温州市瓯海地区汉坦病毒的分子流行病学调查

目的研究温州市瓯海地区宿主携带汉坦病毒的状况和型别。方法经间接免疫荧光（IFA）试验初筛为阳性的鼠肺标本,用巢式RT—PCR扩增阳性标本中汉坦病毒的S基因片段上的目的核苷酸序列（620～999nt）,并以ClustalX（1．831和Phylip3．63构建系统进化树进行分型和分子进化分析。结果温州市瓯海地区共捕获啮齿动物148只,5份鼠肺标本中汉坦病毒抗原阳性,其中褐家鼠3只,黄胸鼠2只,病毒携带率为3．38％,与汉坦病毒分型标准比较,均属于SEOV型。结论瓯海地区褐家鼠和黄胸鼠携带S1和S3亚型汉坦病毒,显示出汉坦病毒的多样性。     

肾综合征出血热汉坦病毒分型及序列特征的研究

目的 分析黑龙江省肾综合征出血热（HFRS）患者携带汉坦病毒的基因型别及序列特征.方法 采集临床诊断为肾综合征出血热病人的全血60例,其中通过金标法检测出血热特异性抗体阳性40例、阴性20例,血凝块提取汉坦病毒RNA,应用RT-Nest-PCR及核苷酸序列测定分型技术对黑龙江地区的汉坦病毒进行分型研究,设计汉坦病毒M片段通用引物（MOF,MOR）及HTNV和SEOV的M片段特异性引物（HTNMF、HTNMR,SEOMF、SEOMR）,应用Nest-PCR进行扩增,回收阳性扩增产物进行基因序列测定,将所测基因序列与国内外HV病毒株序列进行核苷酸同源性分析,构建M基因种系进化树.结果 出血热特异性抗体阳性的病例中扩增出HTN型19份,抗体阴性的病例中扩增出HTN型1份、SEO型l份.总体来看黑龙江省流行的汉坦病毒毒株主要为HTN型和SEO型,以HTN型为主.经核苷酸及氨基酸同源性和种系进化分析表明其黑龙江地区的病毒株同源性较高,其中HTN型与76 ～ 118株同源性较高,SEO型与Z37株的同源性较高.结论 黑龙江省的HV感染病例多为HTN型,与其他GenBank中的各地标准株的核苷酸及推导的氨基酸序列均有一定差异,在系统进化树中分析HTN型与76-118株较为接近.SEO型与国内Z37较为接近.结合临床症状发现其临床症状较为相似的在系统进化发生树中较为接近.     

河北省肾综合征出血热主要流行区鼠携带汉坦病毒基因序列分析

目的了解河北省肾综合征出血热（haemorrhagic fever with renal syndrome,HFRS）主要流行区汉坦病毒主要流行株的基因型及其变异情况。方法收集2012年河北省东北部地区捕获的啮齿动物,均为褐家鼠,取鼠肺组织,用间接免疫荧光法（indirect immunofluorescence assay,IFA）检测,抗原阳性的标本进行汉坦病毒（Hantavirus,HV）M部分片段扩增并测序,与该地区以往序列及其他部分标准株进行系统发生树及同源性分析。结果收集164份鼠肺标本,经IFA检测26份阳性,挑选9份有代表意义的标本进行逆转录巢式PCR扩增,9份鼠肺标本经RT-PCR检测均为汉城（SEO）型HV,病毒间变异不大,同源性达95.2%~100.0%。以往测序株与新测序株比较同源性为99.0%~100.0%。系统发生树分析结果表明9份标本均为SEO型HV,且为S3亚型。结论河北省HFRS主要流行区HV以SEO型为主,亚型为S3亚型。同型HV基因相对保守,具有区域稳定性特征。     

大仓鼠携带汉坦病毒全S、部分M核苷酸序列特征分析

目的测定从仓鼠亚科宿主动物大仓鼠肺中分离到的汉坦病毒的全S、部分M基因片段的核酸序列,明确其型别。方法RT-PCR方法扩增,连接入PMD-18T载体,转化至JM109宿主菌。阳性质粒进行测序分析。结果YU62株S基因全长1701nt,有一个完整的ORF,起始位置为37 nt,终止于1326 nt,编码N蛋白429个氨基酸。与HTN-A16株核苷酸、氨基酸同源性最高分别为99.1%,99.3%。M片段克隆出1272 bp,核苷酸与HTN-SN7有85.6%的同源性。从S片段种系发生树分析来看,YU62归于HTN型H4亚型。从M片段(265-624 bp)种系发生树分析来看YU62株属于HTN的一个新亚型。结论仓鼠携带的汉坦病毒S、M片段进化不平行,YU62可能是在大仓鼠体内发生重排的HTN的新亚型。     

汉坦病毒GM04-38株包膜糖蛋白M的基因克隆与序列分析

目的：建立汉坦病毒（HV）包膜糖蛋白M的克隆载体；研究M基因的变异情况，并对其序列进行系统发生树分析。方法：应用逆转录聚合酶链反应（RT—PCR）扩增GM04—38M片段的基因。产物纯化后克隆于PMD-18T载体。经氨苄青霉素筛选，酶切鉴定，并进行序列测定，应用DNASTAR软件将它与世界范围内分离的病毒株同一基因序列分析比较。结果：筛选出含有HVM蛋白基因的克隆。GM04—38株M片段的全基因序列共3651个核苷酸。4种核苷酸的比例分别为：A30．46％。T30．13％，G20．84％。C18．57％。序列同源分析表明。GM04—38株与Z37株核苷酸同源性最高（97.3％）。属于SEO型HV。与其他SEO各株的差别均小于18．0％：绘出了核苷酸系统发生树。结论：成功地建立汉坦病毒M蛋白基因克隆载体：中国不同地区汉坦病毒流行株基因序列存在明显差异。这为研究HV遗传与变异以及制备有效的亚单位疫苗奠定了基础。     

黑龙江省1株汉滩型汉坦病毒的分离及基因鉴定

目的从鼠肺中获得汉坦病毒分离株并进行基因鉴定与分型。方法用组织培养法分离病毒，并进行RT—PCR鉴定，之后对目的片段进行序列测定和序列分析。结果从黑线姬鼠鼠肺中分离到一株汉坦病毒，编号HL83。用汉滩型（HTN）汉坦病毒M基因特异性引物检测得到预计大小的片段，此片段的核苷酸序列分析表明，HL83与HTN型参考毒株的同源性较高，与汉城型（SEO）参考毒株的同源性较低，进化树分析表明HL83位于HTN型所在的支系。结论HL83为HTN型汉坦病毒。     

汉坦病毒西安分离株基因组全序列测定及分析

目的：测定分离自西安地区黑线姬鼠携带的的汉滩病毒毒株XAAal0091712全基因组序列,对各片段进行进化分析。方法：设计各片段引物,采用反转录-聚合酶链反应,分节段扩增各基因片段,直接用PCR产物或克隆入pMDl8-T载体后进行测序分析。结果：汉坦病毒毒株XAAal0091712全基因组由11845个碱基构成,其中A为3800（3l-99％）,C为2085（17．55％）,G为2551（21．47％）,T为3444（28．99％）;分s、M、L3个片段,各片段进化分析显示其与汉滩病毒贵州分离株高度同源。结论：该毒株属汉滩型病毒,与我国贵州地区汉坦病毒同源性较高,分型属于S2／M9／L4。     

应用套式RT—PCR对山东省近年流行的汉坦病毒基因分型的初步研究

目的 研究山东省近年流行的汉坦病毒的基因型别,为山东省汉坦病毒的防治提供依据。方法 使用McAb-IFA,HI分型,R-PCR型技术及核苷酸序列测定技术,对来源于山东省各主要HFRS疫区的98份病人血清进行基因分型,对部分标本PCR产物纯化,采用双脱氧链末端终止法进行核苷酸序列测定,最后用DNA STAR对核苷酸序列进行分析比较。结果 26份恢复期血清中McAb-IFA分型22份为SEO型,HI分型24份SEO型;72份急性期病人血清标本中65例RT－PCR分型为SEO型,获得了来自不同地市汉坦病毒5个样品SEO型;72份急性期病人血清标本中65例RT－PCR分型为SEO型,获得了来自不同地市汉坦病毒5个样品M片段（1343－1630nt)序列;序列比较分析发现,山东省内流行的SEO型汉坦病毒核苷酸的同源性较高,型间差异一般不超过7％,从种系发生树看这些病毒分布在一个分支上,表现出明显的地理聚集现象。结论 近年流行的汉坦病毒仍以SEO型为主,且病毒间同源性较高,故基因重排不是造成近几年HFRS流行的主要原因。     

某部驻区螨类感染肾综合征出血热病毒的分子流行病学调查

目的:了解某部驻区螨类携带肾综合征出血热病毒状况和病毒型别。方法:采集鼠类体表寄生的螨类。应用逆转录-聚合酶链反应(RT-PCR)扩增螨类模板的M片段基因序列,用BLAST软件进行序列分析,并用Clustal X(1.8)进行聚类分析。结果:RT-PCR检测结果显示,1组螨类标本中检测出了汉城型汉坦病毒,对一份阳性标本进行序列测定并分析其核苷酸序列,结果与中国黑龙江的AF28829株、日本的HANG12GP株、朝鲜的HVU38177株和HVU37729株同源性较高。结论:该部驻区鼠类体表寄生的螨类携带汉城型汉坦病毒。     

汉滩病毒西安分离84FLi的M片段全基因序列测定及分析

目的 测定我国肾综合征出血热患者流产胎儿肝脏分离病毒84FLi株的全M片段基因序列，了解其分子基础。方法 采用反转录－聚合酶链反应（RT－PCR），分节段扩增M基因片段的cDNA，直接用PCR产物或克隆人pMD18-T载体后进行测序。结果 84FLi株的全M基因序列组成为：M片段基因共由3616个核苷酸组成，四种核苷酸的比例分别为A30．92％，C18．03％，G21．18％，T29．87％。GC含量为39．21％，AT含量为60．79％，最大开放读码框为41－3448，共编码1135个氨基酸。核苷酸序列同源性分析表明84FLi株与HTN型同源性高于与其他型汉坦病毒的同源性，其中与中国株的同源性较高，与HV114株的同源性为85．5％。与HTNV的国际标准毒株76－118的核苷酸同源性分别为84．0％，氨基酸的同源性为96．0％。结论 84FLi株属于汉滩型病毒，并与分离自国内的汉滩病毒同源性较高。     

云南省祥云县肾综合征出血热流行特征分析

目的了解云南省祥云县肾综合征出血热（HFRS）流行特征和汉坦病毒（HV）宿主动物分布特点。方法收集祥云县2003～2012年HFRS疫情资料并采集病人和健康人血清检测HV抗体。在居民区和野外捕鼠,鼠肺组织标本用直接免疫荧光法检测HV抗原,用RT—PCR法检测Hv核酸。结果祥云县2003～2012年共报告HFRS病例100例,平均年发病率2．18／10万（0．88／10万-4．64／10万）。主要发病地区为云南驿镇、普棚镇和下庄镇。全年均有发病,以男性青壮年农民为主。居民区以褐家鼠和黄胸鼠为优势种,野外以中华姬鼠为优势种。鼠间HV总感染率为6．22％,其中褐家鼠、黄胸鼠和中华姬鼠HV感染率分别为4．38％（14／320）、5．33％（9／169）和13．25％（11／83）,其它阳性鼠种为灰麝驹、臭购鼯、小家鼠、大绒鼠。从8份阳性褐家鼠肺标本中检测到汉城型病毒核酸阳性3份,汉滩型核酸阳性1份。结论祥云县不仅存在着以褐家鼠为主要传染源的HFRS家鼠型疫源地,也存在野鼠型疫源地。近几年发病率上升与较高的鼠密度和鼠间HV感染率有关。     

云南省2008年肾综合征出血热监测研究

目的对云南省肾综合征出血热人间和鼠间疫情进行监测,分析流行病学特点,提供防治参考。方法收集监测点本病疫情资料,并在监测县采集人血清以及鼠肺脏和鼠血清作汉坦病毒抗原或抗体检查。结果2008年全省共报告出血热病例20例。主要发病地区为大理州12例和楚雄州4例。2008年在红河州泸西县、昆明市五华区、大理州祥云县、文山州文山县、曲靖市罗平县、昭通市昭阳区和绥江县的居民区和野外共捕获鼠类19种880只。其中居民区以黄胸鼠和褐家鼠为优势鼠种,野外以大绒鼠、高山姬鼠为优势鼠种,鼠间汉坦病毒总带毒率为3.66%(30/819),阳性鼠种为黄胸鼠、褐家鼠、大绒鼠、社鼠、臭鼩鼱,带病毒率依次为3.09%(10/324)、2.45%(5/204)、10.43%(12/115)、10.00%(1/10)、100.00%(2/2)。结论滇中和滇西北地区为本病主要发病地区。调查地区广泛存在以褐家鼠为主要传染源的家鼠型HFRS疫源地,泸西县还存在以大绒鼠为主要传染源的野鼠型HFRS疫源地。     

湛江地区鼠形动物汉坦病毒自然感染状况调查

目的了解湛江地区鼠形动物种群中汉坦病毒的自然感染情况,为肾综合症出血热针对性的预防和控制提供科学依据。方法用笼夜法在湛江地区捕鼠,捕获的鼠形动物首先进行分类鉴定,然后解剖和股动脉采血,分离血清采用ELISA法检测HFRSIgM抗体。结果在本地区共捕获鼠形动物379只2目2科4属7种。家鼠以褐家鼠为优势鼠种,野鼠以黄毛鼠为优势鼠种。其中不同鼠形动物自然感染率板齿鼠为4.26%,黄毛鼠为3.60%,黄胸鼠为3.57%,褐家鼠为0.90%;其他鼠形动物小家鼠、屋顶鼠、臭鼩鼱感染率均为0。结论湛江地区鼠类自然汉坦病毒感染率较高,存在家鼠和野鼠两型为宿主的汉坦病毒感染。     

沧州市肾综合征出血热疫源地宿主动物监测分析

目的掌握沧州市肾综合征出血热(HFRS)疫源地宿主动物的构成、分布及汉坦病毒携带状况,为HFRS的防制提供科学依据。方法采用夹夜法开展宿主动物调查,采用间接免疫荧光法检测汉坦病毒抗原。结果 1998-2009年居民区鼠密度波动在(0.52～5.19)%之间,鼠带病毒率在(0～27.91)%之间,宿主动物构成以褐家鼠为绝对优势鼠种,占83.03%,其次为小家鼠12.88%,大仓鼠和黑线姬鼠分别为3.61%和0.47%。结论褐家鼠是沧州市HFRS主要的宿主动物和传染源,采取以消灭住区褐家鼠为主的综合性防制措施,可以有效控制HFRS的流行。     

Spatial structure of rodent populations and infection patterns of hantavirus in seven villages of Shandong Province from February 2006 to January 2007

Background  Hemorrhagic fever with renal syndrome (HFRS) is endemic in Junan county, Shandong Province, China. We conducted geographic information system (GIS)-based spatial analysis with the objective of estimating the spatial distribution of rodent populations and their hantavirus infection patterns, to describe the spatial relationships of hantavirus strains in small ecological areas and to identify key areas in endemic areas of HFRS for future public health planning and resource allocation.

Methods  Rodent sampling was conducted in seven villages in Junan county from February 2006 to January 2007 using field epidemiological surveillance. Dynamics of hantavirus infection and population densities in rodents were investigated. Spatial statistical techniques including Ripley’ L index and nearest neighbour hierarchical (NNH) clustering analysis were conducted to reveal the spatial structure of rodent populations in seven villages. Phylogenetic analysis and two-dimensional minimal spanning tree (2-D MST) models were employed to describe the spatial relationship of hantavirus strains.

Results  Data showed that Mus musculus was the most common species in our study area, followed by Rattus norvegicus. Ripley’s L index and NNH analysis showed that the spatial distribution of all captured rodents, Mus musculus and Rattus norvegicus in seven villages were clustered and there were hotspot areas of rodent distribution. The branches of 2-D MSTs had similar topologies to those of corresponding phylogenetic trees, and hantavirus strains exhibited obvious connective traces in seven villages.

Conclusions  These results contribute to the understanding of the spatial distribution of rodent populations and hantavirus infection patterns in small areas, and identify priority areas within the epidemic areas for the development of a better prevention strategy against hemorrhagic fever with renal syndrome in a small ecological area.

     

Spatial structure of rodent populations and infection patterns of hantavirus in seven villages of Shandong Province from February 2006 to January 2007

Background Hemorrhagic fever with renal syndrome (HFRS) is endemic in Junan county, Shandong Province, China.We conducted geographic information system (GlS)-based spatial analysis with the objective of estimating the spatial distribution of rodent populations and their hantavirus infection patterns, to describe the spatial relationships of hantavirus strains in small ecological areas and to identify key areas in endemic areas of HFRS for future public health planning and resource allocation.Methods Rodent sampling was conducted in seven villages in Junan county from February 2006 to January 2007 using field epidemiological surveillance. Dynamics of hantavirus infection and population densities in rodents were investigated. Spatial statistical techniques including Ripley' L index and nearest neighbour hierarchical (NNH) clustering analysis were conducted to reveal the spatial structure of rodent populations in seven villages. Phylogenetic analysis and two-dimensional minimal spanning tree (2-D MST) models were employed to describe the spatial relationship of hantavirus strains.Results Data showed that Mus musculus was the most common species in our study area, followed by Rattus norvegicus. Ripley's L index and NNH analysis showed that the spatial distribution of all captured rodents, Mus musculus and Rattus norvegicus in seven villages were clustered and there were hotspot areas of rodent distribution. The branches of 2-D MSTs had similar topologies to those of corresponding phylogenetic trees, and hantavirus strains exhibited obvious connective traces in seven villages.Conclusions These results contribute to the understanding of the spatial distribution of rodent populations and hantavirus infection patterns in small areas, and identify priority areas within the epidemic areas for the development of a better prevention strategy against hemorrhagic fever with renal syndrome in a small ecological area.     

华亭县肾综合征出血热流行特征及监测分析

目的了解华亭县肾综合征出血热流行情况及鼠类种群密度和带病毒情况。方法采用夹夜法捕鼠,用描述流行病学现况分析方法,对1990-2007年华亭县肾综合征出血热报告病例进行分析。结果鼠总带毒率为1.47%,室内以褐家鼠为主,为1.20%。野外以社鼠最高,为7.14%,黑线姬鼠为5.71%。室内鼠种以褐家鼠、小家鼠为优势种群,分别占65.93%、31.85%,平均鼠密度为3.93%;野外以黑线姬鼠、灰仓鼠、大仓鼠、褐家鼠为优势种群,分别占24.14%、23.79%、17.24%、16.90%,平均鼠密度为6.48%。华亭县1990年首次发生肾综合征出血热,1991和1994年发病率分别达35.18/10万和98.86/10万,流行强度为高发水平。1995年发病率陡然下降为5.32/10万,之后连年处于低发水平。结论华亭县肾综合征出血热流行因素仍广泛存在,需进一步加强相关媒介的监测和防控工作。