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相似文献
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1.
目的:筛选适用于结直肠癌组织样本的内源性参照基因?方法:以10例结直肠癌患者组织总RNA为研究材料,采用实时定量RT-PCR检测GAPDH?ACTINB?UBC?HRPT1和18S rRNA这5个候选内参基因的表达量,应用geNorm和NormFinder两种软件分析选择最佳内参基因?结果:geNorm软件发现GAPDH与ACTINB的M值相对最小,为最佳内参基因组合,18S rRNA的M值最大,稳定度最低;而NormFinder软件分析认为GAPDH表达稳定性最佳,UBC次之?结论:适用于结直肠癌组织样本RT-PCR实验的内参基因为GAPDH,最佳组合为GAPDH与ACTINB,而18S rRNA及HRPT1不是合适的内参基因?  相似文献   

2.
目的: 探讨孕妇血浆和非孕妇血浆游离DNA中常用内参基因的拷贝数稳定性,为孕妇血浆游离DNA的定量研究提供参考。方法: 选择孕龄为12周左右的健康孕妇及健康未孕女性各18名,取外周静脉血并提取血浆DNA,将DNA样本分为孕妇与非孕妇整体组、孕妇组、非孕妇组、母体与胎儿整体组、母源DNA组和胎源DNA组,选取β-珠蛋白(HBB)、端粒酶(TERT)、甘油醛-3-磷酸脱氢酶(GAPDH)、白蛋白(ALB)、β-肌动蛋白(ACTB)和T细胞受体γ(TRG)为内参基因。采用实时荧光定量PCR(qPCR)法分析血浆DNA中内参基因Ct值,分别采用3款统计学软件geNorm、NormFinder和BestKeeper比较6种内参基因在各组样本中的拷贝数稳定性。结果: 1qPCR法,6种内参基因的所有PCR产物均特异性扩增。各组内参基因Ct值比较差异均无统计学意义(P>0.05)。各组ACTB的Ct值最低,HBB次之,即血浆DNA中ACTB和HBB拷贝数最高。2按照geNorm软件计算结果基因稳定值(M)由高到低的顺序、NormFinder软件计算结果含量稳定性由高到低的顺序、BestKeeper软件计算结果相关系数(R)由高到低的顺序,在各组样本中将6种内参基因按照其拷贝数稳定性由高到低进行排序。综合分析3种软件的分析结果,在孕妇与非孕妇整体组、孕妇组、非孕妇组、母体与胎儿整体组、母源DNA组和胎源DNA组中,拷贝数稳定性最高的内参基因分别为TERT、ACTB、ALB、HBB、HBB及HBB。3母体与胎儿整体组、母源DNA组、母源DNA组和胎源DNA组内参基因的Ct值比较差异均有统计学意义(F=114.84,P<0.05)。结论: 当采用qPCR法对来自于孕妇与非孕妇整体、孕妇、非孕妇、母体与胎儿整体、母源DNA和胎源DNA的血浆游离DNA进行定量分析时,推荐分别选择TERT、ACTB、ALB、HBB、HBB及HBB作为校正内参基因。  相似文献   

3.
目的 探计肝癌(HCC)组织及细胞系实时定量RT-PCR最佳的内参基因选择.方法 通过实时定量RT-PCR,检测HMBS、CTBP1、HPRT1、UBC、B2M、SDHA、RPLI3A、EIF4A1、TUBB、YWHAZ、ACTB、GUSB、GAPDH、18 s rRNA和28 s rRNA 15个内参基因在70例HCC、癌旁肝组织及阿法替尼作用后4个HCC细胞系的表达情况.并使用NormFinder及geNorm软件分析最优化的内参基因.结果 15个内参基因表达存在差异,Cq值在8~29.2间.GAPDH在HCC及癌旁肝组织表达差异有显著性(P<0.05).结论 NormFinder及geNorm软件均显示HMBS+UBC组合为肝组织的最佳内参,HMBS+ RPLI3A组合为体外肝癌细胞系的最适宜内参.  相似文献   

4.
目的筛选并验证适用于膀胱癌患者血清microRNA(miRNA)定量检测的内参基因。方法选取100例肌层浸润性膀胱癌患者、105例非肌层浸润性膀胱癌患者及139例健康对照者血清,通过Miseq测序筛选出表达较为稳定的miRNA,采用实时荧光定量PCR(qRT-PCR)法检测上述筛选出的miRNA及U6表达水平,利用geNorm及NormFinder软件对其稳定性进行分析,并在新的实验组中对软件所推荐内参基因及组合进行验证,选取miR-148b-3p作为靶分子,以进一步分析所选择内参基因的可靠性。结果采用qRT-PCR法对M iseq测序结果进行验证,筛选出hsa-miR-193a-5p、hsa-miR-16-5p、U6、hsa-miR-191-5p和hsa-let-7d-3p作为候选内参基因,经分析和验证后证实,hsa-miR-193a-5p作为内参基因最稳定,hsa-miR-193a-5p和hsa-miR-16-5p的组合为最佳内参组合。同时,miR-148b-3p在膀胱癌患者血清中明显上调并具有一定的诊断价值。结论在对膀胱癌血清miRNA检测时,hsa-miR-193a-5p为最稳定内参基因,hsa-miR-193a-5p和hsa-miR-16-5p为最佳组合,联合应用可使结果更为准确可靠。  相似文献   

5.
穿心莲实时定量PCR分析中内参基因的选择   总被引:1,自引:0,他引:1  
[目的]选择合适的内参基因用于穿心莲实时定量PCR分析中的校正.[方法]以穿心莲根、茎、幼叶、花、萌发种子和成熟叶片为实验材料,应用实时定量PCR技术分析18S rRNA、甘油醛-3-磷酸脱氢酶(GAPDH)、肌动蛋白(Actin)和泛素连接酶(UBC)4个常用内参基因在穿心莲不同组织中的表达水平,利用GeNorm和NormFinder软件进行数据分析.[结果]4个候选内参基因在穿心莲不同组织中表达的稳定性各异,其中UBC的表达水平最为稳定.[结论]可以选择UBC作为内参基因,用于穿心莲不同组织中基因表达水平的校正.  相似文献   

6.
目的 评价实时荧光定量PCR分析人肺癌细胞NCI-H1299中Merml/Wbscr22基因表达时6个候选内参基因表达的稳定性,筛选最适的内参基因.方法 选择ACTB、B2M、GAPD、HPRT1、RPL32及TBP作为候选内参基因,利用geNorm,NormFinder及RefFinder程序分析实时荧光定量PCR数据,评价6个候选内参基因在NCI-H1299细胞株中的表达稳定性,筛选最适内参基因,同时观察选用不同内参基因对目的基因相对表达量分析的影响.结果 6个候选内参基因在NCI-H1299细胞株中的表达稳定性由强至弱排序为:RPL32> HPRTl> GAPD> ACTB> TBP> B2M,选择不同内参基因影响目的基因Merml/Wbscr22的相对表达量.结论 RPL32+ HPRT1是实时荧光定量PCR分析人肺癌细胞NCI-H1299中Merml/Wbscr22基因表达的最适内参基因组合.  相似文献   

7.
【目的】筛选稳定表达的内参基因,用于阳春砂不同发育时期的果皮和种子团中基因表达量实时荧光定量PCR(qRTPCR)检测的校正。【方法】以阳春砂3个不同发育时期的果实(分为果皮和种子团)为材料,根据高通量测序得到的转录组和表达谱数据,选择5个表达稳定的常用内参基因β-actin、EF-1α、GAPDH、PGK和TUA作为候选基因,并利用qPCR技术检测它们在不同样品中表达水平的变化,使用GeNorm和NormFinder软件对基因的稳定性进行分析。【结果】5个内参基因在不同发育时期的果皮和种子团中的表达稳定性有明显的差异,其中GeNorm分析得到的内参基因的稳定顺序为:EF-1α=TUAPGKGAPDHβ-actin,NormFinder的分析结果中稳定性最好的是EF-1α,其次为TUA,其他3个内参基因稳定性的排列顺序与GeNorm软件的结果一致。【结论】可选用EF-1α和TUA作为阳春砂果实发育过程中基因表达量差异分析的双内参基因。  相似文献   

8.
目的:在溺死尸体不同时间点模型中,筛选大鼠稳定表达的内参基因和探讨水通道蛋白5 mRNA(AQP-5 mRNA)的表达。方法:先建立溺死尸体不同时间点模型(0 min,n=6;15 min,n=6;4h,n=6;16h,n=6;48 h,n=6;72 h,n=6),提取样本总的RNA,逆转录合成cDNA,qRT-PCR定量候选内参基因,geNorm和NormFinder排序各候选内参基因的表达,筛选出最稳定的内参基因,最后定量目的基因AQP-5 mRNA的表达。结果:该模型中筛选出ACTB为最稳定的内参基因,除72 h时间点,AQP-5 mRNA的表达均显著下调(15 min/0 min=0.51,P<0.05;4 h/0 min=0.53,P<0.05;16 h/0 min=0.63,P<0.05;48 h/0 min=0.81,P<0.05;72 h/0 min=0.89,P >0.05)。结论:本研究AQP-5 mRNA在大鼠溺死表达有一定阳性意义,有助于法医溺死鉴定.  相似文献   

9.
目的筛选浅低温体外循环(cardiopulmonary bypass,CPB)手术前后基因表达变化研究的内参基因。方法通过阅读文献选择基因表达研究中常用的11个管家基因(housekeeping genes,HKGs),采用Beacon Designer软件设计PCR引物;收集4例浅低温CPB辅助手术患者CPB前、体温最低点、CPB末以及术后1d、3d、7d的静脉血24份,提取总RNA,采用SYBR Green I实时荧光定量RT—PCR法检测各样品中11个HKGs的循环阈值;对所得循环阈值进行转换,采用geNorm程序对候选基因的表达稳定性和所需内参基因数量进行分析。结果11个HKGs稳定性排序为:UBC〈RPLP0〈PGK1〈18S—rRNA〈PPIA〈GAPDH〈ACTB〈TBP〈B2M〈EEF1A1/HPRT1;该研究需要的最佳内参基因数量为3个,即EEF1A1、HPRT1和B2M。结论确定了浅低温CPB手术前后11个HKGs中表达稳定性高的EEF1A1、HPRT1和B2M等3个基因为该条件下基因表达研究的内参基因。  相似文献   

10.
人的编码18S和28S的核糖体RNA(rRNA)基因位于D、G组5对近端着丝粒染色体短臂的次缢痕区。用染色体原位杂交技术进行该基因的定位,国内未见报道。本实验将rRNA基因重组质粒pA3(美国宾西法尼亚大学医学院R.D.Schmickel教授提供),用限制性内切酶EcoRI(本所制备)水解后,琼脂糖电泳分离,DE-81滤纸回收rRNA基因片断(7.3kb),经缺口翻译法用两种~3H标记的核苷酸标以同位  相似文献   

11.
目的 建立小鼠基因转录表达分析中内参基因的选择方法.方法 以C57BL/6J和C3H/HeJ两个品系3个不同组织及2个不同发育阶段为研究对象,应用反转录实时定量PCR技术,评价GAPDH(glyceraldehyde-3-phosphate dehydrogenase)、HPRTl(hypoxanthine phosphoribosyl transferase)、B2M(β2-microglobulin)、PPIA(peptidylprolyl isomerase A)、ACTB(Actin-beta)和18S rRNA(18S ribosomal RNA)等6个看家基因在下丘脑、垂体与卵巢中mRNA水平的表达稳定性.结果 GeNorm统计分析表明,GAPDH和HPRT1表达最为稳定,PPIA等次之,B2M在不同组织和发育阶段中都几乎无表达.结论 成功筛选到GAPDH和HPRT1两个稳定表达的看家基因,证实了小鼠基因表达转录分析中内参基因选择的必要性和可行性.  相似文献   

12.
目的 基于表达谱芯片的检测结果,筛选多个内参基因,用于小家鼠肝脏组织中具有不同表达丰度基因的定量检测。方法 应用表达谱芯片技术,完成小鼠肝脏组织的表达谱检测;依据基因表达丰度将基因分为3组,并进一步通过变异系数(coefficient of variation,CV)组内筛选候选内参基因;采用实时荧光定量PCR技术(real-time quantitative polymerase chain reaction,qPCR)和geNorm软件确定内参基因。结果 表达谱芯片成功采集超过60000个小鼠肝脏组织中转录本的表达量数据,并将之分为低、中、高3个组合。最终筛选了低表达Casp2和Lrrc14、中表达Nrd1和Trpc4ap、高表达Atp5a1和Clu,共6个内参基因。结论 基于表达谱芯片数据筛选的6个内参基因,可适用于qPCR技术准确定量小家鼠肝组织转录组中不同表达丰度基因的表达量。  相似文献   

13.
目的 分析 srn821798 对变链素Ⅳ的影响,探索变链素Ⅳ转录后的规律。方法 用靶基因预测软件 RNAhybrid、RNAPredator和IntaRNA对srn821798进行靶基因预测,继而采用抑菌圈实验筛选了高表达变链素Ⅳ的变异链球菌菌株和不表达变链素Ⅳ的变异链球菌菌株各10株,并采用qPCR技术检测了这些菌株中srn821798和候选靶基因的表达水平。体外合成srn821798模拟物和抑制剂,采用电转化的方法在变异链球菌UA159标准株中构建了srn821798高表达株和低表达株,分析和比较这些菌株中srn821798和候选靶基因的表达水平。最后通过电泳和双荧光素酶报告基因实验检测了srn821798和候选靶基因sepM预测作用位点的结合能力。采用SPSS20.0软件包对数据进行统计学分析。结果 变异链球菌临床菌株中高表达变链素Ⅳ组中的候选靶基因sepM,comD,comE,nlmA及nlmB的表达水平均显著高于无表达变链素Ⅳ组,而高表达变链素Ⅳ组srn821798的表达水平显著低于无表达变链素Ⅳ组(P<0.05)。虽然标准株中srn821798上调组和下调组中候选靶基因的表达水平差异不大,但 sepM 的表达水平存在差异分布的趋势,并且预测的 srn821798 与 sepM 作用位点的结合能力较高。结论 srn821798可能在变链素Ⅳ的形成中起着一定的调控作用,但机制有待进一步探索。  相似文献   

14.
MicroRNA(miRNA)是一类约22个核苷酸组成的小分子非编码RNA,主要在转录后水平通过促进靶基因mRNA的降解或抑制其翻译过程而发挥负调控作用.miRNA不但参与生命活动的一些基本过程,如细胞分化、细胞增殖、细胞凋亡和细胞代谢等,而且与人类疾病,尤其与恶性肿瘤的发生发展密切相关,可作为一类新的癌基因及抑癌基因,在癌症的发生发展中起重要作用.近年,我们首次在肝癌染色体变异区内发现新的肝癌转移促进因子miR-151并阐明了其分子作用机制,即RhoGDIA是miR-151下游靶基因,介导了miR-151的促肝癌转移功能;miR-151与其宿主基因FAK协同作用,活化Rac,cdc42及Rho GTPase,进而促进肝癌细胞的迁移、侵袭与转移,为阻断肝癌转移提供了新的治疗靶点.研究发现多个用于肝癌诊断及转移、复发、预后预测的miRNA分子标志物,建立了肝癌诊断、转移、复发及预后的miRNA预测模型;鉴定miR-125b为肝癌侯选抑癌基因,主要通过抑制癌基因LIN28B发挥抑癌作用;发现miR-30d为肝癌转移促进基因,转移抑制基因GNAI2为其功能靶基因;另外,发现miRNA不仅与mRNA的3’非翻译区结合,而且能与基因家族的蛋白编码区结合从而调控基因表达,为研究miRNA在肿瘤中的调控机制提供了新的思路;采用实验方法论证了单个基因能同时被多个miRNA所调控,为建立miRNA与mRNA复杂的相互作用调控网络提供了良好的实验基础.  相似文献   

15.
从市售新鲜酵母中分离和纯化tRNA-核苷酰转移酶。分离操作包括硫酸铵沉淀,DEAE-纤维素和CM-纤维素层析。tRNA-核苷酰转移酶不仅能认识所有tRNA分子而且对某些病毒RNA也有活性。酶活性是用液闪计数器测定并入RNA的(~3H)-AMP的放射性数量。某些病毒RNA能在tRNA-核苷酰转移酶的催化下直接用(α—~(32)P)-ATP标记它的3末端。  相似文献   

16.
目的 探讨miRNA(microRNA,微小RNA)在结肠癌组织中的表达特征及生物学功能.方法 选取临床特征相似的3对结肠癌组织及其配对正常黏膜组织,应用Exiqon miRNA芯片检测miRNA在结肠癌及其配对组织中差异表达情况;3个差异表达的miRNA被选取进行qPCR验证;生物信息学分析差异表达的miRNA及其靶向基因在结肠癌进展中的作用机制.结果 芯片结果显示,在3对结肠癌组织中有201个miRNA出现上调表达,94个下调表达(差异倍数>2),差异有统计学意义(P<0.05).qPCR结果显示,与对照组织比较,选取的3个miRNA中hsa-miR-18b-3p、hsa-miR-31-5p在结肠癌组织中表达上调,hsa-miR-142-3p表达下调,与芯片结果一致,差异有统计学意义(P<0.05).GO及pathway分析显示差异表达的miRNA涉及结肠癌细胞的分化、迁移、定位、增生及RNA、蛋白合成等功能调控,与细胞粘附、结肠癌发生发展等信号途径的激活相关.结论 结肠癌组织中miRNA存在异常表达,可能涉及结肠癌的发生、发展.  相似文献   

17.
目的:应用生物信息学方法筛选脑胶质瘤的预后风险长链非编码RNA(lncRNA)。方法:从开放的癌症基因图谱(TCGA)和基因型组织表达(GTEx)数据平台下载脑胶质瘤样本转录水平数据,采用R语言比较分析脑胶质瘤和正常脑胶质样本差异表达基因,使用Cox分析构建风险模型,通过DAVID基因功能和KEGG通路数据库对差异表达基因进行功能注释和通路富集分析。利用qPCR评价HOXA-AS2的表达量与脑胶质瘤的临床组织特征之间的关系。结果:通过比较分析脑胶质瘤样本和正常脑组织样本基因组表达数据,获得差异表达的lncRNA 424个(211个上调,213个下调),mRNA 3 827个(1 618个上调,2 209个下调)。构建了包含9个lncRNA的风险模型,参与介导的信号转导通路主要集中于免疫缺陷病毒感染,神经信号转导等相关通路。qPCR方法验证HOXA-AS2在脑胶质瘤中高表达。结论:筛选出HOXA-AS2可能是脑胶质瘤的预后风险lncRNA,为后续脑胶质瘤的机制研究提供参考依据。  相似文献   

18.
16SrRNA基因序列分析法鉴定病原细菌   总被引:1,自引:0,他引:1  
目的:运用16SrRNA基因序列分析法鉴定14种细菌,为该方法的临床应用奠定基础。方法:提取细菌DNA,采用通用引物PcR扩增16SrRNA基因片段并测序。将测序结果用Blastn在线软件在Nucleotide数据库中进行序列同源性比对,根据序列同源性鉴定病原细菌。结果:12种细菌可以鉴定到“种”,2种细菌可以鉴定到“属”。结论:16SrRNA基因序列分析是一种有效的病原细菌鉴定方法。  相似文献   

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