肠道病毒71型山东分离株全基因组序列分析

目的 探讨2008年山东省流行的肠道病毒71型(EV71)的基因特征。方法 以2008年山东省分离的一株EV71(JN200804)为样本,采用RT-PCR方法扩增并测定全基因组核苷酸序列,进行同源性比较和种系发生分析。结果 JN200804株的全基因组序列长度为7404个核苷酸,与其他EV71毒株相比,在编码区没有核苷酸的缺失和插入,5′ UTR和3′ UTR的长度和序列有差异。核苷酸同源性比较结果表明,JN200804株与安徽株(Fuyang/17.08/1)、浙江株(Zhejiang08)和北京株(BJ08)的核苷酸同源性均大于95%,与国际标准株BrCr的同源性仅为79.8%。氨基酸同源性比较结果表明,JN200804株与Fuyang/17.08/1同源性高达99.6%,与TW/2086/98同源性最低(94.5%)。根据P1、P2和P3区基因序列构建了种系进化树: JN200804株与C4亚型各毒株(Fuyang/17.08/1、Zhejiang08、BJ08、SHZH03、N3340-TW-02和SHZH98)同属一个分支,核苷酸同源性都在91%以上。结论 JN200804株属于EV71的C4亚型,与AnhuiFY08、Zhejiang08和BJ08的进化关系最为密切。     

漳州市肠道病毒71型分离株的VP1区基因特征分析

目的了解漳州市肠道病毒71型分离株的VP1区基因特征。方法对2010年漳州市的5株肠道病毒71型分离株进行VP1区基因全长序列测定,测序结果利用DNASTAR软件进行核苷酸、氨基酸序列分析和同源性比较,并用Mega4．0软件构建系统发生树。结果5株肠道病毒71型分离株的VP1区核苷酸序列全长均为891bp,且与2008年安徽阜阳流行株Fuyang．Anhui．P．R．C-17．08-2的VP1区核苷酸序列同源性和氨基酸序列同源性最高,分别为98．2％-98．8％和99．7％-100．0％。5株肠道病毒71型分离株间的核苷酸序列同源性为97．2％-99．8％．氨基酸序列同源性为99．3％～100．0％。氨基酸在98位和218位这两个位点发生了特异性变异。VP1区基因遗传进化分析表明,漳州市所有分离株均属于C4基因亚型的C4a进化分支。结论5株肠道病毒71型分离株均属于C4基因亚型的C4a进化分支．与2004年以来的中国大陆EV71病毒流行的基因型完全-致。     

2009年昆明地区流行的肠道病毒71型基因特征分析

目的分析2009年昆明地区肠道病毒71型分离株VP1的遗传特征。方法采用反转录-聚合酶链反应(RT-PCR)法从Vero细胞分离的病毒株基因组中扩增出VP1基因,并测序;分别用Mega4.1软件分析其遗传特征。结果中国昆明分离到的6株肠道病毒71型VP1基因的核苷酸和氨基酸同源性为95.4%～97.9%和97.3%～99.7%,与其他C基因型C1、C2、C3和C5的VP1的同源性为87.9%～89.1%和98.3%～99.1%,而与C4基因型的同源型为92.6%～98.5%和97.0%～99.7%,与SHZH98的同源性最低为92.6%和97.0%,与其他基因型的同源性为82.7%～84.6%和96.0%～97.6%。结论 2009年云南昆明流行的肠道病毒71型均为C4基因型;其VP1基因保守性较好。     

肠道病毒71型基因组5'非编码区序列分析

目的 了解2009年山东省临沂市分离的肠道病毒71型(EV71)基因组5 '非编码区(5'UTR)序列特征,探讨基因组中引起神经毒性作用的候选位点.方法 从手足口病患者的粪便标本中分离EV71,运用一步法逆转录聚合酶链反应扩增8个病毒株的5 'UTR区,运用DNAstar和MEGA 4软件进行序列分析.结果 8个病毒株5'UTR区核苷酸为741 ～745 nt,核苷酸序列同源性介于97.0％～99.9％,8个病毒株的5'UTR区与C4亚型的同源性最高.序列比对发现,在5'UTR区第265 nt及703 nt处出现了核苷酸的突变(G265A,G703T).遗传进化分析显示,8个病毒株序列与C4亚型的亲缘关系最为密切.结论 此8个病毒株为C4亚型,核苷酸突变(G265A,G703T)可能与EV71的致神经毒性作用有关.     

心肌炎和克山病患者分离的肠道病毒核酸序列

目的分析自心肌炎和克山病患者分离的肠道病毒的核酸序列,探讨病毒病因的分子基础。方法使用肠道病毒特异引物对从心肌炎和克山病患者分离的肠道病毒RNA进行RT-PCR扩增,PCR产物经纯化后分别经不同的引物正反向直接核酸循环测序,并应用SeqEd和DNA软件及Assem blyLIGN软件对测序结果进行分析。结果确定7株病毒5＇端从核苷酸位点40到750之间710 bp基因序列;序列分析结果发现,尽管为同血清型病毒,但其5＇端非编码区基因变异率仍在25％左右,而血清型为柯萨奇B5病毒则高达34.08％,与肠道病毒各血清型之间5＇端非编码区基因变异率无明显差异;对血清型为CVB3的两分离株病毒5＇端基因特殊位点分析,发现与CVB3标准株(Nancy株)比较234位由T→C、690位由C→A。结论确定了所分离到的一些肠道病毒5＇端非编码区基因序列;肠道病毒5＇端非编码区基因与血清型关系不大;CVB3分离株5＇端基因特殊位点变异与致病的关系值得进一步探讨。[全文刊登于中华微生物学和免疫学杂志2001.21(1):21]     

肠道病毒71型衣壳蛋白VP1基因部分序列在大肠杆菌中的表达

目的 克隆、表达和鉴定肠道病毒71型广州株EVGZ06VP1基因部分序列,为制备抗体和基因工程疫苗打下基础.方法 在成功克隆肠道病毒71型广州株EVGZ06全长VP1蛋白基因并测序的基础上,将部分VP1蛋白基因克隆到表达载体pET28a( )上,构建了重组表达质粒pET28a( )/(502～891)VP1,转化大肠杆菌BL21,IPTG诱导表达,利用Ni2 亲和层析柱对重组蛋白进行纯化,并用Western blotting和ELISA方法 检测其抗原性.结果 重组蛋白在大肠杆菌中可以高效表达,SDS-PAGE显示其相对分子质量为19 000,与预计大小一致.ELISA和Western blotting实验证实,重组蛋白具有良好的抗原性.结论 本研究成功克隆和表达了肠道病毒71型VP1基因部分序列,为肠道病毒71型诊断试剂和疫苗的开发等进一步的研究奠定了基础.     

一起柯萨奇病毒A6型引起的手足口病聚集性疫情分子流行病学分析

目的 对2019年9月辽宁省阜新市某中学一起手足口病聚集性疫情的未分型肠道病毒进行病原学鉴定,分析其种系发生情况。方法 使用实时荧光PCR对标本进行初步病原学鉴定,使用巢式PCR对未分型肠道病毒VP1区部分核苷酸序列进行扩增和测序,BLAST比对确定肠道病毒型别,利用生物信息学软件将VP1区全长序列与柯萨奇病毒A6型（CV-A6）各亚型参考序列进行同源性和系统进化分析。结果 5份标本经实时荧光PCR检测,结果显示肠道病毒通用型核酸阳性,CV-A16型和EV71型核酸均为阴性,判断为非CV-A16非EV71型肠道病毒感染。对肠道病毒VP1区部分核苷酸序列进行在线BLAST比对,结果显示5例患者标本均为CV-A6型肠道病毒阳性,其VP1区核苷酸序列同源性为100%。系统进化分析显示,5例标本属于我国广泛流行的CV-A6 D3亚型,且与辽宁省近几年的优势流行株在同一个进化树分支上。结论 引起此次聚集性手足口病疫情的病原体为CV-A6型肠道病毒,与近年来辽宁省流行的CV-A6毒株亲缘关系密切,未发生明显变异。     

河南省2010年肠道病毒EV71型分离株全基因组序列分析

目的:了解2010年河南省流行的肠道病毒(EV)71型基因特征.方法:筛选2010年河南省分离的EV71型病毒株1株(EV71/Henan/DC/2010),进行全基因组序列测定和基因进化特性分析.结果:EV71/Henan/DC/2010与其他EV71病毒株相比,编码区无核苷酸的缺失或插入,5'UTR区和3'UTR区...     

1株肠道病毒71型南京分离株的全基因组序列的测定及遗传进化分析

［摘要］目的: 对肠道病毒71型（enterovirus 71,EV71）南京分离株EV71-NJ2012全基因组核苷酸序列进行测定,并与基因库中的代表性序列进行分析比对。方法: 登录基因库,选取不同国家和地区的EV71全基因组序列,设计8对覆盖病毒整个基因组且首尾部分重叠的引物,采用RT-PCR扩增出8个基因片段,通过测序和拼接获得全基因组序列,并与国内外其他EV71分离毒株一起用MEGA 4.0软件进行进化树分析,用DNAStar进行同源性分析。结果： EV71-NJ2012株的基因组长度为 7 404 bp, 其中5′非编码区(UTR)长742 bp, 3′UTR长82 bp,病毒基因组开放阅读框(ORF) 全长6 582 bp, 编码一个含有2 193个氨基酸残基的多聚蛋白。病毒序列在分型上属于C4a基因型,与上海株的核苷酸同源性最近,而与我国台湾、湖北等分离株的核酸序列差异较大。结论： EV71-NJ2012株基因组的组成和结构符合肠道病毒特征,与上海株亲缘关系最近,而与我国台湾、湖北分离株的差异较为明显。EV71-NJ2012株可能与上海株来源于EV71病毒株的同一种系。     

登革1型病毒GZ2002株全基因组测序与分析

目的对2002年分离自广州登革热患者的1型登革病毒GZ2002株进行全基因组序列测定及分析,为探讨其来源和基因组特征提供依据。方法利用C6/36细胞增殖GZ2002株,出现典型细胞病变后收集感染细胞及病毒液提取R NA。根据5株登革病毒1型标准株AY145123、FJ176780、FJ176779、DVU88536、EF025110全序列设计6对相互覆盖的引物。采用R T-PCR法扩增覆盖GZ2002株基因组全长的6个cDNA片段,并将其分别克隆到pMD-18T载体上,通过序列测定和重叠序列拼接获得全基因组序列。结果 GZ2002株基因组全长10 735 nt,单一阅读框长10 176 nt,推测编码3 392个氨基酸,5’及3’-UTR分别为94 nt和462 nt,无显著的密码子偏嗜性。GenBank登录号:JN205310。系统进化分析显示GZ2002株属于DENV-1型基因IV型。比较不同致病性的DENV-1型毒株发现,随DENV毒株致病力的增强,编码区氨基酸突变位点明显增多。GZ2002株、泰国16007株、柬埔寨株及印度尼西亚98901530株的5’-UTR二级结构高度保守,3’-UTR分析显示强毒力泰国16007株与柬埔寨株均存在高突变区。结论 GZ2002株属于DENV-1型基因IV型,可能与1998年印度尼西亚DENV-1流行株相关,编码区株特有氨基酸变异位点及3’-UTR高突变区的生物学意义值得进一步探讨。