肠道病毒71型基因组5'非编码区序列分析

目的 了解2009年山东省临沂市分离的肠道病毒71型(EV71)基因组5 '非编码区(5'UTR)序列特征,探讨基因组中引起神经毒性作用的候选位点.方法 从手足口病患者的粪便标本中分离EV71,运用一步法逆转录聚合酶链反应扩增8个病毒株的5 'UTR区,运用DNAstar和MEGA 4软件进行序列分析.结果 8个病毒株5'UTR区核苷酸为741 ～745 nt,核苷酸序列同源性介于97.0％～99.9％,8个病毒株的5'UTR区与C4亚型的同源性最高.序列比对发现,在5'UTR区第265 nt及703 nt处出现了核苷酸的突变(G265A,G703T).遗传进化分析显示,8个病毒株序列与C4亚型的亲缘关系最为密切.结论 此8个病毒株为C4亚型,核苷酸突变(G265A,G703T)可能与EV71的致神经毒性作用有关.     

肠道病毒71型山东分离株全基因组序列分析

目的 探讨2008年山东省流行的肠道病毒71型(EV71)的基因特征。方法 以2008年山东省分离的一株EV71(JN200804)为样本,采用RT-PCR方法扩增并测定全基因组核苷酸序列,进行同源性比较和种系发生分析。结果 JN200804株的全基因组序列长度为7404个核苷酸,与其他EV71毒株相比,在编码区没有核苷酸的缺失和插入,5′ UTR和3′ UTR的长度和序列有差异。核苷酸同源性比较结果表明,JN200804株与安徽株(Fuyang/17.08/1)、浙江株(Zhejiang08)和北京株(BJ08)的核苷酸同源性均大于95%,与国际标准株BrCr的同源性仅为79.8%。氨基酸同源性比较结果表明,JN200804株与Fuyang/17.08/1同源性高达99.6%,与TW/2086/98同源性最低(94.5%)。根据P1、P2和P3区基因序列构建了种系进化树: JN200804株与C4亚型各毒株(Fuyang/17.08/1、Zhejiang08、BJ08、SHZH03、N3340-TW-02和SHZH98)同属一个分支,核苷酸同源性都在91%以上。结论 JN200804株属于EV71的C4亚型,与AnhuiFY08、Zhejiang08和BJ08的进化关系最为密切。     

2009年肠道病毒71型广州分离株的全基因组序列分析

目的分析2009年肠道病毒71型广州分离株GZHY09的全基因组序列,并与GenBank中的序列进行分析比对。结论从GenBank上选不同地区的EV71全基因组序列,设计相互重叠的覆盖病毒整个基因组序列的12对引物,采用RT-PCR扩增出12个基因片段,通过测序获得全基因组序列,并参考国内外各EV71基因型的分离毒株,用MEGA4软件进行进化树分析,用DNAStar软件中的MegAlign进行同源性分析。结果 12个重叠基因片段序列拼接获得EV71全基因组序列,共7404个核苷酸,同源性分析结果表明在VP1区,GZHY09株与中国大陆的Anhui08、Zhejiang08、Shenzhen08的核苷酸序列同源性比较高,其中以Anhui08最高(97.7%)。结论 GZHY09属EV71病毒的C4亚型,与近年我国大陆地区流行的EV71株在进化上属于同一基因型,与Anhui08、Zhejiang08、Shenzhen08具有高度的同源性。     

肠道病毒71型分子生物学研究

就有关EV71病毒生物学特征、病毒的复制、诊断技术、EV型别鉴定及分子流行病学等方面作一综述。     

肠道病毒71型检测与VP1基因特征分析

目的 分析肠道病毒71型2011年本地流行株VP1基因特征学特征.方法 收集2011年本地手足口病患者临床标本332份,进行EV71荧光定量RT-PCR鉴定,采用RT-PCR对15株分离到的EV71进行VP1编码区基因扩增,并对扩增产物进行核苷酸序列测序和分析.根据VP1测序结果与国内外报道的各基因型和基因亚型EV71 VP1序列进行同源性和亲缘进化分析.结果 165份标本鉴定为EV71,分离株的VP1区核苷酸和氨基酸同源性分别是97.5%～99.9%和99.4%～100%.与C4a亚型的核苷酸和氨基酸最高.亲缘进化树显示,本地株全部属于C4基因亚型的C4a进化分支.结论 本地区分离的EV71与近几年国内其他地区EV71分离株亲缘关系很近,有共同进化的趋势,属于C4基因亚型的C4a进化分支,并存在多个传播链.     

宁夏2010年肠道病毒71型进化分析

目的分析2010年宁夏回族自治区手足口病(HFMD)患者中肠道病毒71型(Enterovirus 71,EV71)分离株基因特征。方法收集宁夏2010年手足口病患者粪便,咽拭子和疱疹液标本,进行病毒分离培养和Real-time RT-PCR检测后,对鉴定为EV71毒株的VP1编码区进行核苷酸序列测定分析。结果共收集各类标本994份,分离获得EV71 225株,对所有EV71毒株的VP1编码区基因进行序列测定,选择其中53株进行序列分析。宁夏分离株与A、B、C型基因型代表株核苷酸同源性分别为80.0%～81.5%、82.4%～84.7%和87.2%～99.1%;氨基酸同源性分别为93.9%～94.3%、96.3%～97.6%和97.6%～100%,与C4a亚型同源性最高为95.6%～99.1%,在系统发生树上,这53株毒株与C4基因型代表株聚为一簇,属于C4亚型中的C4a分支,而且提示至少存在4条病毒传播链。结论 2010年EV71的C4a亚型在宁夏有较广泛的流行,是宁夏流行的绝对优势基因亚型,其流行存在多条传播链。     

1株肠道病毒71型南京分离株的全基因组序列的测定及遗传进化分析

［摘要］目的: 对肠道病毒71型（enterovirus 71,EV71）南京分离株EV71-NJ2012全基因组核苷酸序列进行测定,并与基因库中的代表性序列进行分析比对。方法: 登录基因库,选取不同国家和地区的EV71全基因组序列,设计8对覆盖病毒整个基因组且首尾部分重叠的引物,采用RT-PCR扩增出8个基因片段,通过测序和拼接获得全基因组序列,并与国内外其他EV71分离毒株一起用MEGA 4.0软件进行进化树分析,用DNAStar进行同源性分析。结果： EV71-NJ2012株的基因组长度为 7 404 bp, 其中5′非编码区(UTR)长742 bp, 3′UTR长82 bp,病毒基因组开放阅读框(ORF) 全长6 582 bp, 编码一个含有2 193个氨基酸残基的多聚蛋白。病毒序列在分型上属于C4a基因型,与上海株的核苷酸同源性最近,而与我国台湾、湖北等分离株的核酸序列差异较大。结论： EV71-NJ2012株基因组的组成和结构符合肠道病毒特征,与上海株亲缘关系最近,而与我国台湾、湖北分离株的差异较为明显。EV71-NJ2012株可能与上海株来源于EV71病毒株的同一种系。     

东莞地区肠道病毒71型手足口病118例临床分析

目的探讨广东省东莞地区儿童肠道病毒71型手足口病的临床特征。方法归纳分析118例肠道病毒71型手足口病患儿的性别、发病年龄、病情评估、症状与体征、实验室与辅助检查、并发症、治疗经过、转归等临床资料。结果肠道病毒71型手足口病多见于1～5岁婴幼儿（占90.68%）,主要症状为皮疹（100%）、发热（82.20%）。重症病例发生率高（占53.39%）,多有肢体抖动或惊跳（38.14%）。常见并发症有支气管炎、支气管肺炎、肺炎支原体感染,重症者肺炎支原体感染率（57.14%）较非重症者（38.18%）高。经对症及抗病毒治疗,重症者早期使用免疫球蛋白、短期大剂量糖皮质激素、甘露醇脱水降颅压等治疗,治愈111例（94.07%）,好转5例（4.24%）,自动出院2例（1.69%）,死亡0例。结论肠道病毒71型手足口病多见于婴幼儿,主要症状为发热、皮疹。重症病例发生率高,多有肢体抖动或惊跳。只要早期诊断,识别重症病例,合理治疗,肠道病毒71型手足口病预后良好。     

肠道病毒71型温度适应性进化对毒株毒力的影响研究

目的 研究EV71病毒温度适应性进化过程中的毒力变异,为相关手足口病的防控提供参考。方法 以EV71姊妹株（谱系#100、#101）亲代株、各温度适应株分别感染Vero细胞,进行噬斑实验验证、CCK-8细胞毒性实验、Vero细胞感染后宿主蛋白质组学研究,确认表型差异、比较不同毒株细胞抑制率,质谱检测并分析宿主细胞差异表达蛋白的功能。结果 确认Vero细胞感染热适应株（谱系#101）后发生噬斑变异;各温度适应株细胞抑制率较亲代株均有增长,但增幅不同。聚类分析与主成分分析显示,Vero细胞感染后宿主蛋白质组表达热适应株与亲代株、冷适应株与常温适应株分别具有相似性,组间差异表达蛋白500种（上调蛋白239种,下调蛋白261种）;其中上调蛋白功能与转录后蛋白修饰等功能有关,下调蛋白则与SRP依赖性共翻译蛋白的膜定位/易位、逆蛋白转运有关。结论 EV71病毒在温度适应性进化中可能伴随毒力变异,其作用机制有待进一步研究。     

深圳市肠道病毒71型血清流行病学初步调查

目的探讨深圳市不同人群肠道病毒71型血清流行病学规律。方法收集1999—2003年深圳地区正常人血清584份,按年龄0-岁、1-岁、2-岁、5-岁、15-岁和〉30岁分成6个组,用ELISA方法对其肠道病毒71型抗体进行检测。结果1999—2003年深圳地区正常人血清中肠道病毒71型抗体阳性率最高的年龄组为5-岁组,阳性率超过50％;15-岁和〉30岁组血清阳性率分别为47．7％和39．8％;2．岁血清阳性率约为30％,其中0-岁和1-岁两个低年龄组的血清阳性率最低。不超过20％。结论5岁以下低年龄儿童是肠道病毒71型的易感人群。