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1.
目的 探讨甲亢患者肠道菌群的特征。方法 以15例甲亢患者作为甲亢组,15例健康志愿者作为对照组。采用Illumina Miseq高通量测序平台对甲亢组和对照组新鲜粪便样本中所有细菌的16S rRNA (16S ribosome RNA)-V3区进行DNA测序,分析操作分类单元(operational taxonomic units,OTU)数量,分析肠道菌群物种的丰度,并进行聚类分析和代谢通路相关性分析。结果 样本稀疏曲线表明测序深度充分,物种多样性分析显示OTU值为24 578,微生物丰度较高,测序覆盖深度(Coverage指数)>0.99。与对照组相比,在属水平,甲亢组肠道菌群的3个丰度指数(Ace、Sobs和Chao)均低于对照组(P<0.05),2个多样性指数(Shannon和Simpson)分别低于和高于对照组(P<0.05)。30份样品共检测到13个菌门,均以厚壁菌门、拟杆菌门、放线菌门和变形菌门占优势,差异无统计学意义。在属水平,共检测到246种菌群,对照组含有51种特有菌群,而甲亢患者肠道菌群种类显著减少,仅含有7种特有肠道菌群。甲亢组的直肠真杆菌属丰度明显低于对照组(P<0.05),ROC曲线的曲线下面积(area under the curve,AUC)为0.72。在同与免疫有关的功能代谢的相关性分析中,发现直肠真杆菌属与上皮细胞的细菌侵入这一代谢通路呈负相关(r=-0.367,P=0.046)。结论 甲亢患者肠道菌群的丰度和多样性下降,直肠真杆菌属是甲亢患者区别于健康人的明显差异菌,直肠真杆菌属丰度的降低可能与甲亢免疫机制相关。菌群的定量分析可能早期预测甲亢。  相似文献   

2.
目的:利用新一代16S rRNA测序技术比较黄褐斑病人与健康人的肠道菌群多样性和细菌表型差异。方法:纳入30例黄褐斑病人为研究组,以20名正常人作为健康对照,测序分析粪便样品中细菌群落的结构组成和表型特征。结果:研究组肠道微生物群落丰度、多样性相对降低。研究组拟杆菌门、拟杆菌纲、拟杆菌目、普雷沃菌科、拟杆菌科、普雷沃氏菌、拟杆菌属等丰度显著降低,而厚壁菌门、放射菌门、放线菌纲、乳杆菌目、双歧杆菌目、毛螺菌科、布劳特氏菌等升高,差异均有统计学意义(P<0.05~P<0.01)。结论:黄褐斑病人与健康人肠道菌群存在一定差异。  相似文献   

3.
目的探讨男女泌尿生殖道中菌群结构差异,为临床男女泌尿生殖系统疾病研究提供可靠的病原学依据。方法运用高通量二代测序技术检测30名健康正常成年男性泌尿生殖道分泌物、29名无性生活史女性阴道分泌物和20名妊娠妇女阴道分泌物中微生物,使用生物信息学软件对三组标本进行OTU丰度分析、UPGMA聚类分析、Heatmap聚类分析、Alpha多样性分析和样品组间显著性差异分析。结果 16S r RNA基因OTU共注释出36个门、23个纲、36个目、73个科、108个属和61个物种,ITS序列OTU共注释出4个门、12个纲、23个目、28个科、43个属和52个物种。Alpha多样性分析Sobs指数、Chao指数、Ace指数、Shannon指数、Simpson指数和Coverage指数显示,各组间物种多样性差异有统计学意义(P0.05)。男性尿道分泌物与女性阴道分泌物菌群结构存在显著性差异,无性生活史女性和妊娠妇女阴道分泌物菌群结构部分相似,男性尿道分泌物与无性生活史女性阴道分泌物之间菌群组成及丰度相似的前5名物种分别为乳杆菌属、链球菌属、棒状杆菌属、葡萄球菌属和普雷沃菌属。三组之间菌群结构整体上差异显著,但仍有40种菌完全相同,均以乳杆菌属为优势菌,其次是链球菌属、假单胞菌属、加德纳菌属、芽孢杆菌属、葡萄球菌属、棒状杆菌属、普雷沃菌属、苍白杆菌属、拟杆菌属和不动杆菌属。结论乳杆菌属菌群结构改变可能会引起男女泌尿生殖系统疾病;妊娠可能改变菌群结构,性生活可能在调节男女泌尿生殖道菌群结构方面起到重要作用。  相似文献   

4.
[目的]对比研究"上火"人群与健康人群的肠道菌群种类,揭示"上火"对肠道微生物的影响。[方法]收集"上火"和健康人群的粪便,利用Illumina MiSeq高通量测序技术对粪便样本DNA测序,利用QIIME软件处理测序数据并计算Alpha多样性,利用PCoA和LEfSe分析方法挖掘两类人群的差异肠道菌群种类。[结果]本次研究共纳入"上火"和健康人群各35例。肠道菌群Alpha多样性指数结果显示,"上火"人群的肠道菌群多样性指数略微低于健康人群。与健康人群比较,"上火"人群肠道内含量显著上调的微生物属主要是放线菌门中的厌氧管状菌属、布劳特菌属、栖粪杆菌属、颤螺菌属、瘤胃球菌属、厌氧弧菌属、考拉杆菌属和粪芽孢菌属,显著下调的微生物属主要是拟杆菌门中的B拟杆菌属和普氏菌属。[结论]"上火"发生与肠道菌群改变密切相关,变化的肠道菌群在一定程度上能反映"上火"发生的能量代谢紊乱和黏膜免疫失衡。  相似文献   

5.
目的 探究中老年痰湿质与平和质人群肠道菌群样品在物种分类、丰度及多样性等方面的差异,找出中老年痰湿质人群肠道的特征功能菌群,以期为痰湿质与代谢性疾病相关性研究提供肠道微生物层面的依据。 方法 选择于2017年5月—12月在浙江医院中医内科就诊或体检中心行健康体检的人群为研究样本,通过中医体质辨识软件结合专业人员辨证,纳入痰湿质与平和质各30人,采集粪便样品并对其总RNA进行提纯,用Miseq测序仪进行基于16SrRNA的生物多样性测序,利用R(v3.1.1)软件对样品的物种分类、丰度、多样性及组间差异等进行统计分析。 结果 ①各样品间菌群构成及相对丰度均存在差异,但主要构成菌种均为拟杆菌门(Bacteroidetes)、厚壁菌门(Firmicutes)、变形菌门(Proteobacteria)及放线菌门(Actinobacteria)。②痰湿质组的observed species指数、chao指数、ACE指数及shannon指数均小于平和质组(均P<0.05),simpson指数大于平和质组(P<0.05)。③痰湿质组拟杆菌门(38.439±13.545)相对丰度低于平和质组(46.669±12.984),厚壁菌门(52.802±13.861)相对丰度高于平和质组(45.742±12.990),差异有统计学意义(均P<0.05)。 结论 痰湿质人群肠道菌群的丰度及多样性均显著降低;拟杆菌门相对丰度降低及厚壁菌门相对丰度升高为痰湿质人群肠道菌群的重要结构特征。   相似文献   

6.
目的 探究慢性炎性疼痛对小鼠肠道菌群多样性和结构的影响。方法 选取SPF级雌性C57BL/6J小鼠12只,随机分为CFA组和Mock组,每组6只;Mock组右后足底皮下注射50μl的0.9%氯化钠溶液,CFA组右后足底皮下注射50μl的CFA作为慢性炎性疼痛模型组。2周后,安乐死小鼠,解剖后取结肠内粪便,组内两只小鼠结肠内粪便进行混样,采用16S rRNA高通量基因测序技术检测分析肠道菌群多样性和结构。结果 两组小鼠在肠道菌群构成上差异明显。与Mock组相比,CFA组肠道菌群丰富度及多样性降低;门水平上,厚壁菌门和TM7丰度升高;科、属水平上,气球菌属、乳酸杆菌属和脱硫弧菌属丰度显著升高,嗜冷杆菌属、普雷沃氏菌属、颤螺菌属和双歧杆菌属丰度明显降低;从门到属主要分类等级上,发现的生物标志物较多。结论 慢性炎性疼痛的小鼠肠道菌群结构尤其是优势菌群结构发生了明显变化,这些数据可为慢性炎性疼痛导致的微生态失衡的治疗及通过“肠-脑轴”改善患者消极情绪提供依据。  相似文献   

7.
目的:探索肝细胞癌模型鼠肠道微生态特征。 方法:将2周龄C57BL/6雄鼠分为正常对照组和肝癌模型组。肝癌模型组在出生后2周给予单次腹腔注射二乙基亚硝胺(DEN),其中存活小鼠自4周龄起腹腔注射1,4-双[2-(3,5-二氯吡啶氧)]苯,每2周一次,共8次。分别于小鼠出生后第10、18和32周随机处死部分实验动物,取肝脏进行组织病理学检查。其中,在小鼠出生后第32周处死动物前无菌条件下收集两组粪便标本,并进行V3~V4高可变区16S rRNA基因组测序,进而对菌群多样性、物种丰度差异、菌群相关性、表型预测以及功能预测进行分析。 结果:α多样性分析结果显示Good’s coverage均已达到最大值1.00,且正常对照组与肝癌模型组肠道菌群Observed features、Chao1指数、Shannon指数和Simpson指数差异均有统计学意义(均 P<0.05)。β多样性分析结果显示基于加权或未加权Unifrac距离的主坐标PCoA均R>0,标本的组内差异小于组间差异;两组标本的分离趋势明显(P<0.05)。拟杆菌门、厚壁菌门、放线菌门及髌骨菌门等菌群为正常对照组与肝癌模型组门水平的优势菌群,但肝癌模型组较正常对照组拟杆菌门丰度显著减少(P<0.01),而髌骨菌门丰度显著增加(P<0.05)。正常对照组属水平的优势菌群主要为鼠杆菌科未分类属、副鼠杆菌属、鼠杆菌属、毛螺旋菌科NK4A136属、欧陆森氏菌属等,而肝癌模型组为艾克曼菌属、杜氏杆菌属、鼠杆菌科未分类属、毛螺旋菌科NK4A136属、红椿杆菌科UCG-002属等。两组属水平菌群相对丰度差异有统计学意义的有30个菌属(均P<0.05)。两组小鼠肠道菌群LEfSe分析共发现14个多级别差异物种(均P<0.05,LDA评分超过4.0),主要富集在拟杆菌门。其中正常对照组为拟杆菌门、拟杆菌纲、拟杆菌目、鼠杆菌科等10个差异菌群富集,肝癌模型组为杜氏杆菌属、消化链球菌属等4个差异菌群富集。正常对照组肠道优势菌属之间既有正相关关系又有负相关关系(|rho|>0.5,P<0.05),肝癌模型组肠道优势菌属的相关性网络复杂程度比正常对照组降低,所有优势菌群的相互作用均呈较强的正相关。与正常对照组比较,肝癌模型组肠道菌群革兰阳性菌及移动元件菌基因相对丰度均显著上调(均P<0.05),而革兰阴性菌(P<0.05)及潜在致病性菌基因(P<0.05)相对丰度均显著下调。两组肠道菌群的基因代谢通路差异显著,其中正常对照组富集在能量代谢、细胞分裂及核苷酸代谢等18个代谢通路,而肝癌模型组富集在能量代谢、氨基酸代谢及碳水化合物代谢等12个代谢通路(均P<0.005)。 结论:DEN诱导原发性肝癌模型小鼠肠道菌群数减少,菌群构成、菌群相关性、表型和功能均发生改变,其中门水平的拟杆菌门以及属水平的鼠杆菌科未分类属、鼠杆菌属、消化链球菌属、杜氏杆菌属等菌群可能与DEN诱导肝细胞癌的发生有关。  相似文献   

8.
目的: 观察慢性肾脏病(chronic kidney disease,CKD)1~2期的初诊IgA肾病患者肠道微生物群的特征,进一步探索IgA肾病疾病进展因素与肠道微生物之间的关系。方法: 收集19例CKD 1~2期的初诊IgA肾病患者和15例年龄、性别相匹配的健康对照组的新鲜粪便样本,提取粪便细菌DNA,针对V3-V4区域进行16S核糖体RNA(16S ribosomal RNA,16S rRNA)高通量测序分析肠道菌群的组成,应用Illumina Miseq平台对粪便菌群测序结果进行分析。收集初诊IgA肾病患者的疾病进展因素,研究肠道菌群与IgA肾病疾病进展因素之间的相关性。结果: (1) 与健康对照组相比,在门水平上,拟杆菌门(Bacteroidetes)的丰度显著降低(P=0.046),放线菌门(Actinobacteria)的丰度显著升高(P=0.001)。在属水平上,埃希菌-志贺菌属(Escherichia-Shigella)、双歧杆菌属(Bifidobacterium)、Dorea等菌属的丰度显著升高(P < 0.05),毛螺菌属(Lachnospira)、粪球菌属_2(Coprococcus_2)、萨特氏菌属(Sutterella)等菌属的丰度显著降低(P < 0.05)。(2)初诊IgA肾病患者与健康对照组之间肠道菌群的丰度比较差异无统计学意义(P>0.05),但两组肠道菌群的组成存在差异。LEfSe分析结果显示,初诊IgA肾病患者和健康对照组比较有16个差异菌,其中,初诊IgA肾病患者肠杆菌目(Enterobacteriales)、放线菌门、埃希菌-志贺菌属等的丰度升高,健康对照组拟杆菌门、毛螺菌属的丰度升高。(3)冗余分析(redundancy analysis,RDA)的结果显示,初诊IgA肾病患者粪便中双歧杆菌属与血清IgA水平、24 h尿蛋白定量和合并高血压呈正相关,Lachnoclostridium菌属与合并高血压呈正相关,埃希菌-志贺菌属与尿红细胞数量呈正相关,双歧杆菌属与毛细血管内增殖呈正相关,粪杆菌属与细胞/纤维细胞性新月体呈正相关,瘤胃球菌属_2(Ruminococcus_2)与系膜细胞增殖、肾小球节段硬化、肾小管萎缩/间质纤维化呈正相关。结论: 初诊CKD 1~2期IgA肾病患者的肠道菌群与健康对照相比存在差异,肠道的某些菌属与IgA肾病疾病进展因素呈相关性,需要进一步的研究来了解这些菌属在IgA肾病中的潜在作用。  相似文献   

9.
目的 研究加味二陈汤灌胃对肥胖大鼠肠道菌群的结构及多样性的影响.方法 选择12只喂养肥胖幼鼠,随机分为对照组7只和加味二陈汤组5只.对照组生理盐水灌胃5周,加味二陈汤组予加味二陈汤灌胃5周.灌胃结束后采集各组肥胖大鼠粪便样品,利用高通量测序技术,检测粪便样品中细菌16SrRNA基因片段中的V3、V4区域.采用上海美吉生物公司云平台,分析样本内细菌物种多样性、样本间菌群差异等生物信息数据.结果 对照组和加味二陈汤组肥胖大鼠肠道菌群结构之间存在差异;加味二陈汤组灌胃肥胖幼鼠肠道生物多样性高于对照组;在菌门(phylum)分类学水平上,2组肥胖大鼠肠道微生物丰度相近;在菌属(genes)分类学水平上,对照组肥胖大鼠乳杆菌属(Lactobacillus)比重高于加味二陈汤组(P<0.05),而梭菌目菌属(clostridiales)丰度,对照组肥胖大鼠显著低于加味二陈汤组(P<0.05).结论 加味二陈汤灌胃能够在一定程度上改变肥胖大鼠肠道微生物群的组成和多样性,这可能和改变某些微生物物种丰度有关.加味二陈汤减轻儿童体质量的机制,还需要进一步的研究.  相似文献   

10.
早期类风湿关节炎女性患者阴道微生态菌群基因组分析   总被引:1,自引:0,他引:1  
目的 从菌群总体角度分析和比较早期类风湿关节炎患者和健康育龄期女性阴道菌群差异.方法 采集女性新发未治早期类风湿关节炎患者(RA组) 及健康育龄期女性(对照组) 各12例的阴道分泌物,提取样本细菌总基因组DNA,然后进行16S rRNA V3-V4区基因扩增及采用Illumina高通量测序技术对扩增的PCR产物进行测序,再采用Uparse、LEfSe等软件,分析两组样本阴道菌群物种丰度和阴道菌群结构.结果 RA组阴道菌群Alpha多样性显著增加,差异有统计学意义(P = 0.04) .健康对照组阴道菌群以乳酸杆菌为优势菌属,占84.98%.RA组患者阴道菌群中乳酸杆菌属则显著减少(11.01%) ,加德纳菌属显著增加(43.16%) ,同时双歧杆菌属(9.94%) 、链球菌属(8.05%) 、奇异菌属(7.86%) 等相对丰度亦增加.PCoA主坐标分析和样本层级聚类分析的结果 表明: RA组阴道菌群结构有较高相似性,与健康对照组阴道菌群结构可明显区分.LEfSe分析结果 显示,在属水平上,两组乳杆菌属、加德纳菌属、双歧杆菌属、奇异菌属等丰度差异有统计学意义(P值为0.017、0.046、0.018、0.007) .结论 阴道菌群失调与类风湿关节炎之间存在相关性,RA患者阴道菌群多样性增加,乳杆菌显著减少,加德纳菌等厌氧菌属相对丰度增高.  相似文献   

11.
  目的  初步探索恶性梗阻性黄疸患者粪菌群变化特征。  方法  以2019年1月至2019年5月入住昆明医科大学第二附属医院的87例恶行梗阻性黄疸患者为病例库,经纳入排除标准筛选,最终选取10例患者为研究对象、10例患者健康亲属作为对照组标本采集对象,记录年龄、性别、BMI;送检粪便测粪便中菌群16srDNA拷贝数。  结果  (1)实验组粪菌群丰度和多样性指数比对照组低,但无统计学意义(P > 0.05);但是将丰度数据以群落Heatmap图呈现,直观差异明显;(2)将两组数据以菌属为单位按比例细分,发现实验组粪菌属组成较对照组发生了根本性的变化(P < 0.05),其中大肠杆菌志贺菌、链球菌、韦荣氏球菌属、肠球菌属、拟杆菌属显著增加,而魏斯式菌属、梭状芽胞杆菌属等菌属大幅下降。  结论  恶性梗阻性黄疸患者患者粪菌群结构与正常对照组的粪便菌群结构之间存在明显差异,优势菌群菌属发生了根本性的改变。  相似文献   

12.
目的:探讨16S rDNA测序分析功能性便秘婴幼儿肠道菌群的结构与组成,为临床治疗提供依据。方法:选取2020 年1月至12 月湖州市妇幼保健院门诊就诊的功能性便秘婴幼儿17 例作为便秘组,正常婴幼儿15例作为对照组,收集粪便,采用16S rDNA扩增子测序的方法检测2组婴幼儿肠道菌群的组成并分析其结果。结果:2组肠道菌群Alpha多样性差异无统计学意义(P >0.05),但Beta多样性差异有统计学意义(P <0.01)。在门水平中放线菌门、厚壁菌门、变形菌门是2组儿童肠道微生物群落中最丰富的菌群,其中疣微菌门在便秘组中丰度高于对照组(P <0.05)。在属水平中,双歧杆菌为2组优势菌种,乳酸菌属与阿克曼菌属在便秘儿童肠道中的丰度高于对照组(P <0.05)。便秘组中双歧杆菌种、疣微菌门、阿克曼菌属、副干酪乳杆菌的丰度差异有统计学意义,而对照组齿双歧杆菌、放线菌目、放线菌科、放线菌属、鼠李糖乳杆菌的丰度差异有统计学意义(均P <0.05)。结论:功能性便秘婴幼儿存在肠道菌群结构和多样性的改变,便秘与肠道菌群之间可能存在相关性。  相似文献   

13.
目的: 探讨免疫性肝损伤大鼠肠道菌群及肠黏膜屏障变化。方法: 利用卡介苗(BCG)诱导建立免疫性肝损伤模型,观察大鼠肝组织的病理学改变,检测血清谷丙转氨酶(ALT)、谷草转氨酶(AST)、二胺氧化酶(DAO)和D-乳酸(D-LA)水平,并留取粪便进行肠道菌群16S rDNA测序分析。结果: 模型组大鼠肠道菌群多样性较对照组显著升高(P<0.05)。门水平上,两组的优势菌门均为厚壁菌门(Firmicutes)、拟杆菌门(Bacteroidetes),正常对照组分别占59.50 %和37.90 %,造模组中依次占47.92 %、46.84 %,门水平肠道菌群构成差异分析,模型组厚壁菌门丰度明显降低,差异有统计学意义(P<0.05);变形菌门(Proteobacteria)、放线菌门(Actinobacteria)与对照组相比丰度增加,差异有统计学意义(P<0.05)。属水平肠道菌群构成差异分析,丰度较高的前20个菌属中,模型组乳酸杆菌属(Lactobacillus)、毛螺旋菌属(Lachnospiraceae)丰度均低于对照组,差异具有显著性(P<0.05)。模型组瘤胃球菌属(Ruminococcaceae)、拟普雷沃菌属(Alloprevotella)、布劳特氏菌(Blautia)、帕拉普氏菌属(Paraprevotella)丰度均高于对照组(P<0.05)。结论: 卡介苗所致急性肝损伤大鼠存在肠道细菌过度生长,厚壁菌门及乳酸杆菌属丰度明显下降,变形菌门、放线菌门丰度升高,存在肠道菌群结构失衡,肠道屏障受损。  相似文献   

14.
目的 探讨砂仁复方对5-FU所致大鼠肠道菌群失衡的影响。方法 将SD大鼠随机分为正常组、阳性组、模型组、砂仁复方高、中、低剂量组;通过对大鼠粪便细菌16S rRNA 测序,i-Singer云平台数据分析,对肠道菌群物种多样性、不同分类学水平菌群丰度进行分析。结果 砂仁复方可以增加模型组肠道菌群多样性;增加乳杆菌科等的丰度;降低普雷沃氏菌科等的丰度,并以低剂量效果最佳。结论 砂仁复方可以通过平衡肠道菌群,增加菌群多样性,并在不同分类水平下调节肠道菌群稳态来发挥肠道保护作用。  相似文献   

15.
Objective: To select a common method of humanized mice and verify its feasibility with the aim to provide atheoretical basis for subsequent fecal bacteria transplantation research. Methods: 1. Specific Pathogen Free (SPF) mice were fed with antibiotics mixed with sterilized drinking water for 3 weeks, during which the general situation of mice was recorded. After 3 weeks, the number of microbes in mice's feces was evaluated by Gram staining. 2. After antibiotic treatment, mice were transplanted fecal bacteria by gavage for a week. Then, the contents of fecal bacteria in the donor and recipient feces was determined by RT-PCR, to evaluate the colonization effect of fecal bacteria. Results:(1)Antibiotic treatment had an effect on weight, feed and drinking water consumption of mice, and the fecal bacteria in mice decreased obviously.(2)After fecal bacteria transplantation, the Firmicutes, Bacteroidetes and Firmicutes/ Bacteroidetes of the mice receiving Donor1 fecal bacteria accounted for 15.4%, 112% and 13.7% of the mice receiving Donor2 fecal bacteria, respectively. The Firmicutes, Bacteroidetes and Firmicutes/Bacteroidetes of Donor1 fecal bacteria accounted for 33.7%, 104% and 32% of Donor2, respectively. The recipient's gut microbes had the same trend as human donors. Conclusions: These results indicate that antibiotic treatment combined with fecal bacterial transplantation is feasible and safe for humanizing SPF mice.  相似文献   

16.
目的 比较食管癌、胃癌、结直肠癌患者之间,及不同消化道肿瘤患者与健康人群之间粪便菌群的差异。方法 采用16S rRNA的方法,对13例食管鳞癌、23例胃癌、6例结直肠癌患者,49例健康人的粪便菌群差异进行分析。 结果 肿瘤组患者粪便菌群中双歧杆菌、普拉梭菌、伶俐瘤胃球菌较健康对照人群丰度明显减低(P均<0.05);厚壁菌门、放线菌门的部分菌种在食管癌、胃癌患者粪便中较健康人群显著减少(P均<0.05),部分与肠癌组一致;抗肿瘤治疗、抗生素、乳酸菌制剂均对肿瘤患者的粪便菌群产生影响。结论 食管癌、胃癌患者粪便中以厚壁菌门、放线菌门消耗为主的菌群组成模式及部分标志性菌种与肠癌的相似性,提示这些细菌与上消化道肿瘤的发生发展可能相关。  相似文献   

17.
  目的  观察雄性尿酸酶缺失大鼠(Kunming-DY,即KDY大鼠)肠道和新鲜粪便的菌群变化。  方法  与同性别同日龄野生型SD大鼠对照,选取45日龄雄性尿酸酶缺失大鼠称体质量,乌拉坦麻醉后解剖取血制备血清,将小肠依次分成18段,结肠分成2段(每段5 cm)。用磷钨酸法检测血清尿酸含量,用DNA提取试剂盒提取各肠段和新鲜粪便DNA,采用特异性16s rDNA引物扩增后进行高通量测序,将测序结果与数据库比对在门、纲、目、科和属水平鉴定菌群。  结果  45 d日龄时,KDY大鼠体质量下降(P < 0.05),但血尿酸水平明显升高(P < 0.05),肠道菌群多样性呈降低趋势(P < 0.05),但粪便菌群多样无明显变化(P > 0.05)。KDY大鼠肠道和粪便中乳酸杆菌属丰度明显增加(P < 0.05)。  结论  相比野生型SD大鼠,KDY大鼠肠道菌群多样性下降,但肠道和粪便中的乳酸杆菌属丰度明显增加。  相似文献   

18.
目的 分析2型糖尿病(T2D)患者和正常人群肠道菌群种类、丰度和结构差异,探讨肠道菌群变化与T2D的相关性。方法 收集133例临床粪便样本(健康样本78例,T2D病例样本55例),应用Hiseq2500对16 s rRNA基因的V3+V4区进行高通量测序,下机数据用Usearch、QIIME进行数据的拼接过滤,分类并进行物种注释。利用R语言数据包进行样品Alpha多样性指数,样品Beta多样性指数分析,比较样本菌群丰富度和多样性。比较正常组与T2D组的菌群差异,并在矫正相关因素后筛选疾病标志菌群。采用PICRUST软件进行差异菌群功能预测。结果 两组菌群在多样性上存在显著差异。聚类分析表明厚壁菌门和拟杆菌门是门分类上的差异优势物种。LefSe分析表明,两组在2个门、3个纲、3个目、4个科、10个属的相对丰度存在显著差异。在校正相关因素影响后,筛选出T2D相关菌群标志物可能为Bifidobacterium、Bifidobacteriales、Bifidobacteriaceae、Actinobacteria、Bacilli、Lactobacillales、Lactobacillaceae、Lactobacillus。在此基础上,通过差异菌群进行KEGG代谢通路分析发现组间36条KEGG代谢通路存在显著差异,T2D组的柠檬酸循环、脂多糖生物合成等代谢途径均有上调。结论 T2D组和正常组肠道菌群在组成和丰度上都存在差异,T2D组明显显示出生态失调的特点。  相似文献   

19.
【摘要】 目的 分析小鼠粪便及肠道各部位内容物细菌群落结构差异,探讨粪便取样研究肠道微生物与疾病关系的科学性和客观性,为相关实验设计提供参考。 方法 利用末端限制性片段长度多态性、变性梯度凝胶电泳和荧光定量PCR技术对BALB/c小鼠肠道不同部位(十二指肠、空肠、回肠、盲肠、结肠和直肠)内容物及粪便中细菌群落组成和丰度进行比较,分析细菌群落在小鼠粪便及肠道各部位的分布差异。 结果 粪便与直肠、结肠中优势片段均为244 bp、255 bp和449 bp,而小肠内容物(十二指肠、空肠及回肠)的优势片段则为60 bp、73 bp、261 bp、268 bp和272 bp,且小肠各部位之间细菌群落结构差异较大;十二指肠和空肠内容物中的细菌丰度较低,分别为6.9 log(copies)/g和8.3 log(copies)/g,而粪便中细菌丰度高达11.8 log(copies)/g,约2倍于十二指肠细菌丰度,显著高于十二指肠和空肠P < 0.05),与大肠各部位及回肠内容物细菌丰度相当,差异不显著(P > 0.05)。结论 粪便和大肠各部位内容物的细菌群落结构个体差异较小肠小,适合进行肠道微生态与某些相关疾病的研究;粪便与大肠特别是结直肠部位细菌群落组成相似,可通过粪便取样进行该部位的微生物生态学相关分析。  相似文献   

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