27重SNP系统推断种族来源的效能

目的 验证和评估27-plex SNPs复合扩增系统(简称27重SNP系统)推断种族来源的效能.方法 验证27重SNP系统的灵敏度和种属特异性;用该系统检测非洲、华南地区汉族、回族、苗族、彝族、藏族、维吾尔族、欧洲、中亚、西亚、南亚、东南亚、南美洲等13个人群的533份样本,将其分型数据与HapMap数据库的东亚(CHB)、欧洲(CEU)、非洲(YRI)3个代表人群的分型数据进行聚类分析,分析祖先成分,计算匹配概率;分析46份盲测样本的种族来源.结果 该系统灵敏度达0.125 ng;除猩猩和猴子分别检出20和6个位点,其余动物样本仅在rs10496971位点检出扩增产物;该系统可以进行洲际人群区分,但是无法区分东南亚与东亚人群,无法细分广东汉族与彝族、回族、苗族和藏族等少数民族人群;盲测样本洲际人群推断的准确率为100%.结论 27重SNP系统灵敏度高、特异性好,可准确区分个体的非洲、欧洲或东亚祖先成分.该系统不具备亚人群区分效力,有待后续筛选更多的特异性祖先信息标记,以满足区分东南亚人群以及中国不同族群的需要.     

中国汉族、日本、欧裔和非裔人群SNP始祖多态位点的鉴定

目的:应用全基因组单核苷酸多态性(SNP)基因分型数据及始祖多态位点(AIMs)推断区分人亚群.方法:从国际公共数据库中选取中国汉族、日本人、欧裔和非裔4个人群270个样本4 396 943个SNP位点的基因分型结果.用Perl语言编写数据提取程序,从中得到1 136个群体间等位基因频率差值大于0.3的SNP位点.根据每一个位点在不同人群之间多态性的差异,最终鉴定出44个始祖多态位点.结果:这44个位点联合应用,可以区分其归属于欧裔、非裔、中国汉族或日本人群,并可高度可信地区分中国汉族和日本人群.结论:这一套始祖构成位点的鉴定和应用,为中国人群的疾病关联分析研究、个体医疗、群体遗传学和法庭科学研究等相关科学提供了帮助.     

中国汉族人群CYP2D6、CYP3A4 SNP位点基因多态性分析

目的：通过对药物代谢酶CYP2D6和CYP3A4的相关单核苷酸多态性（single nucleotide polymorphism,SNP）筛选检测,获得其在中国汉族人群中遗传多态性分布的相关数据。方法：筛选11个关于CYP2D6、CYP3A4基因的SNP位点,取192份中国汉族无关个体健康自愿者的血液样本获得基因组DNA,根据单碱基延伸技术通过 GenomeLabTM SNPstreamR 基因分型系统进行SNP分型。结果：本次检测的11个SNP位点在研究人群中全部具有多态性（最小等位基因频率>0.01）,其中7个SNP（RS28624811、RS28670611、RS9623531、RS5758589、RS3735451、RS2246709、RS2404955、RS4646440）位点的等位基因频率在此人群与白种人相比差异具有统计学意义（P<0.01）。结论：汉族人群可能有继承特定的遗传信息,导致与其他人群具有不同药物代谢率。     

HMGB1基因SNP位点实时荧光PCR检测方法的建立

目的建立基于Taq Man探针实时荧光PCR技术的高迁移率族蛋白1(high mobility group box-1 protein,HMGB1)基因单核苷酸多态性(single nucleotide polymorphism,SNP)检测方法。方法收集2014年4月在深圳口岸医院体检的健康人群样本20份,选择HMGB1基因上的2个SNP位点设计常规PCR和实时荧光PCR扩增引物和Taq Man探针,采用基因测序和实时荧光PCR方法对样本进行SNP分型。结果实时荧光PCR方法SNP分型结果显示,在20份样本中的HMGB1基因rs1412125位点检测到TT基因型11例,CC基因型1例,TC基因型8例;HMGB1基因rs3742305位点检测到GG基因型15例,GC基因型5例,未发现CC基因型。这一结果与基因测序方法结论完全一致。结论基于Taq Man探针技术的实时荧光PCR方法进行HMGB1基因SNP分型简单、快速、高效,可用于人群大规模样本的SNP筛查,具有广泛应用的价值。     

海南黎族不同支系Y—SNP的多态性分析

目的分析海南黎族3个支系的Y—SNP的遗传多态性。方法利用Y染色体非重组区NRY的SNP的单倍群分型技术，分别对来自海南省白沙、保亭和乐东等地区的3个黎族支系的206个男性人群样本进行Y—SNP单倍群分型。结果黎族群体共检出4种单倍群，其中O—M175单倍群分布频率相当高。结论黎族3个支系父系族源来源于东亚南部。     

联合高分辨率MRI和micro-CT评价桃红四物汤对兔股骨头坏死的修复作用

目的 比较上海地区常用近交系小鼠单核苷酸多态性(SNP)位点分型情况.方法 采用多重PCR-LDR检测技术,选取上海地区2家单位的10个近交系小鼠,对21条染色体上的44个SNP位点进行分型检测,同时,随机选取上海地区2个近交系品系作为双盲样本,对分型方案进行验证,差异位点利用测序法进行验证.结果 同一来源的10个近交系小鼠,同品系间SNP分型结果完全一致;不同种群来源6个品系SNP分型结果提示,BALB/c,FVB,DBA/2和C3H/He在44个位点上分型结果均相同,CBA和C57BL/6分别在7个和2个位点存在差异;差异位点经测序验证结果与SNP分型方案一致.结论 上海地区常用近交系小鼠中,同一来源的品系中SNP遗传质量具有良好稳定性和一致性,不同种群来源的相同品系间SNP分型存在差异.     

广西壮族人群骨桥蛋白基因位点rs4754多态性研究

目的分析骨桥蛋白基因单核苷酸多态性(single nucleotide polymorphism,SNP)位点rs4754的各等位基因和基因型在广西壮族人群中的分布频率,以及对比其在不同种族中的分布差异。方法采用SNaPshot SNP的分型技术检测150例广西壮族人群骨桥蛋白基因SNP位点rs4754基因型,并对比国际人类基因组单倍型图谱计划(HapMap)上欧洲人群、非洲人群、日本人群以及北京人群的骨桥蛋白基因SNP分型数据,分析这几个人群的骨桥蛋白基因SNP位点rs4754的等位基因和基因型频率差异。结果在广西壮族人群中存在骨桥蛋白基因rs4754多态性,骨桥蛋白基因rs4754位点的等位基因和基因型频率在广西壮族人群中与在欧洲人群、非洲人群、日本人群及中国北京人群中差异均具有统计学意义(P<0.001或P<0.01)。结论骨桥蛋白基因SNP位点rs4754等位基因和基因型在广西壮族人群中的分布频率与其他地区人群相比存在差异,不同种族间骨桥蛋白相关疾病临床表现及发病率的差异可能是种族间的差异导致的。     

广西壮族人群IL-27基因位点rs40837多态性研究

目的分析白细胞介素27(IL-27)单核苷酸多态性(SNP)位点rs40837的基因型和等位基因型在广西壮族人群中的分布频率,对比其在不同种族间的分布差异。方法利用SNa Pshot SNP分型技术检测150名广西壮族IL-27基因SNP位点rs40837的基因型,对比国际人类基因组单倍型图谱计划(Hap Map)上中国北京人群、日本人群、欧洲人群和非洲人群的SNP分型数据,分析五个人群的IL-27基因SNP位点rs40837的基因型和等位基因型频率的差异。结果广西壮族人群IL-27基因rs40837位点的基因型与性别无关。其基因型与欧洲人群和中国北京人群相比差异无统计学意义(P>0.05),而与日本人群和非洲人群相比差异有统计学意义(P<0.05)。其等位基因型频率与欧洲人群相比差异无统计学意义(P>0.05),而与中国北京人群、日本人群和非洲人群相比则差异有统计学意义(P<0.05)。结论 IL-27基因SNP位点rs40837的基因型和等位基因型在广西壮族人群中的分布频率与其他种族人群相比可能存在差异,而且这种差异可能是导致某些疾病的发病率和临床表现在不同种族人群间存在差异的因素之一。     

第10号染色体一个祖先信息标记区域的发现及鉴定

目的:应用第10号染色体的HapMap单核苷酸多态性(SNP)基因分型数据及人群聚类分析技术区分人亚群.方法:从HapMap数据库(r23)获取北京汉族人、欧裔和非裔3个人群225个样本的第10号染色体共4660余万个SNPs分型结果,提取在3个群体间等位基因频率差值大于0.3的SNPs,以Genepop 4.0软件计算固定系数(Fst),以Structure 2.3软件进行聚类分析.结果:在3个群体间得到等位基因频率差值大于0.3的SNPs共2910个,位于该染色体长臂末端118000000 bp处的rs10510019、rs10787669、rs713252与rs919613的Fst均大于0.660,平均Fst为0.674,该4个SNPs处于强连锁不平衡状态,形成一个跨度为13455 bp的区域.结论:包含4个SNPs的祖先信息标记区域的发现,可以有效提示某个人是否归属于欧裔、非裔或北京汉族人群,并为组建复合PCR体系提供了备选SNPs.     

无标记探针技术检测IL-6基因启动子单核苷酸多态性

目的：探讨无标记探针技术检测IL-6基因启动子单核苷酸多态性（SNP）的实用性．方法：采用新型荧光染料EvaGreen和无标记探针技术对IL-6基因启动子SNP进行基因分型．以其-597G〉A位点为例设计PCR扩增引物和无标记探针,按PCR扩增效率和产物特异性进行Mg^2＋浓度、不对称PCR引物比例以及模板浓度等条件的优化．并用此优化体系基因分型100例临床标本,杂合型与突变型以测序验证．结果：结果显示EvaGreen荧光PCR检测体系是最适Mg^2＋浓度为2．5mmol／L,不对称PCR引物比例为0．1／0．5umol／L,模板浓度为10ng／10uL的两步法不对称PCR．该体系对100例样本进行IL-6基因～597G〉A位点基因分型,发现7例杂合型和1例突变型,经测序与检测结果一致．结论：无标记探针技术检测基因SNP是一种值得推广的简便易行、低成本、常规化的基因分型方法．