微卫星标记对WHBE兔封闭群、日本大耳白兔和新西兰兔的遗传分析

目的分析比较大耳白黑眼兔（WHBE兔）封闭群与日本大耳白兔（Jw兔）、新西兰兔（NZW兔）基因组存在的微卫星结构，研究WHBE兔封闭群的微卫星多态性。方法利用21个微卫星位点，通过微卫星分子标记技术对WHBE兔封闭群、Jw兔和NZW兔进行遗传多样性检测和对比。结果根据初步结果，在21对微卫星引物中筛选出扩增产物稳定并且具有多态性的11对引物。WHBE兔封闭群在每个位点上的等位基因数为3～8个不等，11个位点的平均有效等位基因数为2．0402个，平均杂合度为0．4810；Jw兔在每个位点上的等位基因数为2～8个不等，11个位点的平均有效等位基因数为3．6077个，平均杂合度为0．5039；NZW兔在每个位点上的等位基因数为3～9个不等，11个位点的平均有效等位基因数为2．6537个，平均杂合度为0．5334。WHBE兔封闭群在11个微卫星位点上的平均多态信息含量（PIC）为0．6005，多位点累积个体识别率达到100％，多位点累积非父排除概率（CPE）在双亲信息都是未知情况下的为0．9613，而在得知任一亲本信息的情况下，CPE值高达0．9973。在11个微卫星座位中，9个位点上出现了WHBE兔封闭群特有等位基因，其中在Sat2、Sat5、Sat7、Sat12、Sat13、Sat16、S0144和INRACCDDV0003八个位点上WHBE兔封闭群的特有等位基因为一个，在sat8位点上为两个。结论WHBE兔8个位点的平均杂合度、平均有效等位基因数均比JW兔及NZW兔低，说明WHBE兔群体的基因纯合度高于其他两个品系，具有更优的遗传稳定性。9个WHBE兔特有的等位基因可作为区分WHBE兔封闭群和其它两个品系实验兔的分子标记。     

应用微卫星标记对两个豚鼠封闭群的遗传学研究

目的对国内两家不同单位的封闭群豚鼠开展群体遗传学分析,为封闭群豚鼠遗传检测方法和标准的建立提供基础资料。方法应用筛选获得的25个多态性微卫星标记及荧光标记-半自动基因分型技术,对两个不同封闭群豚鼠进行遗传检测,计算其群体遗传学参数。结果在两个豚鼠群体中共发现等位基因121个,每位点等位基因数2~10个,平均4.84个;平均期望杂合度为0.6067;平均多态信息含量为0.552。两个群体分别检测到103和116个等位基因;平均期望杂合度分别为0.5195和0.5838;平均多态信息含量分别为0.459和0.518;两个群体分别有5个位点和6个位点HWE检验P0.05,显著偏离Hardy-Weinberg平衡。杂合子缺失检验表明,两群体在偏离遗传平衡的位点大多数表现出显著的杂合子缺陷(P0.05)。群体间不同微卫星位点的平均Fst值为0.1056,表明两个种群的遗传分化程度为中等;Nei’(1972)遗传距离和Nei’(1978)无偏遗传距离分别为0.3302和0.3204。结论两个种群都符合封闭群动物的群体遗传特征。个别位点偏离遗传平衡,推测在饲养繁殖过程中有一定程度的近交现象存在。     

利用微卫星标记对五指山小型猪近交群的遗传分析

目的 分析五指山小型猪近交群的遗传变异及近交程度.方法 利用26个微卫星基因座对五指山小型猪近交群进行了遗传多样性检测,统计了各位点等位基因组成,并计算它们的平均基因纯合率、平均多态信息含量和平均杂合度.结果 近交群26个基因座的共检测到180个等位基因,平均等位基因数为6.92,平均基因纯合率为56.57％,平均多态信息含量为0.6042,平均杂合度为0.4478.结论 五指山小型猪近交群具有较高的纯合度,保持了一定的遗传稳定性.     

应用微卫星标记研究Dunkin Hartley豚鼠封闭群的遗传背景

目的 检测我国现有Dunkin Hartley 豚鼠封闭的遗传背景,分析评估其遗传多样性水平和遗传分离情况,为建立标准化的豚鼠封闭群监测方法提供基础资料.方法 应用筛选获得的8个微卫星位点,从一个数量为1000的豚鼠封闭群中随机选择72个个体,通过PCR扩增和聚丙烯酰胺凝胶电泳的方法,进行等位基因检测.并根据检测结果分析评估了该豚鼠封闭群的遗传现状.结果 共检测到28个等位基因,每个座位的等位基因数为2～5个,有效等位基因数为1.5191～3.4422,平均2.3093.平均期望杂合度为0.5294.各位点多态信息含量在0.3154～0.6545之间,平均值为0.4687.有5个位点显著偏离Hardy-Weinberg平衡.结论 豚鼠封闭群的遗传多态性处于中等水平,遗传平衡检测结果提示种群的繁殖过程未能实现完全随机交配,近交现象一定程度上存在.本研究的结果将为豚鼠封闭群遗传监测方法和标准的建立提供基础.     

上海地区实验用免微卫星多态性分析

目的对上海地区的3个品系5个种群的家兔进行微卫星多态性分析。方法选择兔的13个微卫星位点,分析了上海地区3个品系家兔群体的遗传变异。结果新西兰兔、日本大耳兔、青紫兰兔3个品系（种）兔群体内的平均多态信息含量分别为0．3123、0．2012、0．1328;平均杂合度分别为0．4091、0．3472、0．2222;对三种群兔之间的遗传距离分析发现新西兰兔和日本大耳兔之间的遗传距离较低,青紫兰兔和其他两种兔的遗传距离较远。结论新西兰兔种群杂合度较高,青紫兰兔种群杂合度相对较低。     

实验兔三个封闭群微卫星DNA多态性遗传分析

目的对日本大耳白兔、青紫蓝兔、新西兰兔三个封闭群体开展群体遗传学分析。方法利用10个微卫星位点,进行Hardy-Weinberg平衡(HWE)检验,统计三个种群的基因频率、观测杂合度、期望杂合度、F值和遗传距离。结果青紫蓝品种在12L1E11位点,新西兰品种在INRACCDDV0087位点与INRACCDDV0203位点,日本大耳白兔在Sat12位点与INRACCDDV0203,P<0.05,显著偏离HWE,多数表现为杂合子缺陷；三个群体在Sat13、Sol44、6L1F10、7L1F1、12L4A1、INRACCDDV0016点上均符合HWE；各位点平均等位基因数5.9,种群整体基因频率差别较大,其范围为0～0.9060；三个种群的平均观测杂合度为0.6204,平均期望杂合度为0.6178；群体间分化系数(Fst)平均为0.0750,日本大耳白兔和青紫蓝兔遗传距离最近为0.1223, 青紫蓝兔与新西兰兔遗传距离最远为0.1934。结论三个种群的遗传结构均表现出遗传稳定性和均一性,在10个微卫星位点上呈现高度多态性,种群间遗传分化明显。     

RAPD标记技术用于WHBE兔近交系培育中的遗传分析

目的 探讨用随机引物扩增多态性DNA技术对大耳白黑眼兔近交系培育中的遗传监测作用.方法 选用F4、F5、F6和F7代共70只WHBE兔的皮肤组织样品提取基因组DNA,用60个随机引物对基因组DNA进行PCR扩增,根据电泳结果筛选出其中25个多态性较高的引物进行RAPD-PCR分析,再利用Popgene 3.2统计软件对共检测到的584个扩增片段进行遗传分析,获得实验数据.结果 ①F4代扩增得到124条片段,F5代扩增得到150条片段,F6扩增得到152条片段,F7代扩增得到158条条带;其中F4代与F5代的共有条带数为105,F5代与F6代的共有条带数为119,F6代与F7代的共有条带数为125.②F4代与F5代的遗传相似度为0.7674,F5代与F6代的遗传相似度为0.7984,F6代与F7代的遗传相似度为0.8092.结论 随着WHBE兔近交培育代数的增加,遗传相似度呈上升趋势,说明RAPD技术可以用于WHBE兔近交系培育的遗传检测.     

无特定病原体金定鸭微卫星DNA遗传多样性分析

目的 利用微卫星标记对无特定病原体金定鸭群进行遗传多样性分析。方法 采用微卫星标记,对SPF金定鸭种群中71个个体进行遗传多样性分析。结果SPF金定鸭种群中17个位点上共检测到119个等位基因,每个微卫星座位上等位基因数介于3～13;该SPF金定鸭群体中有13个位点（PIC > 0.5）呈现出高度多态,平均杂合度为0.5816 ± 0.0142,其它位点均呈现出中度多态。仅有5个位点处于Hardy-Weinberg平衡状态,其余12个位点显著偏离Hardy-Weinberg平衡,达到极显著水平（P<0.01）。结论 该SPF金定鸭群体内均存在丰富的遗传多样性,满足建立封闭群的遗传特征,可以利用该群体继续开展无特定病原体金定鸭封闭群的建立。     

三个远交系豚鼠微卫星遗传结构分析

目的评估我校培育的三个远交系豚鼠种群的微卫星遗传结构,筛选不同种群间呈现差异等位基因的微卫星位点,为今后豚鼠遗传育种及应用提供资料。方法使用45对引物通过PCR及电泳技术,对我校三个豚鼠种群的微卫星DNA进行扩增分析,计算各位点等位基因多态性等参数,并筛选出种群间等位基因呈差异变化的微卫星位点。结果所有微卫星位点在豚鼠种群中呈多态性变化,各位点等位基因数2～7不等,平均位点基因数2.29,平均有效基因数1.74;平均期望杂合度为0.39,平均观测杂合度为0.21,多态信息含量的可信范围为0.0739～0.6443,平均PIC为0.32,68.9%的位点呈中度多态性;总Hardy-Weinberg平衡P值平均为0.1734,各种群均为P 0.05,但对每个位点的基因平衡状态来讲,共有20个位点极显著偏离Hardy-Weinberg平衡,种群平均偏离指数D为-0.407;平均分化指数Fst为0.136,平均基因流Nm为5.835,还阐明了种群间的Nei遗传距离及遗传相似度。结论三个豚鼠种群遗传呈中度多态性变化,种群间平均遗传差异无显著性,遗传相似度较高。群体遗传偏离Hardy-Weinberg平衡较突出,出现严重的近交现象,群体处于中等遗传变异水平,但较高的基因流动阻止了遗传分化发生。分析这些问题的原因,主要是本群体繁殖数量偏小,种子选择范围不广泛等,今后在培育过程中要引起重视。本课题还筛选到与不同种群或毛色豚鼠相关的微卫星位点12个,种群特征性微卫星位点7个,可能用于性状基因定位。     

应用微卫星标DNA记对三个封闭群兔遗传分析

目的检测国内日本大耳白兔、青紫蓝兔、新西兰白兔的遗传背景及遗传结构,为封闭群兔遗传检测方法建立和标准化提供基础资料。方法应用18个微卫星标记及荧光标记-半自动基因分型技术对三个群体95个个体进行Hardy-Weinberg检测,统计每个位点等位基因频率、杂合度、F值、遗传距离等信息。结果三个种群平均等位基因观测数为3.167、4.556、3.444,平均观测杂合度为0.444、0.5230、0.4976。18个位点平均多态信息含量(PIC)为0.410、0.549、0.470,日本大耳白兔6个位点HWE检验(P<0.05),显著偏离Hardy-Weinberg平衡,并在Sat13,INRCCDDV0088位点基因型完全纯和,新西兰白兔和青紫蓝兔分别有2个位点显著偏离Hardy-Weinberg平衡。三个种群遗传距离:青紫蓝兔与新西兰白兔遗传距离最近,为0.124,与日本大耳白兔遗传关系最远,为0.320;新西兰白兔与日本大耳白兔较远,为0.310。结论三个种群有各自不同遗传特征,遗传多样性较高,种群间分化明显。个别位点偏离遗传平衡,推测人工繁育过程中存在一定问题。     

国家上海KM小鼠种子群体遗传状况分析

目的 对国家啮齿类实验动物种子中心上海分中心KM小鼠种子群体进行群体遗传质量分析与评价。方法 利用筛选出的30个微卫星位点设计引物,对种群中随机抽取的30只KM小鼠样本进行PCR扩增,扩增产物利用STR扫描技术进行测定,用Popgen1.32软件对所得结果进行处理分析。结果 KM小鼠种子群体共得到123个等位基因型,平均有效等位基因数为2.3989,平均杂合度为0.5342,平均多态性信息含量(PIC)为0.4735。结论 上海分中心KM小鼠种子群体具有良好的遗传稳定性和多样性,符合封闭群动物的群体遗传概貌特征。     

微卫星技术在NIH小鼠群体遗传结构分析中的应用

目的应用微卫星DNA技术对A单位NIH小鼠和B单位NIH小鼠的遗传结构进行对比分析。方法利用30个微卫星位点对2个NIH小鼠种群进行PCR扩增和STR扫描,借助统计软件Popgene 1.32进行群体遗传结构分析。结果 A单位NIH群体获得74个等位基因型,平均杂合度为0.3108,多态性信息含量为0.2637;B单位NIH群体获得76个等位基因型,平均杂合度为0.3257,多态性信息含量为0.2777。群体间比较显示,群体间分化系数为0.3932,遗传一致性指数0.3971,遗传距离为0.9235,群体差异显著。结论两个NIH小鼠群体间存在严重的遗传分化,形成了两个不同的封闭群群体。     

微卫星用于鸡群体遗传结构研究

目的 探索微卫星用于研究实验动物群体遗传结构的可行性。方法 用选自鸡基因组中的20个微卫星标记，对岭南黄鸡100个个体的基因组DNA进行PCR扩增，聚丙烯酰胺电泳后，检测微卫星多态性，并检测出多态位点的等位基因数、平均多态信息含量(PIC)和平均杂合度(H)。结果 在20个微卫星中，有13个微卫星呈现出明显的多态性，其等位基因数为4～7个，平均多态信息含量(PIC)为0．6109，平均杂合度(H)为0．67l2。结论 微卫星是一种研究实验动物群体遗传结构的有效方法。     

西藏小型猪线粒体D-loop区及微卫星多态性的遗传学分析

目的通过分析西藏小型猪线粒体控制区(D-loop区)及微卫星位点的遗传多态性,检测西藏小型猪的遗传背景,从而为其作为实验动物提供分子生物学方面的可靠依据。方法利用特异性引物对西藏小型猪的线粒体D-loop区及10个具有多态性的微卫星位点进行扩增,割胶纯化并对线粒体D-loop区进行测序,另外采用聚丙烯酰胺凝胶电泳的方法分离微卫星位点的等位基因。结果西藏小型猪线粒体D-loop区全序列没有多态性,微卫星位点则具有高度的遗传多态性和杂合度,分别为0.584和0.573。结论西藏小型猪线粒体基因组无多态性,证明其在母系进化和遗传上与其他猪种较为一致,本实验所用的西藏小型猪生长于一个封闭的环境,导致其微卫星位点遗传多态性的中低度水平。     

微卫星DNA与生化标记分析对长爪沙鼠群体遗传分析的比较

目的比较生化标记和微卫星DNA标记方法对长爪沙鼠群体遗传分析的可靠性。方法应用27个生化位点和13个微卫星DNA位点,采用已建立的生化标记和微卫星DNA标记分析方法对国内2个长爪沙鼠群体进行遗传分析,计算并比较两种方法测得的各群体遗传参数。结果生化基因位点中有13个位点在整体中呈现遗传多态性,多态率为48.1%;微卫星位点中有11个位点在整体中表现出多态性,多态率均为84.6%。两种方法测得的平均有效等位基因数趋于一致,微卫星DNA的多态位点百分率和平均杂合度均明显高于生化标记方法。但生化标记和微卫星DNA检测对两个长爪沙鼠群体的遗传多样性差异反映一致,所反映的群体平衡状况也基本一致。结论生化标记分析和微卫星DNA方法均可较好地反映长爪沙鼠群体遗传结构。     

朝鲜族人群F13 A01基因座遗传多态性分布研究

[目的]了解延边地区朝鲜族人群短串联重复序列(STR)基因座F13 A01的遗传多态性分布,获取相应多态位点的群体遗传学数据.[方法]采用PCR扩增技术及聚丙烯酰胺凝胶电泳方法,对107名朝鲜族个体的F13 A01 STR基因座等位基因频率进行分析.[结果]在F13 A01基因座中分别检出4种等位基因和9种不同的基因型,分析基因型观察值和期望值,其基因座多态性分布符合Hardy-Weinberg平衡定律;分析遗传指标,杂合度大于0.608,多态信息含量大于0.590,个人识别力及非父排除率分别为0.805,0.300.[结论]F13 A01基因座具有较高的个人识别力、杂合度及多态性信息量,是较理想的遗传标记系统.     

北京中国农大小型猪三个亚系群体的遗传状况分析

目的对北京地区中国农大小型猪三个亚系群体进行遗传质量评价与分析。方法利用DB11/T828.3-2011中的25对微卫星引物,对3个中国农大小型猪亚系群体进行微卫星分型,利用群体遗传分析软件Popgen32对所得结果进行处理分析。结果农大I系、农大II系和农大III系小型猪群体分别得到130、122和138个等位基因,平均杂合度分别为0.6759、0.5967、0.6779,平均多态信息含量(PIC)分别为0.6344、0.5540、0.6403;农大II系和农大III系的遗传距离为0.4251,农大I系与农大II系的遗传距离为0.2084。结论三个亚系中,农大II系和农大III系小型猪均具有较好的遗传多样性和稳定性,符合封闭群动物的群体遗传特征。     

诸氏鲻虾虎鱼多态性微卫星标记的开发及评价

目的 开发诸氏鲻虾虎鱼（Mugilogobius chulae）多态性微卫星标记，为诸氏鲻虾虎鱼的遗传背景评价提供基础数据。方法 采用磁珠富集法，以生物素标记的(AC)15为探针，构建了诸氏鲻虾虎鱼微卫星富集文库。经克隆、筛选、测序后，设计合成微卫星引物，利用野生群体对微卫星引物进行多态性筛选和评价。结果 共获得74个含有微卫星重复单元的序列，根据微卫星序列共设计出33对微卫星引物。利用30个野生诸氏鲻虾虎鱼样本对33对引物的微卫星位点进行了评价，其中有12个位点表现出多态性，平均有效等位基因数（Ne）、观测杂合度（Ho）、期望杂合度（He）及多态信息含量（PIC）分别为2.9167、2.2311、0.4583、0.5633和0.4474。结论 本研究为我国本土小型海水鱼类诸氏鲻虾虎鱼微卫星标记的首次开发，所筛选的微卫星标记将为诸氏鲻虾虎鱼遗传质量控制及监测提供了实验依据。     

WHBE兔、日本大耳白兔和新西兰兔遗传多样性的RAPD分析

目的 应用随机引物扩增多态性DNA技术 （random amplified polymorphic DNA,RAPD） 对大耳白黑眼兔（white hair black eyes rabbit,WHBE rabbit）、日本大耳白兔（Japanese white rabbit,JW rabbit）和新西兰兔（New Zealand white rabbit,NZW rabbit） 3个实验兔品系进行遗传分析。方法 选用90只实验兔的皮肤组织样品提取基因组DNA,用60个随机引物对实验兔基因组DNA进行PCR扩增,根据电泳结果筛选出多态性较高的引物进行RAPD-PCR分析,再利用Popgene 3.2统计软件对3个品系的扩增条带进行遗传分析,获得实验数据。结果 分析结果表明：（1） 60个随机引物中筛选出25个多态性较高的引物,3个品系实验兔共检测到493个扩增片段,长度在100 ~1800 bp之间,筛选的25个引物中,其中16个引物既可扩增出3个品系共同的DNA条带,也可扩增出WHBE兔特有的特征条带;（2） WHBE兔位点数为234个,其中多态位点数166个,多态位点比为70.94%,JW兔位点数为228个,其中多态位点数122个,多态位点比为53.51%,NZW兔位点数为231个,其中多态位点数94个,多态位点比为40.69%;（3） 三个群体的Shannon多样性指数分别为0.3385,0.2222和0.1905;（4） JW兔和NZW兔的遗传相似系数最高,为0.8443,其次为WHBE兔和JW兔的遗传相似系数,为0.8204,WHBE兔和NZW兔的遗传相似系数最低,为0.7862。结论 结果表明WHBE兔与JW兔和NZW兔之间有遗传的相似性,也存在着遗传差异,应用RAPD技术可以很好地检测实验兔不同品系之间以及同一品系不同个体之间的亲缘关系。