独活-牛膝药对治疗膝骨关节炎的网络药理学机制及实验验证

【目的】应用网络药理学及分子对接技术探讨独活-牛膝药对治疗膝骨关节炎（KOA）的作用机制,并通过体外实验进行验证。【方法】检索TCMSP、中国药典、BATMAN-TCM数据库获取独活、牛膝的活性成分,筛选去重后应用TCMSP数据库确定作用靶点,运用GeneCards和OMIM数据库筛选KOA相关的靶点。采用Cytoscape构建药物活性成分-KOA-靶点网络模型并进行分析;运用STRING数据库构建蛋白质相互作用（PPI）网络,通过R 4.0.2软件对交集靶点进行基因本体论（GO）分析和京都基因与基因组百科全书（KEGG）通路富集;运用AutoDockTools对前5位的核心靶点进行分子对接。进而通过体外细胞实验验证有效成分槲皮素对核心靶点的调控作用。【结果】通过筛选得到14个有效活性成分、171个活性成分靶点、2 040个KOA靶点和99个交集靶点。GO分析结果显示独活-牛膝药对治疗KOA关键靶点的生物功能主要涉及炎症反应、细胞代谢、调节蛋白激酶及磷酸酶活性等。KEGG通路主要富集到肿瘤坏死因子（TNF）信号通路、白细胞介素17(IL-17)信号通路、癌症通路等。分子对接结果显示独活...     

基于网络药理学乳香-没药治疗膝骨关节炎作用机制探究

目的 运用网络药理学方法探究乳香-没药治疗膝骨关节炎的作用机制.方法 检索中药系统药理学数据库与分析平台(TCMSP)中乳香-没药的活性成分与对应靶点,检索Genecards、OMIM数据库对疾病靶点进行预测,运用R数据包对药物疾病交集靶点进行基因本体(GO)功能和京都基因与基因组百科全书(KEGG)通路富集分析,运用...     

基于网络药理学和分子对接探究枸杞子治疗膝骨关节炎的潜在作用机制

目的 基于网络药理学和分子对接方法获取枸杞子有效成分靶点,探究其治疗膝骨关节炎(KOA)的潜在作用机制。方法 利用TCMSP、Uniprot、Gene Cards、OMIM等数据库获取枸杞子有效成分的潜在靶点及KOA疾病相关靶点基因,在DAVID数据库进行GO富集分析与信号通路富集分析,利用微生信在线绘图软件进行可视化分析,借助String数据库及Cytoscape3.9.2软件构建枸杞子活性成分-疾病靶点网络、枸杞子治疗KOA蛋白-蛋白相互作用(PPI)网络,最后运用StoneMIND Collector和Discovery Studio Client 2019对有效成分及主要作用靶点进行分子对接。结果 网络药理学预测显示枸杞子治疗KOA主要活性成分可能为槲皮素、β-谷甾醇、黄豆黄素等,关键靶点为肿瘤坏死因子(TNF)、白细胞介素-6 (IL-6)、丝氨酸/苏氨酸蛋白激酶1 (AKT-1),通过参与调控晚期糖基化终末产物-糖基化终末产物受体(AGEs-RAGE)信号通路、癌症信号通路、白细胞介素17 (IL-17)信号通路发挥治疗作用。分子对接结果提示关键活性成分与关键靶点具有较好的...     

川芎-牛膝药对治疗膝骨关节炎的网络药理学探究

目的 运用网络药理学的研究方法分析川芎-牛膝药对治疗膝骨关节炎的作用机制.方法 筛选川芎-牛膝药对的主要活性化合物以及作用靶点,搜寻膝骨关节炎疾病靶点,获得疾病药物共同靶点并构建PPI网络,构建药对-活性成分-作用靶点-疾病作用网络,对该网络进行KE GG通路及GO生物过程分析.结果 川芎-牛膝药对当中所含有的槲皮素、...     

淫羊藿与附子治疗膝骨关节炎的网络药理学作用机制研究

目的 以网络药理学方法为基础分析淫羊藿与附子治疗膝骨关节炎(KOA)的潜在作用机制。方法 采用中药系统药理学分析平台(TCMSP)获取药物的活性成分及其潜在靶点,根据药物的吸收、分布、代谢、排泄(ADME)属性对药物活性成分进行筛选,并结合相关文献进行补充;通过PubChem数据库检索活性成分的SMILES结构式和2D结构,经ADME筛选后将符合标准的化学成分传入Swiss Target Prediction数据库预测药物作用靶点;选用关键词“knee osteoarthritis”或“osteoarthritis of knee”在Genecards、在线人类孟德尔遗传(OMIM)、Drugbank数据库检索与KOA相关的主要靶点;绘制韦恩图,获取淫羊藿-附子与KOA的交集靶点;基于STRING数据库构建药物与疾病共同靶点的蛋白互作(PPI)网络;利用Cytoscape3.6.2软件构建“药物-活性成分-靶点”网络及PPI网络中关键靶点信息图。利用Metascape平台对药物与疾病交集靶点进行基因本体(GO)功能富集分析和京都基因与基因组百科全书(KEGG)通路富集分析。结果 通过T...     

基于网络药理学探讨温肾宣痹方治疗膝骨关节炎的作用机制

目的:运用网络药理学的方法探讨温肾宣痹方治疗膝骨关节炎的作用机制.方法:通过中药系统药理学分析平台(TCMSP)获得温肾宣痹方的相关活性成分以及靶点,从GeneCards数据库、人类基因及遗传疾病在线目录(OMIM)数据库获取与膝骨关节炎相关的靶点,两者的交集即为温肾宣痹方-膝骨关节炎疾病交集靶点;筛选核心靶点基因,使...     

基于网络药理学探讨桂枝附子汤治疗骨关节炎的作用机制

目的:基于网络药理学方法探讨桂枝附子汤治疗骨关节炎的作用机制,为中药复方临床上的应用提供理论依据.方法:通过TCMSP数据库获取桂枝、白附片、生姜、大枣的有效成分及对应的靶点基因,通过Gencards、OMIM数据库构建骨关节炎疾病靶点,利用Cytoscape 3.8.2软件、string数据库构建PPI网络并挖掘其中...     

基于网络药理学探析独活治疗强直性脊柱炎的作用机制

目的:以网络药理学为基础,探析独活治疗强直性脊柱炎(ankylosing spondylitis,AS)的作用机制.方法:利用中药系统药理学技术平台检索独活的化学成分,利用Swiss Target Prediction数据库搜索得到独活的预测靶点,再利用Gene Cards数据库来获取AS相关靶点,映射AS相关靶点及独...