空间环境诱导屎肠球菌株的转录组序列测定与分析

目的对屎肠球菌进行全转录组测序,对比空间环境作用后菌株的基因表达差异。方法提取菌株总RNA并进行测序文库构建,利用第二代高通量测序技术进行测序,对原始测序数据进行过滤、组装、注释和分析,并通过比对地面对照菌株的转录组分析空间飞行后屎肠球菌株的基因表达差异。结果空间环境作用于屎肠球菌后,大量基因表达出现差异,包括1 036个基因表达下调,123个基因表达上调,基因本体功能和京都基因与基因组信号通路注释表明差异表达基因主要分布于生长和代谢相关通路。结论屎肠球菌全转录组测序和分析明确,空间飞行后的屎肠球菌生长和代谢相关基因表达改变。     

185株粪肠球菌与屎肠球菌的临床分布及耐药性分析

目的 了解2009至2011年安徽地区粪肠球菌与屎肠球菌的临床分布及耐药情况,为临床合理用药提供参考证据.方法 185株粪肠球菌与屎肠球菌药敏试验采用琼脂稀释法,结果依据CLSI 2010年推荐的标准进行判读.结果 3年临床分离菌株共185株,其中粪肠球菌92株,屎肠球菌93株,主要分离于尿液及分泌物,其中粪肠球菌分别占63.4%和11.8%,屎肠球菌分别占48.9%和16.3%;粪肠球菌对青霉素、氨苄西林、环丙沙星、左氧氟沙星和加替沙星的敏感性高于屎肠球菌,屎肠球菌对万古霉素、替考拉宁和利奈唑胺的敏感性高均达90%以上,粪肠球菌对三者的敏感性均在90%左右,然而无论粪肠球菌和屎肠球菌对红霉素的耐药性均很高,分别为76.3%和92.6%.结论 粪肠球菌与屎肠球菌对不同的抗菌药物的敏感性不同,临床上应加强对粪肠球菌和屎肠球菌的监测及抗菌药物使用的管理,预防和减少耐药菌株的产生.     

四川大学华西医院近5年粪肠球菌和屎肠球菌耐药情况分析

目的 了解四川大学华西医院近5年分离的粪肠球菌和屎肠球菌的临床分布特点及耐药性变化情况,研究肠球菌耐药变迁趋势,为临床合理用药提供依据。方法 收集四川大学华西医院2007年1月至2011年12月分离的2 069株肠球菌,分析其标本分布特征及耐药变化情况。结果 分离出屎肠球菌1 136株,粪肠球菌933株。标本分布为尿液33.5%、分泌物22.7%、血液15.2%及胆汁9.5%。粪肠球菌和屎肠球菌对常用抗生素耐药情况严重,仅对万古霉素及利奈唑胺耐药率较低,粪肠球菌VRE (Vancomycin-resistant enterococci)分离率为1.0%,屎肠球菌VRE分离率为3.8%。屎肠球菌的总体耐药率高于粪肠球菌 （P=0.033）。然而,连续5年数据分析显示,粪肠球菌和屎肠球菌对常用抗生素耐药率有逐年下降的趋势 （P<0.05）。结论 临床治疗肠球菌引起感染时面临困难,万古霉素和利奈唑胺仍是治疗肠球菌感染的有效药物,但万古霉素应合理减少使用频率。临床微生物实验室应加强肠球菌药敏统计和对VRE的监测工作。     

如何快速鉴定临床标本中的粪肠球菌和屎肠球菌

目的建立荧光原位杂交法,快速鉴定临床标本中的粪肠球菌和屎肠球菌。方法将荧光同位素标记的粪肠球菌或屎肠球菌的核糖体16SrRNA及23SrRNA序列互补的寡核苷酸探针,在同一张玻片上杂交30min～1h,用杂交缓冲液洗涤10min,干燥后置显微镜下观察。结果探针的特异性金标准菌株证实,对163例临床标本测试结果与培养法结果比较,2种探针的特异性和敏感性均为100%。结论荧光原位杂交法适宜于临床标本中粪肠球菌和屎肠球菌的快速鉴定。     

屎肠球菌58株耐药性分析

目的:分析所分离58株屎肠球菌的临床分布及耐药性,为其感染治疗提供病原学调查及实验室依据,以指导临床合理用药,降低细菌的耐药性。方法:总结分离培养的屎肠球菌及药物敏感性实验结果,仪器采用美国BD公司的phoenix100全自动微生物鉴定/药敏系统。结果:从各类临床送检标本2257例中共分离屎肠球菌58株,其对万古霉素、替考拉宁、吗啉酮敏感率较高,对红霉素、利福平、环丙沙星、氧氟沙星、左氧沙星、青霉素、氨苄西林耐药率均为100%。高水平庆大霉素和链霉素耐药率分别为95.5%和60%。屎肠球菌对多种抗菌药物的耐药率高于粪肠球菌。结论屎肠球菌是本院临床分离率较高的病原菌,其多重耐药现象较严重。     

临床分离粪肠球菌和屎肠球菌的耐药性监测

目的：了解粪肠球菌和屎肠球菌对抗菌药物的耐药性,为临床提供治疗依据。方法：对住院及门诊病人送检样本中培养分离出316株肠球菌(粪肠球菌126株,屎肠球菌190株)的感染分布与耐药情况进行分析。采用稀释法进行药物敏感试验,结果按美国临床实验室标准化研究所标准判定。结果：屎肠球菌对青霉素G的耐药率最高(93.7%),其次为红霉素、氨苄西林和环丙沙星。粪肠球菌对奎奴普丁/达福普汀耐药率最高为(74%),其次为四环素、红霉素和环丙沙星。粪肠球菌和屎肠球菌对利奈唑胺和万古霉素的耐药率均低于(2%),替考拉宁的耐药率最低均为(0)。结论：粪肠球菌和屎肠球菌对不同抗菌药物的耐药率有较大差异,在抗感染治疗前应先做细菌培养和药物敏感试验,依据报告结果合理选用抗菌药物。     

空间环境诱导褪色沙雷菌LCT-SM166的蛋白质组学分析

目的 分析和鉴定神舟八号飞船搭载褪色沙雷菌的差异表达蛋白质。方法 对神州八号飞船搭载的褪色沙雷LCTSM166及地面对照组LCT-SM213 进行分离并进行16sRNA 鉴定,采用同重同位素相对与绝对定量（isobaric tags for relative and absolute quantitation,iTRAQ） 方法对褪色沙雷菌LCT-SM166 和LCT-SM213 进行蛋白质组质谱检测,分析两株菌的差异表达蛋白。结果 共鉴定到1 713 个蛋白质,LCT-SM166 与LCT-SM213 的差异蛋白组学分析发现了111 个蛋白质表达的改变,其中29 个蛋白表达上调,91 个蛋白表达下调。基因本体论（gene ontology,GO） 功能富集分析显示大多数差异蛋白质主要与能量代谢有关。结论 空间环境可影响褪色沙雷菌大量蛋白质的表达,差异表达蛋白主要分布在代谢相关过程。空间诱变菌株的蛋白质组学研究为后续贯穿组学的研究奠定基础。     

2011—2015年临床分离粪肠球菌和屎肠球菌分布情况及耐药性分析

目的：了解徐州医科大学附属医院2011—2015年粪肠球菌和屎肠球菌的标本来源、科室分布情况及5年间的耐药性变迁。方法：应用梅里埃VITEK2 COMPACT全自动微生物分析系统进行细菌鉴定及抗菌药物敏感试验（MIC法）,结果按美国临床实验室标准化研究所标准（2014版）判定,以WHONET5.6软件分析数据。结果：2011—2015年共分离到999株非重复肠球菌属细菌,以粪肠球菌(494株)和屎肠球菌(386株)为主;菌株来源以尿液最多;粪肠球菌和屎肠球菌在重症医学科明显高于其他科室,其次为泌尿外科;屎肠球菌对一些常用抗菌药物的耐药率明显高于粪肠球菌。结论：本院重症医学科、泌尿外科和急诊ICU是预防控制的重点科室;5年间本院粪肠球菌和屎肠球菌耐药率明显高于CHINET水平,耐药形势严峻,需高度警惕,加强耐药监测和规范临床对抗菌药物的使用。     

粪、屎肠球菌对9种常用抗生素的敏感性分析

目的分析我院2003—2006年临床标本分离的粪、屎肠球菌对9种常用抗生素的敏感性,为临床医生提供粪、尿肠球菌感染的治疗对策。方法应用VITEK-32微生物系统回顾性分析近4a我院粪肠球菌、屎肠球菌对抗生素的敏感性。结果432株粪、屎肠球菌在临床分离的所有肠球菌中占77．0％,其中粪肠球菌为274株（48．8％）,屎肠球菌为158株（28．2％）。粪肠球菌、屎肠球菌51起的感染部位有差异,前3位分离粪肠球菌的临床标本依次为尿液46．0％、脓性分泌物31．0％、痰液18．6％。分离屎肠球菌的临床标本依次为尿液75．9％、脓性分泌物15．8％、痰液5．1％。粪肠球菌对呋喃妥因、力奈唑烷、万古霉素敏感率〉90％,对高浓度的庆大霉素、链霉素、四环素、左氧氟沙星和莫昔沙星敏感率〈50％。屎肠球菌对力奈唑烷、万古霉素敏感率〉90％,对四环素敏感率78％～88％。对高浓度的庆大霉素、链霉素敏感率〈50％,对左氧氟沙星、莫昔沙星、青霉素-G敏感率〈10％。结论临床分离的肠球菌以粪肠球菌、屎肠球菌为主,屎肠球菌对四环素敏感率高于粪肠球菌,屎肠球菌对多种抗生素较粪肠球菌具有更强的耐药性,粪肠球菌和屎肠球菌对万古霉素敏感率89．8％和91．6％。粪肠球菌、屎肠球菌对万古霉素耐药率6．9％和7．0％。     

屎肠球菌医院感染分布特征及耐药性分析

目的了解屎肠球菌在医院感染中分布特征及耐药现状。方法对我院2004年1月～2007年12月住院病人的各种临床标本进行培养分离，采用全自动微生物鉴定仪VITEK·TWO对细菌进行鉴定及药敏检测。结果134株引起医院感染的屎肠球菌主要分布于ICU32．1％（43／134），其次肾内科及神经外科分别为22．3％（30／134）、14．9％（20／134），感染部位以泌尿系统多见共39株占29．1％（39／134），氨基糖甙类高水平耐药屎肠球菌（HLAR）发生率为90．3％（121／134，其对万古霉素、替考拉宁均敏感，对力奈唑烷耐药率4．1％，对β-内酰胺类抗生素的耐药率在90．0％以上，对氟喹诺酮类抗生素的耐药率在85．O％以上。结论万古霉素及替考拉宁是当前治疗屎肠球菌感染较好的抗菌素，临床应合理正确的使用抗生素。     

屎肠球菌类透明质酸酶基因突变株的构建及功能研究

目的构建屎肠球菌类透明质酸酶基因（hyl）突变株,研究hyl基因的功能。方法用自杀质粒pTx4577通过体内同源重组,筛选获得hyl基因的突变株,研究体外hyl基因缺失对突变株生长能力的影响。通过小鼠腹膜炎和兔心内膜炎模型研究体内突变株的毒力情况。结果经同源重组,利用卡那霉素抗性筛选,PCR、脉冲场电泳和Southern印迹进行鉴定获得hyl基因突变株＋hyl,突变株在体外的生长能力低于野生株。小鼠腹膜炎模型中,在相同细菌感染浓度（3．7×10^9CFU／m1）下,野生株TX2466组小鼠在100h内的存活率为0,而＊hyl组小鼠的存活率为50％,差异有统计学意义（P〈0．01）。兔心内膜炎模型中,TX2466组主动脉瓣和壁性赘生物的菌落计数分别为（3．04±0．63）×10^6CFU／g和（6．87±0．58）×10^6CFU／g,而＊hyl组则分别为（0．21±0．06）×10^6CFU／g和（0．66±0．05）×10^6CFU／g,差异有统计学意义（P〈0．01）。结论hyl基因突变株构建成功,hyl基因在屎肠球菌致病中起着重要的作用,可能是屎肠球菌的毒力因子之一。     

空间环境诱导几种常见细菌变异的蛋白质组学研究现状

空间环境由于存在微重力、高真空、极度温差、弱磁场和粒子辐射等因素可诱导细菌产生蛋白组学的变化,进而影响微生物的生物学性状和功能.研究发现褪色沙雷菌、蜡状芽孢杆菌、鼠伤寒沙门菌、大肠埃希菌、屎肠球菌等多种细菌经空间环境诱导后均会出现蛋白组学的变化,本文对这种变化进行综述,为研究细菌在空间环境中的变化等问题提供新思路.     

屎肠球菌临床分离株生物膜形成与毒力基因及ST分型之间的关系

目的 研究临床分离屎肠球菌株生物膜形成与ST分型和毒力基因之间的关系。方法 收集深圳市南山医院2011—2017年临床分离的不重复屎肠球菌共122株,采用结晶紫染色法检测细菌生物膜形成能力,对分离株进行多位点序列分型(MLST)分析, PCR方法检测屎肠球菌临床株毒力基因表面蛋白(esp )、透明质酸酶(hyl )、表面聚集蛋白(asa1 )、明胶酶(gelE )、溶细胞素(cylA )等的分布。结果 122株屎肠球菌生物膜形成阳性率为49.2%,其生物膜形成能力主要表现为弱阳性。屎肠球菌毒力基因检测提示esp 和hyl 检出率分别为39.3%(48/122)和15.6%(19/122),所有菌株未检测到asa1 、gelE 、cylA ;其中esp 阳性与生物膜形成能力相关(P <0.05),而hyl 阳性与生物膜形成能力无相关性(P >0.05)。MLST分型提示屎肠球菌临床株主要为ST78及ST18型,分别为26株及18株,其中ST78与ST18之间生物膜形成能力差异无统计学意义(P >0.05),esp 更常见于ST78分离株。结论 临床分离屎肠球菌生物膜形成能力较弱,其毒力基因esp 阳性更容易形成生物膜,而hyl 与生物膜形成能力无明显相关性,ST78与ST18之间生物膜形成能力无明显差异,esp 更常见于ST78分离株。     

Nosocomial spread of hospital-adapted CC17 vancomycin- resistant Enterococcus faecium in a tertiary-care hospital of Beijing, China

Background  The incidence of vancomycin-resistant enterococci (VRE) appeared to be increasing in China, but very few nosocomial outbreaks have been reported. Our hospital had experienced an outbreak of VRE since March 2008 to March 2009. The objective of this study was to analyze the molecular features of the isolates and the control measures used to eradicate a VRE outbreak in a tertiary institution in China.

Methods  We characterized VRE isolates from 21 infected and 11 colonized inpatients from a single hospital by pulsed field gel electrophoresis (PFGE), multilocus sequence typing (MLST), the analysis of Tn1546-like elements and virulence genes detection. Infection control measures, including more environmental disinfection, screening for VRE colonization, contact precautions, education and strict antibiotic restriction, were implemented to control the outbreak.

Results  During the outbreak, a total of 32 VRE strains were obtained. There were 21 strains found in Emergency Intensive Care Unit (EICU), 9 isolates from Geriatric Ward, and two from other units. All the isolates harbored the vanA gene, however, four of them exhibited the VanB phenotype. Meanwhile, MLST analysis revealed that all isolates belonged to clonal complex (CC) 17. With the infection-control measures, the epidemic was constrained in two units (EICU and Geriatric Ward). After March 2009, no further case infected with VRE was detected in the following one-year period.

Conclusion  The outbreak was controlled by continuous implementation of the infection control programme, and more rigorous infection control policy is needed.

     

肺炎克雷伯菌突变株的分离和全转录组分析

目的 筛选空间环境诱变的肺炎克雷伯菌突变株及并进行全转录组分析.方法 利用Biolog生化反应板从搭载于神舟八号飞船的肺炎克雷伯菌中筛选突变株,然后采用高通量测序技术对突变株全转录组测序,原始测序数据经处理后进行基因表达注释和差异表达基因的基因本体功能及京都基因与基因组信号通路注释分析.结果 空间搭载的肺炎克雷伯菌突变株在糖类代谢上出现差异,且该菌株有232个基因表达上调,1 879个基因下调,其主要同细菌的膜蛋白、转运相关功能、糖类的运输相关.结论 获得一株空间环境诱导的肺炎克雷伯菌突变株且该菌株全转录组测序和注释清晰,为后续的功能研究奠定了基础.     

Extensive contact tracing and screening to control the spread of vancomycin-resistant Enterococcus faecium ST414 in Hong Kong

Background  Proactive infection control management is crucial in preventing the introduction of multiple drug resistant organisms in the healthcare setting. In Hong Kong, where vancomycin-resistant enterococci (VRE) endemicity is not yet established, contact tracing and screening, together with other infection control measures are essential in limiting intra- and inter-hospital transmission. The objective of this study was to illustrate the control measures used to eradicate a VRE outbreak in a hospital network in Hong Kong.

Methods  We described an outbreak of VRE in a healthcare region in Hong Kong, involving a University affiliated hospital and a convalescent hospital of 1600 and 550 beds respectively. Computer-assisted analysis was utilized to facilitate contact tracing, followed by VRE screening using chromogenic agar. Multi-locus sequence typing (MLST) was performed to assess the clonality of the VRE strains isolated. A case-control study was conducted to identify the risk factors for nosocomial acquisition of VRE.

Results  Between November 26 and December 17, 2011, 11 patients (1 exogenous case and 10 secondary cases) in two hospitals with VRE colonization were detected during our outbreak investigation and screening for 361 contact patients, resulting in a clinical attack rate of 2.8% (10/361). There were 8 males and 3 females with a median age of 78 years (range, 40–87 years). MLST confirmed sequence type ST414 in all isolates. Case-control analysis demonstrated that VRE positive cases had a significantly longer cumulative length of stay (P <0.001), a higher proportion with chronic cerebral and cardiopulmonary conditions (P=0.001), underlying malignancies (P <0.001), and presence of urinary catheter (P <0.001), wound or ulcer (P <0.001), and a greater proportion of these patients were receiving β-lactam/ β-lactamase inhibitors (P=0.009), carbapenem group (P <0.001), fluoroquinolones (P=0.003), or vancomycin (P=0.001) when compared with the controls.

Conclusion  Extensive contact tracing and screening with a “search-and-confine” strategy was a successful tool for outbreak control in our healthcare region.  

     

妈咪爱加必奇治疗小儿腹泻与使用抗生素的疗效比较

目的 :通过抗生素与妈咪爱加必奇两个治疗组疗效的比较 ,探讨治疗小儿腹泻的最优方案。方法 :对 6 0例小儿腹泻患儿随机分为两组 :抗生素组在给予补液、纠正水电解质紊乱、纠正酸中毒等综合治疗的基础上 ,加用抗生素 (氨苄青霉素干糖浆 ) ;妈咪爱加必奇组在上述综合治疗的基础上 ,加用妈咪爱、必奇冲剂。结果 :妈咪爱加必奇组与抗生素组相比疗效有显著性差异 (P <0 .0 5 )。结论 :对小儿腹泻的治疗在补液、纠正水电解质紊乱、纠正酸中毒等综合治疗的基础上 ,加用消化道粘膜保护剂 (必奇 )和微生态调节剂 (妈咪爱 )比加用抗生素疗效更好 ,并可避免小儿腹泻滥用抗生素的现象