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相似文献
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1.
目的 :对板蓝根颗粒进行网络药理学的研究,阐明其药效物质基础,进一步探索其药效成分的潜在靶标。方法 :采用包括口服可利用度预测、类药性评估、主成分分析、分子对接模拟以及药效分子-靶标网络的分析等方法于一体的网络药理学模型,研究板蓝根颗粒所含中药组分。结果 :18个主要药效分子与45个治疗上呼吸道感染的靶标具有高网络度,且分子对接计算得出10个关键药效分子与靶标具有较强的结合能,推断其"多组分-多靶点"的方式来发挥治疗上呼吸道感染的作用。结论 :借助网络药理学技术可初步明确板蓝根颗粒治疗上呼吸道感染的药效物质基础及其潜在的分子作用机制。  相似文献   

2.
目的基于网络药理学和分子对接技术探讨冠心Ⅲ号方治疗冠心病潜在分子机制。方法通过查询TCMSP数据库获取冠心Ⅲ号方的活性成分及作用靶点,通过TTD数据库、OMIM数据库、Gene Cards数据库、Drug Bank数据库、Pharm Gkb数据库获取治疗冠心病的作用靶点,使用Venn Diagram取药物和疾病共有交集靶点,利用String数据库对靶点构建蛋白互作网络,并利用R语言进行KEGG及GO分析,使用CB-DOCK数据库进行分子对接。结果筛选后得到冠心Ⅲ号方作用于冠心病的有效成分88个,靶点294个,和治疗冠心病靶点有239个共有靶点。MAPK1、MAPK3、ATK1、STAT3、JUN是整个网络的节点蛋白,涉及PI3K-AKT、血流剪切应力与动脉粥样硬化等信号通路,参与氧化应激、脂多糖应激等反应。分子对接结果表明冠心Ⅲ号方的主要有效成分与靶蛋白的结合力较强。结论冠心Ⅲ号方可能通过PI3K-Akt信号通路治疗冠心病。  相似文献   

3.
目的 运用网络药理学和分子对接技术,探究宣肺润燥解毒方治疗新冠肺炎的分子机制。方法 利用中药系统药理学数据库与分析平台(TCMSP)、TCMID数据库筛选宣肺润燥解毒方活性成分,利用有关数据库筛选新冠肺炎相关靶点。以Cytoscape软件构建“药物-化合物-靶点”网络,并用分子对接验证有效成分与靶点亲和力。结果 筛选出宣肺润燥解毒方有效成分3019个,潜在靶点525个。分子对接结果显示活性成分槲皮素、木犀草素、汉黄芩素与关键靶点ATK1、TNF、TP53具有良好亲和力。结论 本研究初步明确宣肺润燥解毒方通过多成分-多靶点-多通路治疗新冠肺炎的作用机制,为深入研究宣肺润燥解毒方治疗新冠肺炎的作用机制提供了前期参考。  相似文献   

4.
目的运用网络药理学方法及分子对接技术对雷公藤治疗肝癌的主要活性成分及其潜在作用机制进行探讨。方法 通过中药系统药理学数据库与分析平台(TCMSP)筛选雷公藤主要活性成分及其预测靶点;在DrugBank、GeneCards、OMIM、TTD数据库中筛选肝癌相关靶点;通过R语言软件映射得到雷公藤治疗肝癌靶点,并绘制韦恩图;在STRING网站构建治疗靶点PPI网络图;应用Cytoscape 软件构建"雷公藤-活性成分-靶点-肝癌"互作网络图;通过R语言软件对治疗靶点进行GO功能分析和KEGG通路富集分析;应用PubChem、RCSB PDB数据库,AutoDock、PyMOL软件对药物潜在活性成分与关键靶点进行分子对接。结果 共筛选出活性成分51个和潜在治疗靶点120个,靶点主要涉及酰胺结合、肽结合、DNA结合转录因子结合等生物学过程,并主要富集于卡波西肉瘤相关疱疹病毒感染、乙型肝炎、流体剪切应力和动脉粥样硬化等信号通路中。分子对接验证显示对接得分大于-5kcal/mol占100%,即所有靶点与成分的结合活性较好。结论 通过网络药理学方法及分子对接技术证实了雷公藤多成分、多靶点、多途径的作用特点,预测了雷公藤治疗肝癌的潜在作用机制,为后续进一步开发和应用提供理论依据。  相似文献   

5.
目的  基于网络药理学和分子对接技术研究泻火消瘿方治疗格雷夫斯病(Graves diseases,GD)的药效物质基础和作用机制。方法  通过数据库收集泻火消瘿方中药材的化学成分及作用靶点集,再检索GD相关靶点集。构建泻火消瘿方治疗GD的“药材-成分-靶点”网络及靶点蛋白相互作用(PPI)网络。进行KEGG和GO富集,预测其作用机制,并进行关联性分析。最后将筛选出的活性成分与关键靶点进行分子对接。结果  获得泻火消瘿方化合物92个,相应靶点227个。PPI网络筛选出了核心靶点18个。得到KEGG通路192条(P < 0.05),GO条目2 385个(P < 0.05),其中BP条目1 988个,CC条目255个,MF条目142个。分子对接结果显示,泻火消瘿方核心成分与潜在关键靶点具有较好的结合活性,与目前可能治疗GD药物的亲和力相近。结论  泻火消瘿方相关作用靶点及代谢通路为进一步研究泻火消瘿方治疗GD的药效物质基础及作用机制提供依据。   相似文献   

6.
目的 对冠心Ⅱ号方的活性成分进行鉴定,探讨其在治疗急性心肌梗死中作用机制.方法 采用高效液相色谱-质谱联用技术(HPLC-MS/MS)对冠心Ⅱ号方的成分进行鉴定;利用中药系统药理数据库筛选出已检测出成分的作用靶点;利用GendCards、OMIM数据库筛选疾病相关靶点;使用STRING平台对靶点进行PPI网络构建;利用Bioconductor数据库对靶点进行GO和KEGG富集分析;利用Cytoscape 3.7.2软件构建中药-成分-靶点-通路-疾病网络图,然后通过拓扑学参数分析获得冠心Ⅱ号方治疗急性心肌梗死的核心靶点,最后将鉴定出的质控成分与核心靶点进行分子对接验证.结果 整合HPLC-MS/MS和网络药理学结果,检测出冠心Ⅱ号方5种化学成分,分别为阿魏酸、芍药苷、羟基红花黄色素A、丹参素、原儿茶醛;筛选出CHRM1、CHRM2、CHRM3、PTGS1、ADRA1A、PLAU、GABRA1、AR、IL6共9个关键靶点,涉及神经活性配体受体相互作用、钙信号通路、胆碱能突触、肌动蛋白细胞骨架调节4条信号通路.分子对接显示,5种质控成分与核心靶点CHRM1具有较好的结合活性,分子构象结合稳定.结论 HPLC-MS/MS可快速、准确检测出冠心Ⅱ号方5种质控成分.联合网络药理学研究对鉴定出的5种成分进行靶点与通路分析,冠心Ⅱ号方5种质控成分可通过与CHRM1靶蛋白结合,调节神经活性配体受体相互作用、钙信号通路、胆碱能突触、肌动蛋白细胞骨架调节信号通路来抑制心梗后的氧化应激、炎症损伤和细胞凋亡,发挥保护心肌细胞的作用.本研究为进一步阐述冠心Ⅱ号方在急性心肌梗死中的作用机制提供了新的思路和方向.但是,冠心Ⅱ号方是否通过上述4条通路发挥作用及通路间的主要作用靶点和通路间相互情况仍需要进一步的实验证明.  相似文献   

7.
[目的]预测锦灯笼中抗炎活性成分发挥作用的分子作用机制。[方法]采用反向分子对接方法,将筛选的锦灯笼的活性成分与药物信息数据库Therapeutic Target Database和Drug Bank检索的抗炎作用靶点进行对比分析,归纳总结出锦灯笼活性成分抗炎作用的潜在靶点,并通过MAS3.0对潜在靶点信息进行基因注释,利用Cytoscape3.4.0软件构建锦灯笼活性成分-靶点-通路-疾病网络并分析。[结果]锦灯笼54个活性成分作用于12个炎症靶点,涉及参与信号转导、蛋白水解和炎症反应等16条相关生物过程的代谢通路。[结论]网络药理学的研究方法预测锦灯笼活性成分,从分子水平解释了锦灯笼抗炎的作用机制,并为了中药多成分、多靶点、多通路的药效机制提供了科学依据。  相似文献   

8.
目的: 利用网络药理学和分子对接技术对葛花-枳椇子治疗酒精性肝损伤(ALI)的潜在作用机制进行研究。方法: 先利用中药系统药理学数据库与分析平台(TCMSP)和Swiss数据库搜集与葛花、枳椇子药材相关的化学成分及作用靶点,并以口服利用度(OB)≥30%和类药性(DL)≥0.18对化合物进行筛选;同时,使用GeneCard、DrugBank数据库获取与ALI相关的靶点,借助韦恩图映射葛花-枳椇子治疗ALI的潜在作用靶点,再采用String数据库和Cytoscape软件构建蛋白-蛋白相互作用网络及“药材-潜在活性成分-作用靶点”相互作用网络;接着在DAVID和Reactome数据库中对潜在作用靶点进行基因本体(GO)和京都基因与基因组百科全书(KEGG)通路富集分析;最后,使用AutoDock Vina软件将潜在活性成分与核心靶点进行分子对接验证。结果: 在葛花-枳椇子中,共筛选出21个与疾病相关的潜在活性成分和431个潜在作用靶点,涉及蛋白结合、ATP结合等273种生物功能及磷脂酰肌醇3-激酶-蛋白激酶B(PI3K-Akt)信号通路、TNF信号通路等90条KEGG代谢通路和信号转导、免疫系统等362条Reactome通路。分子对接结果显示,21个潜在活性成分与核心靶点蛋白激酶B(Akt)1、肿瘤蛋白p53(TP53)、IL-6均有较好的亲和力。结论: 本研究结果揭示了葛花-枳椇子治疗ALI的多成分、多靶点、多途径的作用特点,并预测了可能的药效物质、关键靶点和作用通路,为其新药开发和作用机制研究提供了理论基础。  相似文献   

9.
目的?基于网络药理学和分子对接技术研究清肺口服液治疗新型冠状病毒肺炎(COVID-19)的活性成分。方法?采用中药系统药理学分析平台(TCMSP)检索清肺口服液中药材的化学成分及其作用靶点,通过Cytoscape软件构建清肺口服液治疗病毒性肺炎的“成分-靶点-共有通路”网络模型进行分析,借助分子对接软件将网络中的核心成分与潜在的抗COVID-19作用靶点对接筛选。结果?清肺口服液药材成分靶蛋白进行生物分析共得到KEGG通路129条(P<0.05),病毒性肺炎相关靶蛋白进行生物分析得到KEGG通路104条(P<0.05),其中KEGG共有通路83条。“成分-靶点-共有通路”网络包含成分201个和对应的靶点2?424个。网络中所含的78个核心成分与治疗COVID-19药物潜在作用靶点RdRp、3Clpro和PLpro分子对接结果显示,Phaseol、丹参新醌D、1,2,5,6-四氢丹参酮等核心成分与目前可能治疗COVID-19的多种药物亲和力相近。结论?清肺口服液的多个核心成分可以与多个潜在靶点结合而达到治疗COVID-19的目的,体现了中药多成分、多靶点和多途径的作用特点,可以为现代中药创制提供参考。   相似文献   

10.
目的基于网络药理学和分子对接技术研究柴胡-黄芩药对治疗鼻窦炎的作用机制。方法通过TCMSP数据库筛选出柴胡-黄芩药对中的化学成分及其对应靶点,将Uni Prot数据库筛选的相关药物靶点和Genecards数据库筛选的鼻窦炎疾病靶点相交集;运用STRING平台构建靶蛋白相互作用(PPI)网络;采用Metascape平台对靶点进行GO富集分析,并借助DAVID数据库对靶点进行KEGG富集分析。利用Cytoscape 3.8.0软件构建成分-靶点-通路网络图,最后使用Autodock软件对关键靶点及化合物进行分子对接,选择最佳的结合靶点。结果筛选出相关化合物39个,成分靶点与疾病靶点相交得出92个靶标。其主要活性成分为槲皮素、山奈酚、汉黄芩素、黄芩素、刺槐素、β-谷甾醇这六种。其核心基因为TP53,AKT1,MAPK1,PIK3CG,PTGS2,HSP90AA1等六个。在分子对接中,其主要活性成分与关键靶点对接结果能量均低于-5 kJ/mol。结论通过网络药理学和分子对接系统研究了柴胡-黄芩药对治疗鼻窦炎的潜在有效成分和作用机制,为今后进行深入机制研究提供了依据。  相似文献   

11.
目的 基于网络药理学及分子对接探讨四妙丸治疗高尿酸血症的作用机制。方法 利用 TCMSP、SEA、Swiss 和PharmMapper数据库预测四妙丸活性成分的作用靶点,运用GeneCards和TCD数据库检索与高尿酸血症相关的疾病靶点。使 用Cytoscape 3.6.1构建蛋白质相互作用网络图,通过STRING平台对四妙丸治疗高尿酸血症的靶点进行GO富集分析和KEGG通路分析。利用SwissDock平台进行分子对接,预测主要化合物与关键靶点的结合度。结果 本研究共筛选出四妙丸中的28种活性成分及429个潜在靶点,与高尿酸血症相关的疾病靶点有494个,得到四妙丸与高尿酸血症的共同靶点有118个,并筛选出其中几个关键靶点AKT1、IL-6、JUN、TNF和CASP3进行分子对接,对接结果显示AKT1、IL-6、JUN、TNF和CASP3与小檗红碱、表小檗碱、豆甾醇、谷甾醇等具有良好的结合活性。预测AKT1、IL-6、JUN、TNF和CASP3可能是四妙丸治疗高尿酸血症的关键靶点。KEGG通路富集分析结果显示四妙丸可能通过TNF信号通路、IL-17信号通路、细胞凋亡信号通路等多条信号通路治疗高尿酸血症。结论 四妙丸是通过多组分、多靶点和多途径协同治疗高尿酸血症,为后续进一步研究四妙丸的活性成分及作用机制提供了依据。  相似文献   

12.
  目的  基于网络药理学和分子对接研究健脾解毒方的抗结直肠癌作用机制。  方法  运用TCMSP、TCMID、ETCM数据库预测健脾解毒方有效成分及其作用靶点, 利用GeneCards数据库检索肿瘤相关靶点, 并进行药物-疾病靶点匹配。将共同靶点导入Cytoscape 3.7.2构建PPI网络并进行网络拓扑分析筛选关键靶点。通过R 3.6.3软件对共同靶点进行GO富集分析及KEGG通路富集分析。利用AutoDock平台进行分子对接, 预测有效成分与关键靶点的结合度, 并对关键靶点进行实验验证。  结果  共筛选出健脾解毒方有效成分24种, 肿瘤相关靶点86个, 其中关键靶点为PTGS2、HSP90AA1、PRSS1, 且与主要有效成分槲皮素、山柰酚均具有良好的结合活性。GO富集分析和KEGG通路富集分析提示健脾解毒方可能通过PI3K-Akt信号通路、MAPK信号通路发挥抗结直肠癌作用。实验验证发现健脾解毒方能够下调PTGS2、p38MAPK蛋白及mRNA表达, 而沉默PTGS2基因后健脾解毒方对下游基因p38MAPK的表达无明显调控作用, 且对结肠癌细胞转移能力无明显影响。  结论  健脾解毒方能够抑制结肠癌转移, 其机制与PTGS2介导的p38MAPK信号通路相关。   相似文献   

13.
目的 应用网络药理学和分子对接的方法 ,探讨荆银合剂干预新型冠状病毒肺炎(COVID-19)的分子靶点及可能机制.方法 ? 利用中药系统药理学数据库和分析平台(TCMSP)检索荆银合剂的潜在入血活性成分和靶点.通过GeneCard数据库检索COVID-19相关靶点.利用STRING 10.5软件构建荆银合剂成分靶点与COVID-19靶点的蛋白质-蛋白质相互作用(PPI)网络.利用R 3.6软件进行基因本体(GO)分析和京都基因与基因组百科全书(KEGG)富集分析;采用AutoDock Tools 1.5.6和AutoDock Vina 1.1.2软件进行分子对接研究.结果 根据药动学参数口服生物利用度和类药性筛选出120种活性成分,并获得了与这些成分相关的232个靶点.从GeneCard数据库中获得350个与COVID-19直接相关的靶点,从成分靶点与疾病靶点网络的交集中获得47个靶点,这些靶点主要参与细胞内脂多糖反应、氧化应激反应、对机械刺激的反应等生物学过程.分子功能主要包括细胞因子受体结合、细胞因子活性、受体配体活性等,其机制与低氧诱导因子1信号通路、NF-κB信号通路、细胞凋亡等有关.分子对接结果 显示荆银合剂中槲皮素、木樨草素与6LU7和6M3M蛋白具有一定的亲和力.结论 荆银合剂的活性成分可能通过抗病毒、抗炎、调控细胞周期对COVID-19及其导致的炎症和肺损伤具有潜在的干预作用,研究结果 可为中医药干预COVID-19提供一定的理论基础与科学依据.  相似文献   

14.
目的:识别黄芪-莪术诱导宫颈癌细胞凋亡的靶网络并探讨其配伍机制。方法:通过生物信息学构建宫颈癌疾病总网络并进行GO聚类而获得背景网络,同时通过K-means聚类分析确定潜在关键靶点。通过对背景网络中的凋亡相关子网络进行k-核分解以确定凋亡相关靶网络。通过分子对接和TOPSIS法评估靶网络中潜在关键靶点并确定潜在有效成分。通过CCK-8法、TUNEL染色、流式细胞术以及Western blot分析等细胞分子实验评估黄芪-莪术诱导宫颈癌SiHa细胞凋亡能力并探讨潜在配伍机制。结果:网络药理学分析显示,64个黄芪和44个莪术的潜在有效成分协同作用于14个潜在关键靶点构成的靶网络,同时绝大多数黄芪(60个)和莪术(38个)的成分分别作用于p53 和β-catenin。实验结果表明,黄芪-莪术水提液在24 h和48 h的IC50分别为62.47 mg/mL和50.37 mg/mL。黄芪-莪术水提液能诱导宫颈癌SiHa细胞G0/G1期阻滞并发生早期凋亡。黄芪-莪术水提液能提高p53的表达水平(P <0.05),而对β-catenin的影响不明显(P >0.05)。结论:黄芪-莪术可能通过其多个有效成分协同调控以p53为主的靶网络,使细胞周期阻滞在G0/G1期,从而发挥诱导宫颈癌细胞早期凋亡的作用。  相似文献   

15.
目的 应用网络药理学和分子对接,研究喘可治注射液治疗支气管哮喘的活性成分–靶点–通路及作用机制。方法 借助TCMID和TCMSP数据库、ChemicalBook平台及文献检索获取喘可治注射液中淫羊藿和巴戟天的主要活性成分,运用TCMSP、SwissTargetPrediction、PubChem、GeneCards数据库筛选活性成分靶点,从GeneCards、CTD数据库中获得支气管哮喘靶点,在STRING平台构建蛋白–蛋白相互作用网络,使用OmicShare云平台、DAVID数据库、Origin软件对靶点进行KEGG通路和GO生物过程分析,利用Cytoscape软件构建活性成分–靶点–通路网络图,采用AutoDuck Tools软件对关键活性成分和关键靶点进行分子对接。结果 从喘可治注射液中筛选出9个活性成分,作用于66个支气管哮喘相关靶点,其中18个关键靶点涉及13条主要信号通路,参与12条主要生物过程。由分子对接可知喘可治注射液中关键活性成分淫羊藿次苷I、蔗果四糖与支气管哮喘关键靶点结合度较高。结论 喘可治注射液可通过多靶点、多通路、多机制治疗支气管哮喘。  相似文献   

16.
目的: 使用网络药理学和分子对接技术研究凉血消斑汤治疗寻常型银屑病的关键成分与靶标,并探讨其可能的作用机制。方法: 从中药系统药理学数据库(traditional Chinese medicine systems pharmacology, TCMSP)、中医药分子机制生物信息学数据库(bioinformatics analysis tool for molecular mechanism of traditional Chinese medicine, BATMAN-TCM)挖掘凉血消斑汤的有效成分并进行靶点预测。在GeneCards数据库中获取寻常型银屑病相关基因。通过Cytoscape 3.7.2软件构建凉血消斑汤成分靶点疾病网络,通过STRING和Metascape分析药物与疾病映射靶标蛋白质的相互作用,并进行富集分析,最后借助AutoDock Vina等软件将核心靶标蛋白与有效成分进行对接验证。结果: 凉血消斑汤治疗寻常型银屑病的关键靶点包括蛋白激酶1(AKT1)、血管内皮生长因子A(VEGFA)、白介素6(IL-6)、JUN蛋白(JUN)及前列腺素内过氧化物合酶2(PTGS2)等,关键的KEGG通路包括IL-17信号通路、PI3K-Akt信号通路及AGE-RAGE信号通路等,其中薯蓣皂苷元、山柰酚、木犀草素、黄芩素与PTGS2、AKT1等靶点的结合能较小。结论: 凉血消斑汤通过直接或间接调控IL-17及PI3K/AKT等信号通路,改善银屑病炎性浸润、角质形成细胞异常分化及异常新生血管生成等病理因素,从而发挥对银屑病的治疗作用。  相似文献   

17.
目的 应用网络药理学及分子对接技术,发现治疗心肌梗死(MI)效果较优的中药,并进一步探讨其药效物质及作用机制。方法 通过TCMSP数据库,根据指定的标准,筛选含有治疗MI的活性成分较多的中药。利用Genecards、OMIM、PharmGkb、PharmMapper数据库获取中药与MI的相关靶标,采用Venny2.1.0软件建立药物靶标与疾病靶标的共同靶标网络。通过R语言对共同靶标进行 GO及 KEGG信号通路富集分析;通过 STRING数据库对共同靶标进行蛋白蛋白相互作用网络构建;通过Cytoscape3.7.2软件中的cytoHubba工具对PPI网络涉及的靶标进行分析并确定关键靶标;通过R语言对关键靶标进行GO及KEGG信号通路富集分析。应用SYBYL-X2.1.1软件对潜在药效物质及关键靶标进行分子对接,以Total Score≥6为参考,筛选药效物质并验证其与关键靶标的对接结合性。复制人脐静脉内皮细胞氧糖剥夺模型,通过蛋白质免疫印迹检测对潜在药效物质与治疗MI的关键靶标进行验证。结果 本研究筛选出丹参、降香含有治疗MI的活性成分较多,涉及PTGS2、KDR等治疗MI的关键靶标16个,主要涉及炎症反应、血管新生、能量代谢与氧化应激等生物过程,HIF-1、VEGF、TNF等信号通路,丹参中的香紫苏醇与PTGS2、降香中的芒柄花黄素与KDR对接Total Score最高。Western blot结果显示,低、中、高计量的紫苏醇与芒柄花黄素分别能够抑制PTGS2与促进KDR的表达,且呈剂量-效应依赖关系,其中中、高剂量组差异具有统计学意义(P<0.05)。结论 中药丹参、降香治疗MI的疗效较优,其作用机制可能与丹参、降香中的潜在药效物质香紫苏醇及芒柄花黄素调控PTGS2与KDR的表达,调节炎症反应、血管新生、氧化应激与能量代谢,进而发挥心肌保护作用有关。  相似文献   

18.
[目的] 运用网络药理学挖掘玉米须干预糖尿病的主要活性成分及其潜在靶标,探讨玉米须对糖尿病的干预机制。[方法] 运用中药系统药理学数据库和分析平台(TCMSP)筛选玉米须活性成分的作用靶标。运用人类表型术语集(HPO),毒性与基因比较数据库(CTD)筛选糖尿病的靶标。采用STRING软件构建玉米须干预糖尿病的中药-疾病靶标网络。[结果] 得到12个活性成分和92个关键靶标,涉及糖尿病的靶标有8个。预测主要与AKT1,INSR,PRKACA等靶标有关。主要参与胰岛素信号通路和AMPK信号通路等途径。[结论] 玉米须可能通过调节AKT1和INSR蛋白参与胰岛素信号通路或AMPK信号通路对2型糖尿病起效,相关靶点及通路和现有的文献报道较为一致,可为其药用、食用的进一步开发提供参考依据。  相似文献   

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