猴免疫缺陷病毒(SIV)实时荧光定量PCR检测方法的建立

目的建立快速、敏感、特异的猴免疫缺陷病毒(SIV)TaqMan探针实时荧光定量PCR检测方法,对SIV病毒核酸进行定量检测。方法 RT-PCR扩增SIVmac251保守gag基因序列796 bp片段,进行TA克隆,构建标准品质粒pMD-SIVgag。通过对SIV定量外标准品的定量分析,优化反应体系,检测TaqMan探针实时荧光定量PCR方法的灵敏度、特异性和重复性。结果所建立的SIV QPCR检测方法,质粒DNA模板在107～102拷贝之间表现较好线性和相关性,标准曲线所得斜率为-3.26,相关系数为0.999。检测灵敏度达到200拷贝,方法重复性测试,检测25份临床样品CV%均小于1%。结论建立的SIV QPCR检测方法特异性、敏感性高,稳定性好,可用于定量测定猴免疫缺陷病毒(SIV)核酸拷贝量。     

登革热病毒RNA实时荧光定量RT-PCR检测方法的建立

目的 建立TaqMan探针实时荧光定量RT-PCR方法,测定登革热病毒(DV)及DV病毒的RNA拷贝数.方法 利用TaqMan探针,建立实时荧光定量RT-PCR方法,通过对登革热病毒RNA定量外标准品的定量分析,优化反应体系.检测TaqMan探针实时荧光定量RT-PCR方法的灵敏度、特异性和重复性.结果 该方法检测灵敏度可达1×103 copies/mL,特异性及重复性良好,对同一样品进行5次重复检测,其循环阈值的平均标准偏差为O.792.结论 TaqMan探针实时荧光定量RT-PCR法特异性、敏感性高,稳定性好,可用于定量测定登革热病毒及DV RNA载量.     

Allglo探针与TaqMan探针荧光定量RT-PCR检测猴免疫缺陷病毒的比较

目的 比较Anglo探针和TaqMan探针荧光定量RT-PCR检测SIV的灵敏度下限和重复性.方法 把SIV标准品进行梯度稀释成6个浓度,每个浓度同时提取12个标本进行批内差异分析,每个标本提取12次进行批间差异分析之后进行逆转录并用TaqMan探针和Anglo探针进行定量PCR检测.批内差异分析者每个标本同时进行逆转录和上机检测,批间差异分析者分12次进行逆转录和检测,对这两种探针的PCR结果利用ABI7300定量PCR仪所携带的软件和相关的统计学方法进行分析.结果 TaqMan探针和Anglo探针法检测SIV标准品的灵敏度下限均为50 copies/mL.重复性结果显示:批内结果差异分析显示Anglo探针法最大变异系数为0.63％,最小变异系数为0.33％,TaqMan探针法最大变异系数为1.33％,最小变异系数为0.2％;批间结果差异分析显示Allglo探针法最大变异系数为1.77％,最小变异系数为0.95％,TaqMan探针法最大变异系数为1.86％,最小变异系数为1.03％.结论 在荧光定量RT-PCR法检测猴免疫缺陷病毒中,Anglo探针法可能优于TaqMan探针法.     

SYBR GreenⅠ实时荧光定量PCR法测定猴免疫缺陷病毒(SIV)前病毒DNA拷贝数方法的建立

目的建立SYBR GreenⅠ荧光染料实时定量PCR方法，测定猴免疫缺陷病毒（SIV）前病毒DNA。方法巢式RT-PCR扩增SIVmac251病毒RNA gag基因上1360-1837之间的长度为477bp的片段，将该片段克隆到pGEMT载体上，构建pGEM-SIV gag477质粒。该质粒经大量扩增纯化后定量，10倍系列稀释后，做出标准曲线，作为SIV前病毒DNA荧光定量检测的外标准品。结果应用Roche公司FastStart DNA Master SYBR Green Ⅰ Kit，该标准品可精确定量到10copies／μL。结论制备的pGEM-SIV gag477质粒外标准品纯度高，SYBR GreenⅠ荧光染料实时定量PCR法特异性、敏感性高，稳定性好，可用于定量测定猴免疫缺陷病毒（SIV）前病毒DNA载量。     

柯萨奇病毒A组16型TaqMan一步法荧光定量RT-PCR快速检测方法的建立

目的建立一种快速、灵敏、特异和准确的一步法荧光定量RT-PCR方法用于检测柯萨奇病毒A组16型(Coxsackieviruses A16,CoxA16)。方法根据GenBank登录的CoxA16基因序列,应用生物学软件进行同源性序列比对后,选出CoxA16高度保守且特异的核苷酸区域polyprotein基因,设计特异性引物和TaqMan探针;构建重组质粒作为阳性标准品,建立检测CoxA16的TaqMan荧光定量RT-PCR方法,并对该方法的特异性、敏感性、重复性进行评价。结果成功建立了CoxA16的FQ-PCR检测方法和定量标准曲线,该方法最低检测限为101个拷贝/μL,与常规PCR相比,敏感性提高100倍。组内和组间重复性实验的变异系数小于2%。该检测方法特异性强,与肠道病毒71型、柯萨奇病毒B组5型、脊髓灰质炎病毒、肠道病毒75型、登革热病毒、霍乱弧菌O1、霍乱弧菌O139、大肠杆菌O157均不发生交叉反应。结论本实验建立的TaqMan荧光定量RT-PCR检测方法灵敏度高、特异性强、重复性好,可用于CoxA16感染的日常检测和实验室早期快速诊断。     

实时荧光定量RT-PCR快速检测四种呼吸道病毒的研究

目的利用实时荧光定量RT-PCR建立快速检测人腺病毒(HADV)、人博卡病毒(HBoV)、人偏肺病毒(HMPV)、人呼吸道合胞病毒(HRSV)等四种呼吸道病毒的方法。方法寻找四种呼吸道病毒的相对保守序列,针对该序列分别设计4对引物对及其相应的Taqman探针,将此保守序列作为目的基因片段,使用一步法RT-PCR试剂盒建立、优化反应体系;采用10倍稀释体外转录RNA,检测建立的体系的灵敏度和重复性并建立反应体系标准曲线;通过临床样本检验体系的特异性。结果 HADV、HBoV、HMPV、HRSV四种病毒的检测灵敏度均为10 copies/μl,标准曲线的决定系数分别为:HADV R2=0.9998,HBoV R2=0.9981,HMPV R2=0.9981,HRSV R2=0.9947和0.9965,扩增效率分别为:HADV 105.08%,HBoV 107.81%,HMPV 102.08%,HRSV FAM荧光106.38%及CY5荧光107.95%。荧光RT-PCR反应体系检测体外转录的RNA的各个拷贝数浓度的变异系数均较低,对临床样本检验的特异性为100%。结论本研究建立的实时荧光定量RT-PCR体系可快速、准确地检测人HADV、HBoV、HMPV、HRSV等四种呼吸道病毒,且重复性较好,特异性高。     

树鼩IL-2TaqMan探针实时荧光定量RT-PCR检测方法的建立

目的 建立检测树鼩IL-2基因TaqMan探针实时荧光定量PCR方法.方法 以经ConA诱导培养的树鼩淋巴细胞总RNA为材料,设计特异性引物,通过RT-PCR技术克隆出树鼩IL-2基因,以构建的树鼩IL-2基因质粒为标准品,建立标准曲线,并进行灵敏度检测.结果 建立了树鼩IL-2基因mRNA表达实时荧光定量PCR检测方法,此法检测灵敏度高,线性范围可达102～109拷贝/ul.结论 成功建立了树鼩IL-2实时荧光定量PCR方法,此方法灵敏度高、特异性强,检测周期短,为探讨IL-2作用的分子作用机制奠定基础.     

树鼩腺病毒TaqMan实时荧光定量PCR检测方法的建立及初步应用

目的通过建立树鼩腺病毒(tree shrew adenovirus,TAV)TaqMan实时荧光定量PCR检测方法,快速准确地检测树鼩腺病毒。方法根据TAV全基因组3’端保守序列设计合成特异性引物;用含目的基因片段的重组质粒作为标准品进行标准曲线绘制,建立TAV TaqMan实时荧光定量PCR检测方法。结果建立的TAV实时荧光定量PCR检测方法特异性好,与树鼩源及其他物种常见病毒无交叉反应;方法的最低检测限度为每微升3.7拷贝,灵敏性强;相关检测系数R2为0.998,扩增效率为95.7%;扩增结果具有良好的线性关系,且重复性检测效果好。结论成功建立了TAV TaqMan实时荧光定量PCR检测方法,灵敏度高,重复性好,可用于TAV感染的早期快速检测。     

NASBA方法制备HIV／SHIV RNA定量测定标准品及其应用

目的 应用NASBA方法制备SIV/SHIV RNA定量测定标准品.方法 应用NASBA方法直接扩增SIVmac251病毒gag基因上1476～1685之间的片段,扩增的RNA产物(RS-NASBA)纯化后10倍系列稀释,测定定量曲线、标准曲线,测定该标准品的稳定性和重复性.结果 应用Qiagen公司QuantiTect SYBR GREEN RT-PCR Kit,该标准品可精确定量到2.033×10 copies/μL.结论 外标准品RS-NASBA纯度高,稳定性好,可用于定量测定SIV/SHIV RNA拷贝数.     

风疹病毒RNA Taq Man实时荧光定量RT-PCR方法及参考标准的建立

目的建立风疹病毒RNA TaqMan实时荧光定量RT-PCR方法,制备风疹病毒RT-PCR扩增子作为该方法的参考标准品。方法设计引物与探针,优化PCR条件,建立风疹病毒RNA实时荧光定量RT-PCR方法,并制备风疹病毒RT-PCR扩增子作为该方法的参考标准品。结果制备的风疹病毒特异性扩增子参考标准品为503 bp的片断,原液浓度为2.75×109copies/μl,纯度为92%;采用该特异性扩增子参考标准品建立的标准曲线相关系数r为-0.9993（r2=0.9986）,P〈0.001。结论本研究建立的风疹病毒特异性扩增子参考标准品稳定性好,纯度高;特异性扩增子参考标准品浓度的对数值与Ct值之间具有良好的线性关系,证实了本研究建立的风疹病毒RNATaqMan实时荧光定量RT-PCR方法定量的准确性。因而,建立的风疹病毒RNA实时荧光定量RT-PCR方法简便快捷、定量准确,可用于临床标本中风疹病毒RNA的定量检测。     

埃博拉病毒

<正>埃博拉病毒属于纤维病毒科埃博拉病毒属,呈长丝状体,外有包膜,病毒颗粒长度为970 nm,直径大约80 nm。电镜下观察,病毒粒子呈现一般纤维病毒的线形结构,也可能出现"U"字、"6"字形、缠绕、环状或分枝形,有囊膜,表面有8¹0 nm长的纤突,纯病毒粒子由一个螺旋形核糖核壳复合体构成,含负链线性RNA分子和4个毒粒结构蛋白。埃博拉病毒在常温下较稳定,对热有中等度抵抗力,56℃不能完全灭活,60℃30 min方能破坏其     

Powassan Virus: Persistence of Virus Activity During 1966

Powassan virus isolations were achieved from three of 60 pools of Ixodes cookei ticks removed from 286 groundhogs (Marmota monax) which were collected some 200 miles north of Toronto between May 5 and September 5, 1966. Virus yields per pool of one to 11 ticks ranged from 10^2.5 to 10^6.0 TCD₅₀ for primary swine kidney tissue cultures, and positive pools were collected on June 24, July 15 and August 10. Powassan neutralizing antibodies were detected by mouse inoculation tests in 143 of 362 animals including 127 of 286 groundhogs, 14 of 45 red squirrels (Tamiasciurus hudsonicus) and two of 31 other forest mammals. The monthly prevalence of antibody in the current season's groundhogs increased from 0 to 25% with the progression of summer, but in older animals the incidence remained between 38 and 62% throughout the season. These results substantiate earlier findings which pointed towards the maintenance of Powassan virus in nature by a cycle involving groundhogs and squirrels as reservoirs, with ticks as vectors, from which human infections occurred tangentially.     

GBV-C和HCV共同感染的研究

目的：了解GBV-C和HCV的共同感染率,及不同引物和自制DIG标记探针检测GBV-C的效果。方法：定量RT-PCR检测肝炎患者血清标本中的HCV,RT-nested PCR检测HCV RNA阳性标本中的GBV-C,分析部分标本扩增产物的棱苷酸和氨基酸序列,Southern杂交鉴定GBV-C扩增产物的特异性．结果：211例丙型肝炎病人血清标本中,GBV-C 5’-NCR和GBV-CNS3区检出率分别为31．8%和22．8%,总阳性率为35．1％．部分标本扩增产物的核苷酸序列分析证实,RT-nested PCR获得的检测结果可靠,但序列中存在较高频率的随机突变．自制的GBV-C 5‘-NCR和NS3 DIG标记探针有较高的特异性,可用于检测相应的扩增产物。结论：GBV-C 5‘-NCR引物的检测效果优于GBV-C NS3,GBV-C与HCV有较高的共同感染率。     

带EB病毒膜抗原基因痘苗病毒的构建和表达

以痘苗病毒天坛株为载体,构建表达EB病毒膜抗原的重组痘苗病毒株。在重组病毒的感染细胞膜上表达病毒的膜抗原。该抗原免疫家兔能产生抗体。