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1.
目的探究SMAD4下调在胰腺癌侵袭转移中的分子机制。方法通过微阵列分析研究胰腺癌细胞株PANC-1中经SMAD4-siRNA处理后相关基因的变化。使用Limma软件包鉴定差异表达基因(differentially expressed genes, DEGs),进行基因本体论(Gene Ontology, GO)生物过程富集分析和京都基因与基因组百科全书(Kyoto Encyclopedia of Genes and Genomes, KEGG)通路富集分析。通过STRING数据库获得DEGs编码蛋白质之间的互相作用关系,运用Cytoscape软件构建蛋白质-蛋白质相互作用(protein-protein interaction, PPI)网络,并通过Cytoscape的插件MCODE进行PPI子网络分析。通过实时荧光定量PCR(qRT-PCR)验证一些关键基因的表达情况。结果通过qRT-PCR和Western印迹法验证PANC-1细胞株中的SMAD4 mRNA水平、蛋白水平被成功下调。经差异分析,共鉴定出402个DEGs,其中有168个上调基因,234个下调基因,GO功能和KEGG信号通路富集分析显示,表达上调的基因主要富集在大分子复合物的亚基组织、大分子复合物的组装、细胞黏附、生物黏附等生物学过程,以及系统性红斑狼疮信号通路中;而表达下调的基因主要富集在免疫反应、防御反应、细胞增殖调控、对损伤的反应等生物学过程,以及细胞因子-细胞因子受体相互作用信号通路、RIG-I样受体信号通路、趋化因子信号通路、Toll样受体信号通路、自然杀伤细胞介导的细胞毒性和胞质DNA感应信号通路。PPI网络中排名前五的节点基因为ISG15、MX1、IFIT1、STAT1、IRF7和IRF1。IFIT2和IFIH1为PPI子网络核心模块的枢纽蛋白。上述基因主要集中在Ⅰ型干扰素(interferon,IFN)信号通路上。结论SMAD4下调可能通过阻止Ⅰ型IFN介导的免疫监测,在促进胰腺癌的转移中发挥作用。  相似文献   

2.
细胞信号转导通路是当今生物医学领域最前沿、最活跃的主题之一[1]。 Wnt 信号通路是由一系列癌基因和抑癌基因编码的蛋白质组成,各种信号蛋白之间彼此制约并且相互联系,形成一个复杂的网络结构。研究[2]表明,Wnt 信号转导通路在胚胎发育与肿瘤发生、发展以及侵袭转移等关键过程中起着重要作用,备受广大研究者的关注。多数结直肠癌患者的转化细胞在Wnt信号通路上存在抑癌基因的缺失、突变或失活和/或癌基因的激活,最终导致β-catenin在核内的累积,从而影响相关基因的转录,这是导致结直肠癌发生、发展的关键因素之一。因此,对Wnt信号通路的进一步研究可能为探索结直肠癌的发病机制以及寻求有效诊治手段提供有力帮助。本文就Wnt信号转导通路与结直肠癌关系的研究进展作一综述。  相似文献   

3.
目的 通过生物信息学方法探讨结直肠癌转移的分子机制,为结直肠癌转移提供潜在的治疗靶点。方法 从高通量基因表达数据库(GEO)下载GSE41568数据集,用Limma软件包筛选转移性和原发性结直肠癌的差异表达基因;通过加权基因共表达网络分析(WGCNA)筛选与结直肠癌不同转移部位相关的核心模块和核心基因;使用STRING和Cytoscape构建蛋白质-蛋白质相互作用(PPI)网络;利用PROGgenesV2数据库进行预后分析。通过基因集富集分析(GSEA)预测基因参与结直肠癌的潜在分子机制。结果 共获得1 159个差异表达基因,由703个上调基因和456个下调基因组成。共表达模块中,前50个核心基因的基因本体(GO)功能富集分析表明,基因主要与创伤反应和急性炎症反应相关。通过PPI网络筛选的3个核心基因APOH、KNG1和FGG对结直肠癌患者的预后有显著影响。结论 APOH、KNG1和FGG与结直肠癌患者的预后呈负相关,这些基因有望成为结直肠癌的诊断生物标志物或治疗靶点。  相似文献   

4.
目的基于网络药理学方法探讨柴胡治疗动脉粥样硬化的有效活性成分及靶点的作用机制。方法该研究运用TCMSP数据库结合筛选条件确定柴胡的主要有效活性成分及其作用靶点,构建主要有效活性成分-靶点网络图。利用GeneCards数据库获取动脉粥样硬化疾病靶点,取柴胡和动脉粥样硬化的交集靶点,对交集靶点进行蛋白质互相作用网络分析、基因功能富集分析和信号通路富集分析,并对药物-主要有效活性成分-疾病-靶点进行网络分析。结果筛选主要有效活性成分17种,其中6个有效活性成分没有相对应靶点,并获得药物靶点93个。通过GeneCards数据库,获得1217个疾病靶点,药物与疾病交集基因共57个,PPI蛋白互作网络分析得出MAPK8、IL6、VEGFA、EGFR、ESR1、CASP3、MYC、CCND1等可能是柴胡治疗动脉粥样硬化的核心靶点。GO功能富集分析得到219个生物过程条目,50个细胞组成条目,23个分子功能条目。KEGG通路富集分析排名靠前的通路主要有乙型肝炎、癌症相关的通路、癌症中的蛋白多糖、结直肠癌、胰腺癌、TNF信号通路等。结论柴胡治疗动脉粥样硬化具有多途径、多靶点的作用特点,为探析中医治疗动脉粥样硬化提供参考。  相似文献   

5.
目的:基于网络药理学和细胞实验探讨中药复方臭椿皮散(Chouchunpi San,CCPS)治疗结直肠癌的潜在机制。方法:通过网络药理学筛选臭椿皮散作用靶点和结直肠癌靶点,构建蛋白质互作(protein-protein interaction networks,PPI)网络,预测臭椿皮散可能的作用靶点,通过富集分析预测臭椿皮散抗结直肠癌的作用途径;CCK-8法检测臭椿皮散对结直肠癌细胞活性的影响;使用不同浓度臭椿皮散处理结直肠癌细胞,流式实验检测细胞凋亡情况;划痕实验检测结直肠癌细胞迁移能力; Western blot检测STAT3蛋白的表达。结果:通过多个数据库检索到臭椿皮散的117个活性成分,920个潜在靶点,787个药物与疾病交集靶点。PPI网络分析得到STAT3、MAPK1、AKT1、MYC等核心靶点,GO功能富集和KEGG通路分析结果显示臭椿皮散主要参与对细胞凋亡、氧化应激反应等生物学过程,参与的通路涉及癌症通路,如AGE-RAGE信号通路、PI3K-Akt信号通路等。分子对接结果显示STAT3与其对应的化合物licochalcone A有较好的结合能力。细胞实验显示臭椿皮散抑制结直肠癌细胞活性,降低细胞迁移能力,促进结直肠癌细胞凋亡。Western blot结果显示,经不同浓度臭椿皮散处理后,细胞中STAT3蛋白表达显著下降,且呈浓度依赖性。结论:臭椿皮散治疗结直肠癌具有多成分、多靶点、多通路的作用机制,臭椿皮散明显抑制结直肠癌细胞的活性及迁移能力,其作用机制可能与靶向降低STAT3蛋白水平有关。  相似文献   

6.
目的 运用网络药理学方法探讨附子-干姜药对治疗溃疡性结肠炎的作用机制。方法 检索中药系统药理学数据库与分析平台(TCMSP),筛选附子-干姜药对活性成分;通过UniProt数据库获取活性成分的可能作用靶点;采用GeneCards数据库获取溃疡性结肠炎疾病靶点;采用STRING数据库进行蛋白质-蛋白质相互作用(PPI)网络分析;采用Cytoscape 3.7.1软件构建附子-干姜药对治疗溃疡性结肠炎的药物-成分-靶点-疾病网络图;采用Bioconductor中R包进行基因本体(GO)功能和京都基因与基因组百科全书(KEGG)信号通路富集分析。结果 从附子-干姜药对中共筛选出活性成分32个,药物与疾病共同靶点110个; PPI网络共有节点107个,边1007条; GO功能富集分析生物学过程(BP)、分子生物学功能(MF)和细胞组分(CC)分别为1659,117,53条; KEGG信号通路富集分析得到136条相关通路,主要涉及细胞凋亡(Apoptosis)、PI3K-Akt信号通路、p53信号通路等。结论 附子-干姜药对治疗溃疡性结肠炎的作用机制具有多靶点、多通路的特点。  相似文献   

7.
近年来随着结直肠癌发病机制等相关研究的深入,细胞信号转导通路的研究受到高度关注。深入了解细胞信号转导通路中的相关分子的作用可以进一步明确结直肠癌的发病机制,寻找到可以作为早期诊断或者提示预后效果的分子标志物,并且为找到相关的治疗靶点,为肿瘤的个体化治疗等精准治疗提供依据。其中Wnt/β联蛋白经典信号通路与结直肠癌的发生、发展密切相关,通路中相关分子的变化导致该通路的异常活化均可影响结直肠癌的发生,发展以及转移。  相似文献   

8.
邹湘才  魏宜胜  梁国健 《广东医学》2012,33(11):1581-1583
目的 探讨p38丝裂原活化蛋白激酶(p38MAPK)在结直肠癌组织中的表达及意义.方法 应用免疫组织化学法检测50例结直肠癌组织及癌旁正常组织中p38MAPK的表达情况,同时应用半定量逆转录聚合酶链反应(RT-PCR)检测p38MAPK的mRNA表达水平.结果 p38MAPK在结直肠癌及癌旁正常组织的表达差异有统计学意义(P<0.01),其表达与病理分级、淋巴结转移有关,与年龄、性别、肿瘤大小无关.结论 p38MAPK的过表达可能与结直肠癌的发生、发展、转移有关.检测p38MAPK的表达水平对评价结直肠癌恶性程度及转移机制具有重要的临床价值.  相似文献   

9.
目的:探讨结肠癌和直肠癌在癌变相关分子机制方面的异同。方法:选取本院2013年1月-2014年12月30例结肠癌和30例直肠癌组织标本用于基因突变检测,分别设为结肠癌组与直肠癌组,各8例新鲜的结肠癌和直肠癌组织标本用于信号通路检测,比较不同标本的蛋白表达阳性率和信号通路。结果:两组APC、Wnt-1和p53基因蛋白表达情况比较,差异均无统计学意义(P0.05)。直肠癌组PSM2和MLH1蛋白表达阳性率均显著高于结肠癌组,比较差异均有统计学意义(P0.01);结肠癌组MSH2和MSH6蛋白表达阳性率均显著高于直肠癌组,比较差异均有统计学意义(P0.05)。结肠癌组K-ras突变率显著高于直肠癌组,比较差异有统计学意义(P=0.038);结肠癌和直肠癌共有的信号通路为代谢通路、Wnt/β-catenin、血管平滑肌收缩通路、紧密连接通路和细胞周期通路,且这些通路相关的差异基因表达大部分;而轴突导向通路仅出现在直肠癌中,p53基因信号通路、药物代谢-细胞色素P450通路大量出现于结肠癌中。结论:结肠癌和直肠癌在癌变相关分子机制方面既有共性,也有个性:共性表现为Wnt信号通路、变异型p53蛋白和APC蛋白在二者癌变过程中发挥重要作用;个性表现为结肠癌中存在大量错配修复基因突变蛋白表达缺失,以PSM2和MLH1为主,而直肠癌以MSH2与MSH6为主。  相似文献   

10.
目的:基于网络药理学探讨香青兰提取物治疗溃疡性结肠炎的作用机制。方法:利用数据库收集香青兰提取物和溃疡性结肠炎的靶基因,通过蛋白质互作网络(Protein-Protein Interaction Networks, PPI)网络分析以及中心网络拓扑筛选,对靶基因进行基因本体论(GO)功能富集分析、《京都基因与基因组百科全书》(KEGG)通路富集分析。结果:通过检索数据库共获得172个香青兰提取物活性成分治疗溃疡性结肠炎的潜在靶点,同时,利用PPI网络分析筛选出了关键治疗基因,并对蛋白质群进行了生物学功能注释,此外,KEGG通路富集分析表明香青兰提取物治疗溃疡性结肠炎时涉及消化、免疫系统反应和炎症反应的多条相关通路。结论:香青兰提取物中的活性成分具有多种生物学功能,可作用于多条炎症、免疫及癌症相关通路,具有多成分、多靶点协同作用的特点。  相似文献   

11.
目的 基于网络药理学和分子对接研究健脾解毒方的抗结直肠癌作用机制.方法 运用TCMSP、TCMID、ETCM数据库预测健脾解毒方有效成分及其作用靶点,利用GeneCards数据库检索肿瘤相关靶点,并进行药物-疾病靶点匹配.将共同靶点导入Cytoscape 3.7.2构建PPI网络并进行网络拓扑分析筛选关键靶点.通过R ...  相似文献   

12.
  目的  运用生物信息学分析, 探讨硫利达嗪抗宫颈癌的潜在作用机制。  方法  通过PharmMapper工具预测能够与硫利达嗪相互作用的靶基因,然后使用STRING在线工具对靶基因进行通路和组织表达富集分析。使用GeneCards和DisGeNET数据库筛选宫颈癌相关基因,与硫利达嗪的靶基因取交集,得到硫利达嗪可能作用于宫颈癌的交互基因。通过STRING构建蛋白互作(PPI)网络,推测核心靶点,评估其重要性。使用clusterProfiler软件进行GO和KEGG通路分析。  结果  通过PharmMapper预测得到47个靶基因,富集到肿瘤相关通路和宫颈癌细胞。与669个宫颈癌基因取交集,获得硫利达嗪和宫颈癌交互基因21个,其中10个关键节点基因为EGFR、PPARG、AR、NOS3、ALB、ESR1、MAPK1、MAPK14、ANXA5和MAPK8,且在宫颈癌PPI网络中处于重要位置。交互基因涉及到的生物进程主要有负离子转运的正调控、丝氨酸肽基磷酸化、类固醇代谢过程、血液凝固、细胞对化学应激的反应等。富集的KEGG通路包括调控癌症通路、松弛素信号通路、内分泌耐药、蛋白聚糖与肿瘤、细胞衰老、GnRH信号通路和VEGF信号通路等。  结论  硫利达嗪具有潜在的抗肿瘤作用,可能通过多靶点和多信号通路的方式在宫颈癌的治疗上发挥作用。  相似文献   

13.
Clinical and pathological associations with molecular genetic alterations were studied in colorectal carcinomas from 83 patients. Fractional allelic loss, a measure of allelic deletions throughout the genome, and allelic deletions of specific chromosomal arms (the short arm of 17 and long arm of 18) each provided independent prognostic information by multivariate analysis when considered individually with Dukes' classification. Distant metastasis was significantly associated with high fractional allelic loss and with deletions of 17p and 18q. Mutations of ras proto-oncogenes and deletions of 5q had no prognostic importance. Statistically significant associations were also found between allelic losses and a family history of cancer, left-sided tumor location, and absence of extracellular tumor mucin. Allelic deletion analysis thus identified subsets of colorectal carcinoma with increased predilection for distant metastasis and cancer-related death. Further studies may define a subset of genetic alterations that can be used clinically to help assess prognosis.  相似文献   

14.
目的 通过鉴定得出正常和异常O-型糖基化结肠癌细胞之间的差异表达基因(differentially expressed genes,DEGs),即O-型糖基化相关差异基因,并探讨其促进肿瘤发生发展的潜在机制。方法 运用单色标记表达谱芯片技术对经Cosmc表达质粒或其空白对照质粒稳定转染的LS174T Tn(+)细胞进行检测,采用RNA杂交获得基因表达谱数据,通过Wegstalt平台的基因通路富集(gene set enrichment analysis,GESA)方法行GO基因本体(gene ontology,GO)分析和京都基因与基因组百科全书(Kyoto Encyclopedia of Genes and Genomes,KEGG)肿瘤相关通路分析,R语言行热图聚类分析,STRING在线软件对蛋白网络进行差异及整合分析。结果 通过分析获得了1 474个符合条件的DEGs,其中有502个基因上调,972个基因下调;GO分析显示DEGs主要参与细胞外基质组织及生长因子活性相关的生物学过程;KEGG分析DEGs主要富集在磷脂酰肌醇-3激酶(phosphatidylinositol 3-kinase,PI3K)、转化生长因子-β(transforming growth factor-β,TGF-β)和Wnt等经典信号通路上。结论 本研究首次着眼于结肠癌细胞中由O-型糖基化引起的转录组学变化,有助于揭示O-型糖基化修饰的结直肠癌分子特征,并为科学研究和临床治疗提供新的方向。  相似文献   

15.
Wnt信号通路是重要的细胞信号传导通路,参与了从胚胎到成体的一系列调控,在细胞增殖、分化、运动、黏附及机体发育中起重要的调节作用,异常激活会导致相关疾病尤其是肿瘤的发生。人类卵巢上皮性癌的发生发展过程中存在经典Wnt信号通路的异常激活。研究发现,在卵巢上皮性癌细胞中Wnt信号通路相关蛋白β-连环蛋白(β-catenin)、Wnt-1、c-Myc、细胞周期蛋白D1(cyclinD1)的表达明显增高,其中β-catenin蛋白与癌细胞的异常增殖及转移有密切关系。针对Wnt信号通路变化的研究对卵巢上皮性癌的临床诊断与治疗有重要意义。  相似文献   

16.
目的 评估超氧化物歧化酶2(SOD2)在乳腺癌中表达及预后价值,揭示其在乳腺癌发生发展中可能的作用机制。方法 采 用R 软件对TCGA数据进行生信分析,用Wilcoxon秩和检验和Wilcoxon符号秩和检验分析SOD2在乳腺癌中的表达及临床相 关性,应用KEGG的基因集进行基因富集分析(GSEA),然后通过STRING数据库构建蛋白质相互作用网络,用Cytoscape 软件进行关键基因筛选,两基因相关性使用Pearson’s相关性分析。通过免疫组化和 RT-qPCR 法对2018~2019年收治的原发性乳腺癌组织、癌旁组织样本各60例进行临床验证。结果 SOD2在乳腺癌组织中的表达明显低于乳腺正常组织,其表达与乳腺癌TNM分期和腋窝淋巴结转移显著相关(P<0.05)。Kaplan-Meier法生存分析显示SOD2高表达患者的无复发生存、无远处转移生存和后进展生存期均显著低于SOD2低表达者(P<0.05);GSEA富集分析结果显示SOD2在JAK-STAT信号通路中发挥重要的生物学作用。构建PPI网络筛选出关键基因IL10和STAT4,二者均与SOD2呈正相关性。SOD2在临床乳腺癌组织样本中高表达,其表达与腋窝淋巴结有无转移、雌激素受体表达及雄激素受体表达有显著性差异(P<0.05)。结论 SOD2在乳腺癌中的表达与TNM分期、腋窝淋巴结转移显著相关,SOD2可能通过调控IL10和/或STAT4介导JAK/STAT信号通路影响乳腺癌细胞的增殖、侵袭和转移。  相似文献   

17.
结直肠癌根治术后复发转移的相关因素分析   总被引:1,自引:1,他引:1  
目的:探讨结直肠癌术后复发转移的相关临床病理因素,以提高结直肠癌根治疗效。方法:应用单因素和多因素分析方法,回顾性分析我院1995~2003年455例结直肠癌根治术后病例的临床病理资料。结果:单因素分析显示,肿瘤部位、肿瘤大小、Dukes’分期、淋巴结转移和组织学类型与结直肠癌术后复发转移有关。多因素分析显示,肿瘤部位、Dukes’分期是影响结直肠癌术后复发转移的重要因素。分别行远处转移和局部复发多因素分析显示,淋巴结转移、肿瘤部位与局部复发密切相关,而Dukes’分期与远处转移相关。结论:肿瘤部位、Dukes’分期是结直肠癌术后复发转移的重要危险因素。Dukes’分期是术后远处转移的重要因素,肿瘤位于直肠伴淋巴结转移者术后局部复发的风险较大。  相似文献   

18.
目的从药物、疾病、靶点角度研究沙参麦冬汤治疗肺癌的作用机制,为进一步实验验证提供理论基础。方法通过中药系统药理学数据库与分析平台(TCMSP)及中医药综合数据库(TCMID)收集沙参麦冬汤药物有效成分,导入PubChem数据库获取有效成分结构,将结构导入Swiss TargetPrediction数据库进行靶点预测;通过GeneCards数据库收集肺癌靶点,将有效成分靶点与肺癌靶点取交集,并绘制中药-有效成分-疾病网络;通过String数据库及Cytoscape 3.8.0软件构建蛋白相互作用网络;通过DAVID数据库对交集靶点进行GO功能富集与KEGG通路富集。结果收集并筛选沙参麦冬汤有效成分56个,靶点852个,肺癌疾病靶点614个,二者交集靶点145个,主要靶点有SRC、PIK3CA、MAPK1、MAPK3、PIK3R1等。GO功能富集得到生物过程条目604个、细胞成分条目78个、分子功能条目124个;KEGG通路富集共计143条信号通路,主要涉及癌症通路、癌症中蛋白多糖、PI3K-Akt信号通路、癌症中心碳代谢等。结论本研究揭示了沙参麦冬汤在肺癌治疗中多成分、多靶点、多途径的作用特点,为后续研究提供了理论依据。  相似文献   

19.
目的:探讨托法替布联合甲氨蝶呤治疗类风湿关节炎(RA)的分子靶点和作用机制。方法:通过PharmMapper 平台获取托 法替布和甲氨蝶呤的预测药效团及其主要元素,基于STRING 平台分析靶蛋白之间的相互作用关系(PPI),采用Cytoscape 3.7.2 软件进行药物的预测靶点可视化分析, 并通过GO 富集分析和KEGG 通路分析探究其治疗RA 的可能分子机制。结果: 通过 PharmMapper 平台共获得137 个托法替布和甲氨蝶呤的预测靶蛋白/基因,PPI 结果证实Janus 激酶(JAK)2、JAK3、信号转导与 转录激活因子(STAT)1、蛋白激酶B(AKT)1、白细胞介素(IL)-2、丝裂原活化蛋白激酶(MAPK)1、MAPK8、表皮生长因子受体 (EGFR)等为主要预测靶蛋白/基因,GO 分析表明上述靶蛋白/基因在受损DNA 结合(P=0.002)、ATP 酶结合(P=0.002)、核受体 活性(P=0.002)、转录因子活性(P=0.002)、直接配体调控序列特异性DNA 结合(P=0.002)、类固醇激素受体活性(P=0.004)、生长 因子受体结合(P=0.022)和内肽酶活性(P=0.029)等功能处显著富集,结合KEGG 通路分析证实托法替布联合甲氨蝶呤与JAKSTAT 、转化生长因子(TGF)-β、磷脂酰肌醇3激酶(PI3K)/-AKT、p53、Ras、MAPK、血管内皮生长因子(VEGF)、核因子(NF)-κB、 Notch 等信号通路密切相关。结论:托法替布联合甲氨蝶呤治疗RA 的分子机制具有多基因、多靶点的特点,并通过抑制炎症因 子、血管生成、细胞自噬等方式调节免疫性疾病。  相似文献   

20.
目的: 采用网络药理学和分子对接技术探讨蒺藜皂苷D治疗肺纤维化可能的分子机制。方法: 采用SwissTargetPrediction数据库收集蒺藜皂苷D靶点,通过UniProt数据库将相应靶点蛋白名称进行标准化;通过DrugBank数据库、GeneCards数据库和OMIM数据库检索“pulmonary fibrosis”,获取肺纤维化疾病靶点;通过韦恩图获取蒺藜皂苷D和肺纤维化的共同靶点,并进行蛋白-蛋白相互作用(PPI)网络分析、基因本体论(GO)功能富集分析及京都基因与基因组百科全书(KEGG)通路分析。利用分子对接技术验证蒺藜皂苷D与核心靶点的结合能力。结果: 获取蒺藜皂苷D 43个潜在靶点,肺纤维化疾病1 492个相关靶点,蒺藜皂苷D与肺纤维化共同靶点17个,PPI网络中自由度排名前8个靶点分别为MAPK3、PPARG、IL6、TNF、VEGFA、TGFβ1、FGF2和STAT3;GO功能富集注释得到生物学过程(BP)条目418条,细胞组成(CC)条目22条,分子功能(MF)条目29条;KEGG通路分析得到69条信号通路;分子对接提示MAPK3、FGF2、STAT3、IL6、PPARG与蒺藜皂苷D的结合能均≤-5.0 kcal/mol。结论: 蒺藜皂苷D通过多靶点、多途径的效应发挥治疗肺纤维化的生物活性,其可能通过MAPK3、FGF2、STAT3、IL6和PPARG等靶点调控MAPK信号通路和PI3K-Akt信号通路治疗肺纤维化。  相似文献   

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