基于网络药理学和细胞实验探讨杜仲+续断药对治疗骨质疏松症的作用机制

目的 探讨杜仲+续断药对治疗骨质疏松症(osteoporosis, OP)的作用机制。方法 从TCMSP、BATMAN-TCM平台检索及查阅文献获得杜仲+续断的活性成分。于GeneCards、OMIM查询OP相关基因。Cytoscape3.7.2软件构建化合物-靶点网络,STRING在线网站构建蛋白相互作用网络,在DAVID进行GO和KEGG富集分析。成骨细胞增殖、碱性磷酸酶表达和矿化结节形成实验检测杜仲+续断协同增效作用。Western blot法检测杜仲+续断对BMP2和Wnt信号通路相关蛋白表达的影响。结果 获得活性成分杜仲44个,续断17个,杜仲+续断与OP交集靶点80个。GO富集分析得到52个生物过程、8个细胞组成、16个分子功能。KEGG通路富集分析得出6条主要信号通路。杜仲、续断显著促进成骨细胞增殖、碱性磷酸酶表达和矿化结节形成(P<0.01),杜仲主要调节Wnt信号通路(P<0.05或P<0.01),续断激活BMP2信号通路更显著(P<0.01),杜仲+续断作用显著提高(P<0.01)。结论 杜仲、续断物质基础不同,但治疗OP作用的主要靶点...     

基于网络药理学的羌活-独活药对抗炎作用机制研究

目的:预测羌活-独活药对抗炎活性成分及其作用机制。方法:根据口服生物利用度≥30%和类药性≥0.18的原则分别筛选羌活、独活的活性成分,通过中药系统药理学分析平台(TCMSP)对羌活、独活的潜在作用靶点进行预测和筛选,然后以"Anti-inflammatory"为关键词在人类基因数据库Genecards中检索炎症相关靶基因,并与羌活、独活中活性成分靶基因映射筛选出共同靶点,再利用Cytoscape 3.5.1软件建立活性成分-靶点网络。将筛选得到的靶点在相互作用基因/蛋白质搜索工具平台STRING V 10.5构建其靶蛋白相互作用(PPI)网络,并进行京都基因与基因组百科全书(KEGG)信号通路和基因本体(GO)富集分析,以研究其抗炎机制。结果:从羌活、独活药对中共筛选得到香豆素、β-谷甾醇、欧前胡素、紫花前胡苷等15个活性成分,作用于转录因子AP-1、磷脂酰肌醇激酶3r亚基、雌激素受体等49个靶点,主要涉及乙型肝炎、细胞凋亡等19条信号通路,参与炎症反应调节、前列腺素类生物合成等47个生物过程。结论:预测了羌活-独活药对活性成分多靶点、多通路、多生物过程的抗炎机制,为其进一步的抗炎机制研究指明了方向。     

基于网络药理学的当归 白芍药对作用机制研究

摘 要 目的：运用网络药理学方法研究当归 白芍药对药效成分的分子作用机制,探讨其多成分 多靶点的作用机理。 方法: 依托中药系统药理学分析平台(TCMSP),结合已有研究结果及文献报道,筛选出当归、白芍中主要的药效活性成分及其作用靶点,采用Cytoscape软件构建成分 靶点网络及蛋白 蛋白相互作用(PPI)网络,采用ClueGO及reactome FI对所预测的核心靶点进行基因功能和通路富集分析。 结果: 以口服生物利用度(OB)≥30%,类药性(DL)≥0.05为筛选条件,结合已有研究结果,选择当归、白芍中共30个化合物为候选成分进行靶点和通路的筛选,共检索出125个作用靶点,其中在String数据库中分值高于0.9的核心靶点有106个,基因功能涉及脂类代谢、血液循环、DNA转录、细胞内信号调节、腺体发育及氨基酸代谢等方面,核心靶点主要通过影响信号转导、免疫系统、代谢过程、基因表达、神经元系统、程序性细胞死亡等多途径发挥药效作用。 结论: 本研究结果提示了当归 白芍药对的基本药理作用和作用机制,为进一步的实验验证奠定了基础,为阐释其配伍机理及作用机制提供了参考依据。     

基于网络药理学的菟丝子-枸杞子药对治疗卵巢早衰的作用机制研究

目的:探讨菟丝子-枸杞子药对治疗卵巢早衰的潜在作用机制。方法:利用中药系统药理学数据库与分析平台(TCMSP)、GenenCards和OMIM数据库获得菟丝子-枸杞子药对活性成分及卵巢早衰的相关靶点,利用Venn在线工具筛选两者的交集基因,并采用Cytoscape 3.7.0软件构建活性成分-靶点网络和靶点间蛋白-蛋白相互作用(PPI)网络;通过DAVID数据库对交集基因进行基因本体(GO)富集分析和KEGG通路富集分析,最终构建活性成分-靶点-关键通路网络。结果:筛选出菟丝子-枸杞子药对活性成分42个,成分及疾病靶点231、1 913个,节点度值排名靠前的化合物有槲皮素、山柰酚、β-谷甾醇、异鼠李素、黄豆黄素、豆甾醇和芝麻素等。活性成分靶点与卵巢早衰疾病靶点的交集基因共149个,交集基因的PPI网络共包含节点149个、边2 970条,平均节点度值为39.9,平均介数值为0.005 4。GO分析结果显示,上述交集基因的分子功能主要包括蛋白结合、酶结合等,生物过程主要涉及促进RNA聚合酶Ⅱ启动子转录、促进DNA转录等,细胞组分主要包括细胞核、细胞质等,信号通路主要涉及癌症信号通路、乙型肝...     

基于网络药理学探讨山慈菇-皂角刺药对治疗肺癌的作用机制

目的:基于网络药理学的研究方法,探讨山慈菇-皂角刺药对治疗肺癌的作用机制.方法:通过中药系统药理学数据库与分析平台检索山慈菇和皂角刺的药物活性成分,收集其作用靶点,通过Uniprot数据库将收集的靶点进行"蛋白-基因名"转换;对于肺癌疾病的靶点,通过人类孟德尔遗传综合数据库、GeneCards数据库筛选与肺癌相关的基因...     

采用网络药理学研究黄芪-葶苈子药对治疗心力衰竭的作用机制

目的:探索黄芪-葶苈子药对治疗心力衰竭的可能作用机制。方法:采用网络药理学方法。基于类药性和口服生物利用度,通过中药系统药理学数据库分析平台、GeneCards和OMIM数据库、反向分子对接服务器,筛选出黄芪-葶苈子药对治疗慢性心力衰竭的活性成分,并预测其作用靶标;采用Cytoscape 3.6.0软件绘制出黄芪-葶苈子药对的活性成分-慢性心力衰竭作用靶标网络;通过STRING数据库制作靶标相互作用网络,筛选连接度排名前5的靶标,在分子对接服务器中进行分子对接;最后在生物学信息注释数据库中进行基因本体(GO)生物过程分析、京都基因与基因组百科全书(KEGG)通路富集分析。结果:本研究共预测得到28个活性成分,其中黄芪20个、葶苈子12个,包括山柰酚、槲皮素等,有4个成分为二者共有;得到活性成分的作用靶标92个,包括热休克蛋白90α(HSP90AA1)、酪氨酸蛋白激酶SRC基因等;GO生物过程结果显示与线粒体电子传递、线粒体内膜、胞质溶胶、胞外体、线粒体基质、药物反应等相关,KEGG通路富集分析结果显示主要涉及丝裂原活化蛋白激酶(MAPK)信号通路、转化生长因子(TGF)信号通路、磷脂酰肌醇3激酶(PI3K)信号通路、环磷酸腺苷(c AMP)信号通路、蛋白激酶B信号通路、细胞外信号调节激酶1(EPK1)信号通路、核转录因子κB(NF-κB)信号通路等方面。结论:黄芪-葶苈子药对可通过上述HSP90AA1、SRC等多靶点及线粒体电子传递、MAPK信号通路等多通路来治疗慢性心力衰竭;本研究为进一步深入探讨该药对作用的物质基础以及作用机制提供了参考。     

基于网络药理学探讨黄芩-荆芥药对治疗激素依赖性皮炎的作用机制

目的 基于网络药理学的方法探讨黄芩-荆芥药对治疗激素依赖性皮炎的作用机制。方法 通过TCMSP数据库筛选出黄芩、荆芥的活性成分及其靶点;通过GeneCards数据库筛选激素依赖性皮炎的潜在靶点;采用Cytoscape 3.7.2软件构建“药物-活性成分-靶点-疾病”网络图;将整合后的黄芩-荆芥药对治疗激素依赖性皮炎的靶点导入STRING数据库构建蛋白质-蛋白质相互作用（PPI）网络图,并通过R语言软件对关键靶点进行GO和KEGG富集分析。结果 黄芩主要活性成分31种,其对应靶点53个;荆芥主要活性成分9种,其对应靶点93个。激素依赖性皮炎相关靶点2 262个。三者共同靶点25个。PPI网络分析黄芩-荆芥药对治疗激素依赖性皮炎主要靶点有B淋巴细胞瘤-2基因（BCL-2）、白细胞介素6(IL-6)、缺氧诱导因子（HIF-1α）、血管内皮细胞生长因子A(VEGFA)等。GO功能富集分析得到GO条目1 202个,KEGG通路富集分析得到信号通路112条,其中磷脂酰肌醇-3激酶（PI3K）-蛋白激酶B(Akt)信号通路及缺氧诱导因子1α(HIF-1α)信号通路为重要通路。结论 黄芩-荆芥药对治疗...     

基于网络药理学的大黄-桃仁药对治疗肝硬化作用机制初探

目的 通过网络药理学方法探讨大黄-桃仁药对治疗肝硬化的潜在作用机制。方法 从中药系统药理学数据库与分析平台（TCMSP）中筛选大黄-桃仁药对的活性成分,通过蛋白质数据库（Uniprot）获得各活性成分的潜在靶点,利用TTD、GeneCards、PharmGkb、DrugBank及OMIM数据库获得肝硬化作用靶点。采用Cytoscape 3.7.2软件构建大黄-桃仁药对活性成分-肝硬化-靶点网络模型,利用String平台绘制蛋白相互作用（PPI）网络。通过R studio软件、Bioconductor软件等平台分析筛选出的靶蛋白,获得基因本体论（gene ontology,GO）富集分析和京都基因与基因组百科全书（Kyoto encyclopedia of genes and genomes,KEGG）富集分析结果,取前30条大黄-桃仁药对治疗肝硬化的信号通路。结果 得到符合条件的大黄-桃仁药对药对活性成分29个,β-谷甾醇、常春藤皂苷、芦荟大黄素与泽兰黄醇素等为主要有效成分,作用于肝硬化的22个潜在靶点,从PPI网络得到TP53、MAPK3、HSP90等9个关键靶点,富集分析结果发现大黄-桃仁药对治疗肝硬化的相关生物过程主要包括干预调控血管系统的生成发育、上皮细胞增殖、脂质代谢、氧化应激等,通过影响癌症中的microRNAs（miRNAs）表达、PI3K-Akt信号通路、肝细胞癌以及乙型肝炎进程等发挥治疗肝硬化的作用。结论 大黄-桃仁药对通过调控血管系统生成发育、上皮细胞增殖、脂质代谢等对肝硬化起到直接或间接的治疗作用,其可能作用机制包括癌症中的miRNAs表达、PI3K-Akt信号通路等。     

乌头汤治疗骨关节炎作用机制的网络药理学研究

目的:研究乌头汤治疗骨关节炎的作用机制,为骨关节炎的治疗提供新的方向与靶点。方法:以口服生物利用度(OB)≥30%、类药性(DL)≥0.18为指标,借助中药系统药理学数据库及分析平台(TCMSP)筛选乌头汤中川乌、麻黄、黄芪、白芍与甘草的活性成分;通过检索治疗靶点数据库(TTD)等数据库和挖掘基因表达数据库(GEO)中的芯片数据获取骨关节炎的作用靶点;利用生物学信息注释数据库(DAVID)对靶点基因进行基因本体(GO)和京都基因与基因组百科全书(KEGG)通路富集分析。结果:从乌头汤中共筛选出活性成分30个,包括槲皮素、丁子香萜、栀子醇等,与骨关节炎相关的作用靶点31个,包括β2肾上腺素能受体、花生四烯酸5-脂氧合酶、雄激素受体等。乌头汤治疗骨关节炎的生物过程与白细胞介素1受体信号转导、过氧化物酶增殖激活受体的协同激活作用、酪氨酸激酶受体2的信号转导作用等有关。乌头汤主要通过调节肿瘤坏死因子信号通路、血管内皮生长因子信号通路、破骨细胞分化信号通路、核转录因子κB信号通路、Toll样受体信号通路等发挥治疗骨关节炎的作用。结论:本研究采用网络药理学分析了乌头汤治疗骨关节炎的潜在作用机制,可为进一步研究乌头汤治疗骨关节炎的药效物质基础及作用靶点提供参考。     

基于网络药理学及分子对接探讨枳实-杏仁药对治疗便秘的作用机制

目的：利用网络药理学及分子对接探讨枳实-杏仁药对治疗便秘的作用机制。方法：在中药系统药理学数据库与分析平台、GeneCards、OMIM、PharmGKB、TTD、DrugBank、R软件4.1.1、STRING和Cytoscape 3.8.2等平台筛选药对有效成分与便秘的共有靶点、绘制蛋白质-蛋白质相互作用网络图,从而得出主要有效成分和核心共有靶点。再利用Autodock软件将最终获得的药对主要成分与便秘疾病核心共有靶点进行分子对接,通过两者的关联性及结合亲密度分析枳实-杏仁药对治疗便秘的作用机制。结果：枳实-杏仁药对主要包含41个活性成分,对应82个靶点;获得便秘靶点1 526个,药对对应靶点与便秘作用靶点相互匹配后,最后取得60个共有靶点;药对有效成分进一步筛选后最终得到33个有效成分。枳实-杏仁药对中的木犀草素、甘草酚等活性成分作用于便秘疾病丝裂原激活的蛋白激酶1、糖原合成酶激酶3β等靶点蛋白,并通过干预磷脂酰肌醇3激酶-蛋白激酶B、雌激素信号等信号通路发挥作用。分子对接显示,有效成分与共有靶点的结合效果较好。结论：本研究为进一步探讨枳实-杏仁药对治疗便秘提供了理论参考。     

基于网络药理学的“柴胡-黄芩”药对干预足细胞病变作用机制探索

目的:预测辛通畅络法载体——复方肾苏Ⅱ之君药“柴胡-黄芩”药对干预足细胞病变的可能作用靶点与机制,为辛通畅络法防治足细胞病变序贯临床和基础研究的开展提供参考。方法:基于中药系统药理学技术平台(TCMSP)数据库,检索柴胡、黄芩化学成分及其对应靶点蛋白,借助Cytoscape 3.2.1软件绘制“中药-成分-靶点”网络图。在OMIM数据库、DrugBank数据库及DigSee在线文本中检索足细胞病变相关靶点,利用Venny 2.1.0在线作图工具获取其与“柴胡-黄芩”作用靶点的交集基因。分别应用STRING数据库及Cytoscape 3.2.1软件的“CytoNCA”插件构建交集基因蛋白质-蛋白质相互作用关系(PPI)网络图并进行拓扑学分析,获取核心预测靶点。借助DAVID数据库对交集基因进行基因本体(GO)功能注释及京都基因与基因组百科全书(KEGG)通路富集,并通过OmicShare Tools在线作图平台实现富集结果的可视化。结果:基于TCMSP数据库检索结果,获得有对应靶点的活性成分44种,其中柴胡13种、黄芩32种,豆甾醇为两者共有成分;潜在作用靶点较多的化合物为槲皮素、山柰酚、汉黄芩素等;节点度值较高靶点蛋白为前列腺素内过氧化物合酶2(PTGS2)、PTGS1、核受体共激活因子2、热休克蛋白90α等,分别与37、30、25、25个活性成分相关联。获取“柴胡-黄芩”作用靶点与足细胞病变相关靶点交集基因20个,包括PTGS2、VEGFA、MMP9、TNF、IL6等。上述交集基因的PPI网络图共包含节点20个、连线110条,MMP9、VEGFA、IL6等基因处于核心位置。GO分析结果显示,共获得生物信息条目154个(P<0.05),包括生物过程条目139个、细胞组成条目8个、分子功能条目7个。其中,生物过程主要涉及一氧化氮生物合成过程的正调控、炎症反应、免疫反应等,细胞组成主要涉及细胞外间隙、胞外区、质膜外侧等,分子功能主要涉及蛋白质结合、细胞因子活性、生长因子活性等。同时,获得KEGG通路富集条目47个(P<0.05),主要涉及细胞因子-细胞因子受体相互作用、类风湿关节炎、疟疾、癌症信号通路等相关信号转导途径。结论:复方肾苏Ⅱ之“柴胡-黄芩”药对活性成分可能通过细胞因子-细胞因子受体相互作用、类风湿关节炎、疟疾、癌症信号通路等相关信号转导途径作用于MMP9、VEGFA、IL6、TNF等靶点,从而发挥对足细胞病变的干预作用。     

基于网络药理学研究黄连-吴茱萸干预抑郁症的作用机制

目的:明确黄连-吴茱萸干预抑郁症的成分(群)及作用靶点,探讨黄连-吴茱萸治疗抑郁症的作用机制.方法:采用中药系统药理学数据库与分析平台,筛选出黄连-吴茱萸潜在活性成分,并在Swiss Target Prediction数据库中筛选出活性成分作用靶点.借助基因组注释(Gene Card)数据库,预测和筛选抑郁症疾病相关靶...     

基于网络药理学的清爽膏治疗银屑病的作用机制研究

目的:探讨清爽膏治疗银屑病的药效物质基础及其作用机制.方法:通过网络药理学方法,借助于中药系统药理学数据库与分析平台检索清爽膏中3味中药的活性化合物和作用靶点,通过GeneCards数据库检索银屑病的相关靶点,构建韦恩图,得到清爽膏治疗银屑病的作用靶点,应用Cytoscape 3.7.0软件构建"药物-化合物-靶点"网...     

基于网络药理学的清肺合剂抗肺癌作用机制研究

目的 采用网络药理学方法阐明清肺合剂\     

桂枝茯苓组方的网络药理学研究

目的基于网络药理学研究桂枝茯苓组方治疗疾病的主要活性成分及潜在靶点。方法从BATMAN-TCM数据库提取桂枝、茯苓、牡丹皮、白芍、桃仁的化学成分,以Score≥48和P≤0.05筛选活性成分及作用靶点,分析靶点富集的信号通路与疾病,构建药材-成分-靶点-通路网络,分析桂枝茯苓组方治疗疾病的药理作用机制。结果获得虫草素、苯乙烯、茯苓酸、肉桂醛、肉桂酸等活性成分以及ADORA1、ADORA2A、HTR1B、CHRM2、CHRM4等核心靶点。主要治疗神经系统、心血管系统、生殖系统等三类疾病,包括疼痛、偏头痛、高血压、心脏衰竭、心率失常、前列腺增生症、勃起功能障碍、子宫内膜癌、子宫内膜异位症等,另外发现该组方具有治疗抑郁症、精神分裂、酒精依赖、阿尔茨海默病、药物依赖等疾病的潜在疗效。结论通过网络药理学方法研究桂枝茯苓组方的多成分、多靶点药理学机制,为该组方的临床应用和开发提供新的思路。     

基于网络药理-分子对接探析小茴香挥发油治疗术后肠梗阻机制

目的 基于网络药理及分子对接等数据挖掘手段探析小茴香挥发油改善手术后肠梗阻(postoperative ileus,POI)的分子机制。方法 提取小茴香挥发油并采用GC-MS分析化学成分,筛选活性化合物,通过STITCH、Swiss、TCMSP等数据库获得活性化合物缓解POI的潜在治疗靶点;构建靶点相互作用网络图,并通过拓扑分析获得关键靶点;利用DAVID数据库对关键靶点进行GO和KEGG富集分析;HPA数据库分析关键靶点在消化道的表达;分子对接分析关键靶蛋白和活性成分的结合。结果 GC-MS鉴定发现小茴香挥发油中共23个化合物,其中5个首次在小茴香挥发油中发现,筛选出潜在活性化合物10个,通过挖掘并分析活性成分治疗POI的关键靶点10个(HMOX1、KDR、PTPRC、RELA等),对靶点的富集分析发现,小茴香挥发油中的活性成分主要通过HMOX1、RELA、JAK2等关键靶点调节PI3K-Akt、HIF-1、NF-κB等多条信号通路,影响NO生物合成正调节、经死亡结构域受体介导的外源性凋亡信号通路的负调控等生物过程。大部分的关键靶点在消化道腺细胞有丰富分布,部分关键靶点在消化道淋巴细胞和外周神经/神经节也有分布。分子对接确证活性化合物均可嵌入关键靶蛋白的活性口袋。结论 小茴香挥发油中以anethole和terragon为主的多个活性成分,通过分布在消化道的HMOX1和RELA等多个靶点,调节以PI3K/Akt信号通路为核心的多个信号通路,影响消化道腺体及因子分泌,调节肠神经及炎症反应,缓解POI。本研究为小茴香挥发油缓解POI的深入研究提供依据。     

基于网络药理学及分子对接探讨山楂改善代谢性高血压的作用机制

目的 运用网络药理学和分子对接技术探讨山楂改善代谢性高血压（metabolic hypertension,MH）的物质基础及作用机制。方法 利用HERB、ETCM数据库并结合文献调研收集山楂成分;通过SwissTargetPrediction、GeneCards等数据库筛选山楂的全部成分改善MH的靶点;借助Cytoscape软件构建山楂“活性成分-靶点-疾病”网络;利用DAVID进行GO富集及KEGG通路分析;并借助Autodock软件对核心成分和核心靶点进行分子对接验证。结果 从山楂中筛选出89个活性成分,作用于84个靶点,其中山楂改善MH的核心活性成分为山楂酸、阿里红酸B、亚麻酸、亚油酸、甲基正壬酮、芹菜素、熊果酸等;核心靶点为CYP19A1、PPARA、ESR1、PTGS2、PPARG、NR3C1、MMP9、TNF等;作用机制主要涉及炎症、糖脂代谢、血管内皮功能等多条信号通路;分子对接显示山楂核心活性成分与核心靶点具有较高亲和力。结论 山楂可能通过多成分调节TNF、IL-17、AGE-RAGE、HIF-1、cGMP-PKG等多条信号通路,进而抑制炎症反应、改善糖脂代谢异常、改善血管内皮功能等综合发挥改善MH的作用。     

基于网络药理学探讨甘露消毒汤治疗新型冠状病毒肺炎的作用机制

目的:基于网络药理学的研究方法,探讨甘露消毒汤治疗新型冠状病毒肺炎(COVID-19)的可能机制.方法:采用SPSS Clementine 12.0软件对甘露消毒汤中所有药材的性味归经进行网络关联规则分析;通过中药系统药理学数据库和分析平台、中药系统药理学成分分析平台、中医药综合数据库等数据库,获取甘露消毒汤的活性成分...