恒河猴samhd1基因编码区多态性及其对蛋白结构和功能的影响

目的筛查恒河猴samhd1基因编码区单核苷酸多态性(coding-region single nucleotide polymorphism,cSNP),研究其对蛋白结构和功能的影响。方法提取恒河猴外周血RNA,RT-PCR扩增,测序比对,确定基因编码区变异位点;通过蛋白质结构分析软件对该蛋白结构进行分析;使用SNaPshot方法筛查138只恒河猴基因背景。结果序列比对发现5个非同义突变位点C15G(2.17%)、C320T(6.88%)、G547A(13.41%)、A552T(4.35%)、T839C(17.39%);其中除C15G外的其它四个cSNP位点均处于SAMHD1蛋白重要结构域上,且G547A、A552T、T839C三个cSNP位点改变SAMHD1蛋白二级结构,可能影响SAMHD1蛋白功能。结论恒河猴samhd1基因编码区存在三个可能影响SAMHD1蛋白功能的cSNP位点,为后续研究提供了参考信息。     

SHIV_(SF162p3)中国恒河猴细胞适应株静脉感染中国恒河猴有效浓度的确定

目的确定SHIVSF162p3静脉途径感染中国恒河猴的有效病毒浓度,明确SHIVSF162p3感染实验猴体内病毒复制和免疫损伤情况。方法 10只正常中国恒河猴分别用10倍系列稀释的病毒液1mL静脉感染,测定血浆病毒载量,CD4+/CD8+,CD4+T细胞绝对数,分析感染后恒河猴体内病毒复制和免疫损伤情况。结果 5TCID50/ml以上的SHIVSF162p3能通过静脉途径成功感染中国恒河猴。结论本研究成功确定了SHIVSF162p3感染实验猴使用剂量,建立了SHIVSF162p3/中国恒河猴静脉感染模型各项指标,为今后使用此模型评价抗病毒药物或疫苗提供了条件。     

大鼠Hrh1基因的编码区单核苷酸多态性研究

目的：对大鼠Hrh1基因编码区进行单核苷酸多态性（SNP）检测及定位。方法：提取健康SD大鼠全血基因组DNA,聚合酶链式反应（PCR）高保真扩增Hrh1基因的编码区（CDS）全长序列,结合DNA测序方法进行cSNP（coding SNP）筛查。结果：在大鼠Hrh1 CDS全长1461bp中,共有4个cSNP位点,分别为：①237位C／T多态;②928位A／G多态;③1041位C／T多态;④1342位A／G多态。其中928位、1342位为非同义cSNP,237位、1041位为同义cSNP。结论：大鼠Hrh1基因编码区内4个cSNP位点中928位A／G多态与1342位A／G多态引起的错义突变,可造成编码氨基酸多肽链一级结构的改变,从而可能影响受体蛋白的特性和功能。大鼠Hrh1 928 cSNP与1342 cSNP可能导致大鼠Hrh1基因遗传多态性,表现出Hrh1受体活性的个体差异。     

脑源性神经营养因子基因多态性与重庆地区血管性认知功能障碍的相关性研究

目的：探讨汉族人群中脑源性神经营养因子（brain-derived neurotrophic factor,BDNF）基因单核苷酸多态性（single nu－cleotide polymorphism,SNP）与重庆地区血管性认知功能障碍（vascular cognitive impairment,VCI）的关系。方法：选取60例VCI患者,99例健康老年人（对照组）采用聚合酶链反应（polymerase chain reaction,PCR）结合限制性片段长度多态性（restriction fragment length polymorphism,RFLP）技术对BDNF基因G11757C、G196A、C270T进行多态性分析,采用SHEsis在线软件进行连锁不平衡及单体型分析。结果：VCI组G11757C位点基因型GG（30.4%）、GC（53.6%）、CC（16.1%）,等位基因G（57.1%）、C（42.9%）;对照组G11757C位点基因型GG（30.9%）、GC（47.4%）、CC（21.6%）,等位基因G（54.6%）、C（45.4%）（ χ2=0.837,P=0.658; χ2=0.180,P=0.671）。VCI组G196A位点基因型AA（23.3%）、AG（51.7%）、GG（25.0%）,等位基因A（49.2%）、G（50.8%）;对照组G196A位点基因型AA（22.2%）、AG（46.5%）、GG（31.3%）,等位基因A（45.5%）、G（54.5%）（ χ2=0.744,P=0.689; χ2=0.413,P=0.520）。VCI组C270T位点基因型CC（8.30%）、CT（56.7%）、TT（35.0%）,等位基因C（36.7%）、T（63.3%）;对照组C270T位点基因型CC（24.2%）、CT（50.5%）、TT（25.3%）,等位基因C（49.5%）、T（50.5%）,2组基因型频率及等位基因频率差异有统计学意义（ χ2=6.68,P=0.035; χ2=4.98,P=0.026）。VCI组GGT单体型频率（14.3%）与对照组GGT单体型频率（6.3%）差异有统计学意义（Fisher’s P=0.025）。结论：BDNF基因多态性可能与重庆地区部分汉族人群VCI发病有关。     

不同CYP2 C9及GGCX基因型在人工瓣膜置换术后的抗凝效果比较

目的了解不同CYP2C9及GGCX基因型对人工瓣膜置换术后抗凝效果的影响。方法选取2013年1月-2016年12月在该院心脏外科接受心脏瓣膜置换术的患者,采集服药后空腹12 h的外周静脉血3 ml进行CYP2 C9和GGCX基因型检测,收集患者相关临床资料,采用SPSS 21.0软件进行数据分析。结果选取80例患者, CYP2 C9基因型有2 种,包括73例CYP2C9*1*1和7例CYP2C9*1*3 患者;42例GGCX*A*G型和38例GGCX*G*G型患者。两种基因型患者在性别、年龄、体质指数（BMI）、凝血酶原时间（PT）、国家标准化比值（INR）值及达到稳定抗凝效果后的华法林血药浓度差异无统计学意义（p <0.05）,但CYP2C9*1*1 型患者INR首次达标时间>CYP2C9*1*3 型患者（ p=0.013）,CYP2C9*1*1型患者华法林日均稳定维持剂量>CYP2C9*1*3 型患者（p =0.011）,GGCX*A*G 型患者华法林日均稳定维持剂量>GGCX*G*G 型患者（p =0.000）,同时为CYP2C9*1*1 型和GGCX*A*G 型的患者华法林日均稳定维持剂量> 其他3 组（p =0.024）。CYP2 C9基因型（p =0.001）和GGCX基因型是影响患者术后第6天是否能达到治疗窗的影响因素（P =0.032）。结论根据CYP2 C9基因型和GGCX基因型确定个人使用剂量,可提高患者抗凝治疗效果。     

β_2AR基因多态性与慢性阻塞性肺病易感性关系研究

目的研究β2肾上腺素受体（β2AR）基因多态性与我国汉族慢性阻塞性肺病（COPD）易感性之间关系。方法提取92例COPD患者及80例对照组基因组DNA,采用等位基因特异性多聚酶链反应法（Allele-spe-cific PCR）检测β2AR基因＋46（A/G）位点和＋79（C/G）位点多态性;统计分析各基因型和等位基因频率。结果β2AR基因＋46（A/G）位点基因型和等位基因比较两组差异有显著性（P〈0.05）;＋79（C/G）位点基因型及等位基因分布两组间无显著性差异（P〉0.05）。结论β2AR基因＋46位点（A/G）基因多态性可能与我国中部地区汉族COPD易感性有关。     

SHIV_(SF162P3)中国恒河猴细胞适应株的制备和鉴定

目的体外制备SHIVSF162P3中国恒河猴细胞适应株,建立病毒库,为模型制备提供生物学特性稳定的感染用病毒。方法用SHIVSF162P3体外感染中国恒河猴外周血单个核细胞(PBMCs),定期测定培养液中的P24抗原水平。当病毒复制达高峰期时收集培养上清,分装并冻存。测定病毒RNA载量、P24抗原浓度和TCID50。利用病毒RNAenv区(M33262,6846bp～8481bp,共1636bp)序列分析的方法分析毒株在制备过程中的变异情况。静脉途径感染中国恒河猴G0801V,观察血浆病毒载量、外周血CD4+/CD8的变化情况。结果本研究共制备了275mLSHIVSF162P3病毒,病毒载量为4.389×107copies/mL,P24抗原水平为5.64×102pg/mL,TZM-bl细胞滴定TCID50为8.37×104/mL。gp120序列测定分析表明病毒未发生变异,CCR5的嗜性也未发生改变。感染猴G0801V高峰期病毒载量超过1×108copies/mL,急性期CD4+/CD8+倒置。结论此次制备的SHIVSF162P3细胞适应株生物学特性稳定,适合作为毒种库构建SHIVSF162P3/中国恒河猴模型。     

INSIG1基因SNPrs9769506位点的多态性与2型糖尿病的关系

目的：探讨胰岛素诱导基因1（INSIG1）单核苷酸多态性（SNP）rs9769506位点的多态性与2型糖尿病（T2DM）的相关性,以期为 T2DM 的防治提供潜在的分子靶点。方法选择河南省南阳市中心医院2013年1月至2014年3月收治的 T2DM患者98例,另选取体检中心的健康体检者90例作为对照组,INSIG1基因 SNP rs9769506位点多态性检测使用实时荧光定量PCR（RT‐PCR）Taqman 分析。结果 T2DM 组 rs9769506位点 A 等位基因频率为54．1％,G 等位基因频率为45．9％,对照组 A等位基因频率为47．8％,G 等位基因频率为52．2％,两组之间差异无统计学意义（P ＞0．05）。 T2DM 组患者 rs9769506位点 A/A 、A /G 和 G/G 基因型频率分别为41．8％、24．5％和33．7％,对照组 rs9769506位点 A/A 、A/G 和 G/G 基因型频率分别为32．2％、31．1％和36．7％,A/A 基因型频率在对照组和 T2DM 组之间差异有统计学意义（P＜0．05）,而 A/G 和 G/G 基因型频率在对照组和 T2DM 组之间差异则无统计学意义（P＞0．05）。 T2DM 患者中三酰甘油（TG）、总胆固醇（TC）、低密度脂蛋白胆固醇（LDL‐C）、高密度脂蛋白胆固醇（HDL‐C）表达水平在 A /A 、A/G 、G/G 基因型患者之间差异有统计学意义（P ＜0．05）,而 A/G 、G/G 基因型患者之间差异无统计学意义（P＞0．05）。结论 INSIG1基因 SNP rs9769506位点 A/A 基因型在 T2DM 患者中检出率高,对 T2DM 早期筛查及基因治疗具有临床指导意义。     

OAS基因多态性与肠道病毒71感染易感性关系

目的探讨2′-5′寡聚腺苷酸合成酶（OAS）1、2、3基因单核苷酸多态性（SNP）与肠道病毒71型（EV71）感染遗传易感性的关系,探讨不同基因型对EV71感染患病风险及病情程度的影响。方法收集2011年11月—2012年12月山东青岛地区的EV71检测为阳性的手足口病病儿163例,提取病儿外周血白细胞基因组DNA,采用序列特异性引物-聚合酶链反应技术检测EV71感染病儿和正常对照儿童OAS1外显子-6区rs1131476（G/A）位点、OAS2内含子-2区rs1293767（G/C）位点及OAS3的5′端rs7132797（C/A）位点SNP。结果组间OAS2内含子-2区rs1293767（G/C）位点基因型CC＋GC、GG及等位基因G、C频数分布与OAS3的5′端rs7132797（C/A）位点基因型AA、CA、CC及等位基因A、C频数分布差异无显著性（P〉0.05）;OAS1外显子-6区rs1131476（G/A）位点基因多态性中基因型AA和等位基因A在重症病儿分布频数较轻症者组明显增高（χ2=6.389、7.002,P〈0.05）,而EV71感染组与正常对照组差异无显著性（P〉0.05）。结论 OAS1rs1131476（G/A）基因SNP与EV71感染病儿疾病严重程度关系密切;基因型AA和等位基因A携带者在EV71感染中易发展为重症。     

一个遗传性抗凝血酶缺陷症家系的表型与基因突变分析

目的：对一例遗传性抗凝血酶（AT）缺陷症患者及其家系成员进行凝血指标和基因表型分析,初步探讨其分子发病机制。方法：在Stago仪器上检测家系各成员外周血的血浆AT活性（AT:A）、AT抗原（AT:Ag）等凝血指标;提取外周血DNA并测序,定位基因突变位点;利用生物信息学软件分析突变对蛋白功能的影响。结果：先证者及其外祖母、父亲、母亲和弟弟的AT:A均有不同程度降低,且AT:Ag同步下降,所有家系成员蛋白S活性（PS:A）和蛋白C活性（PC:A）指标均无明显异常,表现为I型AT缺陷症。基因分析显示：先证者SERPINC1 基因存在第1号外显子c.1A＞G杂合错义突变（p.Tyr2stop）以及第5号外显子c.1005G＞A杂合同义突变;其父亲携带c.1A＞G杂合错义突变,其外婆、母亲和弟弟携带c.1005G＞A杂合同义突变。保守性分析显示,Tyr2在同源物种间高度保守;MutationTaster、PolyPhen-2和LRT三个在线生物信息学软件分析均显示p.Tyr2stop突变为“致病的、有害的”;蛋白模型分析显示,p.Tyr2stop突变会引起AT基因翻译过程提前终止,产生截短蛋白。结论：该先证者及家系成员AT:A和AT:Ag不同程度降低与SERPINC1 基因上存在的c.1A＞G杂合错义突变和c.1005G＞A杂合同义突变有关。     

实验用猕猴颈部骨骼和血管的影像学及血流动力学分析

【摘要】 目的：利用320排螺旋CT三维重建观察猕猴颈椎骨骼结构,椎动脉走形,测量椎动脉与其所经过横突孔直径大小。通过彩色多普勒超声以无创的方法获得健康实验猕猴颈部动脉的血流相关数据,为以猕猴为实验对象的基础研究提供一些有价值的颈部影像学资料。方法：选择健康实验猕猴6只,雌雄各半,年龄3－5岁,体重3.5-5kg,给予全身麻醉后行颈部CT血管扫描试验, 采用平扫及增强扫描技术,进行容积数据采集,获取正常猕猴颈部CT横断面影像。并在横断位图像中测量C6横突孔入口处左右两侧椎动脉直径、C2-C6横突孔的横径、矢状径。彩色多普勒超声对健康猕猴颈总动脉(CCA)、颈内动脉(ICA)、颈外动脉(ECA)、椎动脉(VA)的收缩期峰值血流速度（PSV）、舒张期峰值血流速度（EDV）及血管内径(D)进行分析。结果：螺旋CT三维重建显示：①猕猴椎动脉经C6横突孔入颈椎,C2横突孔出颈椎,并有钩椎关节的存在,猕猴椎动脉的走行与人极其相似;②猕猴左侧椎动脉直径为1.89?.44（mm）,右侧椎动脉直径为1.72?.39（mm）,双侧椎动脉直径比较无统计差异(P>0.05),同一节段双侧的横突孔测量指标比较无统计学差异(P>0.05)与人相似。彩色多普勒超声检测颈部血管提示：猕猴左右两侧的颈总动脉收缩期峰值血流速度（CCA-PSV）、舒张期峰值血流速度（CCA-EDV）,颈内动脉收缩期峰值血流速度（ICA-PSV）、舒张期峰值血流速度（ICA-EDV）,颈外动脉的收缩期峰值血流速度（ECA-PSV）,椎动脉收缩期峰值血流速度（VA-PSV）的差异有统计学意义。颈部左侧动脉是猕猴的优势动脉。结论：本研究获得了健康实验用猕猴颈部骨骼及血管的影像学资料,血流动力参数及血管内径的测值,为以猕猴为实验对象的科学研究提供了有价值的基础资料。     

安徽野生和自繁恒河猴血液生化指标的测定与分析

目的 测定人工饲养条件下安徽野生和自繁恒河猴的血液生化指标,并比较分析两种来源的恒河猴,雌、雄猴间以及感染BV阳性与阴性恒河猴生化指标的差异性。 方法 采用全自动生化分析仪对安徽野生和自繁恒河猴的14个血液生化指标进行测定,并用统计学方法比较了相同性别的野生猴与自繁猴以及感染BV阳性与阴性恒河猴血液生化值的差异性。结果 野生猴与自繁猴雄性的生化指标普遍高于雌性,野生猴碱性磷酸酶、甘油三脂和谷氨酰基转移酶雌雄间差异显著;自繁猴碱性磷酸酶、白蛋白、血清Ca、甘油三脂、肌酐和谷氨酰基转移酶雌雄间差异有显著性。除谷草转氨酶、尿素氮和血清总胆固醇外,感染BV阳性较感染BV阴性的恒河猴所得生化指标高。结论 野生猴与自繁猴,雌雄间猴以及感染BV阳性与阴性猴的血液生化指标有一定的差异性。     

华北地区CYP1A2基因常见SNP位点的分布

目的 建立CYP1A2基因-3860G >A、-3113G >A、-2467delT、-739T >G、-163C >A、2321G >C、5347C >T等7个SNP位点的检测方法，探讨7个SNP位点在华北地区人群中的分布。方法 选取健康受试者，提取全血样本DNA，以Primer Premier 5软件自设计引物及探针，采用扩增阻滞突变系统（ARMS）结合TaqMan探针技术（ARMS-TaqMan法）建立CYP1A2基因7个SNP位点基因分型方法。结果 -3860G >A、-3113G >A、-2467delT、-739T >G、-163C >A、2321G >C、5347C >T7个SNP位点的突变等位基因频率分别为0.292、0.078、0.524、0.078、0.657、0.148、0.127。结论 成功建立7个SNP位点的ARMS-TaqMan基因分型方法，该方法具有准确、操作简单、高通量等优势。     

云南彝族Fetuin A基因多态性与2型糖尿病合并下肢动脉硬化的相关性研究

目的 研究云南彝族人群中Fetuin A基因rs4917、rs4918、rs1071592、rs2248690单核苷酸多态性（single nucleotide polymorphisms,SNPs）的基因型、等位基因频率分布特征,及其与2型糖尿病合并下肢动脉硬化的相关性。方法 采用聚合酶链反应-限制性片段长度多态性（PCR-RFLP）和等位基因特异引物-聚合酶链反应（ASP-PCR）技术检测120例健康对照组、61例2型糖尿病组、67例糖尿病合并下肢动脉硬化组Fetuin A基因4个位点的SNP。结果 Fetuin A基因rs1071592（C/A）位点的C/C型基因频率及C等位基因频率在2型糖尿病合并下肢动脉粥样硬化组高于健康对照组（P<0.01）;rs4917（C/T）、rs4918（C/G）、rs2248690（A/T）在3组中其基因型及等位基因频率差异无统计学意义（P>0.05）。Logistic回归分析显示糖尿病下肢动脉粥样硬化的发生与Fetuin A基因rs1071592位点CC基因型相关。结论 在中国楚雄地区彝族中存在Fetuin A基因rs4917（C/T）、rs4918（C/G）、rs1071592（C/A）、rs2248690（A/T）多态性。在云南彝族人群Fetuin A基因rs1071592位点CC基因型可能是糖尿病下肢动脉粥样硬化的危险因素。     

Molecular biological analysis of genotyping and phylogeny of severe acute respiratory syndrome associated coronavirus

Background SARS-CoV is the causative agent of severe acute respiratory syndrome (SARS) which has been associated with outbreaks of SARS in Guangdong, Hong Kong and Beijing of China, and other regions worldwide. SARS-CoV from human has shown some variations but its origin is still unknown. The genotyping and phylogeny of SARS-CoV were analyzed and reported in this paper.Methods Full or partial genomes of 44 SARS-CoV strains were collected from GenBank. The genotype, single nucleotide polymorphism and phylogeny of these SARS-CoV strains were analyzed by molecular biological, bioinformatic and epidemiological methods.Results There were 188 point mutations in the 33 virus full genomes with the counts of mutation mounting to 297. Further analysis was carried out among 36 of 188 loci with more than two times of mutation. All the 36 mutation loci occurred in coding sequences and 22 loci were non-synonymous. The gene mutation rates of replicase 1AB, S2 domain of spike glycoprotein and nucleocapsid protein were lower (0.079%-0.103%). There were 4 mutation loci in S1 domain of spike glycoprotein. The gene mutation rate of ORF10 was the highest (3. 333% ) with 4 mutation loci in this small domain(120 bp) and 3 of 4 loci related to deletion mutation. By bioinformatics processing and analysis, the nucleotides at 7 loci of genome (T:T:A:G:T:C:T/C:G:G:A:C:T:C) can classify SARS-CoV into two types. Therefore a novel definition is put forward that according to these 7 loci of mutation, 40 strains of SARS-CoV in GenBank can be grouped into two genotypes, T:T:A:G:T:C:T and C:G:G:A:C:T:C, and named as SARS-CoV Yexin genotype and Xiaohong genotype. The two genotypes can be further divided into some sub-genotypes. These genotypes can also be approved by phylogenetic tree of three levels of 44 loci of mutation, spike glycoprotein gene and complete genome sequence. Compared to various strains among SARS-CoV Yexin genotype and Xiaohong genotype, GD01 strain of Yexin genotype is more closely related to SARS-CoV like-virus from animals.Conclusion The results mentioned above suggest that SARS-CoV is responding to host immunological pressures and experiencing variation which provide clues, information and evidence of molecular bioloav for the clinical patholocly, vaccine developing and epidemic investigation.     

西藏小型猪GH基因部分序列的SNP分析

目的：对西藏小型猪GH基因（部分序列）进行SNP分析,筛选体型较小的基因型。方法采用PCR产物直接测序法对108头西藏小型猪GH基因5′端部分片段进行单核苷酸多态性（ SNP）分析。结果通过比对发现GH基因共有5个变异位点,其中T45 C位点的多态信息含量最高。不同基因型生长性状比较的结果显示：在GH基因中T45C突变位点上TC基因型6～8月龄的西藏小型猪的腹围值较小,G84A突变位点上AA基因型3～5月龄的西藏小型猪的体重、体长值较小,G93A突变位点上GG基因型6～8月龄的西藏小型猪的体长、体高值较小。结论在GH基因中T45C、G84A、G93A位点突变的TC、AA、GG基因型可能与体型较小有关。同时发现西藏小型猪在以上位点遗传变异程度大,具有较高的杂合度和遗传多样性,可以为选育工作提供比较丰富的素材。