清开灵注射液联合亚胺培南西司他丁钠治疗老年重症肺炎的临床研究

目的 基于网络药理学的方法探索银翘解毒软胶囊治疗新型冠状病毒肺炎（COVID-19）的作用机制。方法 将银翘解毒软胶囊所含1 418个化合物与48个COVID-19炎症相关靶蛋白进行分子对接,构建药物-靶蛋白网络,阐明银翘解毒软胶囊的关键活性成分和潜在作用靶点。结果 通过网络分析获得银翘解毒软胶囊的活性成分有50个,主要为黄酮类和三萜类化合物;潜在作用靶点37个,主要为MTOR、JAK3、ACE、ACE2、PIK3CA、TNF、AKT2和MAP2K1等炎症靶点。分子对接结果显示连翘酯苷及牡荆素-2″-O-鼠李糖苷与新型冠状病毒（SARS-CoV-2）3CL水解酶具有较好的亲和力,甘草酸与血管紧张素转化酶II（ACE2）具有较好的亲和力。结论 银翘解毒软胶囊通过干扰SARS-CoV-2病毒复制、调节炎症信号通路表达及炎症因子分泌发挥治疗COVID-19作用。     

基于网络药理学和分子对接的荆防败毒散预防新型冠状病毒肺炎的活性成分研究

目的 运用网络药理学和分子对接方法,预测荆防败毒散预防新型冠状病毒肺炎（COVID-19）的活性成分,为临床用药提供参考。方法 通过中药系统药理学分析平台,检索荆防败毒散组方中所有药材的化学成分和作用靶点。通过Uniprot数据库校正靶点对应的基因,利用Cytoscape软件构建药材-成分-靶点网络并进行可视化处理,利用疾病数据库检索COVID-19相关的靶点,筛选出重合的靶点,通过String数据库构建蛋白-蛋白相互作用网络。通过Metascape进行GO富集分析和KEGG通路富集分析,预测其作用机制,通过分子对接,计算核心成分在预防新型冠状病毒肺炎的作用强度。结果 限定筛选条件为口服生物利用度（OB）≥30%、类药性（DL）≥0.18,共得到荆防败毒散的159个活性成分和277个靶点,与获得的273个COVID-19相关的靶点取交集,得到55个核心靶点;对核心靶点进行GO富集分析和KEGG通路富集分析,得到GO条目1376个和136条信号通路,涉及感染性疾病、癌症、细胞进程、免疫系统、信号等通路。分子对接结果显示荆防败毒散核心成分与SARS-CoV-2 3CL水解酶、血管紧张素转化酶II（ACE2）具有较强的结合能力,结合形式有氢键、疏水作用。结论 荆防败毒散中的活性成分能通过抑制新型冠状病毒（SARS-CoV-2）蛋白,ACE2结合,通过对多靶点、多通路的作用发挥对COVID-19的防治作用。     

渴络欣胶囊联合贝那普利治疗糖尿病肾病的临床研究

目的 通过网络药理学及分子对接技术预测金振口服液（Jinzhen Oral Liquid,JOL）干预新型冠状病毒肺炎（COVID-19）的作用机制。方法 通过文献挖掘以及DisGeNET、OMIM、KEGG、UniProt数据库联用检索与COVID-19相关的蛋白靶点。借助Traditional Chinese Medicine Network（TCMN）信息平台检索JOL中的化合物,运用Cytoscape 3.2.1构建药材-化合物-靶点网络来预测JOL治疗COVID-19的活性成分及作用靶点。在RCSB PDB数据库中检索获取新型冠状病毒（SARS-CoV-2）3CL水解酶（3CLpro）和血管紧张素转化酶II（ACE2）的晶体结构,借助AutoDock Vina软件将活性化合物与2个蛋白进行分子对接。结果 药材-化合物-靶点网络包含异甘草酸内酯、贝母辛、番泻苷B等75个化合物分别来自甘草、大黄和平贝母3味药材,哺乳动物雷帕霉素靶蛋白（mTOR）、Janus激酶3（JAK3）、丝裂原活化蛋白激酶激酶1（MEK1）等28个靶点。网络特征分析阐明了JOL治疗COVID-19的9个关键化合物（异甘草酸内酯、甘草内酯、去氢鄂贝定碱、desoxo-glabrolid-acetate、贝母辛、贝母素乙、乌苏里啶酮、西贝素和euchrenone A5）以及10个潜在作用靶（mTOR、JAK3、ACE2、TNFA、AKT2、PIK3CA、MEK1、BRD2、ACE、ANPEP）。分子对接显示,JOL中部分活性化合物对3CLpro和ACE2蛋白具有一定的亲和力。结论 JOL可能是通过调节溴结构域包含蛋白2（Brd2）、氨肽酶N（CD13）和ACE2的表达以及干预PI3K/Akt、Jak-STAT、TNF和MAPK信号通路来遏制COVID-19细胞因子风暴的发生和发展,并与3CLpro结合抑制病毒复制,从而有可能对COVID-19有防治作用。     

双丹颗粒联合瑞舒伐他汀治疗冠心病心绞痛的临床研究

目的 采用网络药理学和分子对接法分析款冬花在清肺排毒汤治疗新型冠状病毒肺炎（COVID-19）中发挥的作用。方法 基于课题组前期研究,确定款冬花中的主要成分。采用Swiss Target Prediction和BATMAN-TCM数据库对款冬花主要化学成分的潜在靶点进行整理;在GenCLiP 3和GeneCard数据库搜索COVID-19相关靶点,运用Cytoscape 3.7.1软件绘制款冬花成分-靶点-疾病网络图;使用String数据库构建靶点PPI网络;通过DAVID数据库进行GO富集分析和KEGG通路富集分析;将各成分与新型冠状病毒（SARS-CoV-2）3CL水解酶和血管紧张素转化酶II（ACE2）进行分子对接。结果 款冬花治疗COVID-19的化合物-靶点-疾病网络包含化合物14个、靶点104个、疾病4个。GO功能富集分析得到GO条目444个（P<0.05）,其中包括生物过程（BP）条目325个、细胞组成（CC）条目44个、分子功能（MF）条目75个。KEGG通路富集筛选得到94条信号通路（P<0.05）。分子对接结果显示异绿原酸B（3,4-dicaffeoylquinic acid）和异绿原酸C（4,5-dicaffeoylquinic acid）与蛋白的亲和力要优于瑞德西韦。结论 款冬花中主要化合物能通过与SARS-CoV-2 3CL水解酶和ACE2结合,作用于多靶点调节多条信号通路,从而发挥对COVID-19的防治作用。     

基于UPLC法和网络药理学的黄芩茎叶防治新型冠状病毒肺炎潜在作用机制研究

目的 利用超高效液相色谱（UPLC）对黄芩茎叶中的黄酮类、酚酸类成分进行分析与评价,基于网络药理学和分子对接探讨黄芩茎叶防治新型冠状病毒肺炎（COVID-19）的潜在作用机制。方法 采用UPLC测定11个产地黄芩茎叶样品中9种黄酮类、3种酚酸类成分的含量,并利用SPSS 19.0对不同产地样品进行主成分分析。利用TCMSP数据库获取上述12种化学成分的作用靶点,使用GeneCards及NCBI数据库获取COVID-19靶点,导入Cytoscape 3.7.0软件建立药物-化学成分-靶点-疾病网络,导入STRING数据库获取靶点PPI网络,导入Bioconductor进行GO功能注释和KEGG通路富集分析。利用AutoDock Vina将化合物与新型冠状病毒（SARS-CoV-2）S蛋白受体结合结构域与血管紧张素转化酶II（ACE2）蛋白酶结构域复合物（SARS-CoV-2-S-RBD-ACE2）进行分子对接。结果 不同产地黄芩茎叶中均含有丰富的黄酮类、酚酸类成分,但含量差异较大,野黄芩苷为黄芩茎叶中含量最高的成分,相同产地黄芩茎叶化学成分相似度较高,不同产地黄芩茎叶化学成分相似度较低,表明不同产地黄芩茎叶样品化学成分含量差异可能与产地生态环境诸多生态因子密切相关。网络药理学结果显示黄芩茎叶10种成分可通过干预30个靶点、127条通路发挥防治COVID-19的作用。分子对接结果显示,10种化学成分与SARS-CoV-2-SRBD-ACE2均有较好的结合活性,其中8种成分的结合活性优于诊疗方案中4种COVID-19治疗药物。结论 研究建立了简单快速、全面可靠分析评价不同产地黄芩茎叶中黄酮类、酚酸类成分的方法,可为黄芩茎叶质量控制、资源综合利用提供思路。黄芩茎叶治疗COVID-19具有多成分、多靶点、多途径的特点,对COVID-19引起的免疫系统紊乱、炎症等具有潜在的防治作用。黄芩茎叶中多种黄酮类、酚酸类成分具有潜在的抗SARS-CoV-2活性及COVID-19治疗作用。黄芩茎叶、黄芩茎叶解毒胶囊和由黄芩茎叶制得的黄芩茶可用于COVID-19的防治中,黄芩茎叶亦可作为原料提取用于治疗COVID-19的活性成分。     

多柔比星联合替莫唑胺治疗脑胶质瘤的临床研究

目的 探索补肺活血胶囊用于新型冠状病毒肺炎（COVID-19）恢复期治疗的潜在作用机制,为其临床用药提供理论指导。方法 通过中药系统药理学分析平台（TCMSP）、BATMAN-TCM、中国知网（CNKI）和Pubmed数据库获得补肺活血胶囊的活性成分及作用靶点;通过GeneCards数据库获取COVID-19相关靶点,并采用交集法筛选出与补肺活血胶囊活性组分作用的共同靶点,运用Cytoscape 3.7.2构建“中药-化合物-靶点”网络,并通过String数据库构建蛋白-蛋白相互作用（PPI）网络;通过DAVID数据库进行KEGG通路和GO功能富集分析,并运用R version 3.6.3软件将结果进行可视化;采用AutoDock Tools 1.5.6、AutoDock vina 1.1.2进行分子对接研究。结果 从补肺活血胶囊中共筛选出潜在活性成分32个,对应靶点203个,核心化合物11个,核心靶点52个;PPI网络分析获得补肺活血胶囊干预COVID-19关键作用靶点25个;GO及KEGG富集分析得出与补肺活血胶囊治疗COVID-19作用相关的生物过程251个（P<0.05）,相关信号通路93条（P<0.05）;分子对接结果显示补肺活血胶囊核心化合物与新型冠状病毒（SARS-CoV-2） 3CL水解酶和血管紧张素转化酶II（ACE2）具有较好的亲和。结论 补肺活血胶囊含有的核心化合物可作用于IL6、MAPK8、PTGS2、PTGS1、NCOA2等靶点,调节多条信号通路,从而发挥对COVID-19恢复期的治疗作用。     

基于网络药理学和分子对接技术探究清热药治疗COVID-19的活性成分及作用机制

目的：通过网络药理学和分子对接技术挖掘《新型冠状病毒肺炎诊疗方案（试行第七版）》中具有清热功效的中药治疗COVID-19的共有活性成分及作用机制。方法：通过TCMSP数据库及BATMAN-TCM数据库检索清热药的化学成分和作用靶点;通过UniProt数据库检索靶点对应基因,运用Cytoscape Version 3.7.2软件绘制药物-化合物-靶点网络;利用STRING数据库绘制靶点间作用关系网络;通过DAVID数据库进行GO功能富集分析及KEGG通路富集分析;利用Autodock软件对筛选出的活性成分及抗病毒化药和SARS-CoV-2 3CL水解酶及ACE2进行分子对接。结果：药物-化合物-靶点网络共有401个节点（15个药物节点,120个化合物节点,266个靶点节点）;GO条目1 422个（P<0.05）;KEGG通路富集筛选共得到61条通路（P<0.05）;分子对接结果显示脱水淫羊藿素、木犀草素、槲皮素等关键化合物具有与抗病毒化药相近或更好的亲和力。结论：清热药通过与ACE2结合调控多条通路、与病毒特定部位的结合阻断病毒入侵及抑制炎症因子风暴等方面达到治疗COVID-19的作用。     

基于数据库挖掘以血管紧张素转化酶2为靶点治疗新型冠状病毒肺炎的潜在中药成分

目的 利用中药数据库寻找抑制血管紧张素转化酶2（ACE2）治疗新型冠状病毒肺炎（COVID-19）的潜在中药成分。方法 借助SYMMAP、TCMID、ETCM数据库,以ACE2为搜索词,筛选中药成分及中药材,利用GCBI平台来筛选与靶点相关的炎症因子,得到相关疾病及核心网络图。将ACE2输入到STITCH数据库中,查询阳性对照药物。运用Sybyl（2.0）软件处理受体,中药成分与阳性对照药均和ACE2（1R42）及新型冠状病毒（SARS-CoV-2）3CL pro（6LU7）进行对接分析。应用Swiss ADME平台为对接结果较好的中药成分和阳性对照药构建雷达图。结果 从数据库中找到7种具有抑制SARS-CoV-2潜在活性的中药成分和相关中药材。网络分析图中连接基因数最多的是CXCR4基因,它涉及到细胞因子-细胞因子受体相互作用、趋化因子信号通路可能是发挥治疗COVID-19的潜在机制。分子对接的结果表明,2'',4'',3,4-四羟基查尔酮、葛根素与SARS-CoV-2相关蛋白结合最好。结论 2'',4'',3,4-四羟基查尔酮等中药成分可能是治疗COVID-19的潜在成分。     

正交试验优化白芷的水提取工艺研究

目的 采用网络药理学与分子对接法探索疏风解毒胶囊治疗新型冠状病毒肺炎（COVID-19）的潜在作用机制与活性成分。方法 借助TCMSP数据库检索疏风解毒胶囊组成药材板蓝根、虎杖、连翘、芦根、败酱草、马鞭草、柴胡、甘草的化学成分和作用靶点,通过Swiss Target Prediction数据库剔除可能性为0的靶点。以“冠状病毒（coronavirus）”“肺炎（pneumonia）”“咳嗽（cough）”“发热（fever）”为检索词在GeneCards及OMIM数据库中检索疾病相应靶点。通过Uniprot数据库校正靶点名称,取疏风解毒胶囊与疾病靶点交集,进而运用Cytoscape 3.7.2软件构建中药-化合物-靶点网络进行可视化,通过DAVID数据库进行GO功能富集分析和KEGG通路富集分析,预测交集靶点作用机制,并绘制柱状图及气泡图进行可视化。然后将所有化合物与新型冠状病毒（SARS-CoV-2）3CL水解酶进行对接,选取结合能最小的前5个化合物与血管紧张素转化酶II（ACE2）进行对接。结果 中药-化合物-靶点网络包含了8种中药,157个化合物和相应靶点260个,关键靶点涉及PTGS2、ESR1、AR等。GO功能富集分析得到条目393个（P<0.05）,KEGG通路富集分析筛选得到139条信号通路。分子对接结果显示6-（3-氧吲哚-2-亚立德）吲哚[2,1-b]喹唑啉-12-酮、荷包牡丹碱、大黄素甲醚葡萄糖苷、双氢轮叶十齿草碱和甘草异黄烷酮5个核心化合物与SARS-CoV-2 3CL水解酶及ACE2的结合能较推荐化学药小。结论 疏风解毒胶囊中的化合物能通过与SARS-CoV-2 3CL水解酶及ACE2结合作用于PTGS2、ESR1、AR等靶点调节人巨细胞病毒感染、卡波西肉瘤相关疱疹病毒感染、IL-17信号通路等信号通路、小细胞肺癌等发挥治疗COVID-19作用。     

基于网络药理学和分子对接技术的热毒宁注射液抗SARS、MERS和COVID-19的潜在共性作用机制与活性成分研究

目的 采用网络药理学与分子对接技术探讨热毒宁注射液抗严重急性呼吸综合征（SARS）、中东呼吸综合征（MERS）和新型冠状病毒肺炎（COVID-19）的潜在共性作用机制与活性成分。方法 利用中药系统药理学数据库和分析平台（TCMSP）数据库检索热毒宁注射液中青蒿、金银花、栀子的主要化学成分及其作用靶点。运用UniProt数据库查询相关靶点对应的基因，通过Cytoscape 3.8.2构建中药材-化合物-靶点（基因）网络；在GeneCards数据库中搜集“COVID-19”“SARS”和“MERS”相关靶点，通过Venny 2.1.0数据库映射筛选出3种冠状病毒感染疾病的共有靶点；将SARS、MERS和COVID-19的共有靶点与热毒宁注射液化合物靶点进行交集筛选出共同靶点作为研究靶点；将共同靶点导入STRING数据库获取数据后，使用Cytoscape 3.8.2软件构建蛋白质-蛋白质相互作用（PPI）的网络图；利用R语言进行基因本体论（GO）生物学功能富集分析及京都基因和基因组百科全书（KEGG）信号通路富集分析，绘制柱状图及气泡图进行可视化分析，并构建成分-靶点-通路网络图；选取成分-靶点-通路网络中关键化合物与重要靶点蛋白及新型冠状病毒（SARS-CoV-2）3CL水解酶、血管紧张素转化酶II（ACE2）进行分子对接。结果 热毒宁注射液筛选得到31个活性化合物中，207个相应作用靶点；SARS相关靶点2 453个，MERS相关靶点805个，COVID-19相关靶点2 571个，3种疾病共有靶点786个，与热毒宁注射液的共同靶点11个，分别为HSPA5、CRP、MAPK1、HMOX1、TGFB1、HSP90AA1、TP53、DPP4、CXCL10、PLAT、PRKACA。GO功能富集分析得到生物进程（BP） 995个，分子功能（MF） 71种，细胞组分（CC）31种。KEGG通路富集分析筛选得到99条信号通路（P＜0.05），主要涉及前列腺癌、流体剪切应力和动脉粥样硬化、肝细胞癌、癌症中的蛋白多糖、脂质与动脉粥样硬化、人类T细胞白血病病毒1型感染、MAPK信号通路等。分子对接结果显示热毒宁注射液中槲皮素、木犀草素、山柰酚3种核心活性黄酮类化合物与关键靶点MAPK1、PRKACA、HSP90AA1具有很好的亲和力，并且3种活性化合物与SARS-CoV-2 3CL水解酶及ACE2结合能较推荐化学药小。结论 热毒宁注射液对SARS、MERS和COVID-19 3种疾病具有潜在共性作用，该作用可能与活性化合物槲皮素、木犀草素、山柰酚等作用于MAPK1、PRKACA、HSP90AA1等靶点，调节多种信号通路发挥抑制炎症风暴、调节免疫功能、抗病毒等作用有关。     

基于网络药理学和分子对接技术清咳平喘颗粒治疗新型冠状病毒肺炎（COVID-19）分子机制研究

目的 利用网络药理学技术探讨清咳平喘颗粒治疗新型冠状病毒肺炎（COVID-19）的作用机制。方法 使用TCMSP、Swiss Target Prediction等数据库预测清咳平喘颗粒的主要成分和其作用靶点,再与CTD、GeneCards数据库得到的COVID-19的疾病靶点交集整合,获得清咳平喘颗粒治疗COVID-19的潜在靶点。借助String平台绘制蛋白质相互作用（PPI）网络及筛选核心靶点,并开展基因本体（GO）注释功能与京都基因与基因组百科全书（KEGG）通路富集分析。依托Cytoscape软件绘制“成分-靶点-通路”的网络图。采用Autodock分子对接技术将关键靶点与清咳平喘颗粒中关键成分进行验证。结果 共获得261个药物-疾病共同靶点,包括TNF、IL6、ALB、AKT1、VEGFA在内的91个核心靶点。GO富集分析、KEGG富集分析分别共得到条目1 508个、152个,涵盖Toll-like receptor（TLR）信号通路、IL-17信号通路和HIF-1信号通路等。分子对接结果显示,麻黄碱、苦杏仁苷是清咳平喘颗粒抗COVID-19主要活性成分。结论 运用网络药理学得到了清咳平喘颗粒抗COVID-19的作用靶点和通路,为进一步探讨清咳平喘颗粒治疗COVID-19的作用机制提供依据。     

采用网络药理学和分子对接技术研究血必净注射液抗新冠肺炎的作用机制

目的： 通过网络药理学和分子对接技术,探讨血必净注射液治疗新冠肺炎（COVID-19）的潜在分子机制。方法： 采用中药系统药理学分析平台（TCMSP）数据库收集血必净对应的化合物成分和作用靶点,选用GeneCards数据库获取COVID-19相关靶点;获取血必净注射液与COVID-19的共同作用靶点,采用STRING数据库构建蛋白互作网络图,运用Cytoscape软件对网络图进行可视化分析获取关键靶点;DAVID数据库对共有靶点进行GO （gene ontology）和KEGG （Kyoto encyclopedia of genes and genomes）富集分析,通过Cytoscape软件构建血必净注射液"成分-靶点-疾病"网络图。采用AutoDock Tools对血必净注射液核心成分与SARS-CoV-2 3CL水解酶蛋白和血管紧张素转换酶II （ACE2）进行分子对接,并通过PyMOL软件进行可视化处理。结果： 共筛选出血必净注射液中5种药材对应的270个对应靶点,与COVID-19有52个共表达靶点。GO富集分析得到160个生物过程,KEGG分析得到112条信号通路。分子对接表明,血必净注射液中槲皮素、β-谷甾醇、木犀草素为degree较高的活性成分,与3CL水解酶和ACE2具有较强的结合能力。结论： 血必净注射液可能通过槲皮素、β-谷甾醇、木犀草素等成分调节IL6、CCL2、TNF、PTGS2等核心基因参与COVID-19的治疗,同时也说明血必净注射液可通过"多成分-多靶点-多途径"发挥对COVID-19的治疗作用。     

基于网络药理学和分子对接探讨疏风解毒胶囊治疗新型冠状病毒肺炎可能的作用机制

目的采用网络药理学技术探讨疏风解毒胶囊治疗新型冠状病毒肺炎(COVID-19)的可能机制。方法利用中药系统药理学一体化分析平台(TCMSP)筛选疏风解毒胶囊活性成分和预测靶点,通过在线人类孟德尔遗传数据库(OMIM)、人类基因注释数据库(GeneCards)筛选COVID-19相关靶点,采用Cytoscape软件构建药物-靶点-疾病网络和靶点蛋白相互作用(PPI)网络,使用Autodock_vina软件进行分子对接验证,基于生物学信息注释数据库David数据库进行靶点基因本体(gene ontologg,GO)功能、京都基因和基因百科全书(KEGG)通路富集分析。结果筛选出疏风解毒胶囊活性成分190种,预测药物作用靶点299个,与COVID-19相关的靶点有52个。通过对药物-基因-疾病网络和PPI网络的拓扑学分析,筛选出白藜芦醇、葛根素、大黄素等8个核心活性成分和白细胞介素6(IL-6)、肿瘤坏死细胞因子(TNF)、丝裂原激活蛋白激酶8(MAPK8)和MAPK14个核心基因;富集到P≤0.05、伪发现率(FDR)≤0.05的GO条目130条,涉及脂多糖介导的信号通路、细胞因子活动、炎症反应、免疫反应等;富集到P≤0.05、FDR≤0.05的KEGG通路23条,涉及TNF信号通路、磷脂酰肌醇3-激酶/蛋白激酶B信号通路、NF-кB信号通路、低氧诱导因子-1信号通路、钙离子信号通路等。分子对接验证显示,核心活性成分与新型冠状病毒嵌合体和血管紧张素转换酶Ⅱ具有较好的结合活性。结论疏风解毒胶囊中的白藜芦醇、葛根素、大黄素等成分可能通过作用于血管紧张素转换酶Ⅱ、细胞丝氨酸蛋白酶影响病毒的入侵,从而对COVID-19具有一定的治疗作用。     

基于网络药理学和分子对接探究桂枝汤治疗新冠肺炎合并变应性鼻炎的有效成分和分子靶点

目的探究桂枝汤治疗COVID-19合并变应性鼻炎的有效成分和分子靶点。方法从TCMSP、GeneCards数据库中筛选与桂枝汤、变应性鼻炎、COVID-19相关的潜在靶点。通过Draw Venn Diagram网站、String数据库、Cytoscape软件得到药物和疾病的共有靶点,生成PPI网络及“中药-活性成分-靶点”网络,并根据度值筛选核心靶点及关键成分。运用Metascape、KEGG数据库进行GO和KEGG富集分析。利用分子对接证实核心靶点与关键成分之间的亲和力。结果共筛选出127个桂枝汤的有效成分,其中有108个成分可与52个共有靶点结合并发挥治疗作用。共有靶点主要富集在1523个GO条目及145条KEGG通路中。分子对接证实核心靶点能自发地与关键成分结合。结论桂枝汤主要通过黄酮类、植物甾醇类、酚类等活性成分与共有靶点(IL-6、TNF、MAPK3等)的结合,来参与病毒、免疫、炎症相关信号通路和生物细胞过程的调节,最终达到治疗COVID-19与变应性鼻炎的目的。     

基于网络药理学和分子对接法揭示透解祛瘟颗粒防治新冠肺炎的活性成分及作用机制

目的 探索透解祛瘟颗粒治疗新冠肺炎的活性成分及作用机制,为透解祛瘟颗粒在新冠肺炎防治中的应用提供科学依据。方法 通过查阅参考文献和TCMSP数据库检索筛选透解祛瘟颗粒的化学成分,采用TCMSP和CTD数据库检索透解祛瘟颗粒化学成分的靶蛋白或靶标基因,使用String 数据库进行蛋白-蛋白相互作用(PPI)分析得到核心靶点和核心化合物,通过Cytoscape软件构建可视化药材-活性成分-核心靶点网络,并进行拓扑分析和对核心靶点进行京都基因与基因组百科全书(KEGG)通路分析,再将核心化合物与血管紧张素转化酶 2(ACE2）、3CL水解酶（MPro）和木瓜样蛋白酶(PLP)进行分子对接,探讨其在抑制新冠病毒（SARS-CoV-2）感染和复制方面的活性;预测透解祛瘟颗粒防治新冠肺炎的作用机制。结果 网络拓扑分析筛选得到132个核心靶点和109个核心化合物,关键靶点涉及环氧化酶(PTGS2)、胱天蛋白酶3(CASP3)、白细胞介素6（IL-6）、肿瘤坏死因子（TNF）、TP53、AKT1、MAPK3、血管内皮生长因子A (VEGFA)、MAPK1、信号传导与转录激活因子3（STAT3）、JUN、甘油醛-3-磷酸脱氢酶（GAPDH）、INS、ALB和AR等。通路富集得到甲型流感、小细胞肺癌、肿瘤坏死因子、Toll样受体、PI3K-Akt和HIF-1等关键信号通路。分子对接结果表明,透解祛瘟颗粒中化学成分中与血管紧张素转化酶 2、3CL水解酶和木瓜样蛋白酶对接结果结合能超过平均值的化合物分别为58、64和56个。结论 透解祛瘟颗粒中的活性成分能通过作用于血管紧张素转化酶 2、3CL水解酶和木瓜样蛋白酶发挥抑制病毒感染宿主细胞及自我复制的进程,也能通过多靶点多通路抑制细胞因子风暴,减少肺纤维化的形成,改善低氧血症,有效的防治新冠肺炎。     

基于网络药理学分析宣肺败毒方治疗SARS、MERS和COVID-19的作用机制

目的 探讨宣肺败毒方对冠状病毒感染治疗作用的有效成分、作用靶点、信号通路等,从而阐释其作用机制。方法 利用Cytoscape构建了宣肺败毒方的药物–性–味–归经网络。采用TCMSP数据库、SwissADME数据库和Swiss Target Prediction数据库筛选宣肺败毒方的有效成分和相关靶点,通过GeneCards数据库和CTD数据库收集严重急性呼吸道疾病（SARS）、2012年的中东呼吸综合征（MERS）和新型冠状病毒肺炎（COVID-19）的疾病靶点,将药物靶点和疾病靶点取交集,利用Cytoscape软件构建网络;运用String数据库,对潜在靶点进行蛋白相互作用（PPI）网络模型构建;通过Metascape数据库对潜在靶点进行GO和KEGG富集分析,并且用Cytoscape构建网络。结果 宣肺败毒方中有10种药材与肺经有关。从中筛选出167个活性成分和242个潜在作用靶点,核心药物为甘草、麻黄、青蒿、马鞭草、虎杖,核心成分为槲皮素、豆甾醇、山柰酚、木犀草素、异鼠李素等,核心靶点为AKT1、IL-6、TP53、VEGFA、TNF等,可能的作用机制与PI3K-Akt signaling pathway、HIF-1 signaling pathway和TNF signaling pathway等多个信号通路有关。结论 通过网络药理学探讨了宣肺败毒方对SARS、MERS和COVID-19的潜在共同作用机制,体现了中药多成分、多靶点、多途径的作用特点。     

基于网络药理学、分子对接和生物信息学对中药复方抑制COVID-19“细胞因子风暴”分子机制的探索与验证

目的： 以确定临床疗效的6种推荐中药复方为研究对象,探索中药治疗COVID-19的分子机制和物质基础。方法： 利用TCMSP、IMMPORT、OMIM等数据库获得治疗COVID-19的免疫靶点。Cytoscape3.4.0用于构建"免疫靶点-中药-化合物-疾病"网络以及网络拓扑学分析,随后进行PPI、GO功能和KEGG通路富集分析。AutoDock Vina用于分子对接。SsGSEA利用转录组和microarray数据计算免疫细胞浸润程度。结果： 对"免疫靶点-中药-化合物-疾病"网络进行拓扑学分析,本研究发现28种COVID-19免疫靶点高度关联化合物,对其进行分子对接发现豆甾醇、靛玉红、黄芩素等与血管紧张素转化酶Ⅱ（ACE2,angiotensin converting enzyme Ⅱ）以及新型冠状病毒（SARS-CoV-2）3CL水解酶具有较好的结合活性。6种复方均通过TNF、IL-17等信号通路发挥抗炎、调节细胞因子活性。IL-6是6种复方抗COVID-19的共同核心免疫靶标。肺组织表达谱生物信息学分析证实IL-6的表达与活化CD8+T细胞、调节T细胞等免疫细胞的浸润高度有关,是免疫反应的关键分子。结论： 中药复方的活性化合物豆甾醇、靛玉红、黄芩素等作用于IL-6、IL-10、IL-1B等免疫靶点调节TNF、IL-17等多条信号通路,从而发挥抑制COVID-19"细胞因子风暴"的作用。