THP-1细胞,同时三黄汤干预,荧光定量（qRT-PCR）、酶联免疫吸附（Elisa）分别检测细胞炎症因子表达,蛋白质印迹法（Western blot）检测相关蛋白表达。结果：共筛选出42个活性化合物,74个共有靶点,分析出91条生物过程,包括细胞因子受体结合、受体配体活性、受体调节活性、转录因子活性调节序列特异性DNA结合、核受体的活动、辅因子结合等。密切相关的通路有AGE-RAGE信号通路、TNF信号通路、IL-17信号通路、Toll样受体信号通路、人巨细胞病毒感染、C型凝集素受体信号通路、Th17细胞...     

基于网络药理学探讨栀子豉汤治疗抑郁、焦虑和失眠的作用机制

目的 基于网络药理学方法探讨栀子豉汤治疗抑郁、焦虑和失眠的作用机制.方法 筛选栀子豉汤活性成分;通过PharmMapper和CTD获取成分对应的靶点;将成分靶点与TTD、OMIM、DrugBank、CTD、Gene-Cards、DisGeNET数据库中获取的抑郁、焦虑和失眠疾病靶点分别取交集,将交集靶点分别导入Stri...     

基于网络药理学探讨调神攻坚汤治疗肝纤维化的作用机制

目的 基于网络药理学研究方法探讨调神攻坚汤治疗肝纤维化的作用机制。方法 检索 TCMSP 和BATMAN-TCM数据库得到调神攻坚汤的有效活性成分及其相关作用靶点；并与检索OMIM和Genecards数据库得到的肝纤维化疾病作用靶点利用R语言筛选共同靶点；通过STRING数据库构建靶点间的蛋白互作PPI网络，随后利用Metascape平台进行GO功能和KEGG通路富集分析；利用 Cytoscape 3.7.2软件构建“中药-活性成分-疾病”靶点网络图，并经Cytohubba插件的MCC算法筛选出核心蛋白；再将其导入Genecards数据库中获得亚细胞分布。结果 通过筛选共计获得调神攻坚汤有效活性成分166个，作用靶点596个；经匹配后此方剂治疗肝纤维化的潜在靶点为193个；其中核心包括FN1、MMP2、TNF、IL-6、STAT3、CTNNB1等；GO以及KEGG分析显示调神攻坚汤可能通过调控炎症反应、脂质代谢、细胞凋亡等生物学过程治疗肝纤维化，并且涉及HIF-1、Foxo、PPAR等细胞信号转导通路。结论 通过网络药理学方法初步验证调神攻坚汤治疗肝纤维化是一个“多组分-多靶点-多通路”的过程，并预测其潜在作用机制，为后续临床及基础研究提供理论依据。     

基于网络药理学研究小柴胡汤治疗肝癌的机制

目的:运用网络药理学研究小柴胡汤治疗肝癌的机制.方法:通过中药系统药理学分析平台(TCMSP)筛选小柴胡汤的活性成分及靶点;检索GeneCards和OMIM数据库获取肝癌靶点;采用交集法获得小柴胡汤与肝癌的相关靶点,并对交集靶点进行网络拓扑分析、GO和KEGG富集分析.结果:小柴胡汤中筛选得到214个活性成分和药物靶点...     

基于网络药理学研究二仙汤治疗乳腺癌的作用机制

目的:利用网络药理学方法,探讨二仙汤治疗乳腺癌的潜在作用机制.方法:从中药系统药理学数据库与分析平台(traditional Chinese medicine systems pharmacology database and analysis platform,TCMSP)收集二仙汤药物的活性成分和其作用靶点,运用G...     

基于网络药理学的四君子汤治疗胃炎的作用机制研究

目的通过网络药理学预测四君子汤治疗胃炎的主要活性成分和作用靶点,探讨其多成分-多靶点-多通路的潜在作用机制。方法通过中医药系统药理学数据库和分析平台(TCMSP)数据库收集四君子汤及其中4味中药党参、白术、茯苓、甘草的化学成分,经口服吸收率(OB)、类药性(DL)、半衰期(HL)3个条件筛选得到药物的有效成分,通过SwissTargetPrediction数据库进行有效成分靶点预测;同时从TTD、Drugbank和DisGeNET数据库对胃炎的靶点进行检索及筛选;成分靶点与疾病靶点映射后使用Cytoscape 3.2.1软件构建药物有效成分-靶点蛋白相互作用网络,使用String数据库绘制靶点蛋白-靶点蛋白相互作用网络;对靶点蛋白利用DAVID数据库进行GO分析和KEGG分析,构建核心有效成分-核心靶点-代谢通路网络图。结果从四君子汤中筛选出68个化学成分,涉及治疗胃炎的10个靶点;GO分析结果表明其涉及单孢素代谢过程、杂环代谢过程、药物代谢过程、药物分解过程、类固醇代谢过程等9个生物过程,涉及氧结合、单加氧酶活性、氧化还原酶活性等10个分子功能,包括细胞器膜、内质网膜等6个细胞组成;KEGG分析结果表明其可能通过药物代谢-细胞色素P450、亚油酸代谢、细胞色素P 450对外源性物质代谢的影响、神经活性配体与受体的相互作用、化学致癌、类固醇激素生物合成、视黄醇代谢7个信号通路治疗胃炎。结论四君子汤通过多靶点、多通路治疗胃炎,为今后分子机制的研究奠定一定的基础。     

基于网络药理学独活寄生汤治疗膝骨关节炎的分子机制

目的运用网络药理学分析独活寄生汤治疗膝骨关节炎的可能的作用机制。方法在TCMSP平台内检索独活寄生汤的生物活性成分并根据研究需要进行筛选,同时在GeneCards数据库中检索膝骨关节炎的靶点;运用Cytoscape软件构建“药物—成分—靶点—疾病”复杂网络关系图;同时构建韦恩图,得到独活寄生汤治疗膝骨关节炎的作用靶点;构建PPI网络,使用Network Analyzer进行网络特征分析;并进行基因本体(GO)功能注释和东京基因组百科全书(KEGG)通路富集分析。结果共探索出独活寄生汤中的有效活性成分154种,潜在靶点130个,膝骨关节炎疾病靶点1878个,得到共同靶点63个。这些共同作用靶点主要富集于68个生物过程和117条信号通路上。结论独活寄生汤可能是通过调节IL6、VEGFA、ALB、EGFR、CASP3、MAPK8、MYC等靶点,调控AGE-RAGE signaling pathway in diabetic complications、TNF signaling pathway及Apoptosis来抑制炎症反应、调控细胞凋亡来治疗膝骨关节炎。     

基于网络药理学的黄芩汤治疗溃疡性结肠炎的潜在机制研究

利用网络药理学和系统生物学方法探究黄芩汤治疗溃疡性结肠炎(ulcerative colitis, UC)分子机制。从中药系统药理学分析平台TCMSP挖掘黄芩汤中4味中药相关的化学成分和作用靶点;通过OMIM数据库、TTD数据库以及GeneCard数据库筛选UC的预测靶点。利用Cytoseape_v3.7.1软件构建化合物-靶点网络;基于STRING数据库,构建黄芩汤治疗UC靶点互作网络,根据拓扑学参数筛选黄芩汤治疗UC的核心靶点。利用Bioconductor中的R包clusterprofile version 3.12.0对疾病与药物交集靶点进行GO (gene ontology)生物学过程富集分析和KEGG (KEGG pathway analysis)通路注释分析。结果发现,黄芩汤化合物-UC靶点网络包含128个化合物和相应靶点141个,核心靶点涉及AKTI、IL6、PTGS2、IL10、IL1β等。GO功能富集分析得到151个GO条目, KEGG富集筛选得到33条和UC有关通路,主要涉及PI3K-AKT信号通路、NF-κB信号通路、TNF信号通路、Toll样受...     

基于网络药理学和分子对接技术探讨自拟“清瘟汤”治疗新型冠状病毒肺炎的机制

目的利用中药网络药理学和分子对接技术,探讨清瘟汤作用靶标与新型冠状病毒(SARS-CoV-2)之间的关联以及多成分、多靶标的治疗机制。方法通过建立化学成分、靶点,筛选主要活性成分和靶标,用Cytoscape软件构建和分析网络,使用String对靶标进行GO及KEGG功能富集分析,采用Autodock软件对“清瘟汤”(QWT)主要活性成分与SARS-CoV-2的3C类似蛋白酶(3CLpro)和血管紧张素转换酶2(ACE2)蛋白进行分子对接。结果QWT中共有172个活性成分涉及480个靶标,其中大多数中药归胃经、肺经和脾经,27个活性成分(琥珀酸、香豆素、γ-氨基丁酸、谷氨酰胺、槲皮素、山柰酚、脯氨酸、赖氨酸、木犀草素、色氨酸、L-缬氨酸、胆碱、芹菜素、β-谷固醇、苯丙氨酸、丙氨酸、水杨酸、DL-缬氨酸、羽扇豆酚、腺苷、谷氨酸、熊果酸、大黄素、异鼠李素、黄豆苷元、柠檬酸、阿魏酸)与靶标关系最密切;QWT关键靶点涉及CASP3,CYP1A1,JUN,TP53,HMOX1,ICAM1,FOS,PPARG,CXCR4,SRC,TYR,B2M,MMP9,RPS27A,PSMD3,NPEPPS,CNDP2,TNF,AKT1,APP,NPY1R,CTSS,PTGER3,GGCT,UBB,HLA-A,PTGS2,CXCL8,FUM,PSMC4等,重要靶标富集在感染性疾病、肺部疾病和免疫性疾病三大类疾病通路上,GO分类和KEGG通路富集主要调控抗炎、免疫、血管生成、钙通道等相关。分子对接结果显示,槲皮素、芹菜素、熊果酸、异鼠李素、羽扇豆酚与3CLpro和ACE2蛋白具有一定的亲和力。结论QWT中的活性化合物主要作用于CASP3,CYP1A1,JUN,TP53,HMOX1等靶点,其中有5种化合物可与SARS-CoV-2的2种主要蛋白进行分子对接,QWT总体通过调节多条信号通路,从而可能产生抗SARS-CoV-2作用。     

基于网络药理学探讨玫瑰花抗炎的作用机制

目的 基于网络药理学预测玫瑰花抗炎的活性成分和作用靶点。方法 通过中医药综合数据库（TCMID）和中药系统药理学数据库（TCMSP）检索玫瑰花的所有化学成分,并筛选玫瑰花的活性化学成分;然后通过TCMSP数据库和BATMAN-TCM数据库,查找活性化合物的作用靶点;使用Cytoscape 3.6.1软件构建“活性成分-靶点-疾病”复杂网络关系图;运用生物学信息注释数据库（DAVID）进行基因本体（GO）功能富集分析和KEGG通路富集分析研究其抗炎的作用机制。结果 共检索出121个化合物,其中7个化合物作为活性化合物;共检索出197个作用靶点;通过网络拓扑特征评价筛选出45个潜在作用靶点,利用DAVID数据库,筛选出66个生物过程和18条信号通路参与玫瑰花抗炎的作用。而与玫瑰花抗炎最为密切的信号通路包括NF-κB、TNF、MAPK等,同时其主要涉及的生物过程包括I-κB激酶/NF-κB信号通路的正调控、NF-κB转录因子活性的正调控、依赖TRIF的Toll样受体信号通路等。结论 本研究初步揭示了玫瑰花抗炎的潜在靶点、涉及的生物过程及信号通路,发现其具有多成分、多靶点、多通路的特点,为进一步的研究奠定了基础。     

基于网络药理学和实验验证探讨肉桂抗抑郁的作用机制

目的 基于网络药理学方法探讨肉桂治疗抑郁症的作用机制,并根据结果进行实验验证。方法 利用中药系统药理学数据库分析平台(TCMSP)及肉桂活性成分相关文献对肉桂的潜在活性成分进行筛选,并对筛选所得活性成分进行作用靶点预测;通过DisGeNet数据库获得抑郁症的疾病靶点;通过STRING数据库构建蛋白相互作用网络;通过DAVID数据库对关键靶点进行基因本体(GO)富集分析、京都基因与基因组百科全书(KEGG)通路富集分析。基于网络药理学结果,将肉桂油制成固体自微乳作为试药,建立慢性不可预知温和应激(chronic unpredictable mild stress,CUMS)抑郁小鼠模型,通过测定小鼠神经递质和炎症因子的表达水平进行实验验证。结果 通过筛选共得到22种有效成分和186个潜在作用靶点,GO富集分析共得到GO条目275条,其中生物过程222条,细胞组成18条,分子功能35条。KEGG富集共得到96条信号通路。网络药理学结果表明,肉桂抗抑郁的作用机制与神经递质及炎症反应有关。动物实验结果表明,肉桂油固体自微乳可改善由CUMS造成的海马损伤,使海马内神经元排列整齐、细胞结构完整,同时肉桂油中剂量组有效提高了CUMS小鼠脑内5-羟色胺(5-hydroxytryptamine,5-HT)、NE、DA表达水平(P<0.05),降低了血清中IL-6、IL-1β、TNF-α的表达(P<0.05)。动物实验结果与网络药理学结果一致。结论 肉桂的抗抑郁活性具有多成分、多靶点及多途径的特点,调节神经递质及炎症因子表达水平是其发挥作用的重要途径,为肉桂抗抑郁作用机制的深入研究提供了依据。     

基于UHPLC-Q-Exactive Orbitrap MS和网络药理学探讨归脾丸抗焦虑作用机制

目的 阐明归脾丸中的化学成分,并初步探究其抗焦虑作用机制。方法 采用超高效液相色谱-四极杆-静电场轨道阱高分辨质谱(UHPLC-Q-Exactive Orbitrap MS)技术对归脾丸中化学成分进行准确定性,并结合网络药理学和分子对接分析归脾丸抗焦虑的重要成分、关键靶点及通路。结果 鉴定出苯丙素类、黄酮及其苷类、萜类及其苷类、生物碱类、有机酸类、挥发油类、寡糖酯类、氨基酸类、其他类等9类共116种化合物,网络药理学和分子对接深入挖掘得到归脾丸抗焦虑的9个重要成分、10个核心靶点和15条焦虑症相关信号通路。结论 预测归脾丸可能通过调节5-HT、GABA等神经递质的水平,HPA、HPG等内分泌系统以及降低炎症因子的表达发挥抗焦虑作用,充分体现了多成分、多靶点、多通路协同作用发挥抗焦虑作用的特点。     

基于网络药理学探讨枳实薤白桂枝汤治疗肺栓塞的作用机制

目的:基于网络药理学方法对枳实薤白桂枝汤进行研究,探讨其治疗肺栓塞的作用机制.方法:根据药物成分的体内过程[吸收(absorption)、分布(distribution)、代谢(metabolism)及排泄(excretion),ADME]属性,通过中药系统药理学数据库和分析平台(traditional Chinese...     

基于网络药理学的芹菜子活性成分抗肝纤维化作用机制研究

目的 构建芹菜子活性成分-作用靶点网络和蛋白相互作用网络,对靶点涉及的功能和通路进行分析,初步探讨芹菜子抗肝纤维化的作用机制。方法 通过中药系统药理学分析平台（TCMSP）、文献挖掘和笔者所在实验室已有研究获取芹菜子主要活性成分,SwissTargetPrediction平台和BATMAN-TCM数据库获取成分靶点,利用GeneCards和OMIM数据库预测和筛选肝纤维化相关的作用靶点。采用Cytoscape软件构建活性成分-作用靶点网络,String数据库和Cytoscape软件绘制蛋白相互作用网络。采用生物学信息注释数据库（DAVID）对靶点进行基因本体（GO）分类富集分析及京都基因与基因组百科全书（KEGG）代谢通路富集分析,结合相关文献分析芹菜子抗肝纤维化的作用机制。结果 筛选得到芹菜子17个活性成分,涉及69个作用靶点。网络分析结果表明,芹菜子主要涉及胶原蛋白分解代谢、炎症反应和胆固醇合成等生物过程,通过调节TGF-β1、NF-κB和PI3K/AKT等信号通路来发挥抗肝纤维化作用。结论 本研究体现了芹菜子多成分-多靶点-多途径的作用特点,其所作用的多条信号通路均存在直接或间接关联性,为进一步研究提供了新思路和新方法。     

基于网络药理学的“黄芪-当归”药对抗肾纤维化的作用机制研究

目的 基于网络药理学的方法探讨“黄芪-当归”药对抗肾纤维化(renal fibrosis,RF)的作用机制。方法 基于中药系统药理学技术平台(TCMSP)检索并筛选“黄芪-当归”药对的潜在活性成分,结合SwissTargetPrediction数据库,获得潜在活性成分所对应的作用靶点,并与通过GeneCards和OMIM数据库检索获得的RF相关靶点进行映射,获得“黄芪-当归”药对抗RF的潜在作用靶点,对得到的靶点通过STRING数据库构建蛋白-蛋白相互作用(protein-protein interaction,PPI)网络,并筛选核心靶点和Hub靶点;利用DAVID数据库对核心靶点进行基因本体论和KEGG通路富集分析,通过构建“药对-活性成分-核心靶点-通路”网络,并利用分子对接技术对关键靶点和化合物的相互作用进行验证,系统阐释“黄芪-当归”药对抗RF的作用机制。结果 基于TCMSP和SwissTargetPrediction数据库,共获得“黄芪-当归”药对60个潜在活性成分和763个作用靶点,通过与RF相关靶点进行映射,获得352个交集靶点。通过构建PPI网络并进一步筛选,获得“黄芪-当归”药对抗RF的30个核心靶点和9个Hub靶点,包括MMP9、IL6、EGFR、CASP3、MMP2等。核心靶点KEGG分析结果表明“黄芪-当归”药对可能通过TNF、ErbB、FoxO、MAPK、PI3K-Akt、HIF-1等与炎症、免疫相关的信号通路而发挥抗RF的作用。将关键活性成分和靶点进行分子对接,提示活性成分与靶点间具有较好的结合活性。结论 本研究初步明确了“黄芪-当归”药对多成分、多靶点、多通路抗RF的复杂过程,为系统研究其抗RF的药效物质基础及作用机制奠定基础。     

基于网络药理学的清爽膏治疗银屑病的作用机制研究

目的:探讨清爽膏治疗银屑病的药效物质基础及其作用机制.方法:通过网络药理学方法,借助于中药系统药理学数据库与分析平台检索清爽膏中3味中药的活性化合物和作用靶点,通过GeneCards数据库检索银屑病的相关靶点,构建韦恩图,得到清爽膏治疗银屑病的作用靶点,应用Cytoscape 3.7.0软件构建"药物-化合物-靶点"网...     

基于网络药理学探讨甘露消毒汤治疗新型冠状病毒肺炎的作用机制

目的:基于网络药理学的研究方法,探讨甘露消毒汤治疗新型冠状病毒肺炎(COVID-19)的可能机制.方法:采用SPSS Clementine 12.0软件对甘露消毒汤中所有药材的性味归经进行网络关联规则分析;通过中药系统药理学数据库和分析平台、中药系统药理学成分分析平台、中医药综合数据库等数据库,获取甘露消毒汤的活性成分...