心力衰竭相关基因和蛋白质数据库的初构

目的:构建心力衰竭相关基因和蛋白质的数据库,为心血管疾病分子生物学研究提供信息服务.方法:以美国国立生物技术信息中心、欧洲分子生物信息学实验室、美国国立图书馆等知名生物信息组织提供的数据库集群作为信息数据来源;根据心力衰竭的特点设计数据库的结构;编写软件从上述信息资源中自动获取数据,进行分类整理,存入数据库,利用软件的管理和查询功能对于本地数据进行管理和检索.结果:经过对现有基因和蛋白质数据库的检索,目前确定了407条与心衰相关的基因,4 046条相关核酸序列和蛋白质序列;建立心力衰竭相关基因和蛋白质数据库,并对其内容进行初步分析.实现了网上发布和查询.结论:通过整合现有相关信息,建立了一个与心衰相关基因和蛋白质的二级数据库,为心力衰竭的分子生物学研究提供一个新工具.     

蛋白质、核酸序列信息的获取、管理和发布

目的:建立通用的蛋白质、核酸序列信息数据类型和数据库结构,为建立专用的生物医学信息数据库奠定基础.设计自动获取数据的软件,彻底改变手动获取数据的方式.方法:以美国国立生物技术信息中心(NCBI)建立的GenBank数据库和欧洲分子生物信息学实验室(EBI)维护的Swiss-Prot数据库分别作为一级和二级数据库的信息来源;通过分析,设计新的数据模型;建立本地数据库.编写了专用软件从网上获取数据,并且进行分类整理,存入数据库,同时利用软件的管理和查询功能对于本地数据进行管理和检索.结果:建立核酸、蛋白质常用信息数据库,设计相关信息获取、管理软件.以心衰相关基因数据库为例,利用所设计系统实现专业生物信息数据库.提出网上发布的方案.结论:结合生物技术研究的需要,设计软件获取网上的生物信息数据,可以大大地提高效率.将不同的数据库数据结合起来,建立新的数据类型和数据分类,可以改进查询方式,并实现本地发布.     

降血糖药物临床药代学分类式及比较式查询系统的开发

目的:开发降血糖药物的临床药物代谢动力学的分类式及比较式查询系统,以促进降血糖药物临床信息的归类总结及应用研究.方法:以<临床用药须知>等权威书籍及药物说明书作为信息数据来源;根据降血糖药物的临床药物代谢动力学的信息特点,采取不同的查询方法来提取显示隐藏于其中的知识和规律,根据上述情况编写软件,从上述信息资源中获取数据,分类整理,存入数据库,利用软件的查询功能对相关数据进行重新整理并显示.结果:经过相关书籍及药物说明书的检索,目前确定了常用降血糖药物25种,并将相关信息分别编入数据库的18个字段,编写软件对其进行初步分析检索,进行特征性查询.结论:通过整合现有相关信患,建立一个药物种类较全、内容齐全的数据库查询系统,为降血糖药物的临床应用提供一个新的便捷的信患查询工具.     

Entrez检索系统功能和使用技巧

Entrez是美国生物医学技术信息中心创建的一个查询检索系统，可检索相链接的几个数据库信息，实现了将科学献，DNA和蛋白质序列数据库，3—D蛋白质结构和蛋白质功能区数据，人口研究数据集，基因表达数据，完整的基因组组合和分类学信息集合成一个紧密的连环系统，其大部分记录在所选数据库内和几个数据库之间与其它记录相互链接，为需求用户提供了方便快捷高效的检索途径。本主要介绍Entrez系统的检索功能和使用技巧。     

Entrez集成化数据库系统功能和检索技巧

Entrez是美国生物医学技术信息中心创建的一个集成化数据库检索系统,可检索相互连接的几个数据库信息,它整合了科学文献,DNA和蛋白质序列数据,3-D蛋白质结构和蛋白质功能区数据,种群研究数据集,基因表达数据,完整的基因组数据以及分类学数据库信息,实现在所检数据库内和几个数据库之间大部分记录与其他记录相互链接,可为需求用户提供方便快捷高效的检索途径。本文介绍Entrez系统的主要功能和检索技巧。     

网上免费医学生物学数据库指南的建立

目的:建立一个网上免费的医学、生物学数据库的查询指南(directory of biomedical databases,DBD),方便研究者查询相关数据库.改变目前医学、生物学数据库查询不便的现状,推动医学、生物学的发展.方法:以PubMed和Google作为主要检索工具,制定检索策略,根据收录的标准筛选找到的数据库,入选项管理平台采用Microsoft SQL-Server 2000,利用Macromedia Dreamwaver MX设计DBD的Web发布页面,ASP(active server pages)技术处理用户提交的关键词和评分值.结果:目前收集到医学、生物学数据库66类1258个,中英文版同时发布(http://cmbi.bjmu.edu.cn/DBList/index.htm,http://cmbi.bjmu.edu.cn/DBList/index_en.htm),用户可以通过分类、关键词和入选项名称字顺查询相关数据库,并建立基于内容的数据库评分系统和数据库点击记录.使页面简洁易用.结论:DBD为建立网上核心医学、生物学数据库的评价体系奠定了基础,DBD将有助于数据库在未来医学、生物学研究中发挥强大的作用.     

基于缺氧相关基因甲状腺癌预后模型的研究

目的 通过检索肿瘤与癌症基因组图谱（TCGA）及hypoxiaDB数据库中甲状腺癌的相关数据,建立一个基于差异表达的缺氧相关基因模型。方法 比较TCGA数据库和hypoxiaDB数据库中的基因,获得与甲状腺癌缺氧相关的差异表达基因。随后进行基因功能富集分析、构建蛋白质-蛋白质相互作用网络、筛选出具有预后价值的缺氧相关基因来建立并验证预后模型。结果 共发现326个缺氧相关甲状腺癌基因。功能富集分析表明,这些基因主要参与生物功能调节。单因素Cox回归分析结果显示,共有23个基因与甲状腺癌预后相关,其中,11个基因通过多因素Cox分析构建了新的预后模型。结果显示,高风险评分（P <0.005）的患者总生存期比低风险评分的患者短。对甲状腺癌患者预后价值的单变量分析结果显示,构建的预后模型与患者的总体生存率显著相关。结论 本研究的模型对甲状腺癌的预后有很好的预测作用。     

中毒患者信息数据库的建立及其临床意义

目的 提高急救危重病领域中毒患者各项信息数据管理的质量和工作效率,使信息管理科学化、规范化.方法 应用Microsoft Office2000组件中的Access2000完成数据库的构建并进行中毒患者信息数据的录入、保存、检索查询和数理统计等工作.结果 成功构建中毒患者信息数据库并系统、规范地收集了急救部2007年173例各类中毒患者信息,在数据保存、检索查询和数据统计等方面发挥了重要作用.结论 应用Access2000数据库开发的中毒患者信息数据库系统具有简便易用、安全可靠、维护方便、有较强的通用性和一定拓展移植性等特点,大大提高了工作效率;应用Access2000建立数据管理系统是目前最简单实用的方法之一,适合医疗系统许多专科项目开发使用.     

病案管理工具软件简介

一、病案首页管理软件 主要完成医院统计信息、病种付款、临床研究检索、管理信息,是医院病案系统首先采用计算机管理的部分,由数据处理(输入)、信息查询、统计报表、系统维护四个功能块组成。 1.数据处理:根据病案首页的内容逐一进行录入,对一些比较特殊的内容做了相应的数据库,如;科别、病案号、医师、编码员、疾病名称、手术名称等。因此,在操作中便于通过简拼代码录入比较繁琐的内容。 2.信息查询:可以根据疾病名称、ICD编码、手术名称、医师编码、病案号等条件进行单一或多条件检索病案,并直接将查询结果打印出来。     

出院病人病案检索阅读系统的研究和实现

目的 实现历次住院病案网络的在线申请、查询和检索;方法 病人出院后将纸质病案扫描到计算机中作为计算机图像文件,采用光盘存储和网络服务器存储的方式来保存,并记录病案图像文件索引将索引保存在电子病案首页数据库中,使保存的图像文件信息与病案首页数据库中的相应记录建立联系,方便以后查找相应病案的图像文件.在需要进行统计和查询时,通过在电子病案首页数据库中进行查询和统计;需要阅读、检索病案内容时,通过在数据库中找到相应的病案图像文件的保存位置,在计算机中浏览相应的图像文件查看病案内容;结果 出院病人病案检索阅读系统不但可以满足医生的需求提供快速和准确的在线阅读和查询,也可以根据一定的目的 按照一定的条件对病历资料进行统计查询,利用病案首页数据库配合医院管理的需求进行相应的统计和查询;结论 出院病人病案检索阅读系统改变传统的病案保存管理和使用方式,将原始病案资料转换为数字图像的形式加以利用,提高了病案管理和使用的效率及水平.     

Extracting knowledge from a large primary health care database using a knowledge-based statistical approach

Clinical databases from automated medical records represent a growing resource for deriving new medical knowledge. In this study a large primary health care database was explored with respect to the association between hypertension and diabetes. Data collection was made with a query language, and data analysis performed with an interactive knowledge-based statistical tool, MAXITAB, employing a multivariate tabular analysis technique. In the study population of 6660 patients the prevalence of diabetes was almost three times higher for hypertensive patients than for those with no hypertension. Conversely, the prevalence of hypertension was 2.6 times higher for diabetic patients than for those with no diabetes. The results support the assumption of a relationship between hypertension and diabetes, although the question of causality between the two diagnoses remains unsolved. Knowledge-based statistical tools of this kind may be feasible for exploring large clinical databases and may result in new medical hypotheses, worthy of further investigation.     

Validation of a common data model for active safety surveillance research

OBJECTIVE: Systematic analysis of observational medical databases for active safety surveillance is hindered by the variation in data models and coding systems. Data analysts often find robust clinical data models difficult to understand and ill suited to support their analytic approaches. Further, some models do not facilitate the computations required for systematic analysis across many interventions and outcomes for large datasets. Translating the data from these idiosyncratic data models to a common data model (CDM) could facilitate both the analysts' understanding and the suitability for large-scale systematic analysis. In addition to facilitating analysis, a suitable CDM has to faithfully represent the source observational database. Before beginning to use the Observational Medical Outcomes Partnership (OMOP) CDM and a related dictionary of standardized terminologies for a study of large-scale systematic active safety surveillance, the authors validated the model's suitability for this use by example. VALIDATION BY EXAMPLE: To validate the OMOP CDM, the model was instantiated into a relational database, data from 10 different observational healthcare databases were loaded into separate instances, a comprehensive array of analytic methods that operate on the data model was created, and these methods were executed against the databases to measure performance. CONCLUSION: There was acceptable representation of the data from 10 observational databases in the OMOP CDM using the standardized terminologies selected, and a range of analytic methods was developed and executed with sufficient performance to be useful for active safety surveillance.     

Brief communication: External phenome analysis enables a rational federated query strategy to detect changing rates of treatment-related complications associated with multiple myeloma

Electronic health records (EHRs) are increasingly useful for health services research. For relatively uncommon conditions, such as multiple myeloma (MM) and its treatment-related complications, a combination of multiple EHR sources is essential for such research. The Shared Health Research Information Network (SHRINE) enables queries for aggregate results across participating institutions. Development of a rational search strategy in SHRINE may be augmented through analysis of pre-existing databases. We developed a SHRINE query for likely non-infectious treatment-related complications of MM, based upon an analysis of the Multiparameter Intelligent Monitoring in Intensive Care (MIMIC II) database. Using this query strategy, we found that the rate of likely treatment-related complications significantly increased from 2001 to 2007, by an average of 6% a year (p=0.01), across the participating SHRINE institutions. This finding is in keeping with increasingly aggressive strategies in the treatment of MM. This proof of concept demonstrates that a staged approach to federated queries, using external EHR data, can yield potentially clinically meaningful results.     

电教多媒体数据库管理系统的设计

目的：设计研制一个面向院校电教中心的多媒体数据库管理系统,以便用现代信息技术管理电教中心众多的信息资料。方法：在国产MIS开发平台Multibase2．0上,用原型法进行无编程设计开发。结果：制作的数据库管理系统运行稳定,操作方便,维护简单,查询功能新颖而强大,基本功能设计具有较强的针对性,能够满足电教中心日常工作的需要。结论：采用国产无编程MIS开发平台Multibase完全可以开发出实用的多媒体数据库管理系统,本数据库管理系统可向军内外院校推广使用。     

临床科研数据库建设中的数据标准化问题探讨

临床科研数据库的应用可以使积累的诊疗数据转变成丰富的临床研究资源。介绍了国内临床科研数据库的现状,并对其发展趋势进行了分析,总结了临床科研数据库建设面临的困难,提出引入数据标准是解决临床科研数据库数据整合、交换和共享从而挖掘数据潜在价值的根本方法。以OHDSI作为建立并推广数据标准的成功案例,介绍了其医学标准术语集和通用数据模型的构建方式及本地源数据转化到通用数据模型的过程,分析了国内临床数据标准化中的常见问题并提出了解决问题的方向。     

Evaluation of a Content-Based Retrieval System for Blood Cell Images with Automated Methods

Content-based image retrieval techniques have been extensively studied for the past few years. With the growth of digital medical image databases, the demand for content-based analysis and retrieval tools has been increasing remarkably. Blood cell image is a key diagnostic tool for hematologists. An automated system that can retrieved relevant blood cell images correctly and efficiently would save the effort and time of hematologists. The purpose of this work is to develop such a content-based image retrieval system. Global color histogram and wavelet-based methods are used in the prototype. The system allows users to search by providing a query image and select one of four implemented methods. The obtained results demonstrate the proposed extended query refinement has the potential to capture a user’s high level query and perception subjectivity by dynamically giving better query combinations. Color-based methods performed better than wavelet-based methods with regard to precision, recall rate and retrieval time. Shape and density of blood cells are suggested as measurements for future improvement. The system developed is useful for undergraduate education.     

疗养档案质控系统的研发与利用

目的 研发具有疗案三级质控评价、统计分析及查询功能的软件系统,使质量指标可测量化,提高质控效率与疗案质量。方法 采用ASP.NET语言为开发工具,以SQLSERVER2008作为后台数据库,系统共分为系统管理、评分录入、查询报表3大模块。评分录入模块为三级疗案质控录入,查询报表模块支持日常智能检索查询及所有查询结果导出、打印,并自动汇总生成8种制式上报报表。结果 软件系统较好地解决了疗案质控中的评价、统计分析与查询问题,院管理层和疗养科室可及时掌握疗案质控各项质量指标,并针对存在的问题。结论 软件系统的研发应用,有效提高质控效率与疗案质量,使疗养院的疗案质控走向数字化、标准化、规范化、系统化。