反转录巢式PCR方法检测SARS冠状病毒

目的探索SARS冠状病毒早期诊断的有效手段。方法对临床病例样品采用反转录巢式PCR方法鉴定SARS冠状病毒。提取样品RNA,用巢式PCR外侧下游引物进行反转录,以反转录产物为模板,进行巢式第一次、第二次PCR。PCR产物克隆到pMD18-T载体后进行测序鉴定。结果被检样品扩增出特异片段,经测序验证确实来自SARS相关冠状病毒。Blast比较结果与SARS冠状病毒多伦多株相应片段只有一个碱基的差异。结论反转录巢式PCR方法验证在非典型肺炎患者标本中存在SARS相关冠状病毒的序列,证实该法不失为一种检测SARS冠状病毒的快速、简便、易行的方法。     

反转录巢式PCR方法检测SARS冠状病毒

目的探索SARS冠状病毒早期诊断的有效手段.方法对临床病例样品采用反转录巢式PCR方法鉴定SARS冠状病毒.提取样品RNA,用巢式PCR外侧下游引物进行反转录,以反转录产物为模板,进行巢式第1次、第2次PCR.PCR产物克隆到pMD18-T载体后进行测序鉴定.结果被检样品扩增出特异片段,经测序验证确实来自SARS相关冠状病毒.Blast比较结果与SARS冠状病毒多伦多株相应片段只有一个碱基的差异.结论反转录巢式PCR方法验证在非典型肺炎患者标本中存在SARS相关冠状病毒的序列,证实该法不失为一种检测SARS冠状病毒的快速、简便、易行的方法.     

25例SARS新型冠状病毒基因测定研究

目的 应用分子生物学技术，早期诊断及鉴别诊断SARS。方法采用RT—PCR及巢式PCR的方法，扩增新型冠状病毒的保守片段，确定患者有无新型冠状病毒感染。结果 25例不同临床表现的患者均扩增出新型冠状病毒的保守片段。结论 应用RT—PCR及巢式PCR扩增新型冠状病毒基因的方法有助于SARS早期诊断及鉴别诊断。     

SARS冠状病毒N基因的扩增与克隆

目的 RT—PCR扩增、克隆SARS冠状病毒N蛋白基因。方法 根据GenBank数据库中TOR2株的全基因组序列，利用Primer Premier5．0软件设计引物RT-PCR巢式扩增SARS冠状病毒的N基因，PCR产物克隆后进行测序鉴定。结果 序列分析表明。pMD18-T载体中已成功重组了N基因。结论 N蛋白基因的扩增、克隆成功，为N蛋白的表达、N蛋白结构与功能的研究奠定了基础。     

体外转录法制备SARS冠状病毒RNA片段

目的通过体外转录获得SARS冠状病毒RNA片段,为建立RT-PCR和荧光定量PCR诊断方法提供阳性对照.方法根据GenBank登录SARS冠状病毒Tor2株基因组序列,选择基因组中18138-18327nt作为目的扩增序列,并将其分解为首尾重叠的3个片段,人工合成对应的单链DNA序列,通过退火延伸获得全长dsDNA片段,PCR扩增该片段后,连接至载体pMD18T上,筛选含目的插入片段的阳性重组质粒pMD 18T-SARS,用BamH Ⅰ和HindⅢ切出目的片段,连接至线性化表达性质粒pGEM上;筛选阳性重组质粒pGEM-SARS,测序鉴定后,经HindⅢ酶切线性化,用T7 RNA聚合酶进行体外转录,得到含SARS冠状病毒目的序列的RNA片段,转录产物经电泳观察后,用RT-PCR验证.结果获得含SARS冠状病毒目的基因序列的RNA片段.结论该RNA片段可用于SARS冠状病毒RT-PCR和荧光定量RT-PCR诊断方法的阳性对照.     

SARS冠状病毒N基因的扩增与克隆

目的RT-PCR扩增、克隆SARS冠状病毒N蛋白基因。方法根据GenBank数据库中TOR2株的全基因组序列,利用Primer Premier 5.0软件设计引物RT-PCR巢式扩增SARS冠状病毒的N基因,PCR产物克隆后进行测序鉴定。结果序列分析表明,pMD18-T载体中已成功重组了N基因。结论N蛋白基因的扩增、克隆成功,为N蛋白的表达、N蛋白结构与功能的研究奠定了基础。     

SARS冠状病毒多聚酶基因临床检测方法的建立

目的 分析SARS冠状病毒广东株多聚酶基因片段的异质性。建立RT-PCR检测SARS冠状病毒的方法，为SARS的快速诊断提供依据。方法 合成针对SARS冠状病毒多聚酶基因区段的特异性引物，从广东省SARS病人及疑似病人标本中提取RNA，经反转录和巢氏PCR扩增出相应大小的DNA片段。对这些片段克隆后进行DNA序列分析，并将序列与SARS冠状病毒和其他已知冠状病毒进行同源性分析。结果 从多例SARS病人痰、咽拭子或血液标本中得到RT-PCR阳性片段，随机选取其中8例经克隆和DNA序列分析证实均为SARS冠状病毒序列(同源性100％)，而所有阴性参照标本RT-PCR均为阴性。克隆片段BNll09与已知冠状病毒在核苷酸和氨基酸水平进行分析显示，该片段与牛冠病毒(bovinecoronavirus，BCV)和鼠肝炎病毒(murine hepatitis virus，MHV)同源性最高，在氨基酸水平上同源性高达75％。结论 SARS冠状病毒多聚酶基因片段BNll09的保守性极强，适合建立RT-PCR法检测SARS冠状病毒。     

巢式-重叠PCR构建金属还原酶基因缺失片段

目的利用重叠PCR构建敲除烟曲霉金属还原酶基因所需的融合片段,并检测巢式PCR对重叠PCR的影响。方法比对烟曲霉金属还原酶基因上下游的同源性,在其同源性较好的区域设计引物,扩增出金属还原酶基因上下游片段。同时,利用PCR获得潮霉素抗性标记基因的两个片段。再通过巢式PCR将基因上下游片段与相应的标记基因片段分别连接,获得转化所需的融合片段。获得的融合片段用凝胶电泳和测序进行鉴定。结果获得的融合片段经凝胶电泳检测大小正确。经测序鉴定证实融合片段正确连接并与理论序列有很高的一致性。与常规重叠PCR相比,巢式PCR的引入减少了杂带量。结论获得构建金属还原酶基因缺失所需的融合片段,为实现烟曲霉金属还原酶基因的敲除与功能研究奠定基础。巢式-重叠PCR可以提高产物的特异性。     

SARS冠状病毒E蛋白的表达与纯化

目的研究SARS冠状病毒E蛋白对SARS诊断和预防的价值，利用原核表达系统克隆和表达E蛋白并纯化。方法采用RT—PCR从SARS冠状病毒RNA中扩增出编码N蛋白的基因；经克隆和测序分析后，亚克隆至表达载体DGEX-4T-2，转化大肠杆菌BL21（DE3），PCR和双酶切鉴定；阳性菌株经IPTG诱导，SDS—PAGE分析，进一步以SARS病人血清进行免疫印迹分析；大量诱导表达N蛋白，亲和层析予以纯化。结果RT—PCR扩增出E蛋白基因的特异片段，获得的阳性克隆序列与GenBank中登录的SARS冠状病毒的E蛋白基因序列同源性为100％；E蛋白基因被亚克隆至表达载体pGEX-4T-2，在BL21中获得表达，表达产物能被SARS病人血清识别。表达的E蛋白经亲和层析获得纯化。结论成功构建了SARS冠状病毒E蛋白的重组表达质粒，在大肠杆菌中表达的E蛋白的融合蛋白具免疫活性。     

SARS冠状病毒Orf3和Orf4的克隆和分析

目的:克隆SARS冠状病毒的Orf3和Orf4两个开放性读框,并对其进行DNA序列和蛋白质结构分析.方法:通过RT-PCR,从SARS冠状病毒基因组中扩增得到特异性片段,利用TA克隆将PCR产物克隆入PUCm-T载体并进行测序、同源性比较和蛋白质结构分析.结果:RT-PCR扩增出的特异产物与预期长度相符,序列分析表明,其核苷酸序列与已发表的SARS病毒的Orf3和Orf4同源性在99%以上.结论:成功克隆SARS冠状病毒Orf3和Orf4两个开放性读框,为表达及功能研究奠定了基础.     

SARS病毒基因检测结果与患者病情、病程和体液免疫的关系研究

目的:研究严重急性呼吸综合征患者的病情、病程和特异性抗体产生对SARS病毒基因阳性检出率的影响。方法:采用巢式反转录PCR检测健康人,发烧非SARS患者,不同时期和不同病情SARS患者以及存不存在特异性抗体的SARS患者痰标本中的SARS病毒核酸即RNA。结果:巢式RT—PCR检测SARS患者痰标本中的SARS病毒RNA的敏感度为60.0％。6 d～10 d组阳性检出率最高,为100％,高于11 d～25 d组,而11 d～25 d组的阳性检出率又高于>25 d组(P<0.01);病情轻组比病情重组的阳性检出率高(P<0.05);抗体阴性组比抗体阳性组检出率高(P<0.05)。结论:SARS病毒基因检测阳性率在轻病情组比重病情组高,住院时间短组比住院时间长组高,血清特异性抗体阴性组比阳性组高。     

SARS冠状病毒多聚酶基因临床检测方法的建立

目的分析SARS冠状病毒广东株多聚酶基因片段的异质性,建立RT-PCR检测SARS冠状病毒的方法,为SARS的快速诊断提供依据。方法合成针对SARS冠状病毒多聚酶基因区段的特异性引物,从广东省SARS病人及疑似病人标本中提取RNA,经反转录和巢氏PCR扩增出相应大小的DNA片段。对这些片段克隆后进行DNA序列分析,并将序列与SARS冠状病毒和其他已知冠状病毒进行同源性分析。结果从多例SARS病人痰、咽拭子或血液标本中得到RT-PCR阳性片段,随机选取其中8例经克隆和DNA序列分析证实均为SARS冠状病毒序列(同源性100%),而所有阴性参照标本RT-PCR均为阴性。克隆片段BNI109与已知冠状病毒在核苷酸和氨基酸水平进行分析显示,该片段与牛冠病毒(bovinecoronavirus,BCV)和鼠肝炎病毒(murinehepatitisvirus,MHV)同源性最高,在氨基酸水平上同源性高达75%。结论SARS冠状病毒多聚酶基因片段BNI109的保守性极强,适合建立RT-PCR法检测SARS冠状病毒。     

利用寡核苷酸芯片检测SARS病毒

目的：利用寡核苷酸芯片检测SARS病毒。方法：根据序列Blast比对分析结果，设计逆转录不对称PCR扩增引物和寡核苷酸检测探针。采用Trizol试剂从人静脉血中提取总RNA，经过逆转录和不对称PCR扩增得到的PCR产物与排列有寡核苷酸探针的芯片杂交，杂交后的芯片经激光共聚焦扫描分析。结果：SARS阳性样品与寡核苷酸芯片杂交后出现阳性杂交信号，具有不同二级结构的寡核苷酸探针杂交信号强度不一。结论：寡核苷酸芯片适于快速准确、平行大量地检测SARS病毒。     

Establishment of a fluorescent polymerase chain reaction method for the detection of the SARS-associated coronavirus and its clinical application

Objective To establish a fluorescent polymerase chain reaction (F-PCR) method for detecting the coronavirus related to severe acute respiratory syndrome (SARS) and to evaluate its value for clinical application.Methods The primers and the fluorescence-labeled probe were designed and synthesized according to the published sequence of the SARS-associated coronavirus genes.A F-PCR diagnosis kit for detecting the coronavirus was developed, and 115 clinical nasopharyngeal gargling liquid samples were tested.Results The sequence of PCR amplified products completely matched the related sequence of the SARS-associated coronavirus genome. Forty-nine out of 67 samples from identified SARS patients and 8 of 18 samples from persons having close contact with SARS patients showed positive results.All 30 samples from healthy controls were negative.Conclusion The F-PCR method established may be a rapid, accurate and efficient way for screening and for the early diagnosis of SARS patients.     

Severe acute respiratory syndrome-associated coronavirus genotype and its characterization

Objective To study the severe acute respiratory syndrome (SARS)-associated coronavirus genotype and its characteristics.Methods A SARS-associated coronavirus isolate named ZJ01 was obtained from throat swab samples taken from a patient in Hangzhou, Zhejing province. The complete genome sequence of ZJ01 consisted of 29 715 bp ( GenBank accession : AY297028, version : gi : 30910859). Seventeen SARS-associated coronavirus genome sequences in GenBank were compared to analyze the common sequence variations and the probability of co-occurrence of multiple polymorphisms or mutations.Phylogenetic analysis of those sequences was done.Results By bioinformatics processing and analysis, the 5 loci nucleotides at Z J01 genome were found being T, T, G, T and T, respectively. Compared with other SARS-associated coronavirus genomes in the GenBank database, an A/G mutation was detected besides the other 4 mutation loci( C: G: C: C/T: T: T: T) involved in this genetic signature. Therefore a new definition was put forward according to the 5 mutation loci. SARS-associated coronavirus strains would be grouped into two genotypes (C:G:A: C: C/T: T: G: T: T), and abbreviated as SARS coronavirus C genotype and T genotype. On the basis of this new definition, the ZJ01 isolate belongs to SARS-associated coronavirus T genotype, first discovered and reported in mainland China. Phylogenetic analysis of the spike protein gene fragments of these SARS-associated coronavirus strains showed that the GZ01 isolate was phylogenetically distinct from other isolates, and compared with groups F1and F2 of the T genotype, the isolates of BJ01and CUHK-Wl were more closely related to the GZ01 isolate. It was interesting to find that two(A/G and C/T) of the five mutation loci occurred in the spike protein gene, which caused changes of Asp to Gly and Thr to lie in the protein, respectively.Conclusion Attention should be paid to whether these genotype and mutation patterns are related to the virus‘ s biological activities,epidemic characteristics and host clinical svmotoms.     

BNX小鼠生物学特性及其应用

本文综述了T、B和NK细胞联合免疫缺陷BNX小鼠的培育，详细介绍其一般的生物学特性及其在血液学、肿瘤学、免疫学和微生物学等方面的应用。     

应用荧光定量PCR检测SARS康复者血浆冠状病毒RNA

目的　通过对SARS临床诊断康复者血浆中冠状病毒RNA的检测 ,观察SARS临床诊断康复者血浆中携带冠状病毒的情况 ,对SARS临床诊断康复者血浆临床应用的安全性提供实验室依据。方法　采用荧光定量PCR仪 ,分别用两种不同厂家荧光定量PCR试剂、对 2 6份SARS康复者血浆进行冠状病毒RNA检测。结果　两种不同试剂检测 2 6份SARS临床诊断康复者血浆冠状病毒RNA均为阴性。结论　实验室检测发现 ,SARS临床诊断康复者血浆冠状病毒RNA为阴性 ,为进一步临床采用SARS临床诊断康复者血浆辅助治疗SARS患者的安全性提供一定的实验室证据。