Genetic evolution of entervirus 71 isolated in Ningxia in 2010

目的 分析2010年宁夏回族自治区手足口病(HFMD) 患者中肠道病毒71型(Enterovirus 71,EV71)分离株基因特征.方法 收集宁夏2010年手足口病患者粪便,咽拭子和疱疹液标本,进行病毒分离培养和Real-time RT-PCR检测后,对鉴定为EV71毒株的VP1编码区进行核苷酸序列测定分析.结果 共收集各类标本994份,分离获得EV71 225株,对所有EV71毒株的VP1编码区基因进行序列测定,选择其中53株进行序列分析.宁夏分离株与A、B、C型基因型代表株核苷酸同源性分别为80.0%~81.5%、82.4%~84.7%和87.2%~99.1%;氨基酸同源性分别为93.9%~94.3%、96.3%~97.6%和97.6%~100%,与C4a亚型同源性最高为95.6%~99.1%,在系统发生树上,这53株毒株与C4基因型代表株聚为一簇,属于C4亚型中的C4a分支,而且提示至少存在4条病毒传播链.结论 2010年EV71的C4a亚型在宁夏有较广泛的流行,是宁夏流行的绝对优势基因亚型,其流行存在多条传播链.     

宁夏2010年肠道病毒71型进化分析

目的分析2010年宁夏回族自治区手足口病(HFMD)患者中肠道病毒71型(Enterovirus 71,EV71)分离株基因特征。方法收集宁夏2010年手足口病患者粪便,咽拭子和疱疹液标本,进行病毒分离培养和Real-time RT-PCR检测后,对鉴定为EV71毒株的VP1编码区进行核苷酸序列测定分析。结果共收集各类标本994份,分离获得EV71 225株,对所有EV71毒株的VP1编码区基因进行序列测定,选择其中53株进行序列分析。宁夏分离株与A、B、C型基因型代表株核苷酸同源性分别为80.0%～81.5%、82.4%～84.7%和87.2%～99.1%;氨基酸同源性分别为93.9%～94.3%、96.3%～97.6%和97.6%～100%,与C4a亚型同源性最高为95.6%～99.1%,在系统发生树上,这53株毒株与C4基因型代表株聚为一簇,属于C4亚型中的C4a分支,而且提示至少存在4条病毒传播链。结论 2010年EV71的C4a亚型在宁夏有较广泛的流行,是宁夏流行的绝对优势基因亚型,其流行存在多条传播链。     

1株肠道病毒71型毒株的分离与鉴定

目的 探讨手足口病病原体肠道病毒71型(EV71)的分离与鉴定方法。方法 采集手足口病疑似病例的咽拭子标本1份接种于人横纹肌肉瘤细胞(rhabdomyosarcoma cell, RD细胞),通过观察病毒的细胞病变效应(cytopathic effect, CPE)来分析EV71的分离效果。分别利用荧光定量聚合酶链反应(RT-PCR)及免疫印迹分析(Western Blotting)方法来鉴定EV71病毒特异性核酸和蛋白。扩增EV71VP1区全长基因,对其序列进行同源性比较及遗传进化分析。结果 手足口病疑似病例咽拭子标本接种RD细胞传代至第2代后出现CPE。RT-PCR和Western Blotting检测结果均显示,感染组RD细胞中有EV71病毒特异性条带,暂命名为EV71分离株2016SHYP001。序列分析结果显示,2016SHYP001株病毒的VP1区核苷酸与C型代表株的同源性较高,为93.1%~98.3%;其中与C4a亚型代表株的同源性最高,为98.3%。进化树分析发现本地流行株与深圳地区流行株的亲缘较近。结论 成功分离出一株新的EV71病毒株2016SHYP001,其株型为C4a亚型。     

昆明市2008年儿童手足口病的病原学调查

目的 对昆明市2008年4～6月手足口病流行时期该病患儿进行病原学调查,了解导致本次流行的肠道病毒感染情况.方法 采用逆转录聚合酶链反应(RT-PCR)方法,对25例临床诊断为手足口病患儿的咽拭子,疱疹液及尿液标本进行肠道病毒71型和柯萨奇病毒A16型RNA的检测.结果 25例患儿共采集58份标本,其中咽拭子21份、疱疹液12份、尿液25份,检测结果13例患儿为CoxA16阳性,阳性率为52%;5例患儿EV71阳性,阳性率为20%;两者之比为2.6:1;咽拭子标本检出率为11/21(52.38%),疱疹液标本检出率9/11(81.82%),尿液标本中未检出病毒.结论 所检测2008年昆明市儿童手足口病标本中以CoxA16感染为主,EV71也有散发病例,但未发现重症感染患儿;CoxA16和EV71感染患儿的表现相似,临床难以鉴别;本次实验疱疹液的病毒检出率较高.     

肠道病毒71型检测与VP1基因特征分析

目的 分析肠道病毒71型2011年本地流行株VP1基因特征学特征.方法 收集2011年本地手足口病患者临床标本332份,进行EV71荧光定量RT-PCR鉴定,采用RT-PCR对15株分离到的EV71进行VP1编码区基因扩增,并对扩增产物进行核苷酸序列测序和分析.根据VP1测序结果与国内外报道的各基因型和基因亚型EV71 VP1序列进行同源性和亲缘进化分析.结果 165份标本鉴定为EV71,分离株的VP1区核苷酸和氨基酸同源性分别是97.5%～99.9%和99.4%～100%.与C4a亚型的核苷酸和氨基酸最高.亲缘进化树显示,本地株全部属于C4基因亚型的C4a进化分支.结论 本地区分离的EV71与近几年国内其他地区EV71分离株亲缘关系很近,有共同进化的趋势,属于C4基因亚型的C4a进化分支,并存在多个传播链.     

一步法RT-PCR检测手足口病EV71、CA16病毒核酸

目的检测手足口病病原核酸,了解濮阳市手足口病病因和不同标本检测状况。方法对濮阳市辖区内手足口病43例住院患者的咽拭子、疱疹液和血清样本进行一步法RT-PCR检测。结果 43例患者的72份标本中,病原核酸EV71阳性23份,阳性率为31.94%。其中,咽拭子阳性率为39.53%(17/43),疱疹液阳性率为66.67%(6/9),血清阳性率为0%(0/20),CoxA16未检出。结论濮阳市手足口病流行由肠道病毒EV71引起,不同标本中疱疹液和咽拭子病毒含量多。     

广州地区儿童肠道病毒71 型分离与鉴定

目的 调查广州地区2004年度EV71感染的流行病学特征.方法 采集可疑为肠道病毒感染患者粪便、疱疹液、咽拭子和脑脊液标本,进行病毒分离和逆转录-聚合酶链反应(RT-PCR)特异性扩增进行鉴定,随机选取其中4株EV71分离毒株,对其VPI区进行核苷酸序列测定,并参考EV71各基因型的参考毒株和以往中国EV71的分离毒株进行同源性分析.结果 全年EV71病毒检出率3.09%(13/421),主要集中在该年度4月份,13株均来自手足口病患者.4株EV71病毒株之间同源性高达97.5%～99.6%;与A、B基凼型代表株比较,同源性在83.2～84.7%,83.4%～84.7%之间,差异大于15.3%;与EV71病毒C基因型代表株比较,同源性在89.3%～95.1%,较为接近,差异小于12%;与国内以往分离到的Il株CA亚型毒株的核苷酸同源性可达91.9%-97.5%.结论 广州地区2004年度EV71感染的检出率较低,以手足口病的方式.未见其它的并发症,基因型属C4亚型,与近年我国大陆地区流行的EV71株在进化上可能属于同一基因.     

宁夏手足口病患者病原学检测分析

目的了解2008年宁夏手足口病流行的病原。方法采集手足口病患者的疱疹液、粪便、咽拭子标本进行病毒分离,阳性毒株用肠道通用和EV71、CA16特异性引物进行RT—PCR鉴定。结果在采集到标本的335例患者中,93例分离到EV71病毒,感染率为27．76％;59例分离到CA16,感染率为17．61％。结论引起宁夏2008年手足口病主要病原是EV71和CA16。     

惠州市重症手足口病病原谱及EV71型VP1区基因特征分析

目的分析惠州市手足口病重症病例的病原谱构成,了解惠州市肠道病毒71型分离株的VP1区基因特征,为科学防治手足口病提供科学依据。方法采集300例重症手足口病(HFMD)患者标本,采用实时荧光RT-PCR检测肠道病毒核酸,并对肠道病毒71型(EV71)和柯萨奇病毒A16型(CoxA16)进行分型检测;选择8株EV71分离株进行VP1区基因全长序列测定,测序结果利用DNASTAR软件进行核苷酸、氨基酸序列分析和同源性比较,并用Mega5.0软件构建亲缘性进化树。结果通过实时荧光RT-PCR特异性检测,EV71阳性结果 154份,阳性率为51.33%;CoxA16阳性结果 38份,阳性率为12.67%。测序结果表明,8株EV71之间的VP1基因核苷酸同源性为96.9%~99.2%,氨基酸同源性为99.3%~100%。VP1区基因遗传进化分析表明,8株EV71分离株与C4基因亚型的代表株处于同一分支,均属于C4基因亚型的C4a进化分支。结论惠州市手足口病疫情主要病原EV71病毒均属于C4a基因亚型,与2004年以来的中国大陆EV71病毒流行的基因型一致,未产生明显的抗原漂移及变异。     

湘潭市手足口病病原学实验室检测分析

目的:根据手足口病病原学检测结果分析该病流行特征,同时评估从不同部位采集样品的阳性检出率,为手足口病的防控提供科学依据。方法:临床诊断为手足口病例的咽拭子标本,疱疹液标本,粪便标本,采用实时荧光(定量)PCR进行检测,对总肠道病毒阳性的标本,进行EV71和CA16分型,检测结果分组统计分析。结果:在652份监测病例样品中,总肠道病毒阳性样品446份,其中EV71阳性199份,占44.52%;CA16阳性176份,占39.37%;其它型肠道病毒阳性71份,占15.97%。在103份重症病例样品中,总肠道病毒阳性91份,其中EV71阳性77份,占84.62%,CA16阳性3份,占3.29%,其它型肠道病毒阳性10份,占10.10%。结论:湘潭市手足口病流行病原以EV71型和CA16型交替流行;重症病例主要由EV71引起;疱疹液,粪便标本的阳性检出率高于咽拭子。