血清蛋白质指纹图谱诊断模型在肾癌中的应用

目的 检测肾癌患者血清蛋白质,筛选特异的蛋白质标记物,构建用于肾癌早期诊断的血清蛋白质指纹图谱模型.方法 应用蛋白质芯片CM10及表面增强激光解吸/离子化飞行时间质谱(SELDI-TOF-MS)技术测定168例血清标本(其中肾癌53例,肾良性占位性病变47例,健康志愿者68例)的蛋白质质谱,用随机抽取的118例标本(肾癌38例,肾良性占位病变30例,健康志愿者50例)作为训练组,应用支持向量机进行训练和交叉验证,建立肾癌诊断模型;其余50例标本进行盲法验证.结果 利用质荷比分别为5350、4100、3446、5027和6115的5个蛋白峰建立区分肾癌和正常人的诊断模型,其敏感性为94.74%,特异性为92%.盲法验证显示敏感性为93.33%,特异性为88.89%.区分肾癌和肾良性占位病变的诊断模型,敏感性为92.11%,特异性为90%.区分透明细胞癌和其他病理类型的肾癌的诊断模型对透明细胞癌的判别率为92.84%,对其他病理类型的肾癌的判别率为81.82%.结论 表面增强激光解吸电离/飞行时间质谱技术结合支持向量机建立肾癌血清蛋白质指纹图谱模型对诊断肾癌具有较高的敏感性与特异性.     

血清蛋白质质谱与支持向量机模型在胰腺癌检测上的应用

目的:为提高胰腺癌的早期检测率筛选新的标志物,应用蛋白芯片结合表面增强激光解吸电离飞行时间质谱(SELDI-TOF-MS)技术建立胰腺癌的血清蛋白质质谱模型。方法:用弱阳离子交换芯片(CM10)结合SELDI-TOF-MS技术检测了73例血清样本,其中31例胰腺癌,22例胰腺炎,20例健康人。用支持向量机方法建立胰腺癌和健康人以及胰腺癌和胰腺炎的辨别模型。结果:胰腺癌和健康人辨别模型用了3个蛋白质峰,辨别的敏感性和特异性均为100%,而胰腺癌和胰腺炎辨别模型用了5个蛋白质峰,辨别的特异性和敏感性分别为95.5%和93.5%。结论:SELDI-TOF-MS技术结合生物信息学方法检测胰腺癌具有较高的敏感性和特异性。     

蛋白质指纹图结合支持向量机生物信息学分析在早期胰腺癌检测中的应用

目的建立早期胰腺癌的血清蛋白质质谱模型,探讨蛋白质指纹图结合支持向量机生物信息学分析在早期胰腺癌诊断中的应用价值.方法选取用22例胰腺癌患者及20例健康者,采用表面增强激光解吸/电离时间飞行质谱(SELDI-TOF-MS)结合弱阳离子交换芯片(CM10)检测分析样本.采用支持向量机方法建立早期胰腺癌和健康者辨别模型.结果共筛选出11个蛋白质峰建立了早期胰腺癌和健康者辨别模型,辨别的敏感性为100%,特异性为95%.结论 SELDI-TOF-MS 技术结合生物信息学方法检测早期胰腺癌具有较高的敏感性和特异性.     

血清蛋白质指纹图谱与人工神经网络模型在肺癌诊断中的应用

目的筛选肺癌相关标志物并建立诊断肺癌的蛋白质谱模型。方法应用表面增强激光解吸电离飞行时间质谱（SELDI-TOF-MS）技术检测了86例肺癌、80例健康对照样本的血清蛋白质质谱,结合人工神经网络建立肺癌诊断模型。结果从肺癌组与健康对照组中筛选出了4个蛋白质荷比峰建立肺癌诊断模型,该诊断模型的特异性为 100％（95％的置信区间为93.9％～100.0％）,敏感性为93.6％（87.6％～96.4％）,准确率为96.7%（88.1％～98.3％）。结论成功建立了肺癌诊断模型,该模型在肺癌的诊断中具有较高的敏感性和特异性。     

应用SELDI-TOF-MS技术建立鼻咽癌诊断中的血清蛋白质指纹图谱模型

目的:检测鼻咽癌、耳鼻部良性疾病和正常人血清中蛋白质指纹图谱,筛选特异的蛋白质标志物,构建用于鼻咽癌诊断的分类树模型.方法:采用CM10芯片及SELDI-TOF-MS技术对30例鼻咽癌患者及24例对照组血清样本进行蛋白质指纹图谱检测分析,所得到的结果采用Biomarker Wizard和Biomarker Patterns System软件分析并建立用于鼻咽癌诊断的分类树模型,并用其余10例鼻咽癌患者和12例对照组标本进行双盲验证.同时用酶联免疫法(ELISA)检测两组的血清EB病毒VCA-IgA抗体,将诊断模型的判定结果通过与血清EB病毒VCA-IgA抗体检测结果相对比验证其对于临床的应用价值.结果:从两组血清中筛选出Mr为8559,15 115,15 836,15 937,16 089的5个差别有统计学意义(P<0.05)的标志蛋白,所建立的诊断模型对鼻咽癌诊断的准确率、灵敏度和特异度分别为98.1%(53/54),96.7%(29/30)和100%(24/24).双盲验证后的准确率、灵敏度和特异度分别86.4%(19/22),80.0%(8/10),和91.7%(11/12).灵敏度优于血清EB病毒VC...     

血清蛋白质指纹图谱筛选上皮性卵巢癌及预测肿瘤复发的应用研究

目的:建立人上皮性卵巢癌蛋白质组诊断模型,并盲法验证.方法:应用蛋白质芯片SELDI-TOF MS技术和生物信息学方法,比较40例上皮性卵巢癌患者手术前后、29例卵巢癌复发患者、22名健康人血清蛋白质谱,用45例包括良恶性卵巢病变患者和健康人的血清作肓筛验证.结果:卵巢癌和正常人血清比较,P＜0.01的差异蛋白峰有7个,用其中的质荷比4 162.69、5 804.26、6 749.37建立诊断模型,诊断的敏感度为98.3％,特异度为95.7％,阳性预测值为96.7％.卵巢癌术前、术后血清蛋白质谱比较,P＜0.01的差异蛋白峰有4个,术后化疗后复发与正常人血清差异蛋白质峰有5个,其中质荷比5 804.26蛋白峰术后下降、复发时升高.结论:应用SELDI方法建立人卵巢癌血清蛋白质谱诊断模型可用于卵巢癌的筛查,质荷比5 804.26蛋白峰有望成为卵巢癌疗效监测特异蛋白峰.     

用激光捕获显微切割联合蛋白质芯片筛选肺鳞癌和腺癌组织差异蛋白

目的 应用激光捕获显微切割(LCM)联合表面增强激光解吸离子化飞行时间质谱(SELDI-TOF-MS)蛋白质芯片及支持向量机(SVM)方法筛选肺鳞癌和腺癌差异表达蛋白质,探讨二者在蛋白水平的差异,为筛选肺癌分型标志物提供依据.方法 将6例新鲜肺鳞癌及7例腺癌组织标本用LCM选择性获取1.4×105个同质鳞癌细胞和1.2×105个同质腺癌细胞.经PBS Ⅱ+型SELDI-TOF-MS分析仪(IMAC芯片)分析鳞癌及腺癌细胞蛋白质表达谱,比对差异峰;应用SVM筛选并验证候选标志蛋白的判别效能.结果 比较鳞癌和腺癌细胞的SELDI谱图,共筛选出87个蛋白峰.将差异最明显的10个蛋白峰作为候选标志蛋白.与腺癌相比,4种蛋白(相对分子质量分别为2505、4004、4847及11 412)在鳞癌中呈高表达;与鳞癌相比,6种蛋白(相对分子质量分别为3333、3592、3848、5036、5191及5211)在腺癌中呈高表达.其中相对分子质量为4847的蛋白在鳞癌和腺癌中表达差异有统计学意义.用SVM建立分类预测模型并评价各模型效能,筛选出一个由3种蛋白质(相对分子质量分别为4847、11 412和3592)组成的分型标志蛋白组合模式,其敏感度和特异度均为100%.结论 肺鳞癌和腺癌在蛋白水平存在差异;LCM联合SELDI蛋白质芯片技术有可能筛选出敏感性高、特异性强的肺癌分型标志蛋白组合模式.     

表面增强激光解吸／离子化质谱技术在诊断下咽癌中的应用研究

目的探讨表面增强激光解吸／离子化质谱技术（SELDI-TOF-MS）在下咽癌早期诊断中的价值。方法采用弱阳离子（WCX2）蛋白质芯片结合表面增强激光解吸电离飞行时间质谱技术检测38例下咽癌患者和46例健康体检者的血清,建立预测模型。结果从下咽癌患者和健康人血清中筛选出4个明显表达差异的蛋白质峰,其分子量分别为4175、13265、3160和5804Da,均为下咽癌高表达。用其中的10例下咽癌患者和12例健康体检者样本作训练集和交叉验证后,再用筛选出的4个差异蛋白质峰建立诊断预测模型,然后对健康人和下咽癌患者样本进行盲法测试。结果显示,其准确率为89.3％（75／84）,敏感性为97．4％（37／38）,特异性为82．6％（38／46）。结论用SELDI-TOF-MS技术建立的诊断预测模型对区分下咽癌和正常人有较好的特异性与准确率,该技术为下咽癌的早期诊断及预后判断提供了新的手段。     

基于支持向量机对肾母细胞瘤患者血清蛋白质标记物的检测分析

目的 检测肾母细胞瘤患儿血清蛋白质,筛选特异的蛋白质标记物,构建用于肾母细胞瘤早期诊断的血清蛋白质指纹图谱模型。方法 应用表面增强激光解析电离飞行时间质谱（SELDI—TOF—MS）技术检测75例血清标本（肾母细胞瘤30例,其他小儿腹腔实体肿瘤25例,正常小儿20例）的蛋白质质谱,并结合生物信息学方法（支持向量机）分析数据。结果筛选出4个质荷比（m／z）位于6984．5、6455．5、6914,0、3256．7的蛋白质标记物,构建肾母细胞瘤早期诊断模型。经留一法交叉验证,区分肾母细胞瘤和正常小儿的血清蛋白质指纹图谱模型特异性为100％,敏感性为100％;区分肾母细胞瘤与其他腹腔实体肿瘤的血清蛋白质指纹图谱模型特异性为100％,敏感性为93．3％。结论表面增强激光解析电离飞行时间质谱技术结合支持向量机建立肾母细胞瘤血清蛋白质指纹图谱模型是早期诊断肾母细胞瘤的一种特异性强、敏感性高的新方法,可用于肾母细胞瘤早期诊断与肿瘤标志物筛选研究。     

应用表面加强激光解吸电离飞行时间质谱方法检测喉鳞状细胞癌及淋巴结转移的血清蛋白质标志物

目的 应用表面加强激光解吸电离飞行时间质谱（SELDI-TOF-MS）方法筛选喉鳞癌（LSCC）血清蛋白质标志物,建立喉癌诊断预测模型。并检测喉癌淋巴结转移相关的血清蛋白标志物。方法收集252例血清标本,其中喉癌患者血清142例,正常对照110例。其中89例喉癌血清,30例有淋巴结转移的喉癌血清和65例正常对照为试验组,53例喉癌血清及45例正常对照为盲法验证组。应用弱阳离子交换芯片（WCX2）经SELDI-TOF-MS测定得到蛋白质谱,通过Biomarker Wizard和Biomarker Pattern（BIaS）软件分析喉癌和正常人血清的蛋白质谱差异,建立喉癌诊断预测模型并进行盲法验证。寻找喉癌转移相关蛋白标志物。结果 在质荷比（M／Z）2000～50000范围内,弱阳离子（WCX2）芯片共检测出18个差异蛋白峰,可以鉴别喉癌和正常对照。BIaS自动选用其中一个差异蛋白质峰（4176）建立决策树模型,灵敏性为86．52％,特异性为84．62％（32／36）。盲法验证的灵敏性为84．91％,特异性为82．22％。伴或不伴淋巴结转移的喉癌患者之间检测到14个差异蛋白峰。结论应用SELDI-TOF-MS方法可以从血清中筛选出喉癌及淋巴结转移相关的标志蛋白。建立的喉癌诊断预测模型可能对早期发现早期诊断喉癌具有重要的临床意义。     

非小细胞肺癌淋巴转移血清蛋白指纹图谱分析

目的 应用表面增强激光解析离子化-飞行时间-质谱(SELDI-TOF-MS)技术获得区分非小细胞肺癌患者淋巴结转移的诊断模型及血清特异性蛋白.方法 应用弱阳离子蛋白芯片CM10及SELDI-TOF-MS技术检测84例肺癌患者血清中蛋白的相对含量(其中N0、N1、N2患者分别为35例、19例和30例),从淋巴结转移(N0组对比N1+N2组)和纵隔淋巴结转移(N0+N1组对比N2组)两方面进行分析,分别建立诊断模型.结果 在随机抽取50例构建的模型中,诊断淋巴结转移组病例的灵敏度和特异度分别为96.3%(26/27)和95.7%(22/23),同时进行盲法验证;随后将15例病理确认第10至14站淋巴结均无转移的N0病例与49例出现淋巴结转移患者(N1+N2)对比构建模型,预测转移的灵敏度和特异度别为77.6%和93.3%,其中相对分子质量6682等6个蛋白峰有显著差异;而诊断纵隔淋巴结转移模型的灵敏度为80.0%(24/30),特异度为77.8%(42/54).结论 SELDI-TOF-MS技术在预测非小细胞肺癌患者淋巴结转移方面具有应用价值,而该诊断模型以及与转移相关的蛋白需进一步研究证实.     

胶质瘤脑脊液蛋白质指纹图诊断模型的建立及其在临床诊断中的应用

目的:SELDI-TOF建立和评估区分脑胶质瘤与非脑肿瘤、脑胶质瘤与脑良性肿瘤的脑脊液蛋白指纹图诊断模型.方法:收集脑胶质瘤、脑良性肿瘤和轻度脑外伤患者的脑脊液共75份,其中50份胶质瘤和非脑肿瘤脑脊液标本,随机分为训练组33份(17例胶质瘤,16例非脑肿瘤)和盲法测试组17份(5例胶质瘤,12例非脑肿瘤),检测结合在H4蛋白芯片上的蛋白质,获得脑肿瘤和非脑肿瘤的蛋白表达质谱图,用matlab操作平台的人工神经网络分析收集的数据,建立了区分脑胶质瘤与非脑肿瘤的脑脊液蛋白指纹图诊断模型.脑胶质瘤和脑良性肿瘤47份标本,随机分为训练集31份(13例胶质瘤,18例脑良性肿瘤)和盲法测试集16份(9例胶质瘤,7例脑良性肿瘤),运用同样方法分析收集的数据,建立了区分脑胶质瘤与脑良性肿瘤的蛋白指纹图诊断模型.同时运用支持向量机对上述人工神经网络的结果进行验证,二者结果非常相似.结果:①建立了区分胶质瘤与非脑肿瘤的脑脊液蛋白指纹图诊断模型,盲法测试胶质瘤诊断的敏感性和特异性分别为100%和91.7%.②建立了区分胶质瘤与脑良性肿瘤的脑脊液蛋白指纹图诊断模型,盲法测试胶质瘤诊断的敏感性和特异性分别为88.9%和100%.结论:研究建立的诊断模型为胶质瘤的临床诊断尤其是定性诊断提供了一条崭新的途径.     

呼出气一氧化氮联合降钙素原和C反应蛋白在哮喘诊治中的价值

对哮喘急性发作期60例患者治疗前测定呼出气一氧化氮（FeNO）、血降钙素原（PCT）、CRP水平,并进行痰细菌培养;根据痰培养结果将患者分为有细菌感染组（A组）、无细菌感染组（B组）。临床缓解期时重复上述指标检测。急性发作期时患者FeNO值显著高于临床缓解期（P〈0．05）,A组FeNO与B组相比差异无统计学意义（P〉0．05）;急性发作期,A组血PCT、CRP显著高于B组（P均〈0．05）;A组临床缓解期血PCT、CRP显著低于急性发作期（P均〈0．05）;B组临床缓解期血PCT、CRP与急性发作期比较,差异无统计学意义（P〉0．05）。临床缓解期,A、B两组血PCT、CRP比较差异亦无统计学意义（P〉0．05）。     

急性髓系白血病M2a骨髓细胞蛋白质组学分析及其预后意义

目的应用蛋白质组技术探讨首次持续完全缓解（CCR1）时间相差显著的急性髓系白血病（AML-M2a）患者诱导治疗前及其复发患者的白血病细胞蛋白质差异表达与预后的关系。方法将提取的17例AML-M2a患者首次诱导缓解前的骨髓单个核细胞按正规化疗后CDR1时间分组,大于12个月为A组（11例）,小于6个月者为B组（6例）,B组患者有3例在复发时的骨髓单个核细胞为C组。运用双向电泳技术对A、B、C3组白血病细胞蛋白质进行分离,对部分差异蛋白利用基质辅助激光解吸电离飞行时间质量光谱法（matrix-assisted laser desorption-ionization time-of-flight mass spectrometry,MALDI-TOF-MS）进行鉴定。结果A组与B组比较,质谱鉴定了6个差异蛋白质,分别为微管蛋白特定分子伴侣B、髓过氧化物酶、转胶蛋白2CH结构域、谷胱苷肽S-转移酶、锌酯蛋白、3-磷酸甘油醛脱氢酶;C组为3例自身对照比较,质谱鉴定了3个差异蛋白质,分别为NAD（P）H、HES1、假定蛋白。结论AML-M2a患者诱导缓解治疗前的白血病细胞差异蛋白质表达水平与其预后有关,白血病复发时骨髓细胞蛋白质有变化。     

应用表面增强激光解吸离子化飞行时间质谱筛选蕈样肉芽肿组织生物标志物

目的 采用表面增强激光解吸离子化飞行时间质谱(SELDI-TOF-MS)技术,筛选蕈样肉芽肿(MF)患者皮损组织中的生物标志物.方法 选用CMIO蛋白质芯片对12例MF患者皮损和15份正常皮肤组织提取蛋白质标本进行检测,以筛选MF患者组织中差异表达蛋白质.通过免疫沉淀方法 对部分差异表达蛋白质进行验证.结果 MF组与对照组蛋白质指纹图谱比较,发现24个差异表达蛋白质峰.将差异蛋白质峰在SWISS-PRO数据库和文献中搜索,发现相对分子质量3498的蛋白质峰与人中性粒细胞蛋白3(HNP3)相符、相对分子质量10 837的蛋白质峰与S100钙结合蛋白A8(S100A8)相符,抗S100A8特异性抗体免疫沉淀试验验证了后者.结论 SELDI-TOF-MS技术是一种快速,易行的高通量蛋白质组研究方法 ,能够鉴定出MF组织中的差异表达蛋白质,为寻找疾病相关生物学标记的提供了独特的平台.     

支持向量机在ICU急性肾损伤患者住院死亡风险预测中的应用

目的：应用支持向量机（support vector machine,SVM）构建ICU中急性肾功能损伤(acute kidney injury, AKI)患者住院死亡风险预测模型,并比较其与ICU中常用的简化急性生理评分（the simplified acute physiology score Ⅱ,SAPS-Ⅱ）的预测性能。方法：使用重症监护医学信息市场（medical information mart for intensive care Ⅲ,MIMIC-Ⅲ）数据库作为数据来源。根据2012年国际改善全球肾脏病预后组织（Kidney Disease: Improving Global Outcomes, KDIGO）发表的《急性肾损伤临床实践指南》选取MIMIC Ⅲ数据库中的AKI患者,使用SAPS-Ⅱ中所用到的全部变量构建SVM模型,同时,使用MIMIC-Ⅲ数据库定制本地化的SAPS Ⅱ模型,并比较其与SVM模型的性能优劣。模型性能的评价方法使用五折交叉验证,评价指标使用受试者工作特征曲线下面积(area under the receiver operation characteristic curve,AUROC)、均方根误差（root mean squared error,RMSE）、灵敏度、特异度和准确率。此外,使用Bland-Altman图评估两模型预测结果的一致性。结果：共纳入19 044例AKI患者,死亡率为13.58%。五折交叉验证的结果显示,SVM模型和定制版SAPS-Ⅱ模型的平均AUROC分别为0.86和0.81, 差异有统计学意义（t=13.0,P<0.001）, SVM模型和定制版SAPS-Ⅱ模型的平均RMSE分别为0.29和0.31, 差异有统计学意义（t=-9.6,P<0.001）。在灵敏度和约登指数方面,SVM模型也均优于定制版的SAPS-Ⅱ模型,差异均具有统计学意义（P分别为0.002和<0.001）。Bland Altman图显示当患者死亡风险极高或者极低时,两模型预测结果的一致性较好。当患者死亡风险的不确定性较大时,两模型预测结果的一致性较差。结论：相比于传统的SAPS-Ⅱ模型,SVM模型的预测性能更优,且当患者的死亡风险不确定时,这种优势尤其明显; SVM模型更有利于AKI患者的死亡风险识别与早期干预,能有效地帮助ICU临床医生提高医疗质量,有很强的临床应用价值。