宫颈鳞状上皮癌蜡块中 HPV16 感染检测方法的比较研究

分别用原位杂交（ＩＳＨ）、多聚酶链反应（ＰＣＲ）和原位多聚酶链反应（ＩＳ－ＰＣＲ）方法，检测３９例宫颈鳞状上皮癌石蜡切片中ＨＰＶ的感染。ＩＳＨ的检出率为４６．２％（１７／３９），明显低于ＩＳ－ＰＣＲ的６６．７％（２６／３９，Ｐ＜０．０１）和ＰＣＲ的８４．６％（３３／３９，Ｐ＜０．０１）。用常规ＩＳＨ和地高辛标记探针能检出宫颈鳞状上皮癌ＨＰＶ１６感染的表皮细胞，而用ＩＳ－ＰＣＲ方法在同样标本中可显示出更多的ＨＰＶ１６阳性表皮细胞，并且着色更深。ＰＣＲ方法敏感性最高，但它不能用于组织细胞内的ＨＰＶ１６ＤＮＡ精确定位。     

用PCR和RELP法检测宫颈癌组织中HPV16型的研究

应用多聚酶链反应（ＰＣＲ）和限制性片段长度多态性（ＲＥＬＰ）方法，直接对石蜡包埋的宫颈癌组织切片进行人乳头状瘤病毒（ＨＰＶ）１６型的检测。结果表明ＨＰＶ１６型的阳性检出率为６６．７％。该方法简便快速，特异性较强，为ＨＰＶ１６型的检测提供一种较敏感而快速的诊断手段     

16S rDNA序列分析在临床不常见细菌鉴定中的初步应用

目的建立细菌16S rDNA序列分析技术并探讨其在临床不常见细菌鉴定中的应用价值。方法收集经全自动微生物分析系统鉴定其可靠率在99%及以上的常见细菌10株和常规方法难以鉴定或少见菌17株,通过PCR扩增16S rDNA v3-v4区基因片段并进行序列测定,序列与16SpathDB 2.0数据库上已知细菌的16S rDNA序列进行比对分析确定细菌种属。当v3-v4序列片段不能明确鉴定细菌时,结合16S rDNA长片段测序及管家基因dnaJ和rpoB的序列做进一步分析。结果经16S rDNA v3-v4区序列分析,10株(100%)临床常见菌都能鉴定到种水平,其可靠性大于98.0%。17株不常见菌株中,10株(58.8%)细菌只与1种菌相似性大于98.0%,成功鉴定到单个种水平;6株(35.3%)细菌与不止1种菌的相似比大于98.0%;1株菌与已知菌相似性在96.0%~98.0%之间只能鉴定到属(棒状杆菌)。进一步结合16S rDNA长片段及管家基因dnaJ和rpoB的序列分析,所有菌株均可鉴定到单个种水平。结论结合16S rDNA和管家基因序列分析,可用于临床常见及不常见细菌的分子鉴定。     

16SrDNA测序在儿童血流感染细菌性病原菌分布中的应用

目的：探讨PCR方法在分析血流感染病原菌分布中的作用,为儿童细菌性血流感染的流行病学调查提供新的思路。方法从儿科重症监护病房（PICU）收集100份疑似血流感染患儿的外周静脉血进行血培养,同时扩增并测序细菌16S rDNA,比较培养结果与PCR结果。结果100份血液标本中11份细菌培养阳性,阳性率为11%;PCR法23份阳性,阳性率为23%,二者比较差异具有统计学意义（χ2=10.08,P〈0.05）;在23例PCR阳性标本中,革兰氏阳性球菌占65.2%,其中表皮葡萄球菌最多（6例,26.1%）,革兰氏阴性菌占34.8%,以大肠埃希菌为主（4例,17.4%）。结论16S rDNA-PCR结合测序的方法可以很好地鉴定血流感染病原菌,与血培养相比能更客观地反映病原菌分布,可作为一种新的流行病学方法在临床应用;儿科重症监护病房血流感染病原菌以革兰氏阳性球     

前列腺结石患者结石中纳米细菌的分离和16S rRNA基因的鉴定

目的 检测纳米细菌在前列腺结石中的分布情况,探讨其在前列腺结石发病中的作用.方法 采集前列腺结石患者的前列腺结石标本,分离培养纳米细菌,采用PCR法对纳米细菌16S rRNA基因进行扩增,电泳分析结果并测序.结果 将PCR得到的特异性片段的测序结果与已知纳米细菌16S rRNA序列进行比较,相似度为98%:分值=2 480 bits(1290),期望值=0.0;相似度=1387/1409(98%),缺失=4/1409(0%);链=正/正.结论 PCR法和测序可以作为纳米细菌16S rRNA基因的检测手段;前列腺结石患者的结石中存在着纳米细菌的感染.     

16S-23S rRNA间区基因RFLP用于病原菌区分

[目的]探讨16S-23SrRNA间区基因RFLP用于临床常见病原茵区分的可能性。[方法]183株临床分离来的细菌经荧光PCR扩增后进行不完全限制性酶切,产物进行毛细管电泳。[结果]所有细菌的酶切产物经毛细管电泳后,不同细菌产生不同的RFLP谱图,互相之间能够明显区分。[结论]该方法可以将临床常见病原茵准确区分到种的程度,极有应用价值。     

基于16S rDNA测序技术探索白头翁汤灌肠对湿热型溃疡性结肠炎大鼠肠道菌群的影响

目的 采用不同剂量白头翁汤对比美沙拉嗪干预治疗湿热型溃疡性结肠炎（ulcerative colitis,UC）大鼠,观察肠道菌群是否参与了UC的发病过程及药物治疗前后肠道菌群的变化情况。方法 随机将62只SD健康雄性大鼠分为正常组,模型组,白头翁汤低、中、高剂量组和美沙拉嗪组,其中正常组12只,其余各组10只。采用三硝基苯磺酸/乙醇复合法复制UC大鼠模型。模型复制成功后,白头翁汤低、中、高剂量组分别以白头翁汤每日2.15、4.31、8.62 g/kg灌肠,美沙拉嗪组予以美沙拉嗪灌肠液每日0.35 g/kg灌肠,正常组和模型组予以生理盐水灌肠,连续给药14 d。治疗结束后观察各组大鼠一般情况和疾病活动指数,光镜下观察结肠病理变化,并收集大鼠结肠新鲜的粪便,提取粪便微生物DNA,测序及分析PCR扩增基因组DNA,采用Miseq平台测序。结果 ①与模型组相比,白头翁汤各剂量组和美沙拉嗪组体质量逐渐回升,便血及腹泻次数减少。②与模型组比较,白头翁汤各剂量组、美沙拉嗪组疾病活动指数评分明显降低,差异均有统计学意义（P＜0.05）。③模型组大鼠菌群丰度、多样性均降低,白头翁汤及美沙拉嗪治疗后菌群丰度及多样性均有提升。④模型组大鼠厚壁菌门与拟杆菌门比值较正常组升高,白头翁汤和美沙拉嗪治疗后二者比值回调。⑤在菌群构成方面,UC大鼠较正常大鼠具有较低的普氏菌属、乳杆菌属生物丰度,白头翁汤和美沙拉嗪治疗后可回调普氏菌属、乳杆菌属益生菌丰度。结论 肠道菌群参与了UC的发病过程,白头翁汤和美沙拉嗪可能通过调节肠道益生菌而起到对于疾病的治疗作用。     

PCR法检测细菌23S rDNA在感染性疾病快速诊断中的应用研究

目的　研究建立快速检测细菌DNA的方法。方法　设计一对共同引物 ,应用聚合酶链反应 (PCR)法 ,扩增细菌核糖体 2 3S亚单位基因 2 3SrDNA。对 2 3种临床常见致病菌、培养物及临床病例标本采用该方法进行检测 ,并与常规细菌培养法比较。结果　该方法可检测细菌下限为 2 5CFU ,与真菌、乙肝病毒等无交叉反应。对纯菌及培养物均可检出一条明显DNA条带 ,革兰阴性细菌约 35 0bp ,革兰阳性细菌约 4 0 0bp。临床标本 2 3SrDNA检出率明显高于常规培养方法 (P <0 0 1)。结论　应用所设计的共同引物 ,检测细菌 2 3SrDNA ,敏感性和特异性好 ,比常规培养法快速、准确。     

基于16S r DNA测序检测原发性胆汁性胆管炎患者肠道菌群的变化

目的 研究原发性胆汁性胆管炎(PBC)患者的肠道菌群丰度和多样性。方法 收集2018年1月至2019年1月期间浙江大学医学院附属第一医院收治的9例原发性胆汁性胆管炎患者(另有8名健康者作为健康对照),分别提取肠道菌群DNA,采用16S rDNA高通量测序方法扩增V3～V4区序列相应基因片段,建库测序及生物信息学分析。结果 Alpha多样性分析中,两组间Ace指数、Chao指数、Simpson指数、Shannon指数比较,差异无统计学意义(P0.05)。通过OTU聚类和物种注释,发现两组间部分菌群的丰度比较,差异有统计学意义(P0.05)。与健康对照组(NC)相比,原发性胆汁性胆管炎组(PBC)解纤维素根瘤菌(Cellulosilyticum)、霍尔德曼氏菌(Holdemanella)、毛螺菌(Lachnospiraceae)、乳酸乳球菌(Lactococcus)和摩根菌(Morganella)降低,亨盖特拉菌(Hungatella)显著升高。此外,采用实时定量PCR技术检测PBC组和NC组肠道中大肠杆菌的含量,发现PBC组中的含量显著高于NC组,差异有统计学意义(P0.05)。结论 与健康对照组(NC)相比,原发性胆汁性胆管炎组(PBC)在一定水平上肠道菌群发生了改变。进一步分析肠道菌群的变化,有望为研究原发性胆汁性胆管炎的发生发展和寻找新的敏感微生物标志物提供新的思路。     

16SrRNA基因序列分析法鉴定病原细菌

目的：运用16SrRNA基因序列分析法鉴定14种细菌,为该方法的临床应用奠定基础。方法：提取细菌DNA,采用通用引物PcR扩增16SrRNA基因片段并测序。将测序结果用Blastn在线软件在Nucleotide数据库中进行序列同源性比对,根据序列同源性鉴定病原细菌。结果：12种细菌可以鉴定到“种”,2种细菌可以鉴定到“属”。结论：16SrRNA基因序列分析是一种有效的病原细菌鉴定方法。     

基于16S rRNA序列鉴定临床不常见细菌

目的以16S rRNA基因为靶序列,建立核糖体测序方法鉴定临床不常见细菌。方法利用通用引物聚合酶链反应(PCR)扩增细菌16S rRNA基因,对PCR产物进行测序,在GenBank中对测序结果进行Blastn分析。结果10株临床常见细菌测序结果与表型鉴定符合,检测出4株临床不常见细菌。结论 16S rRNA基因测序可以作为鉴定临床不常见细菌的重要方法之一。     

基于16S rDNA测序分析功能性便秘婴幼儿的肠道菌群组成

目的：探讨16S rDNA测序分析功能性便秘婴幼儿肠道菌群的结构与组成,为临床治疗提供依据。方法：选取2020 年1月至12 月湖州市妇幼保健院门诊就诊的功能性便秘婴幼儿17 例作为便秘组,正常婴幼儿15例作为对照组,收集粪便,采用16S rDNA扩增子测序的方法检测2组婴幼儿肠道菌群的组成并分析其结果。结果：2组肠道菌群Alpha多样性差异无统计学意义（P ＞0.05）,但Beta多样性差异有统计学意义（P ＜0.01）。在门水平中放线菌门、厚壁菌门、变形菌门是2组儿童肠道微生物群落中最丰富的菌群,其中疣微菌门在便秘组中丰度高于对照组（P ＜0.05）。在属水平中,双歧杆菌为2组优势菌种,乳酸菌属与阿克曼菌属在便秘儿童肠道中的丰度高于对照组（P ＜0.05）。便秘组中双歧杆菌种、疣微菌门、阿克曼菌属、副干酪乳杆菌的丰度差异有统计学意义,而对照组齿双歧杆菌、放线菌目、放线菌科、放线菌属、鼠李糖乳杆菌的丰度差异有统计学意义（均P ＜0.05）。结论：功能性便秘婴幼儿存在肠道菌群结构和多样性的改变,便秘与肠道菌群之间可能存在相关性。