生物信息学的兴起及展望

本文以人类基因组计划HGP为基础，阐述医学信息学与HGP的交叉点，一门新兴的学科－生物信息学的兴起，并论述了这门学科的性质及意义，最后讨论了生物序列数据库的最新进展。     

生物信息学的兴起及展望

本文以人类基因组计划(HGP)为基础，阐述医学信息学与HGP的交叉点，一门新兴的学科——生物信息学的兴起，并论述了这门学科的性质及意义，最后讨论了生物序列数据库的最新进展。     

ANGIS——一种重要的生物信息服务系统

信息学和分子生物学都是21世纪最热门的学科,两者结合产生了一门新兴学科———生物信息学。生物信息学反过来又大大促进了信息学和分子生物学的迅猛发展。在生物科学特别是分子生物学研究领域,计算机已成为储存、检索,以及分析大量资料信息必不可少的工具。涉及这一领域的为数众多的一般性与专业性的数据库已遍布全球,如遗传学序列数据库(GeneticSequenceDataBank,GenBank)犤1犦、欧洲分子生物学实验室数据库(EuropeanMolecu-larBiologyLaboratory,EMBL)犤2犦,由CenBank与EMBL的核酸序列整和而成的更为综合性的数据库GenEMBL犤3…     

本期专论导读

生物信息学（Bioinformatics）是一门新兴的学科,研究生物信息的采集、处理、存储、传播、分析和解释等各方面,通过综合利用生物学、计算机科学和信息技术来揭示大量复杂的生物数据所赋有的生物学奥秘。其研究重点主要体现在基因组学（Genomics）和蛋白质组学（Proteomics）两方面,具体来说就是从核酸和蛋白质序列出发,分析序列中表达的结构功能的生物信息。     

生物信息数据库及其利用

阐述生物信息数据库出现背景、分类及特点,论述如何利用生物信息数据库.指出生物信息数据库在生物信息学的发展过程中发挥了巨大作用,促进了生物信息学的发展.     

猪带绦虫CDC37基因及其蛋白结构特征的生物信息学分析

目的:分析和预测猪带绦虫细胞分裂周期蛋白37( Ts CDC37)基因及其编码蛋白的结构和特性,用于指导其生物学功能的实验研究.方法:利用生物信息学网站所提供的有关基因和蛋白序列和结构功能分析工具,以及专业的生物信息学软件包,从猪带绦虫成虫全长cDNA质粒文库中识别CDC37基因,对猪带绦虫CDC37基因编码的蛋白质进行生物信息学分析.结果:该基因全长1 203 bp,编码400个氨基酸,为全长基因.Genebank中与日本血吸虫的cell division side 37 homolog蛋白的一致性最高,达60％.相对分子量理论预测值为46802.5 ku,预测其有6个主要的B细胞抗原表位,无亚细胞定位序列.结论:应用生物信息方法从猪带绦虫成虫cDNA文库中筛选出了猪带绦虫CDC37基因全长序列并预测得到其结构与功能方面信息.     

建立基于公开软件的校园生物信息学平台

目的:探讨建立适合我国国情的校园生物信息学平台的策略和方法.方法:以 Emboss分子序列分析组件、R数理统计分析组件、Bioconductor基因芯片分析组件、 Phylip分子进化研究工具、PostgreSQL关系数据库管理系统和Bioperl脚本语言为基本组件,在Linux操作系统上,将其编译、连接成为一个有机的校园生物信息学平台.结果:初步建成的校园生物信息学平台,可作为基于校园网的完整的核酸及蛋白质序列分析工具、基因芯片数据分析工具、对基因组数据进行多角度挖掘的工具、提供良好的新算法、新模型开发环境.开放的框架使平台具有良好的可扩展性及向后的兼容性.新开发的生物信息学工具可迅速整合进该平台.结论:用公开软件建立的校园生物信息学平台具有成本低和性能完善、优异的特点,对后基因组研究将起重要的支撑作用.     

舌鳞癌干细胞相关差异表达序列标签的生物信息学分析

目的:对利用抑制消减杂交技术获得的舌鳞癌干细胞相关表达序列标签(Expressed squence tag,EST)进行电子克隆及序列分析.方法:利用互联网上的公共数据库及生物信息学分析软件对获得的舌鳞癌干细胞相关差异表达序列标签进行核酸序列和蛋白质序列分析,探索克隆差异表达基因的研究方法和策略.结果:通过电子延伸得到...     

幽门螺杆菌OMP25基因的克隆、测序及生物信息学分析

目的克隆幽门螺杆菌(helicobacter pylori,Hp)外膜蛋白25(OMP25)基因,并对其进行测序及生物信息学分析。方法利用PCR技术扩增OMP25基因,并将其定向插入pET-22b( )载体中,以DNA自动分析仪进行序列测定,并以生物信息学软件分析其生物学特性。结果成功克隆了幽门螺杆菌OMP25基因,经测序表明其序列与Gene Bank公布的一致。DNAstar软件预测其蛋白质的相对分子量(Mr)约为72.4 kD,并显示出良好的抗原性。结论本研究获得了序列正确的OMP25基因,为其重组表达及其相关研究奠定了良好基础。     

生物信息学概述

生物信息学是一门新兴的学科,它是应用计算机和信息技术搜集、储存、分析、整理各种生物医学信息,并予以管理和利用的一门科学.随着分子生物学研究的进展,当前生物信息学主要是研究和分析基因和蛋白质的遗传结构和功能的生物信息,以解释和认识生命的起源、进化、发育、遗传的本质,破译隐藏在DNA序列中的遗传语言及其意义,这亦称为经典的或狭义的生物信息.此外,它亦研究和分析人体所有细胞、组织、器官的生理、病理、药理过程的各种生物信息,为人类疾病的预测、诊断、预防和治疗提供最合理和有效的途径.这亦称为广义的生物信息学或医学生物信息学.经典生物学是医学生物信息学的基础和核心,医学生物信息学是经典生物信息的发展和应用,两者是密不可分的,都是以计算机为工具,对生物信息进行储存、检索、分析的科学.