用mRNA差异显示法分离大鼠吗啡依赖相关基因

目的：分离并克隆大鼠吗啡依赖相关基因。方法：ＳＤ大鼠用递增剂量的吗啡作皮下注射,形成吗啡依赖的动物模型。分离鼠脑的中脑导水管周围灰质、伏核、纹状体等核团,提取总ＲＮＡ,用ｍＲＮＡ差异显示（ｄｉｆｅｒｅｎｔｉａｌｄｉｓｐｌａｙＰＣＲ,ＤＤＰＣＲ）的方法,筛选吗啡依赖大鼠特异表达产物的ｃＤＮＡ片段。用３组锚定引物（Ｔ１２ＭＮ,Ｍ＝Ａ,Ｇ,Ｔ或Ｃ,Ｎ＝Ａ,Ｃ或Ｇ）和６组随机引物（ＡＰ１～ＡＰ６）作不同组合进行ＰＣＲ扩增。结果：获得了８０余个差异表达产物的ｃＤＮＡ片段,经斑点杂交初步筛选,克隆了１０个阳性片段,选取４个克隆进行序列分析,获得了４个ｃＤＮＡ片段。结论：通过ＢＬＡＳＴ数据库序列比较,现已确认获得了４个吗啡依赖表达的新基因片段。     

mRNA差异显示筛选卵巢癌相关基因

目的 :利用mRNA差异显示技术研究正常卵巢上皮和卵巢上皮癌之间的基因表达差异状况 ,筛选和克隆卵巢上皮癌相关基因。方法 :通过DD PCR分析正常卵巢上皮和卵巢上皮癌总RNA将差异片段分离并显示出来 ,将其回收 ,利用基因克隆技术将其筛选和克隆出来作为探针进行斑点杂交鉴定、DNA序列测定、通过国际互联网络检索GenBank进行同源性分析。结果 :共筛选克隆鉴定 6个差异显示片段。其中 4个为未知基因片段 ,已收录入GenBank ,GenBank登录号为AF136 413～AF136 417。两个为已知基因片段 ,其中一个克隆 3AOSKN3与GenBank中染色体 17hCIT克隆 98%同源。另外一个克隆 3AON2 8与GenBank中人类NADH :辅酶Q氧化还原酶有 99%的同源性 ,研究表明该基因与肿瘤相关。结论 :上述结果证明mRNA差异显示方法和杂交分析结合已成为一种敏感、高效、快速的差异表达基因的克隆技术     

mRNA差异显示

差异基因的分离,对细胞生命过程中调节机制的研究以及致病机制的探讨极有价值.分离差异基因的方法多种多样,但根据所分差异基因性质的不同,可粗略分成两大类:①差异基因的分离,常用方法主要有消减杂交法[1]及其改进[2,3],随机引物多态性DNA聚合酶链反应(AP-PCR)[4]等.②差异表达基因的分离,常用方法有两种:①RNA任意引物PCR指纹分析(RAP)[5],②mRNA差异显示(mRNA dd)[6].此外,用于差异表达基因分离的还有AFLP介导的RNA指纹图[7]及双相电泳cDNA指纹分析[8].本文主要对mRNA DD作一简单介绍.     

用mRNA差异显示技术初步筛选食管癌相关基因

用ｍＲＮＡ差异显示技术初步筛选食管癌相关基因王尧河１）张云汉１）高冬玲１）付淑莉１）王宏２）夏贞彪２）李春海２）罗庆良２）１）河南医科大学第一附属医院病理科，河南省肿瘤病理学重点实验室郑州４５００５２２）军事医学科学院北京１００８５０关键词食管肿瘤...     

应用抑制性消减杂交技术筛选脂肪细胞分化相关基因

目的:利用脂肪分化细胞模型筛选与脂肪细胞分化相关的差异性表达基因。方法:采用抑制性消减杂交技术,以诱导分化后的人前体脂肪细胞系SW872总RNA为Tester,诱导分化前的人前体脂肪细胞系SW872为Driver,将消减杂交获得的DNA片段与pGM-T载体连接,构建cDNA文库后,转化大肠杆菌DH5α,筛选阳性克隆。将获得的阳性克隆插入片段进行测序分析,并与GenBank数据库进行同源性分析,获得差异性表达基因。结果:扩增消减cDNA文库获得135个白色克隆,随机挑选64个进行测序,共获得34个阳性克隆基因。结论:本研究成功构建了脂肪细胞分化差异性表达基因的消减cDNA文库,筛选出了与脂肪细胞分化相关的差异表达基因。     

应用mRNA差异显示技术进行肝癌相关基因的筛选

目的采用mRNA差异显示技术寻找肝癌及非肝癌组织的差异表达基因，筛选肝癌相关基因，为进一步研究创造条件。方法提取手术切除肝癌及非癌肝组织成对标本的总RNA，逆转录获得eDNA片段，以mRNA差异显示方法筛选差异表达基因。对所获得的差异表达基因进行序列分析，并通过CenBank／BLAST数据库进行序列的同源性比较，并以Northern杂交方法对有意义片段予以来源确认。结果自720余条扩增条带中选出28条差异条带，其中“上调”者16条，“下调”者12条。对其中5条差异最为明显的片段进一步分析，其中2条为可能的新基因片段，其中一条经Northern印迹杂交证实确来自源标本组织，且在肝癌组织中有明显高表达趋势。结论mRNA差异显示技术是一种快速、灵敏、高效的差异表达基因的克隆技术，已采用这种技术获得了1条可能的肝癌相关新基因片段，有必要进一步研究。     

基因芯片技术筛选乳腺癌相关差异表达基因

目的 分析并探讨乳腺癌与自身正常乳腺组织的差异表达基因。方法 采用全人类基因组芯片检测技术,筛查3对乳腺癌及其自身正常乳腺组织的差异表达基因,并通过real time PCR对部分差异表达基因进行验证。结果 全基因组差异分析结果显示,乳腺癌及其自身正常乳腺组织间有427个差异表达基因,其中上调基因231个,下调基因196个。在这一组基因中,与细胞增殖有关的基因有27个（12个表达上调,15个表达下调）,与细胞黏附有关的基因有15个（4个表达上调,11个表达下调）,与细胞凋亡有关的基因有13个（6个表达上调,7个表达下调）。结论 乳腺癌组织与自身正常乳腺组织在基因表达水平上存在较大差异,这些差异存在于不同生物学过程（如细胞增殖、细胞黏附、细胞凋亡等）中。     

应用mRNA差异显示技术筛选卵巢癌耐药相关基因

目的 筛选卵巢癌泰素耐药相关基因。方法 采用间歇诱导法建立了卵巢癌泰素耐药细胞株Ｓｋｏｖ３／Ｔａｘｌ－２５;采用ｍＲＮＡ ＤＤ比较Ｓｋｏｖ３／Ｔａｘｏｌ－２５对泰素耐药增加４４倍,同时对顺铂也产生了耐药。比较Ｓｋｏｖ３和Ｓｋｏｖ３／Ｔａｘｏｌ－２５的ｍＲＮＡ,获得２２个差异条带。对其中５个差异条带进行了ＤＮＡ序列测定,有３个与已知的基因高度同源,分别为ｔＰＡ、Ｋｉａａ０３７２和ＬＤＬＣ。２个为未知     

银染mRNA差异显示方法的建立和吗啡诱导基因的克隆

目的：建立非同位素银染ｍＲＮＡ差异显示方法，分离吗啡相关基因。方法：以吗啡处理的ＳＨＳＹ５Ｙ细胞中提取的总ＲＮＡ为模板，用５’ｄＴ１２ＭＧ锚定引物和两条随机引物组合进行ＤＤＲＴＰＣＲ扩增。经测序凝胶电泳分离后，用银染方法显示差异ＤＮＡ条带，在直视下从凝胶中回收差异条带并进行再扩增，扩增产物克隆入ｐＧＥＭＴ载体。结果：建立了非同位素的银染ｍＲＮＡ差异显示方法，分离和克隆了一些吗啡诱导的差异表达基因。结论：建立的非同位素银染差异显示方法是简单快捷和高效的分离差异表达基因的方法     

mRNA差异显示法筛选大肠癌相关基因

目的 分离并克隆大肠癌相关基因。方法分别提取大肠癌与正常大肠粘膜的组织总ＲＮＡ,用ｍＲＮＡ差异显示法 （Differential display polymerase chain reaction,ＤＤ－ＰＣＲ）筛选大肠癌特异性表达产物的ｃＤＮＡ片段,对其进行克隆、测 序、序列分析以及斑点杂交初步鉴定。结果获得了２个在大肠癌高表达而在正常大肠粘膜组织低表达的新基因片段。 结论这２条差异显示新基因片段很可能是与大肠癌相关的致癌基因。     

鼻咽癌中与已知基因同源的差异表达cDNA序列

采用新近发展的ｃＤＮＡ代表性差异分析法筛选鼻咽癌中不表达的或表达降低的ｃＤＮＡ序列。结果显示：有９个与已知基因高度同源的ｃＤＮＡ序列。通过对这些已知基因的结构和功能分析,发现有与细胞骨架成分相关的基因：αａｃｔｉｎｉｎ,ｅｚｒｉｎ和细胞角蛋白１３;直接与瘤基因和抑瘤基因相互作用的基因：鲨烯合成酶和ＴＲＩＰ１基因;直接参与ＤＮＡ合成以及调控基因转录和翻译的基因：ＴＡＦⅡ６８和组蛋白Ｈ１０;另外还有人类补体因子Ｂ及类转运ＲＮＡ合成酶的基因。这些基因大多具有相当于抑瘤基因的功能。从而进一步说明鼻咽癌的发生是多基因相互作用的结果。     

母血中胎儿有核红细胞用于无创产前诊断的研究

目的 用分离到的胎儿有核红细胞,评价应用荧光原位杂交技术筛查染色体非整倍性的临床应用价值.方法 43例(孕周17～21+4周)拟行产前诊断的孕妇外周血20ml,用双密度梯度离心和双抗体磁性活化细胞分选(magnetic activated cell sorting,MACS)方法富集孕妇外周血中胎儿有核红细胞,其中10例患者富集的细胞进行吉姆萨-瑞氏染色,10例进行抗人CD235a和CD71免疫荧光抗体染色,行细胞鉴定和计数.23例富集后的细胞用荧光染色体原位杂交(fluorescence chromosomal in situ hybridization,FISH)探针进行非整倍体分析,并与羊水培养后核型分析结果进行比较.结果 所有标本均分离出有核红细胞,并经组织学染色、免疫荧光特异抗体和FISH鉴定.23例FISH诊断中,未发现非整倍体异常;14例男性胎儿有13例发现Y荧光信号,1例未发现,女性胎儿中均发现2个X荧光信号.结论 荧光原位杂交技术可对经富集的孕妇外周血中胎儿细胞进行非整倍体诊断.     

抑制性消减杂交技术在肿瘤相关基因克隆中的应用及发展

高等真核生物约含有 3万个不同基因 ,但在生物体的发育过程中只有 15 %的基因得以表达 ,而这大约 4 5 0 0个基因的表达是按时间和空间顺序有序地进行着 ,这种表达方式即为基因的差别表达。获取差异表达的基因将有助于了解正常生理变化和病理改变的分子机制 ,为基因诊断、基因治疗等提供新的视野。因此人们建立了一系列差异基因克隆技术。如消减杂交 (subtractive hybridization)、m RNA差异显示法(m RNA differential display或 DDRT- PCR) [1 ]、代表性差异分析 (represential display analysis,RDA) [2 ] ,用这些方法也克隆出一些…     

Screening of aplastic anaemia-related genes in bone marrow CD4+ T cells by suppressive subtractive hybridization

Background CD4(+) T cells play a crucial role in the pathogenesis of aplastic anaemia. However, the mechanisms of over-proliferation, activation, infiltration of bone marrow and damage to haematopoietic cells of CD4(+) T cells in aplastic anaemia are unclear. Therefore, we screened differentially expressed genes of bone marrow CD4(+) T cells of aplastic anaemia patients and normal donors by suppressive subtractive hybridization to investigate the pathogenesis of aplastic anaemia. Methods The bone marrow mononuclear cells of a first visit aplastic anaemia patient and a healthy donor of the same age and sex were isolated using lymphocyte separating medium by density gradient centrifugation. With the patients as “tester” and donor as “driver”, their CD4(+ )T cells were separated with magnetic bead sorting and a cDNA library established by suppressive subtractive hybridization. Then 15 of the resulting subtracted cDNA clones were randomly selected for DNA sequencing and homological analysis. With semiquantitative RT-PCR, bone marrow samples from 20 patients with aplastic anaemia and 20 healthy donors assessed the expression levels of differentially expressed genes from SSH library.Results PCR detected 89 clones in the library containing an inserted fragment of 100 bp to 700 bp. Among 15 sequenced clones, 12 were known genes including 3 repeated genes. Compared with normal donors, there were 9/12 genes over-expressed in bone marrow CD4(+ )T cells of patients with aplastic anaemia. The effects of these genes included protein synthesis, biology oxidation, signal transduction, proliferative regulation and cell migration. Not all these genes had been reported in the mechanisms of haematopoietic damage mediated by CD4(+) T cells in aplastic anaemia. Conclusions Screening and cloning genes, which regulate functions of CD4(+) T cells, are helpful in elucidating the mechanisms of over proliferation, activation, infiltrating bone marrow and damaging haematopoietic cells of CD4(+) T cells in aplastic anaemia.     

人成骨肉瘤MG-63细胞雌激素相关基因的分离

目的 :筛查 17β雌二醇 (17β estradiol,E2 )诱导人成骨肉瘤MG 6 3细胞株差异表达cDNA片段 ,寻找雌激素相关基因。方法 :改良的cDNA代表性差异分析法 (cDNArepresentationaldifferenceanalysis,cDNARDA)分离E2 干预MG 6 3细胞株表达上调cDNA片段 ,经Southern和快速Northern杂交证实表达上调的cDNA片段来源后 ,将其克隆到 pGEM Teasy载体 ,蓝白筛选后挑取阳性克隆进行测序和同源比较分析 ,最后选取其中部分克隆行Northern印迹杂交。结果 :第 4轮消减杂交得到 5个E2 诱导人成骨肉瘤MG 6 3细胞表达上调的差异cDNA条带 ,Southern和快速Northern杂交证明表达上调的cDNA片段来自E2 干预的MG 6 3细胞 ;随机选 2 5个克隆测序得到13个序列 ,7个与已知基因高度同源 ;其中 2个克隆经Northern杂交证实E2 干预后表达上调。结论 :cDNARDA能有效筛查差异表达基因 ,人成骨肉瘤MG 6 3细胞中某些基因受雌激素诱导表达上调 ,可能与绝经后骨质疏松的发病相关。     

幽门螺杆菌对甲硝唑耐药相关基因片段的筛选及克隆分析

目的:筛选幽门螺杆菌(Hp)对甲硝唑耐药相关基因片段。方法:以5株临床分离的耐药株作为被检菌,1株敏感株作为参考菌,采用抑制差减杂交技术进行基因组差异研究,获取Hp对甲硝唑耐药相关的基因片段,并以斑点杂交方法对所获的基因片段进行了杂交鉴定。结果:在获得的差减阳性克隆中,经斑点杂交筛选后共有37个基因片段的拷贝数在耐药和敏感菌株中存在差异(2倍以上),而其中17个片段其拷贝数存在明显差异(3倍以上)。对以上17个差异片段进行单向测序,根据最高同源性比对结果,分别代表二肽ABC载体渗透酶(dppB)、二肽ABC载体结合蛋白(dppA)等10个基因的同源基因片段在耐药株中存在高拷贝数。结论:所获得的10个差异基因片段可能与幽门螺杆菌对甲硝唑耐药相关。     

IDENTIFICATION OF DIFFERENTIAL GENES IN OVARIAN CANCER USING REPRESENTATIONAL DIFFERENCE ANALYSIS OF cDNA

Objoctive To identify differential genes between normal ovarian epithelium tissue and ovarian epithelial cancer using representational difference analysis of cDNA （cDNA-RDA）. Methods cDNA-RDA was performed to identify the differentially expressed sequences between cDNAs from cancer tissue and cDNAs from normal ovarian tissue in the same patient who was in the early stage of ovarian serous cystadenocarcinoma. These differentially expressed fragments were cloned and analyzed, then sequenced and compared with known genes. Results Three differentially cxpressed cDNA fragments were isolated using cDNA from normal ovarian tissue as tester and cDNA from cancer tissue as driver amplicon by cDNA-RDA. DP Ⅲ- 1 and DP Ⅲ-2 cDNA clone showed significant homology to the cDNA of alpha actin gene; DPⅢ-3 cDNA clone showed significant homology to the cDNA oftransgelin gene. Conclusion cDNA-RDA can bc used to sensitively identify the differentially expressed genes in ovarian serous cystadenocarcinoma. Ovarian serous cystadenocarcinoma involves alteration of multiple genes.     

抑制性消减杂交技术筛选乙型肝炎病毒核心蛋白相互作用蛋白编码基因C1的反式调节基因

目的：筛选、克隆与乙型肝炎病毒（HBV）核心抗原（HBcAg）相互作用的蛋白基因C1的反式激活基因,探索该基因可能的生物学功能．方法：以分子生物学技术构建C1真核表达载体pcDNA3．1（-）-C1,以表达质粒pcDNA3．1（-）-C1转染HepG2细胞,以空载体pcDNA3．1（-）转染的HepG2细胞为平行对照,制备转染后的细胞裂解液,提取mRNA并逆转录为cDNA,经RsaⅠ酶切后,将实验组cDNA分成两组,分别与两种不同的接头衔接,再与对照组cDNA进行两次消减杂交及两次抑制性聚合酶链反应（PCR）,将产物与pGEM—Teasy载体连接,构建cDNA消减文库,并转染大肠杆菌进行文库扩增,随机挑选阳性克隆PCR扩增后进行测序及同源性分析．结果：成功构建人类新基因C1反式激活基因差异表达的cDNA消减文库．文库扩增后挑选40个阳性克隆,进行菌落PCR分析,均得到200～1000bp插入片段,随机挑选含有插入片段的30个克隆进行测序,并通过生物信息学分析获得其全长基因序列,结果共获得18种编码基因．结论：筛选到的cDNA全长序列,包括一些与细胞周期及代谢、肿瘤发生发展及肝脂肪变及肝纤维化发生发展密切相关的蛋白编码基因,推测了C1在体内可能存在的调控机制的线索．     

缓冲液离子浓度对新型PNA-LSAW基因传感器杂交效应的影响

目的 探讨PBS缓冲液的离子浓度对构建的肽核酸(PNA)漏声表面波(LSAw)基因传感器杂交效应的影响.方法 将1.0μmol/L的PNA探针固定在LSAW基因传感器表面,分别加入10、20、50、100mmol/L的PBS缓冲液,观察不同离子浓度的PBS缓冲液对PNA-LSAW基因传感器杂交效应的影响,记录分析传感器相位的变化值及反应所需的时间.结果 当钠离子浓度从10mmol/L增加至100mmol/L时,传感器的相位变化呈先升高后降低的趋势,以20mmol/L为分水岭.而杂交平衡时间增加显著.结论 离子浓度极大地影响了杂交反应的时间,低盐离子浓度更有利于提高PNA和靶序列的杂交速率,高盐离子浓度则会大大降低PNA的结合速率.离子浓度为20mmol/L时杂交最为适宜.