首页 | 本学科首页   官方微博 | 高级检索  
相似文献
 共查询到19条相似文献,搜索用时 138 毫秒
1.
目的构建以miRNA为中心的综合调控网络,探讨关键miRNA、靶基因、转录因子、长链非编码RNA与先天性小耳畸形发病间的关系,为进一步明确病因提供新的研究思路。方法分析小耳畸形残耳软骨与健侧耳软骨间miRNAs差异表达谱,基于24个差异表达的miRNAs,预测靶基因、转录因子和长链非编码RNA,构建综合调控图并对关键节点进行生物信息学分析。结果基于24个差异miRNAs,共预测到154个靶基因,209个转录因子和22个长链非编码RNA。MiR-221/222-3p、miR-320c、miR-3122、miR-4521,靶基因ZEB2、TRPS1、GNAI3、SHOC2、PDPK1、PDPK1,转录因子EP300、STAT1、FOS、KMT2A、RNF2和长链非编码RNA TUG1、MIAT间存在相互调节作用构成关键模块。MiR-221/222-3p可与靶基因TRPS1、ZEB2,转录因子FOS、EP300、STAT1及lncRNA MIAT相互调控,靶基因ZEB2与转录因子STAT1在调控网络中作为关键节点可连接多个靶点构成综合调控网络。结论初步建立了先天性小耳畸形综合调控网络,找到了表达异常的关键miRNAs、靶基因、转录因子和长链非编码RNA,为后期针对各个靶点的验证和基因功能的研究奠定了理论基础,利于进一步探讨关键靶点及其调控网络与先天性小耳畸形间的关系。  相似文献   

2.
目的: 基于生物信息学探讨骨关节炎miRNA mRMA调控网络的作用机制并筛选Hub基因,分析其在骨关节炎中的分子调控机制。方法: 通过GEO数据库获取骨关节炎的miRNA芯片数据集(GSE105027)和mRNA芯片数据集(GSE55235),分析两者的差异表达基因。利用FunRich软件预测差异表达miRNAs的转录因子、功能富集分析及其靶基因预测,再将预测的靶基因与差异表达mRNAs进行交叉匹配,获得miRNA mRNA调控网络。然后利用STRING数据库和Cytoscape软件构建蛋白互作网络,并筛选出Hub基因。最后利用R语言分析Hub基因的主要生物功能与相关信号通路。结果: ① 筛选得到265个miRNAs和838个mRNAs存在差异表达。② 对265个miRNAs进行预测共得到203个转录因子,其中早期生长反应因子1(EGR1)差异最显著。富集分析显示miRNAs主要涉及核碱基、核苷、核苷酸和核酸代谢的调控,调节细胞生长,转录等过程。③ 共预测到3 572个靶基因,依据miRNA和mRNA的负调节关系,筛选出交叉表达负调控的mRNAs 96个、miRNAs 25个。④ 原癌基因Jun(JUN)、原癌基因Fos(FOS)、白介素6(IL-6)、肿瘤坏死因子(TNF)、白介素1β(IL-1β)、趋化因子CXCL8(CXCL8)为蛋白互作网络中的Hub基因。⑤ 富集分析主要涵盖对脂多糖的反应、对细菌来源分子的反应、DNA结合转录因子活性的调节等生物学过程,涉及IL-17、Toll样受体、AGE RAGE、TNF和NOD样受体信号通路。结论: 成功筛选并构建了骨关节炎的miRNA-mRNA调控网络,在一定程度上阐明了miRNA及其靶基因在骨关节炎发生和发展中的分子调控机制。  相似文献   

3.
目的 筛选脾虚证患者血清miRNA表达谱进行生物信息学分析,从miRNA水平探讨脾虚证的发病机制和辨证分型规律。方法 选择高脂血症脾虚证和脾胃湿热证患者各4例,以及健康志愿者5名,提取其血清RNA,进行miRNA定量PCR芯片检测。筛选脾虚证患者血清miRNA表达谱,进行层次聚类、靶基因预测和功能注释等生物信息学分析。结果 筛选出脾虚证患者9个候选血清miRNA,其中6个表达上调,3个表达下调;候选miRNA的表达在脾虚证患者、脾胃湿热证患者及健康志愿者3组样本间存在差异。京都基因与基因组百科全书(KEGG)通路分析结果显示,6个上调miRNA调控的83个靶基因显著富集于7个通路,主要涉及细胞因子-细胞因子受体相互作用通路、病原虫感染性疾病、免疫/炎症相关的信号通路和胰腺癌等;3个下调miRNA调控的365个靶基因显著富集于5个通路,主要涉及神经营养因子信号通路、磷脂酰肌醇信号通路、RNA运输、磷酸肌醇代谢和氨基酸代谢等。结论 本研究筛选出的9个脾虚证患者候选miRNA可作为脾虚证临床辨证的潜在血清标志物,为脾虚证患者发病机制的认识和研究提供依据。  相似文献   

4.
目的 研究miR-196b在调节破骨细胞分化过程中的作用机制。方法 通过构建山羊颅骨缺损模型,分别选取颅骨缺损山羊的颅骨组织和发育正常山羊的颅骨组织作为样本。将收集样本进行基因测序分析,得到两样本中明显差异表达的miRNAs。以这些差异表达的miRNA为对象进行KEGG pathway功能分析,并通过靶基因预测软件预测miR-196b的靶基因,研究miR-196b在破骨细胞分化过程中的作用及其与靶基因的关系。结果 miR-196b在颅骨缺损组中呈高表达(P<0.05),两样本中差异表达的miRNA在破骨细胞分化通路中富集,miR-196b调控的靶基因参与破骨细胞分化的调控通路。结论 高表达的miR-196b参与破骨细胞分化通路中对AKT、JNK、STAT2等靶基因的调控过程。其作用可能对骨组织的代谢产生影响。  相似文献   

5.
目的 运用生物信息学方法研究复发转移乳腺癌组织中的差异表达MicroRNAs,预测其在乳腺癌预后中的分子调控网络。方法 从GEO数据库中获取乳腺癌组织MiRNA表达谱,包括131例10年内无远处转移复发者,79例10年内有复发者。GEO2R在线分析工具筛选差异表达MiRNA,靶基因预测验证数据库预测miRNA靶基因,使用DAVID工具的基因功能注释和通路富集方法对靶基因进行分析。TF-miRNA调控数据库寻找其上游转录因子,Cytoscape软件构建互作网络。结果 复发转移组乳腺癌组织共筛选到差异表达的miRNA 5个,其中表达上调3个,表达下调2个。得到4个相关上游转录因子HIF1A、EGR1、FOXM1、ESR2,与差异miRNA共调控154个的靶基因。靶基因功能集中在BMP信号通路,TGF-β信号通路,细胞骨架组装功能和Rho GTPases信号通路。结论 差异性表达的miRNA包括hsa-miR-210、hsa-miR-33a、hsa-miR-32、hsa-miR-135a、hsa-miR-30a-3p,利用生物信息学方法,能够有效获取信息,为乳腺癌的治疗及预后监测的新策略研究开辟新思路。  相似文献   

6.
目的 miRNAs(microRNAs)是肿瘤重要的调节因子,对细胞增殖、细胞周期的控制、逃避细胞凋亡、组织侵袭及转移、血管形成、无限复制潜力均起到重要的调节作用。文中对肾透明细胞癌(clear cell renal cell carcinoma,ccRCC)与癌旁正常肾组织的差异miRNAs表达谱进行分子网络调控机制分析,找到关键miRNA并验证其靶基因。方法通过TargetScan预测得到差异miRNA调控的所有靶基因,并在筛选后利用GO显著性功能分析和KEGG Pathway显著性分析,构建差异miRNA与靶基因的调控网络。筛选关键miRNA及其靶基因,对miR-199a-5p调控的靶基因进行验证。结果 miR-22、miR-199a-5p、miR-429是调控网络的关键miRNA。转化生长因子β受体1(transforming growth factor-βreceptor 1,TGFBR1)、jun B原癌基因(jun B proto-cologene,JunB)是miR-199a-5p的靶基因。结论 miR-199a-5p通过抑制TGFBR1、JunB的表达在ccRCC进展过程中起到重要的调控作用。  相似文献   

7.
microRNAs(miRNAs)是一类长度约为22 nt的非编码单链小RNA分子,通过其种子序列与靶基因的3’UTR互补并引导沉默复合体(RISC)降解或抑制靶基因的翻译,在转录后水平调控靶基因的表达。一个miRNA可调控多个靶基因,同一个靶基因也可以受多个miRNA调控。最新的研究发现mRNA之间可以通过miRNAs反应原件(MREs)达到相互调控的目的,这种新的调控机制被称作竞争性内源RNA(ceRNAs)假说,这种RNA之间新的对话机制的出现不仅在转录组学水平赋予了mRNAs、长链非编码RNA及假基因的转录产物新的生物学功能,扩大人类基因组中的功能性遗传信息,并且绘制了一个更庞大的miRNAs与mRNA相互调控的网络,为深入研究肿瘤等疾病的发病机制提供新的理论依据。本文从ceRNAs调控网络的成员、ceRNAs调控机制的作用基础、作用方式及ceRNAs与肿瘤等多方面对ceRNAs调控机制的研究进展进行综述。  相似文献   

8.
目的 探讨分化角化型鼻咽癌(NPC)细胞系CNE1和未分化非角化型NPC细胞系C666-1中微小RNA(miRNA)的差异性表达,预测异常表达miRNA的靶基因.方法 常规培养NPC细胞株CNE1和C666-1,分别提取总RNA并进行质检;miRNA芯片技术检测miRNAs的表达并对其表达谱进行差异性分析;采用荧光定量RT-PCR进行验证;运用MIRanda、TargetScan、PicTar、Diana-microT软件预测可能调控的靶基因.结果 通过对NPC中has-miRNA表达谱的差异分析,在CNE1,677个miRNA中上调27个、下调25个.miRNA-323-3p和miRNA-574-5p分别是2个最显著差异表达的miRNA.实时定量PCR证实miRNA-323-3p在CNE1中高表达,而miRNA-574-5p低表达.对上述2个miRNA进行靶基因预测,分别筛选出28和18个靶基因.结论 获得了分化角化型和未分化非角化型NPC细胞miRNA的差异表达谱,部分miRNA可能通过调控其靶基因而参与NPC的发病机制.  相似文献   

9.

目的  研究缺氧对肺腺癌A549细胞中microRNA(miRNA)表达谱的影响,分析靶基因参与的生物学功能和通路。方法  基于miRNA芯片技术和生物信息学分析方法,分析缺氧条件和正常氧条件下培养的A549细胞中差异表达的miRNA,并预测该miRNA的靶基因,分析靶基因参与的生物学功能和通路。结果  本研究共筛选出14个差异表达miRNA,包括9个在缺氧细胞中上调miRNA和5个下调miRNA。上调和下调miRNA的靶基因都参与DNA转录、核染色质修饰等功能,并且都参与Wnt信号、转化生长因子-β信号和丝裂原活化蛋白激酶信号通路。结论  缺氧的肺腺癌A549细胞中miRNA表达谱发生显著改变,一些差异表达miRNA对某些基因具有调控作用。

  相似文献   

10.
池宏波  杨英梅 《浙江医学》2022,44(1):25-27,32
目的对结直肠癌患者血液外泌体差异表达非编码RNA(ncRNA)进行筛选及功能分析,探索结直肠癌的发病机制,为结直肠癌早期诊断分子标志物的筛选及治疗靶点提供理论依据。方法从exoRBase数据库中选取12例结直肠癌患者和32例正常对照者血液外泌体的RNA-seq数据,利用R软件的Limma包筛选差异表达ncRNA和信使RNA(mRNA),预测其结合的微小RNAs(miRNA),构建竞争内源性RNA(ceRNA)网络,并利用R软件的clusterProfiler包和enrichplot包对差异表达mRNAs进行基因本体论(GO)功能富集和京都基因与基因组百科全书(KEGG)通路富集分析。结果结直肠癌组和正常对照组外泌体差异表达基因筛选,共筛选出125个差异表达mRNAs,其中上调表达117个,下调表达8个;52个差异表达长链非编码RNAs(lncRNAs),均为上调表达;81个差异表达环状RNAs(circRNAs),其中上调表达47个,下调表达34个。预测mRNAs和lncRNAs、circRNAs结合的共同miRNAs,构建miRNAs为中心的ceRNA调控网络,包含16个lncRNAs、13个circRNAs、62个miRNAs和25个mRNAs。差异表达mRNAs主要涉及丝裂原活化蛋白激酶(MAPK)信号通路、胰高血糖素信号通路、Fcγ受体介导的吞噬作用等。结论通过生物信息学方法构建ceRNA调控网络,可揭示差异表达基因调控结直肠癌发生、发展的分子机制,有助于临床上指导结直肠癌的早期诊断和精准治疗。  相似文献   

11.
《中华医学杂志(英文版)》2012,125(23):4270-4276
Background  Cervical cancer is one of the most common malignant tumors in women. This study was designed to explore the expression profiles of microRNAs (miRNAs) and mRNAs and the gene regulation network in cervical tumorigenesis and to find candidate molecular markers and key tumorigenic genes in cervical cancer.
Methods  miRNAs and mRNAs expression microarrays were used to detect the expression of miRNAs and mRNAs in normal and cancer cervical tissues. TargetScan 5.0 database (UK) was used to predict the target genes of the miRNAs, analyze their intersection with differentially expressed mRNAs and negatively correlate the intersection with miRNAs. Bioinformatic approaches were used to analyze functions and pathways of the target genes and establish miRNA-gene network.
Results  Twenty-nine miRNAs and 2036 mRNAs were differentially expressed in normal and cervical tumor tissues. Among them, 13 miRNAs and 754 mRNAs were up-regulated in cervical tumor tissues and 16 miRNAs and 1282 RNA were down-regulated. The 327 target genes negatively related to miRNAs in the intersection were involved in functions and signal pathways. Down-regulated miRNAs targeted genes and up-regulated miRNAs targeted genes were involved in 415 and 163 functions, respectively, and in 37 and 17 significant pathways, respectively (P <0.05, false discovery rate (FDR) <0.05). We constructed the miRNAs-gene network and found that hsa-miR-15a, hsa-miR-106b and hsa-miR-20b were key nodes in the network.
Conclusions  The differentially expressed miRNAs and mRNAs in cervical cancer and related miRNA-gene network have been identified. They play important roles in cervical tumorigenesis and are involved in many important biological functions and signal transduction pathways. These findings lay a foundation for research on the molecular mechanism of miRNAs in the pathogenesis of cervical cancer.
  相似文献   

12.
microRNA在食管癌放射抵抗细胞表达谱研究   总被引:2,自引:0,他引:2  
Zheng ZF  Su HF  Zou Y  Peng Z  Wu SX 《中华医学杂志》2011,91(9):639-642
目的 比较食管癌放射抵抗细胞株与其亲本细胞microRNA表达谱的差异.方法 应用Agilent human miRNA芯片检测人食管癌耐放射细胞株KYSE-150R与其亲本细胞KYSE-150的表达谱.GeneSpring GX 10.0.2数据分析挑选差异表达基因.应用软件对筛选出的显著差异表达miRNA的潜在靶基因进行预测并验证.结果 与亲本细胞相比,KYSE-150R中上调超过2倍的miRNA有l0个,为hsa-miR-1539、hsa-miR-1237、hsa-miR-92b等;表达下调超过2倍的有miRNA有25个,为hsa-miR-185、hsa-miR-18b、hsa-miR-17等.软件预测发现其中18个miRNA有潜在的靶基因,10个miRNAs的靶基因多达200个.显著差异表达的miRNA(如hsa-let-7a、hsa-miR-185、hsa-miR-141、hsa-miR-92b、hsa-miR-22和hsa-miR-301a)与放射抵抗密切相关.结论 筛选出的miRNAs可能通过调控其靶基因而参与食管癌放射抵抗,为临床上放射抵抗的逆转提供全新的靶标和策略.
Abstract:
Objective To identify the differential microRNA expression profiles of acquired radioresistant esophageal cell line established by fractionated ionizing radiation (FIR) versus parental cell line. Methods MicroRNA microarray was employed for detection. Bioinformatic software tools were used to predict the target genes of identified microRNAs. For an understanding of miRNA functions, the GO analysis of abundantly differentially expressed targets of miRNAs was performed by GeneOntology Browser. Results Compared with parental cell line, 10 microRNAs (hsa-miR-1539, bsa-miR-1237, hsa-miR-92b, etc. ) were up-regulated over 2-fold and 25 microRNAs (hsa-miR-185, hsa-miR-18b, hsa-miR-17, etc. ) downregulated in KYSE-150R. Eighteen miRNAs had their target genes, 10 of them had the potential to individually target up to 200 mRNAs. Hsa-let-7a, bsa-miR-185, hsa-miR-141, hsa-miR-92b, hsa-miR-22 and hsa-miR-301a were known as important genes associated with radioresistance. Conclusion These results confirm the involvement of miRNA in radiation resistance. It may potentially help to explain the mechanisms of gene regulation in cellular response to radioresistance.  相似文献   

13.
肺癌是全世界因肿瘤导致死亡的最主要原因。尽管肺癌发生的分子网络在蛋白和基因水平上已经部分得到阐明,但是其高死亡率仍没有明显改善。微小RNAs(miRNAs)是一大类小的内源性非编码RNAs,通过与靶mRNA3’端非翻译区部分互补配对,在翻译后水平调节靶基因的表达。miRNAs在肺脏的发育过程中发挥多种作用,其异常表达可能导致肺癌的发生。肺癌中miRNAs的异常表达模式,以及miRNAs在血清中的稳定存在,都使miRNAs有望成为新型的临床生物标记物用于肺癌的诊断和预后。miRNAs还可以直接作为原癌基因或抑癌基因在肺癌发生和发展过程中起重要作用,调节具有致癌或抑癌功能的miRNAs可能成为肺癌治疗的新方法。该文就miRNAs在肺癌诊断、预后和治疗中的作用进行综述。  相似文献   

14.
目的 探讨在高级别浆液性卵巢癌(HGSOC)中的潜在功能性miRNA-mRNA调控网络与复发的相关性及其生物学意义。方法 使用来自癌症和肿瘤基因图谱(TCGA)数据库的HGSOC患者样本表达数据,根据基因本体论生物过程(GO_BP)将HGSOC患者分成不同的亚型,分析不同亚型与复发的相关性;通过基因表达综合(GEO)数据库找到两个与复发相关的数据集,与TCGA数据取交集,获得共同差异表达的miRNAs;预测miRNAs的靶基因,构建与HGSOC复发相关的关键miRNA-mRNA网络;通过RT-qPCR及Western blot检测miR-506-3p与SNAI2的表达水平;双荧光素酶实验验证miR-506-3p与SNAI2的靶向结合;划痕实验及Trans well实验检测miR-506-3p对卵巢癌细胞迁移与侵袭的影响。结果 共筛选出与HGSOC相关通路活性的303个GO 通路,确定两个亚型C1和C2。亚型与复发相关,C1患者的复发概率显著高于C2患者。C1和C2亚型之间的差异表达基因主要富集在上皮间质转化(EMT)通路,GSE25204、GSE73582及TCGA 3个数据集中有5个共同差异表达的miRNAs,共有41个靶基因能在C1和C2亚型之间差异表达的EMT通路中找到,利用这5个miRNAs及41个mRNAs构建与HGSOC复发相关的关键miRNA-mRNA网络。MiR-506-3p与SNAI2靶向结合,上调miR-506-3p抑制了SNAI2表达及降低SKOV3和CAOV3的迁移及侵袭(P<0.05);而敲低miR-506-3p显著上调SNAI2表达水平及增强SKOV3和CAOV3的迁移及侵袭(P<0.05)。结论 miR-506-3p和SNAI2是与HGSOC复发相关的关键分子,miR-506-3p可能通过SNAI2调控卵巢癌细胞的迁移和侵袭影响EMT,对HGSOC的复发有预测价值。  相似文献   

15.
 目的 探讨转化生长因子β 1 (transforming growth factor β 1,TGF-β 1)对胃癌细胞BGC823 microRNA (miRNA)表达谱的影响及其意义。方法 应用microRNA芯片检测TGF β1处理胃癌细胞BGC823前后的miRNA表达谱;对miRNA 表达谱进行差异性分析;实时荧光定量RT PCR验证差异表达的miRNA;用生物信息学技术分析差异表达miRNA可能调控的靶基因及其意义。结果 TGF-β1处理胃癌细胞BGC823 24 h 和36 h后,miRNA的表达谱存在6个相同的差异表达miRNA,包括3个(miR-27a,miR-29b 1和 miR-194)表达上调,3个(miR-193b,miR-574 3p和miR-130b)表达下调。实时荧光定量RT-PCR结果与芯片一致。结论 TGF-β 1能够影响胃癌细胞miRNAs的表达,这些上调或下调表达的miRNAs可能参与了胃癌的浸润转移。  相似文献   

16.
Objective:To screen out blood-stasis syndrome(BSS)-associated microRNA and therefore determine the possible target for treating hypertension.Methods:A high-energy sequencing method and digital gene expression sequencing theory were adopted to sequence microRNA(miRNA) and messenger RNA(mRNA),and to determine differential expression in human umbilical vein endothelial cells incubated with serum samples from hypertension patients with or without BSS,and healthy controls.The results were confirmed using gene prediction software.Results:A total of 13 miRNAs and 11 mRNAs showed statistical difference both in the BSS/normal groups and BSS/non-BSS groups,respectively.Four pairs of target mRNA/miRNA were identified:FRMD4A/hsa-miR-34 a,MAP3K14/hsa-miR-34 a,PER1/hsa-miR-34 a,and FGF2/hsa-miR-132.Conclusion:Four mRNA/miRNA pairs mentioned above seem to be involved in pathogenesis and maintenance of hypertension with BSS.  相似文献   

17.
ObjectiveMany studies have revealed the crucial roles of miRNA in multiple human cancers, including lung adenocarcinoma (LUAD). In this study, we sought to explore new miRNA-mRNA pairs that are associated with LUAD prognosis.MethodsA novel miRNA-mRNA regulatory network associated with prognosis in LUAD was identified and validated using the bioinformatic tools including OncomiR database, StarBase, miRnet, GEPIA2, UALCAN.ResultsTwenty key miRNAs were compiled after the analysis of the expression and prognostic value in OncomiR and StarBase. Targeted mRNAs of these key miRNAs were predicted in miRnet, and the resulting mRNAs were also analyzed for their prognostic values and expression patterns in GEPIA2 and UALCAN, respectively. Further expression correlation analysis was performed in StarBase. Subsequently, a new miRNA-mRNA network was built, of which each RNA pair showed negative expression correlation, opposite expression pattern, and prognostic value. Protein-protein interaction network was under construction for the mRNAs, and 19 hub genes were determined. Enrichment analysis showed that “Cell Cycle, Mitotic” was the most significantly enriched term. Then, a miRNA-hub gene sub-network was built. We selected and validated the regulatory relationship of some miRNA-hub pairs, including hsa-miR-1976/RFC2, hsa-let-7c-5p/RFC2, hsa-let-7c-5p/ESPL1, hsa-let-7c-5p/CDC25A, and hsa-miR-101-3p/KIF2C. Moreover, over-expression of hsa-miR-1976 and hsa-let-7c-5p resulted in significant cell cycle arrest.ConclusionsOur results determined new prognosis-associated miRNA-mRNA pairs and might shed further light on the mechanism via which miRNA-mRNA network influences prognosis in LUAD.  相似文献   

18.
目的 采用生物信息学方法挖掘公共数据库,构建房颤(AF)的内源性RNA(ceRNA)免疫调节网络,了解AF的发生发展机制。 方法 从基因表达数据库(GEO)中下载AF患者和健康对照者环状RNA(circRNA)(GSE129409)、微小RNA(miRNA)(GSE28594)和mRNA(GSE41177)基因表达数据。采用R软件中的“limma”数据包鉴定出差异表达的circRNA、miRNA和mRNA,并通过相关数据库进行可视化展示。通过ENCORI、circBank、TargetScan和miRDB数据库预测差异表达的circRNA、miRNA和mRNA之间的调控关系,并基于circRNA-miRNA对和miRNA-mRNA对构建ceRNA调控网络。采用DAVID数据库对差异表达mRNA(DEmRNA)进行基因本体论(GO)和京都基因和基因组百科全书(KEGG)富集分析以注释其功能。采用受试者工作特征(ROC)曲线筛选最佳基因特征并计算ROC曲线下面积(AUC)。采用CIBERSORT软件分析AF中免疫细胞浸润情况。 结果 共鉴定出103个差异circRNAs、37个差异miRNAs和296个mRNAs(|log2(FC)|>1且P<0.05)。其中预测出与差异表达的circRNA相结合的miRNA 589个,将预测得到miRNA与差异表达miRNA(DEmiRNA)取交集获得9个miRNAs,预测出差异表达miRNA的靶基因3 000个,将预测得到的靶基因与差异表达基因(DEGs)取交集获得32个差异基因。最终,建立了1个由7个circRNAs、5个miRNAs和19个mRNAs组成的circRNA-miRNA-mRNA网络。ceRNA网络中的差异基因主要富集在蛋白质降解、细胞的胞吐作用和蛋白酪氨酸激酶活性等生物过程中。KEGG富集分析,DEGs主要富集在趋化因子信号通路、刺猬信号通路、T淋巴细胞受体信号通路和细胞-细胞因子相互作用等信号通路中。ROC曲线,MAL2、STT3B、SHISA3、ZBTB41、CPNE4、EPHA7、hsa_circ_0006562、hsa_circ_0024957、hsa-miR-199a-5p和hsa-miR-142-3p等具有预测AF的潜在价值(AUC>0.8)。 结论 构建 circRNA-miRNA-mRNA网络为AF中RNA相互作用机制研究提供依据, circRNA可能是AF的潜在治疗靶点。  相似文献   

19.
目的:探讨宫颈癌组织中miR-9表达,并对靶基因进行预测及生物信息学分析,为深入研究miR-9的调控机制及生物学功能提供理论依据。方法应用miRNAs芯片检测宫颈癌组织及正常宫颈组织中miRNAs表达,利用生物学软件对其中上调较明显的miR-9进行靶基因预测,同时利用基因芯片技术筛选转染miR-9后宫颈癌Hela细胞中差异表达的基因,将两者预测靶基因的交集作为miR-9的靶基因进行GO富集分析和生物通路富集分析。结果与正常宫颈组织比较,宫颈癌组织中有15个miRNAs表达为上调,10个miRNAs表达为下调,其中上调较明显的是miR-21和miR-9,下调较明显的是miR-376a和miR-218。芯片所示的miR-9调控的下调基因与软件预测的靶基因交集中共有148个基因,miR-9的预测靶基因富集在细胞内的生物学调控、合成和代谢等生物学过程以及转录调控和蛋白结合等分子功能上,其信号通路富集于调节肌动蛋白细胞骨架、脂质代谢和细胞黏附通路。结论 miR-9在宫颈癌组织中高表达,miR-9预测的靶基因富集于多个生物学功能和生物学过程及与肿瘤相关的信号通路。  相似文献   

设为首页 | 免责声明 | 关于勤云 | 加入收藏

Copyright©北京勤云科技发展有限公司  京ICP备09084417号