CD14的B细胞抗原表位预测

目的预测人CD14抗原的B细胞表位。方法采用生物信息软件和互联网服务器，预测CD14的二级结构，分析CD14表面特性（亲水性、可塑性、可及性和抗原性），再计算平均抗原指数（AI）预测CD14的B细胞抗原表位。结果CD14存在多个潜在的抗原表位，257-271序列（shnslratvnpsapr）的AI（0.04413）明显高于其它序列，305-321序列（sc-nrlnrapqpdelpev）、19-34序列（ttpepcelddedfrc）和115-134序列（ysrlkeltledlkitgtmpp）的AI分别是0.03682、0.03256和0.03025。结论257-271序列（shnslratvnpsapr）是CD14的B细胞优势抗原表位，可用于制备CD14的特异性抗体。     

Eppin抗原的二级结构分析B细胞表位预测

目的 分析Eppin抗原的二级结构并预测其B细胞表位.方法 联合运用多种方法对Eppin的二级结构和表面特性,如亲水性、理化性质、可及性、免疫原性和可塑性等方面进行分析,预测其抗原表位.结果 Eppin存在多个潜在的抗原表位位点,可能的蛋白质抗原表位区域:14～23,30～44,48～54,56～68,78～85,97～106,109～116,125～132.体外实验证明,所预测抗原表位区域基本能与免疫抗血清发生抗原特异性反应.结论 应用多参数成功预测了Eppin抗原的B细胞表位.     

MUC1抗原的B细胞表位预测

目的预测MUC1抗原的B细胞表位.方法联合运用多种方法对MUC1的二级结构和表面特性,如理化性质、亲水性、可塑性、溶剂可及性及免疫原性等方面进行分析,预测MUC1的抗原表位.结果MUC1存在有多个潜在的抗原表位位点,可能的蛋白质抗原表位区域:1-10,24-54,65-77,84-91,108-134,140-156,159-174,179-196,199-210,220-233,237-265,270-299,316-337,351-362,369-396,411-420,445-502.结论应用多参数预测MUC1抗原的B细胞表位,为进一步研究MUC1结构和功能、构建MUC1突变体和选择表达新型MUC1分子奠定了基础.     

乙型肝炎病毒e抗原的B细胞表位预测

[目的]预测乙型肝炎病毒e抗原(HBeAg)的B细胞表位.[方法]用Lasergene软件包中的Protean软件和吴玉章的氨基酸抗原指数预测法对HBeAg的氨基酸序列进行分析,预测其B细胞表位.[结果]推测最有可能的B细胞表位位于HBeAg N-端第50～63、85～94区段和第137～146区段内或它们的附近,其他区段如HBeAg N-端第12～18、24～32、37～43、118～124区段和第150～157区段内或它们的附近也可能存在B细胞表位.[结论]用多种方法预测HBeAg的B细胞表位.为制备更好的HBV感染者血清学检测相关诊断用品的研究提供线索.     

MAGE-A家族抗原共同B细胞表位预测分析

目的：预测和筛选黑色素瘤抗原A（MAGE-A）家族抗原的共同B细胞表位。方法：以MAGE-A1的全长氨基酸序列为基础,利用生物信息学软件,采用Hopp＆Woods的亲水性方案、Zimmerman极性参数和Jameson-Wolf抗原指数方案和Emini表面可及性方案等,结合MAGE-A1的二级结构与其柔性区域及跨膜区域对MAGE-A1的优势B表位区段进行综合分析,进一步运用抗原指数分析预测MAGE-A1的B细胞表位,并将其与MAGE-A家族中其他成员（MAGE-A2至A12）进行比对,以预测MAGE-A家族抗原的共同B细胞表位。结果：MAGE-A1的全长为309个氨基酸,相对分子质量为46 kDa,为可溶性蛋白。经综合分析,其B细胞优势表位可能存在于氨基酸序列N端的9~14,84~88,118~124,160~165,208~214,233~240区段;经与MAGE-A家族中其他成员的氨基酸序列比对,MAGE-A1的9~14,84~88,118~124及233~240区段,即HCKPEE,EEEGP,RAREPVTK,GEPRKLLT肽段可能为MAGE-A家族抗原共同B细胞优势表位。结论：利用生物信息学预测发现MAGE-A1的优势B细胞表位中,9~14,84~88,118~124及233~240区段可能为MAGE-A家族抗原的共同B细胞表位,可为表位疫苗的研制等提供理论依据。     

生物信息学预测小鼠转铁蛋白受体B细胞表位

目的：预测小鼠转铁蛋白受体（transferrin receptor, TfR）的B细胞表位,为构建以TfR抗体为脑转运载体的疫苗提供基础。方法：以小鼠转铁蛋白受体基因序列为基础,按Chou-Fasman和Gamier-Robson方法预测其编码蛋白的二级结构,按Kyte-Doolittle方法预测其亲水性,Emini方法预测其表面可能性以及按Jameson-Wolf方法预测其抗原指数。结果：Chou-Fasman和Gamier-Robson方法发现90 - 110, 120 - 145, 160 - 180, 240 - 250, 265 - 275, 290 - 304, 336 - 350, 375 - 383, 426 - 435, 504 - 517, 590 - 602, 613 - 630, 710 - 718这些区域可能为α螺旋的中心区域。用Kyte-Doolittle、 Emini、 Jameson-Wolf方法分别对小鼠TfR的B细胞表位进行预测,结果显示其共有区域为30 - 50, 100 - 115, 145 - 157, 310 - 320, 355 - 360, 440 - 445, 510 - 535, 655 - 660, 690 - 695, 705 - 710。根据抗原表位设计原则筛选出5段符合要求的抗原表位氨基酸序列：DGDNSH, AETEETDKS,NTYTP,MDKNKF,KHPVDGKSLYRDSNWISKV,它们可能为小鼠转铁蛋白受体的B细胞优势表位区域。结论：该结果有助于确定小鼠转铁蛋白受体的B细胞表位以及构建药物-载体复合物,发挥其脑药物转运载体的功能。     

禽冠状病毒M蛋白B细胞抗原表位的预测

目的预测禽冠状病毒(IBV)M蛋白B细胞抗原表位。方法采用SOPMA软件预测IBV M蛋白的二级结构,采用SOSUI软件预测M蛋白的跨膜区,应用Hopp&Woods方案、Janin方案、Zimmerman方案预测IBV M蛋白B细胞表位抗原。结果IBV M蛋白二级结构主要包括α-螺旋和无规卷曲,含量分别为32.89%、31.11%;M蛋白具有3个跨膜区,位于18~40、48~70、77~99位氨基酸;B细胞识别的表位可能位于第186-196位氨基酸区域内或附近,预测的表位均含有β-转角和无规卷曲结构。结论IBVM蛋白的二级结构和抗原表位比较稳定,可利用地方毒株的M蛋白制备基因工程疫苗和单克隆抗体,应用于该病的诊断和防治。     

金黄色葡萄球菌疫苗候选分子SirH的B细胞抗原表位预测

预测金葡菌疫苗候选分子SirH的B细胞抗原表位.用PCR方法从金葡菌临床分离株的基因组DNA中扩增出sirH基因,插入表达载体pET-28a(+)中,构建重组表达载体pET28a-sirH,双酶切鉴定并测序,通过与GenBank中登录的金葡菌sirH基因序列的比对,获得此临床分离株sirH的核苷酸序列和推导的氨基酸序列.在此基础上,应用生物信息学软件分析SirH蛋白的二级结构柔性区域、亲水性、表面可能性和抗原指数等参数.综合各参数预测结果,SirH蛋白N-端第49 57、62-75、83-123、128-162、194-208、242-252、334-350、401-415、452-543、550-564、573-622区段很有可能存在B细胞抗原表位.SirH蛋白B细胞抗原表位的预测,为后续表达SirH主要抗原表位和研究其免疫保护作用奠定了基础.     

2-型猪链球菌保护性抗原RfeA的B细胞表位预测

以2-型猪链球菌(SS2)保护性抗原RfeA推定的氨基酸序列为基础,采用Kyte-Doolittle法分析蛋白的亲水性,Emini法预测蛋白的表面可能性,以及Jameson-Wolf法预测蛋白的抗原指数;辅以Garnier-Robson法、Chou-Fasman法和Karplus-Schulz法对蛋白二级结构中柔性区域...     

MAGE-12的新B细胞表位抗原性研究

目的:在已设计合成肿瘤抗原MAGE-12的B细胞表位基础上对其进行鉴定。方法:在预测MAGE-12的B细胞表位序列为LEQRSQHCKPEE(3～14)的基础上,采用4分枝多重抗原肽结构设计合成抗原肽,免疫C-57BL/6小鼠,产生多克隆抗体,应用ELISA实验检测多克隆抗体是否为人的抗原肽的特异性抗体。结果:免疫C-57BL/6小鼠后可产生MAGE-12的抗原特异性的多克隆抗体,抗体效价最高达1:256,证明为MAGE-12抗原肽的特异性抗体。结论:证明所预测的表位LEQRSQHCKPEE(3～14)为MAGE-12的B细胞新表位,具有抗原特异性。     

肿瘤抗原MAGE-12的B细胞表位4分支多重抗原肽的合成及鉴定

目的：设计合成肿瘤抗原MAGE-12的B细胞表位抗原肽并对其进行鉴定。方法：在预测MAGE-12的B细胞表位序列为QSDGESSNEEQE(82-93)的基础上，采用4分支我多重抗原肽结构合成抗原肽。免疫C-57BL/6小鼠，产生多克隆抗体，应用ELISA实验及免疫组化实验检测多克隆抗体是否为人的抗原肽的特异性抗体。结果：免疫C-57BL/6小鼠后可产生MAGE-12的抗原特异性的多克隆抗体，抗体滴度可达1：64。结论：证明所预测的表位为MAGE-12的B细胞表位。     

人腺病毒55型六邻体蛋白同源建模及B细胞抗原表位预测

目的 预测人腺病毒55型六邻体蛋白B细胞抗原表位.方法 使用DNAStar软件Protean模块,PSIPRED在线服务器和SWISS-MODEL在线服务器联合预测人腺病毒55型六邻体蛋白B细胞抗原表位.结果 构建了人腺病毒55型六邻体蛋白三级结构模型和预测得到5个候选的人腺病毒55型六邻体抗原表位.结论 成功预测人腺病毒55型六邻体蛋白B细胞抗原表位,为进一步研制疫苗和检测试剂奠定了基础.     

SARS病毒S蛋白的B细胞表位预测

目的预测SARS病毒S蛋白的B细胞表位.方法基于SARS 蛋白基因组序列,采用Kyte-Doolittle的亲水性方案,Emini方案和Jameson-Wolf抗原指数方案,辅以对S蛋白的二级结构中的柔性区域的分析,预测SARS病毒S蛋白的B细胞表位.结果推测最有可能的B细胞表位位于S蛋白N端第91～98区段、第1 121～1 153区段和第185～193区段内或它们的附近.其它,如S蛋白N端第1 050～1 059、752～765、41～50、666～674、264～287、340～348、408～416区段和第424～439区段内或附近也可能存在B细胞表位.结论用多参数预测SARS病毒S蛋白的B细胞表位,为分子免疫学的深入研究提供线索.     

SARS冠状病毒S蛋白抗原表位串联基因的设计和表达

目的:表达严重急性呼吸综合征(SARS)冠状病毒S蛋白的抗原表位序列,为研制新型的SARS病毒疫苗提供新思路。方法:应用生物信息学分析软件分析SARS冠状病毒S蛋白的抗原表位序列,设计全新的抗原表位编码基因序列,构建表达载体并在大肠杆菌中表达该基因。结果:设计并合成了SARS冠状病毒S蛋白的抗原表位序列的新基因序列,在大肠杆菌中实现了该基因的高表达。结论:可以重新设计新基因产生新型候选重组疫苗。