一株利奈唑胺耐药粪肠球菌的全基因组测序和序列比较

目的研究利奈唑胺耐药粪肠球菌的全基因组序列,并探讨与其它肠球菌序列的差异。方法从1例男性急性白血病患者的气管分泌物中分离到粪肠球菌株Deng1(E.fecalis Deng1)。通过Illumina Hiseq2000和Roche454 FLX+进行高通量全基因组鸟枪法测序(high-throughput whole-genome shotgun sequencing)。基因组Contigs和scaffolds通过Newbler汇编软件分析。基因组gap closures通过Sanger测序法确定。通过Phred/Phrap/Consed软件构建圆环型的基因组图,并通过软件Prokaryote Genomes Automatic Annotation Pipeline(PGAAP)进行基因组注释。参考序列和粪肠球菌Deng1基因组之间的系统发育分析(phylogenice analysis)通过muscle软件分析。结果 E.fecalis Deng1圆环形基因组包含2,961,043碱基对,GC含量37.5%。基因组含有2 854个编码序列(CDS),62个tRNA的编码基因,以及4个完整的rRNA基因编码的操纵子。E.fecalis Deng1基因组共有443个毒力因子。E.fecalis Deng1基因组致病岛(PAI)约170kb,含有编码溶细胞毒素、肠球菌表面蛋白Esp和Gls-24-样蛋白等的毒力因子,E.fecalis Deng1含有对链霉素高水平耐药的氨基糖苷类6-腺苷酰转移酶基因(aadK),以及与抗生素耐药相关的emea,lsa和tetM基因。结论完成了一株粪肠球菌完整基因组的测序分析,加深了对LZD耐药流行菌株的认识。     

问号钩端螺旋体全基因组的更新注释

目的对问号钩端螺旋体黄疸出血群赖型赖株全基因组数据库中未注释的基因进行重新注释,并寻找可能的新致病基因.方法将钩端螺旋体黄疸出血群赖型赖株全基因组数据库中功能未知的编码序列(CDSs)在BLASTP/NCBI数据库中比较,初步预测基因功能,对可能的致病基因及其编码产物运用多种生物学软件进行深入分析.结果未知CDSs中有82个与NCBI数据库中的编码蛋白序列有很高的同源性,其中LA0063和LA3291编码金属蛋白酶,可能与致病有关.结论通过钩端螺旋体黄疸出血群赖株全基因组数据库中功能未知的CDSs进行定期比对,可以不断完善该数据库的功能注释,同时可以发现新的致病基因,有助于钩端螺旋体病致病机理的最终阐明.     

肠致病性大肠杆菌的生物膜形成对致病岛基因的影响

目的研究不同p H值条件对肠致病性大肠埃希菌生物膜形成能力及对致病岛基因的影响。方法将2株EPEC菌株(E11313和E11435)分别接种于p H值为7、9和11的LB培养基,用结晶紫染色半定量法检测2株菌株产生物膜能力,观察产生物膜菌株及非产生物膜菌株生物膜形成的差异,将2株菌株产生的生物膜溶解,提取总RNA,定量PCR检测不同p H浓度的生物膜与致病岛基因Esp A表达水平的关系。结果 E11435为生物膜阳性菌株,E11313为生物膜阴性菌株,p H为7~9之间,生物膜的形成变化不大,当p H值=11时,菌株形成生物膜更容易,E11435菌株形成的生物膜可影响EPEC致病岛Esp A基因的表达,且当p H=11时,Esp A表达水平明显提高(P<0.05)。结论碱性环境可促进肠致病性大肠杆菌生物膜的形成。生物膜阳性肠致病性大肠杆菌可显著提高致病岛Esp A基因的表达水平。     

一株宋内志贺菌的分离鉴定及基因组分析

目的通过对口岸腹泻样本中分离到的志贺菌鉴定及全基因组的测序和分型研究,对志贺菌从致病性、抗药性及分子分型进行全面分析,建立入境腹泻病原体风险分析流程。方法对细菌的选择性培养基进行初筛后,分离菌株通过全自动微生物鉴定仪及实时荧光PCR的方法进行鉴定。对分离菌株进行全基因组测序、组装、注释、进化分析,通过多位点序列分型(MLST)方法进行分型。结果本次从口岸腹泻样本中成功分离到的志贺菌鉴定为宋内志贺菌,得到全长基因组4 817 693 bp,GC含量51.0%,注释了4 811个编码基因。对基因组分析发现了4种耐药基因及多种志贺毒素基因,进化研究表明该菌株与宋内志贺菌Ss046同源性最高,通过MLST方法分型为ST152克隆群。结论通过对志贺菌分离菌株鉴定及基因组学分析及分型,建立入境志贺菌分型溯源及风险分析流程,为口岸传染病疫情监控提供技术支撑。     

问号钩端螺旋体全基因组的更新注释

目的对问号钩端螺旋体黄疸出血群赖型赖株全基因组数据库中未注释的基因进行重新注释，并寻找可能的新致病基因。方法将钩端螺旋体黄疸出血群赖型赖株全基因组数据库中功能未知的编码序列(CDSs)在BLASTP／NCBI数据库中比较，初步预测基因功能，对可能的致病基因及其编码产物运用多种生物学软件进行深入分析。结果未知CDSs中有82个与NCBI数据库中的编码蛋白序列有很高的同源性，其中LA0063和LA3291编码金属蛋白酶，可能与致病有关。结论通过钩端螺旋体黄疸出血群赖株全基因组数据库中功能未知的CDSs进行定期比对，可以不断完善该数据库的功能注释，同时可以发现新的致病基因，有助于钩端螺旋体病致病机理的最终阐明。     

西南战区腹泻患者携带耶尔森菌HPI毒力岛大肠艾希菌调查

目的收集西南战区部队和地方医院腹泻患者粪便标本,做细菌分离与鉴定,分析病原菌组成。对分离的部分生化反应符合大肠艾希菌,但血清学证明不属于肠侵袭性大肠杆菌（EIEC）、肠产毒性大肠杆菌（ETEC）、肠致病性大肠杆菌（EPEC）和肠出血性大肠杆菌（EHEC）的菌株,做耶尔森菌HPI毒力岛irp-2基因检测,了解西南战区腹泻病人粪便中分离的大肠艾希菌携带耶尔森菌HPI毒力岛irp-2基因的存在情况。方法常规法分离,用肠杆菌科细菌生化鉴定编码系列（API-20E或GYZ-11e系统）和VITEK32全自动微生物生化分析仪以及弧菌科细菌生化鉴定编码系列（GYZ-9V系统）进行系统鉴定,PCR扩增法检测耶尔森菌HPI毒力岛。结果在1 352例腹泻病人中检出36个属种594株病原菌,检出率为43.93%,弗劳地枸橼酸杆菌检出率为6.14%、肺炎克雷伯菌为5.62%、变形杆菌4.66%、志贺菌4.07%,EIEC 1.85%,检出36株携带耶尔森菌HPI毒力岛irp-2基因大肠艾希菌,检出率为2.66%。结论从1352例腹泻患者粪便标本中分离到弗劳地枸橼酸杆菌占首位,肺炎克雷伯菌次之,变形杆菌、志贺菌分别居第三、第四位。西南战区存在携带耶尔森菌HPI毒力岛irp-2基因的大肠艾希菌。     

人3p24-p25 478 kb完全基因组序列的注释

目的对我国承担的人类基因组测序项目中的3p24-p25478kb完全基因组序列进行注释。方法采用从头预测、数据库相似性比较和全长或部分mRNA序列与基因组序列的比对等手段,识别基因组序列中的编码蛋白质的基因,并采用EMBOSS软件包分析基因组序列的组分特征。结果识别出该区域中的两个编码蛋白质的已知基因,即SLC6A1和SLC6A11(其中后者在基因组草图序列中未被定位);对这段基因组序列中组分特征预测分析结果显示,该基因组序列的平均GC含量为47%,并存在3个假想的CpG岛,其中两个CpG岛分别位于130685～131516bp及307090～307870bp,另一个位于415585～416308bp。结论采用上述方法对基因组序列3p24-p25478kb进行了正确的注释,揭示了基因组序列中的有关的基因结构、GC含量、CpG岛等信息。     

铜绿假单胞菌LCT-PA220菌株全基因组序列测定与分析

目的全基因组测序和分析铜绿假单胞菌LCT—PA220菌株,研究空间因素对细菌全基因组的影响,为宇航员的保健奠定基础。方法通过革兰染色鉴定LCT—PA220属性,提取基因DNA、构建文库并上机测序;加工处理原始测序数据后进行基因组组装、注释和分析。结果铜绿假单胞菌LCT—PA220菌株革兰染色阴性,基因组为6．87M,包括5829个编码序列,平均长度为962bp,预测到为54个tRNA基因,COG数据库和KEGG数据库比对共注释到22组COG功能和32条KEGG信号通路。结论铜绿假单胞菌LCT—PA220菌株全基因组测序和基因组清楚,为后续对该菌株的研究打下了基础。     

1株罕见念珠状链杆菌分离株全基因组测序鉴定

目的应用全基因组测序方法,鉴定中山市1名发热及皮疹待查因的患者血液中分离的1株罕见菌株。方法对1株罕见菌株进行传统微生物生化鉴定无果之后,提取细菌基因组DNA,并进行全基因测序,按照de novo的方式进行组装后,应用微生物基因组序列的平均核苷酸相似度(ANI)鉴定方法进行物种鉴定。结果该株罕见菌用传统微生物方法不能鉴定,而用基于全基因组测序的微生物基因组序列的ANI鉴定方法,可准确地鉴定为念珠状链杆菌,该菌与Streptobacillus moniliformis DSM 12112的核苷酸相似度为99.68%。结论基于全基因组测序的方法可用于罕见病原菌的快速鉴定。     

新生儿肠炎粪肠球菌16S rRNA鉴定分析

目的:分离和鉴定新生儿肠炎患儿便血中的病原菌,结合临床诊断,分析新生儿肠炎病因.方法:对2例新生儿肠炎病例的便血标本进行研究,(1)直接涂片镜检观察鉴定;(2)菌株纯化筛选;(3)采用CTAB提取法提取菌株的DNA,并通过PCR扩增菌株16S rRNA序列,将所获得的序列与GenBank数据库进行BLAST比对;(4)采用Kirby-Bauey纸片扩散法进行药物敏感试验.结果:(1)便血标本共分离纯化2株可疑菌株;(2)通过16S rRNA序列与GenBank数据库进行BLAST比对,两株菌株的序列与粪肠球菌的相似度达(99％);(3)分离的粪肠球菌对氨苄西林敏感性较高.结论:新生儿肠炎是由粪肠球菌感染引起,标本直接镜检与药敏试验有利于早期诊断及抗生素的合理应用.     

麻疹的双相移位研究进展

近年新生儿、婴儿、成人麻疹患者逐年增加,临床表现一般仍较典型,成年人麻疹患者全身中毒症状较重。麻疹抗体检测结果阳性是主要的诊断依据。麻疹发病的双相移位的机理可能是,免疫保护力不足,婴儿出生时麻疹抗体力低。孕期母传胎的麻疹抗体减弱,母经乳汁传给婴儿的抗体减弱,成人麻疹抗体水平逐年下降。预防措施是怀孕前给予育龄妇女麻疹疫苗接种,鼓励母乳喂养,麻疹疫苗计划免疫适当提前,在成人追加麻疹疫苗的免疫,加强病毒变异的研究等。     

87株幽门螺旋杆菌VacA等位基因的分析

目的以研究方法LiPA（Line Probe Assay）分析VacA等位基因的表达,了解幽门螺旋杆菌致病机理的理解。方法从三个不同城市87位进行胃镜检查患者的胃粘膜中培养出幽门螺旋杆菌,提取DNA,用LiPA方法分析VacA等位基因。结果（1）87位患者以sic（88．5％）和m2a（63．2％）分布为主,未发现s1b和s2;（2）混合菌株感染率为41．4％,远远高于西方国家,其中上海的混合感染率最高（62．5％）,与北京（41．0％）和南宁（20．8％）相比具有显著性差异,P〈0．01;（3）北京、海、南京三个不同城市s1、m等位基因亚型分布率存在差异;（4）溃疡病和非溃疡病患者m1和m2的分布率没有显著性差异。结论我国幽门螺旋杆菌多重菌株感染率较高,不同的m基因型与消化性溃疡的发生无显著性相关。     

尿液pH值对红细胞检验影响的探讨

[目的 ]通过尿液 pH值对红细胞检验影响的观察 ,更加科学、准确地诊断血尿和血红蛋白尿。[方法 ]采用干化学分析仪检测和尿液显微镜红细胞计数 ,观察 180例正常人尿标本加入正常人血标本后 ,不同 pH值 ,不同时间内 ,观察红细胞溶解情况。 [结果 ]pH <5 .5以下时 ,随着时间的延长 ,红细胞溶解现象明显。 1h后观察有显著性差异 (P <0 .0 5 ) ;2h后有非常显著性差异 (P <0 .0 1)。[结论 ]pH <5 .5时对红细胞计数影响较大 ,易致红细胞发生溶解现象 ,出现假性血红蛋白尿 ,对血尿和血红蛋白尿很难区分 ,给临床诊断造成不便 ,更易引起漏诊和误诊。     

上颌骨牙源性囊肿刮除手术的疗效观察

目的探讨对上颌骨牙源性囊肿患者进行囊肿彻底刮除手术的临床疗效。方法对我科在2010年1月～2017年9月收治的73例上颌骨牙源性囊肿患者行囊肿彻底刮除手术治疗,对患者术区肿胀消退、术后伤口感染、伤口愈合、牙龈再附着、术后复发、骨质改建、骨质修复等情况随访观察。结果 73例患者术后肿胀消退时间为1～4 d。73例患者术后均未发生伤口感染,伤口均一期愈合。所有患者牙龈再附着情况好,术后均未见复发。术后未见并发症。骨质改建效果好,骨质修复的效果因影像学资料过少,缺乏客观依据,暂不下有效结论。结论对上颌骨牙源性囊肿患者进行囊肿彻底刮除手术,术后患者的恢复情况良好,值得在临床治疗上进行推广。     

十二指肠损伤的治疗体会

目的：提高十二指肠损伤的诊治水平，方法：回顾总结该院1999年－2001年间收治的十二指肠损伤7例临床经验。结果：合并其他腹部脏器损伤86％（6／7），单纯十二指肠损伤14％（1／7）。损伤部位以十二指肠降部为多占71％（5／7），水平部和球部各占14％（1／7），术后并发症发生率28％（2／7）、病死率14％（1／7）。结论：掌握十二指肠损伤的特点，早诊断、早手术、术中认真探查，掌握好检查指征，选择合理恰当术式，加强术后管理，可提高治愈率。     

浅谈影响放疗摆位精度的相关因素

本文旨以经验交流的方式,阐述影响放疗摆位精度的各种相关因素,以最大努力去消除或减少放疗摆位误差,提高放疗摆位的精度,同时达到与放疗界其他同行的共勉的愿望。     

阴道炎1236例病原检查分析

对１２３６例阴道炎患者的阴道分泌物作直接镜检和病原菌分离培养检查；结果，细菌感染９００例，念珠菌２３４例，滴虫１０２例。９００例细菌经鉴定；葡萄球菌３００例，阴道加特纳菌２７６例，淋病奈瑟菌１７０例，其它细菌１２４例。结果表明，葡萄球菌，阴道加特纳菌，淋病奈瑟菌是细菌性阴道炎最常见的致病菌。     

喉癌主癌灶手术切缘的临床特点分析

目的探讨研究喉癌主癌灶手术的安全切缘在临床上的特点。方法回顾性分析2007年6月—2011年3月已经确诊喉癌的患者100例,随机分成A、B两组,A组为观察组50例,主要采取手术切缘后,然后采取镜下观察分析;B组为观察组50例,主要采取手术切缘后,然后采取肉眼观察分析,将结果进行临床特点分析比较。结果早期的喉癌患者和晚期的喉癌患者的阳性切缘例数,差异无统计学意义（P〉0.05）;晚期的阳性切缘发生次数高于早期的阳性切缘发生次数,差异有统计学意义（P〈0.05）。声门上区[SG]2、3和5、10mm;跨声门型[TG]2、3mm和5、10mm的切缘对比,差异有统计学意义（P〈0.05）。SG、G、TG、IG的2mm和3mm,5mm和10mm对,差异无统计学意义（P〉0.05）。肉眼阳性切缘观察39个,镜下阳性切缘观察43,两者差异无统计学意义（P〉0.05）。结论依据原发不同部位、不同分期和不同范围选取适合的切线,就可以有效地减少阳性切缘的发生。     

碱量法测定壳多糖脱乙酰度的方法探讨

目的：评价壳多糖脱乙酰度测定的减量法的影响因素。方法：通过实验评价碱量法的精准度及样本含潮量等因素对测定结果的影响,并对汪氏推荐计算公式和本文作者提出的改良公式作出评价。结果：碱量法测定壳多糖脱乙酰度受样本性状、含潮率、反应体系中酸量的影响。改良公式更能反映样本实际脱乙酰度。结论：碱量法简便易行,评价指标在可接受范围,可用于壳多糖研制中的质量评价。     

儿童腹痛328例病因诊断及分析

目的：根据儿童急性腹痛的特点，诊断儿童腹痛应综合临床及相关检查提供的依据，做出准确诊断，给予适当治疗。方法：对临床328例腹痛患儿进行选择性辅助检查和分析。结果：小儿腹痛病因复杂，腹腔内疾病占64．63％，共17种病因；腹腔外疾病占35．37％，共6种病因。结论：仔细询问病史、认真体格检查、密切观察病情、针对性地选择辅助检查，在儿童腹痛的诊断上具有重要的意义。