贵州地区丙型肝炎病毒基因亚型分布状态

目的:探讨贵州地区丙型肝炎病毒(HCV)基因亚型分布状态.方法:在164份抗HCV抗体和HCVRNA均阳性的血清标本中,分别提取HCV RNA,通过逆转录巢式PCR(RT nested-PCR)扩增C基因的羧基端至E1基因的氨基端长度为474 bp的片段,测定其核苷酸序列,与GenBank中已知的HCV序列进行系谱分析,确定HCV基因亚型.结果:164份HCV感染者血清标本通过RT-nested均获得阳性条带,特异性和敏感性均较好,序列与系谱分析显示1a3例(1.8％)、1b 58例(35.4％)、2a 2例(1.2％)、3a 25例(15.2％)、3b 38例(23.2％)及6a 35例(21.3％).结论:贵州地区HCV流行的基因亚型有1a,1b,2a,3a,3b,6a共6种,主要为1b、3a、3b和6a亚型,提示贵州地区HCV流行的基因亚型呈现多样性.     

云南省曲靖市非高危人群丙型肝炎病毒基因型分析

目的对曲靖市感染丙型肝炎的非高危人群进行丙型肝炎病毒(HCV)基因分型研究,寻找本地区流行基因型,为丙型肝炎的科学防治提供依据。方法采集住院病人血液,提取RNA,采用HCV特异性引物进行巢式RT-PCR扩增,PCR产物直接测序,采用生物信息学软件进行序列分析。结果共采集228例病人血清,排除具有高危因素影响的血清29例,非高危人群丙型肝炎病人血清199例。共检出4个基因型(1、2、3、6),5个基因亚型(1b、2a、3a、3b和6a),有37例不能鉴别的基因亚型。其中1b型78例(39. 2%)、2a型42例(21. 1%)、3a型15例(7. 5%)、3b型23例(11. 6%)、6a型4例(3. 0%)和未能分型37例(18. 6%)。根据文献检索提取云南省HCV基因分型流行情况,对于HIV/HCV共感染的静脉吸毒者(Intraductal Ultrasonography,IDUS)和静脉吸毒HCV感染者,前3位的基因亚型分别为3b、3a、1b;对于标本来源为医院病人,未进行感染途径分类,前3位的基因亚型分别为1b、3b、2a。结论曲靖市丙型肝炎非高危感染人群主要HCV基因亚型1b型和2a型与我国的主要基因亚型基本一致,与云南省主要的HCV基因亚型略有区别,但与同地区的HIV/HCV共感染的静脉吸毒者HCV基因型有着明显区别。     

广州地区无偿献血人群HCV的基因分型研究

目的 探讨广州地区无偿献血人群中丙型肝炎病毒(HCV)基因型(亚型)的分布.方法 从无偿献血人群中收集HCV RNA阳性标本,通过RT-PCR扩增NS5B基因,阳性结果进行核苷酸序列测定,然后与GenBank中已知序列进行比较和分子进化分析,以确定HCV基因型(亚型).结果 对广州地区69例HCVRNA阳性血液标本进行NS5B基因扩增,扩增阳性67例,其中lb占37.31%(25/67),2a占 4.48%(3/67),3a占7.46%(5/67),3b占4.48%(3/67),6a占44.78%(30/67),6n占1.49%(1/67).结论 HCVlb和6a为广州地区无偿献血人群中流行的主要基因型(亚型).     

海南省163例汉族HCV慢性感染者中的基因型分布

目的了解丙型肝炎病毒(HCV)在海南省汉族HCV慢性感染者中的基因型分布特点。方法选择在海南省人民医院就诊的176份汉族本土HCV慢性感染者(HCV-Ab和HCV RNA均阳性)血清标本,通过提取HCV-RNA,然后使用RT-PCR、巢式PCR(Nested-PCR)方法来扩增Core-E1区并测定其核苷酸序列,最后与已知HCV基因型序列构建系统发育树分析、确定其基因亚型及分布。结果成功提取HCV-RNA和测序的海南省汉族HCV慢性感染者标本为163例,检出阳性率为92.6%,其基因型分布和比率如下:1a型占3.1%(5/163),1b型占33.1%(54/163),2a型占6.7%(11/163),3a型占8.6%(14/163),3b型占14.7%(24/163),6a型占33.7%(55/163)。结论海南省汉族HCV慢性感染者中基因型分布与全国的HCV基因型分布一样,基因型为1a、1b、2a、3a、3b和6a。海南省汉族同属我国汉族HCV传播圈,本研究发现6a是海南省汉族HCV慢性感染者中最主要的基因亚型,提示6a可能在海南省汉族人群中发生迅速传播。     

江苏省南通地区丙型肝炎病毒的分子流行病学分析

目的 :调查南通地区丙型肝炎病毒(hepatitis C virus,HCV)的亚型分布特征。方法 :2012年5—9月间,在南通市第三人民医院收集到109例全血样本用以病毒的RNA提取,RT-PCR扩增和测序。所得的病毒序列与HCV参考序列构建系统发育树。结果:在收集到的109例HCV抗体(Anti-HCV Ig G)阳性样本中,有49例HCV RNA阳性,基于NS5B和C/E2片段构建的进化树显示,南通地区至少流行有1b、2a、3a、3b、6a 5个亚型病毒株。其中,1b是最主要流行的病毒株,占阳性样本中的63.3%;2a次之,占20.4%;3a、3b、6a 3个亚型分别占4.1%、8.2%和4.1%。相较于在普通人群中1b(68.9%)和2a(22.2%)为主要流行的病毒株,6a(50.0%)是静脉吸毒人群中最流行的亚型。结论:多个亚型的HCV病毒株共流行于南通地区,其中1b和2a是最主要流行的病毒株。     

乌鲁木齐地区82例丙型肝炎患者基因型分布研究

目的 观察乌鲁木齐地区丙型肝炎患者的丙型肝炎病毒(HCV)基因型分布情况,了解HCV基因型与民族、年龄的关系.方法 在82份抗HCV抗体和HCV RNA均阳性的血清标本中,分别提取HCV RNA,通过PCR-反向点杂交法进行基因分型检测.结果 82例血清标本检测示,基因分型率95.12%,其中1型占60.26%(47/78),2型占20.51%(16/78),3型占16.67%(13/78), 6型占2.56%(2/78).≤40岁和＞40岁基因型总体分布上存在差异(P＜0.05),维吾尔族、汉族间基因型分布无统计学差异.结论 乌鲁木齐地区流行的HCV基因型为1(1b)、2(2a)、3(3a、3b)、6(6a)4型,1型为流行的主要基因型, 2、3、6型均占相当比例,初步说明乌鲁木齐地区HCV流行的基因型呈现多样性.     

重庆地区丙型肝炎病毒基因型分布及临床意义

目的:了解重庆地区近年来丙型肝炎病毒(hepatitis C virus,HCV)基因型分布、演变和可能的临床意义,为更好防治丙型肝炎提供依据。方法:回顾性研究2010年1月至2013年12月期间在重庆医科大学附属第二医院就诊并有基因分型结果的丙型肝炎患者的基因型分布,并与该地区其它文献报道的数据相比较,探讨基因型演变的可能影响因素。结果:共收集941例HCV感染者,检出4种基因型、9种基因亚型,成功进行基因分型有857例(均为单一基因型,分型率91.1%)。其基因型分布为:1a 30例(3.5%)、1b 238例(27.8%)、2a 42例(4.9%)、2b 1例(0.1%)、3a 132例(15.4%)、3b 244例(28.5%)、3k 6例(0.7%)、6a124例(14.5%)、6b 40例(4.7%)。与5年前的结果比较发现HCV 1b、2a亚型明显下降,3型、6型比例上升,差异具有统计学意义。结论:3b、1b型为目前重庆地区丙型肝炎患者感染HCV的主要基因型,3a、6a型亦占有较大比例,提示重庆地区HCV流行的基因型呈现多样性。     

广州地区丙型肝炎患者HCV基因分型研究

目的研究广州地区丙型肝炎患者HCV基因型分布的变化情况。方法收集207例HCV RAN阳性丙型肝炎患者血清,对其HCV Core区(C区)和NS5B区基因序列进行RT-nPCR扩增,两区扩增成功的PCR产物进行基因测序,测序结果分别与相应的参照株序列比对,构建系统进化树,两区基因分型结果一致者确定HCV基因亚型。结果 185例HCV C区和NS5B区都扩增成功,其中179例两区基因分型结果一致。共检出1、2、3、6型4种基因型和8种基因亚型,其中1b型占40.78%(73/179),6a型占27.37%(49/179),3b型占11.73%(21/179),3a型占8.94%(16/179),2a型占6.15%(11/179),1a型占3.91%(7/179),2b型占0.56%(1/179),6n型占0.56%(1/179)。1b株可分为A、B、C三大簇,A簇与中国广泛流行1b株接近、B簇与中国中部及南部地区流行1b株接近,6a株分为Ⅰ、Ⅱ两大簇,与献血人群及静脉吸毒人群中6a型株接近。结论广州地区丙型肝炎患者HCV基因型以1b、6a、3型为主,存在多种亚型;1b型株包含中国大部分地区的1b型株,6a、3型已取代2a型分别成为第二、三主要流行基因型;未发现6型变异株。     

新疆地区HIV-1/HCV合并感染者HCV 5′UTR基因的遗传进化分析

目的分析新疆地区人类免疫缺陷病毒1型(human immunodeficiency virus type 1,HIV-1)/丙型肝炎病毒(hepatitis C virus,HCV)混合感染者体内HCV各基因型在6个月时间间隔前后基因变化规律,为针对HCV制定预防治疗策略和后续的研究提供基础。方法对新疆地区2013年4月确认为HIV-1抗体阳性的102例感染者进行HCV抗体检测,HCV抗体阳性的研究对象在6个月后(2013年10月)进行第二次采血。对HCV抗体阳性的2次标本抽提血浆病毒RNA,反转录后扩增HCV 5′UTR基因,将所得到的序列与HCV的国际标准株进行比较,确定被检样本的HCV基因型。基于2次采样毒株的序列变异,使用MEGA 6软件计算其基因离散率,使用Beast v1.8.0软件分析起源时间和进化速率。结果 102例HIV-1感染者中有89例(87.25%)HCV抗体阳性,其中成功扩增出HCV 5′UTR基因2次序列的有77例(77/89,86.52%)。HCV 5′UTR基因片段分型结果显示有4种基因型:1a(9/77,11.69%),1b(31/77,40.26%),3a(24/77,31.17%),3b(13/77,16.88%)。HCV的1b基因型6个月后样本的组内基因离散率(0.025±0.007)%明显大于首次采样的(0.001±0.001)%,其他3种基因型的基因离散率在6个月后无明显变化。HCV的5′UTR基因平均进化速率为1.62×10-3(95%HPD 1.52×10-3~5.38×10-3)替换/(位点·年),各基因亚型之间的进化速率相差1~3倍,3a亚型祖先株形成时间最为久远。结论新疆地区HIV-1感染者中静脉吸毒人群合并HCV感染率高,HCV的3种基因型(1a、3b、3a)在HIV-1感染者体内稳定存在,总体变异不大,但1b基因型随着时间的推移相对比较活跃。     

贵州地区丙型肝炎病毒基因分型的研究

目的：了解贵州地区丙型肝炎病毒（HCV ）基因型的分布特点及其与感染途径、性别、年龄因素的关系。方法在198份抗HCV抗体和HCV RNA均阳性的血清标本中,分别提取HCV RNA ,通过逆转录巢式PCR（RT nested-PCR）扩增C基因的羧基端至E1基因的氨基端长度为474 bp的片段,测定其核苷酸序列,与GenBank中已知的 HCV序列进行系谱分析,确定HCV基因亚型。结果198例患者中,HCV 1a型4例（2．0％）;1b型例71例（35．9％）;2a型9例（4．6％）;3a型29例（14．7％）,3b型47例（23．7％）,6a型37例（18．7％）,6d型1例（0．5％）。各基因型在男女性别分布比较,差异无统计学意义（χ2＝6．518, P＝0．885）;不同年龄人群 HCV基因型分布比较,差异有统计学意义（χ2＝49．056,P＝0．005）;不同感染途径人群 HCV基因型分布比较,差异有统计学意义（χ2＝99．245,P＝0．005）。结论贵州地区 HCV 基因型主要为1b型,其次为3b、6a、3a型,同时还存在1a、2a和6d等基因型。HCV基因型与其感染途径有关,基因亚型呈现多样性。     

中国西南三地HCV基因型的分布及临床特征

目的  了解丙型肝炎病毒（HCV）基因型在四川（川）、云南（滇）、贵州（黔）等中国西南地区汉族丙型肝炎患者中的分布及临床特征，为丙型肝炎的防治提供依据。方法  对221例来自川、滇、黔地区的丙型肝炎患者，采用焦磷酸测序法进行HCV基因分型并分析不同基因型丙型肝炎致病性的差异。结果  ①216例HCV- RNA阳性的丙肝患者被成功分型，共发现1、2、3、6等4种常见基因型和1a、1b、2a、2b、3a、3b、6a等7种常见基因亚型，其所占比例为：1a型5.1%（11/216）、1b型36.1%（78/216）、2a型3.7%（8/216）、2b型0.9 %（2/216）、3a型7.4%（16/216）、3b型27.8%（60/216）、6a型17.1%（37/216），此外，还发现其他少见亚型（4a/6n）共4例，占1.9%（4/216）。②川、滇、黔分布前3位的基因亚型分别是3b、1b、6a和3b、1b、2a/3a及1b、6a、3b；男、女患者比例最高的亚型分别是3b（33.1%）和1b（48.3%）；>40岁患者以1b（39.8%）、3b（18.6%）、6a（15.9%）为主；<40岁患者以3b（37.9%）、1b（32.1%）、6a（18.4%）为主；感染方式以输血（血制品）40.1%为主，其他及不明原因者也占较大比例（33.8%）。③急性丙型肝炎、慢性丙型肝炎、丙肝后肝硬化和肝癌4种临床类型的丙型肝炎均以1b型比例最高，其次是3b、6a型；1b型患者的HCV载量及肝功能损害指标均高于其他亚型患者（P <0.05）。结论  川、滇、黔等中国西南部地区HCV-RNA阳性的汉族HCV感染者以1b、3b、6a为优势基因，且呈多样化分布；HCV载量较高的1b亚型，可能更容易导致患者肝功能的损害以及丙型肝炎的慢性化、肝脏的纤维化和癌变。

     

对比分析5'-UTR和NS5b区序列确定广东地区HCV基因亚型

［摘要］ 目的 对比丙型肝炎病毒（HCV）不同区段系统进化分析法基因分型的差异,探讨广东地区丙型肝炎患者的HCV基因亚型分布。方法 RT-PCR分别扩增HCV5'-UTR（71nt-311nt）共241bp和NS5b区（8249nt-8650nt）共402bp的片段。序列分析后进行系统进化分析以确定病毒基因型及亚型。结果 HCV NS5b区段分型74例,其中1b亚型51例,2a亚型10例,6a亚型8例,3a亚型2例,3b亚型2例,1a亚型1例;5'UTR区分型74例,其中1型45例,2型11例,6a亚型10例,3a亚型3例,3b亚型5例;两区段共同分型49例,47例基因型一致,2例不同。结论 对比分析HCV不同区段基因序列,可深化对HCV基因型和亚型的了解。初步表明广东地区慢性丙型肝炎患者HCV基因亚型分布以1b为主;其次为2a、6a,两者比例相当;3b、3a也占有一定比例。 ［关键词］丙型肝炎病毒;基因型;5'-非编码区;NS5b区;系统进化分析     

Study of hepatitis C virus genotype in Guizhou area of southwestern China

OBJECTIVE: To determine the concordance in various hepatitis C (HCV) genotyping methods and to investigate the distribution of HCV genotypes in Guizhou area of Southwest China. METHODS: Serum samples from 206 patients (100 with chronic hepatitis and 106 with hemopathy) were detected for antibody of HCV by second generation enzyme-labelled immunosorbent assay (ELISA). Thirty-five anti-HCV positive samples were detected for HCV RNA by RT-polymerase chain reaction (PCR) and 30 HCV RNA positive samples were determined for their genotypes by three various genotyping methods [PCR with type-specific primers at the core region (primer-set), slot-blot hybridization with type-specific probes at NS5B region (blotting) and the restric fragment length polymorphism analysis of PCR products of 5' NC region (RFLP)]. Ten samples with the known genotype were analysed by the direct sequencing. RESULTS: Of 30 samples with positive HCV RNA, the types of 22 could be classified by three methods, and the genotypes determined by various methods had complete concordance. The types of 6 samples could be classified by two methods and 5 had agreement subtypes. The types of two samples could be classified only by RFLP. Overall, 27 (90.0%) had subtype 1b infection and 3 (10.0%) had subtype 2a infection. The nucleotide sequence of 8 samples with subtype 1b and one with subtype 2a were analysed by the direct sequencing. The subtypes determined by sequence analysis were in complete concordance with those decided by various genotyping methods. CONCLUSIONS: Subtype 1b is the predominent HCV genotype in Guizhou area, while subtype 2a is less common. There was a good concordance with the genotyping results obtained by various HCV genotyping methods.     

2009~2013年四川大学华西医院1 998株丙型肝炎病毒基因分型研究

目的 了解四川大学华西医院近年来检测出的丙型肝炎病毒基因型分布特点。方法 收集2009年1月至2013年12月间在四川大学华西医院就诊的丙型肝炎病毒感染者的基因分型结果,分析基因型分布特征。结果 1 998例丙型肝炎病毒感染者中,共检出5种基因型、15种基因亚型,其中4例为2种基因亚型的混合感染。其基因型或亚型分布:1a型8例（0.40%）、1b型1 368例（68.47%）、1c型18例（0.90%）、2a型78例（3.90%）、2b型1例（0.05%）、2i型16例（0.80%）、3a型291例（14.56%）、3b型154例（7.71%）、3k型4例（0.20%）、5a型1例（0.05%）、6a型50例（2.50%）、6b型3例（0.15%）、6h型1例（0.05%）、6n型1例（0.05%）,混合感染中1b/1c型、1b/6h型、2c/2a型、3b/3k型各1例（各占0.05%）。不同性别间主要基因亚型分布差异无统计学意义（P ＞0.05）,不同年龄段间分布差异有统计学意义（P <0.05）。结论 四川大学华西医院就诊患者丙型肝炎病毒基因亚型主要为1b亚型,其次为3a、3b、2a、6a亚型,同时还存在1a、1c、2b、2i、3k、5a、6b、6h、6n、1b/1c、1b/6 h、2c/2a、3b/3k等单一或混合基因型,提示患者基因型存在多样性。     

青海地区丙型肝炎基因亚型与肝损伤、糖脂代谢

目的探讨青海地区丙型肝炎基因亚型与肝损伤、糖脂代谢相关性。方法收集149例抗-HCV、HCV-RNA均阳性的慢性丙肝患者血清,采用HCV-RNA荧光定量PCR法和反向免疫杂交法检测HCV-RNA载量和基因型,分析青海地区丙型肝炎基因亚型与肝损伤、糖脂代谢相关性。结果 149例检出1 b型61例、2 a型52例、3 b型18例、3 a型6例、6 a型0例、1 b/2 a型1例;性别以男性为主;年龄主要分布在30-60岁。1 b、2 a、3 b型丙肝患者CHOL存在统计学差异（P〈0.05）;1 b、3 b型丙肝患者GLU含量高,和2 a型患者比较存在统计学差异（P〈0.05）;其他指标无统计学差异。结论青海地区人群中HCV的基因亚型以1 b和2 a型为主,混有少量3 b和3 a型。1 b、2 a和3 b型糖、脂代谢存在差异性,HCV感染后易合并糖尿病和高脂血症。     

南宁市102例HIV/HCV共感染者HCV基因型特征分析

目的了解南宁市静脉注射吸毒人群(IDUs)中HIV/HCV共感染者HCV基因亚型流行情况。方法收集2012—2014年间南宁市静脉注射吸毒人员HIV/HCV共感染者血浆样本总共108份,设计特异性引物,通过巢式PCR对HCV NS5B区域长339 bp的片段进行扩增并测序,构建系统进化树对HCV进行基因分型。结果 108份血浆样本中巢式PCR成功扩增基因片段102份,系统进化分析显示检出4种HCV基因型含6种基因亚型,各基因亚型所占样本比例为6a 34.31%(35/102)、3b 33.33%(34/102)、1a 20.59%(21/102)、1b 6.87%(7/102)、3a 3.92%(4/102)和2a 0.98%(1/102)。在不同人口学特征时102份样本HCV基因型组成差异无统计学意义(P0.05)。结论南宁市IDUs人群HIV/HCV共感染者中至少存在6种HCV基因亚型流行,6a、3b和1a为主要流行亚型。     

淮北市HCV感染者基因亚型分布特征及1b型天然耐药突变分析

目的：分析淮北市HCV感染病人基因亚型分布特征及1b型天然耐药突变情况，为HCV临床抗病毒治疗和感染防控提供依据。方法：选取2019-2022年就诊于淮北矿工总医院住院的HCV感染者(未经任何DAAs治疗)HCV-RNA阳性血清样本，抽提RNA后逆转录，采用巢式PCR扩增NS5B、NS5A及NS3/4A区域基因序列，产物送交测序公司测序。采用Mega11.0软件对测序结果进行序列比对分析。结果：结果 HCV 1b型(68.63%)为主要亚型，2a型次之(29.41%),此外检出3a型2例(1.96%)。HCV亚型的分布与性别、年龄无明显相关(P>0.05),1b型多见于≥55岁年龄组中。RASs主要类型为：NS5B区C316N(100.00%);NS5A区Q54H(40.47%),Y93H(19.05%);NS3/4A区Q86P(30.88%),I71V+Q86P(19.12%),V170I+Q86P(14.71%)及T72I/A+Q86P(13.24%)。其中突变频率较高的RASs依次为：C316N(100.00%)、Q54H(60.00%)、Q86P(53.78%)、Y93H...     

海南省IDUs和non-IDUs人群中HCV的基因型分布

目的 了解海南省静脉吸毒人群（inject drug users, IDUs）中HCV-Ab、HCV-RNA的情况,以及IDUs与非静脉吸毒人群（non-inject drug users, non-IDUs）中丙型肝炎病毒（Hepatitis C virus, HCV）亚型分布特点。方法 从海南省的美沙酮维持治疗门诊、戒毒所和海南省人民医院住院患者中选择HCV-Ab阳性者检测HCV-RNA,对HCV-RNA阳性者抽取血清进行RT-PCR及巢式PCR扩增Core-E1区并测定其核酸序列、确定其基因亚型。根据是否存在静脉吸毒行为分为IDUs组和non-IDUs组,然后并对两组的资料统计分析。结果 海南省802例美沙酮维持治疗门诊、戒毒所吸毒者中HCV-Ab阳性309例,HCV-Ab阳性率38.53%,其中215例HCV-RNA阳性,阳性率为69.58%。海南省人民医院就诊HCV-RNA阳性者251例,共466例HCV-RNA检测阳性 。466例HCV-RNA阳性者中448例样本成功测序和基因分型及具体如下： IDUs组（320例）中6a（58.75%）是最主要的基因型,其次是3b（16.88%）、3a（15.63%）、1a（4.38%）、1b（2.81%）和非6a（0.93%）;而non-IDUs组（128例）中最主要的基因亚型是1b（30.47%）,其次是6a（28.12%）、3b（10.16%）、3a（3.91%）、1a（7.03%）和非6a（14.84%）,两组亚型之间的差异具有统计学意义(P<0.01)。结论 海南省IDUs人群中HCV感染后自发清除率较高,其感染的主要亚型为6a,其次为3b;但有些地区的IDUs人群中存在其他亚型的小范围流行。     

昆明地区2019年HIV/HCV共感染患者HCV核衣壳蛋白基因分型

目的 基于丙型肝炎病毒（hepatitis C virus, HCV）核衣壳蛋白（nucleocapsid protein）基因序列了解昆明地区人类免疫缺陷病毒（human immunodeficiency virus, HIV）/HCV共感染患者中HCV基因型及基因亚型流行情况。方法 2019年3—8月在云南省传染病医院收集临床诊断为HIV/HCV共感染住院且户籍地为昆明所辖14个县级市、区及县的患者血清,从血清中提取病毒RNA,反转录合成第一链cDNA,采用HCV核衣壳蛋白基因特异性引物进行巢式PCR扩增。结果 共收集到临床诊断疑似HIV/HCV患者样本64例,采用HCV核衣壳蛋白基因特异性引物扩增,其中17例样品扩增阳性。序列分析结果显示,有9例病例的序列与HCV 3b基因亚型序列位于同一个进化分支,核苷酸同源性为93.3%～95.2%;5例病例的序列与HCV 1b基因亚型序列位于同一个进化分支,核苷酸同源性为96.8%～97.6%;1例病例序列与HCV 3a基因亚型序列位于同一个进化分支,核苷酸同源性为95.2%;1例病例序列与HCV 6n基因亚型序列位于同一个进化分支,核苷酸...     

肝炎基因诊断芯片对丙型肝炎病毒基因分型检测的初步研究

目的 研究丙型肝炎病毒（HCV）基因分型诊断芯片的制备和其对丙型肝炎患者血清HCVRNA基因分型诊断的准确性。方法 根据丙型肝炎病毒5′端非编码区末端（5UTR）和C区设计引物和特异性探针,将设计的20条特异性寡核苷酸探针用核苷酸合成仪合成后,配制成浓度为50μmol/ml的点样液,用点样仪点到特殊处理的玻片介质上,制成丙型肝炎病毒基因分型诊断芯片,收集HCVRNA阳性的丙型肝炎患者血清60份作为实验组,健康人血清60份作为对照组,用荧光定量PCR仪对两组血清进行HCVRNA定量检测,实验组血清HCVRNA含量均大于500拷贝/ml,对照组血清HCVRNA含量均小地500拷贝/ml,两组血清进行HCVRNA分离纯化,逆转录反应,巢式PCR扩增后,分别用基因芯片,HCVRNA核酸序列测定法（美国Li-Cor核酸序列测定仪）进行双盲丙型肝炎基因分型检测。结果 实验组血清基因诊断芯片检测均为阳性;基因分型;1b型46例,3a型3例。3b型3例,2a型2例,2b型2例,混合型1b 2a2例。1b 3b型2例;核酸序列测定分型1b型50例,3a型3例,3b型3例,2a型2例,2b型2例;基因诊断芯片检测和核酸序列测定检测的基因分型结果符合率为93.3%。对照组血清基因芯片检测匀阴性。结论 肝炎病毒基因诊断芯片可以用于检测血清HCVRNA,并进行基因诊断分型,准确率较率。