干扰素调节因子-6基因在唇腭裂相关基因研究中的新进展

唇腭裂(cleft lip with or without cleft palate, CL/P) 是一种临床较为常见的先天缺陷性疾病.根据我国最新统计数据显示[1]:CL/P总体患病率为16.63/10 000.干扰素调节因子-6(interferon regulatory factor 6, IRF6)基因是迄今发现与CL/P发病相关最具价值的基因之一, 本文就IRF6基因结构功能及与CL/P的最新研究进展作一综述.     

人胃癌细胞肿瘤相关基因的表达与甲基化调控

目的　阐明胃癌的发生中多种抑癌基因和癌基因的甲基化情况。方法　提取去甲基化制剂5-氮脱氧胞苷(5 aza 2’ deoxycytidine,5 aza dC)干预后的胃癌细胞RNA,RT-PCR方法检测p16INK4A等多种基因的表达情况。结果　5 aza dC干预后两种胃癌细胞系中p16INK4A的表达增强,且不同的胃癌细胞株表达增强最明显时的时间与浓度不同。结论　研究的胃癌细胞系中p16INK4A启动子区的甲基化是它在胃癌细胞系表达减弱的主要原因之一。     

小鼠胚胎心脏发育过程中组蛋白乙酰化酶亚型p300调控心脏特异转录因子的动态表达

目的:观察小鼠胚胎心脏发育过程中GATA4、Nkx2.5、MEF2C、Tbx5基因的动态表达和这些基因的启动子区域组蛋白H3乙酰化修饰状态的变化,以及组蛋白乙酰化酶亚型p300对这些基因启动子的直接调控作用,为进一步研究先天性心脏疾病的发生机制奠定基础.方法:选取胎龄(Embryo day,E)10.5d和16.5d小鼠正常胚胎心脏,用实时荧光定量PCR(Real Time PCR)的方法观察上述基因mRNA的动态表达;采用染色质免疫沉淀技术(Chromatin immunoprecipitation,ChIP),用ChIP级抗乙酰化H3和抗p300抗体免疫沉淀与其所结合的DNA,采用Real Time PCR扩增抗体所富集的上述基因启动子的DNA量,观察胚胎心脏发育过程中乙酰化组蛋白及组蛋白乙酰化酶亚型p300是否参与调控上述四种心脏特异转录因子的表达.结果:①胎龄E10.5d和E16.5d小鼠胚胎心脏的GATA4、Nkx2.5、MEF2C、Tbx5基因的mRNA表达水平都有明显差异(P<0.05),其中GATA4和MEF2C mRNA相对β-actin的表达水平,E10.5明显低于E16.5,而Nkx2.5和Tbx5 mRNA相对表达水平,E10.5明显高于E16.5;并且ChIP结果显示这些基因启动子的乙酰化水平也随着时间而改变,但差异无统计学意义.②E10.5和E16.5胚胎小鼠心脏中,p300抗体均能免疫沉淀GATA4、Nkx2.5、MEF2C、Tbx5基因启动子,其沉淀的基因量在这两个小鼠心脏发育的关键时间点有所不同,但差异无统计学意义.结论:小鼠胚胎心脏发育过程中,心脏发育相关基因GATA4、Nkx2.5、MEF2C、Tbx5呈现动态表达,提示这些基因在心脏发育不同阶段具有重要作用.ChIP结果提示p300介导的组蛋白乙酰化修饰可能为调节这些基因动态表达的机制之一.     

干扰素调节因子-5基因多态性与类风湿关节炎的相关性

目的探讨干扰素调节因子-5（IRF-5）基因rs2004640位点基因多态性与河北汉族人群类风湿关节炎（RA）的相关性。方法应用聚合酶链反应-连接酶检测反应（PCR-LDR）法检测河北汉族人群136例RA患者和152名正常对照者IRF-5基因rs2004640位点多态性。应用ELISA法对RA患者进行抗环瓜氨酸抗原肽（CCP）抗体检测。结果 IRF-5基因rs2004640位点T等位基因频率在RA组明显高于对照组（28.1%vs20.4%）,两组差异有统计学意义（χ2=4.257,P〈0.05,OR=1.522,95%CI：1.038～2.231）。进一步将RA组按抗环瓜氨酸抗原肽（CCP）抗体阴性、阳性分层发现,抗CCP抗体阴性RA患者与对照组人群比较,T等位基因频率的差异有高度统计学意义（χ2=6.803,P〈0.01,OR=1.980,95%CI：1.209～3.242）。结论 IRF-5 rs2004640基因多态性与抗CCP抗体阴性RA患者发病存在相关性。     

小鼠STING基因启动子的克隆鉴定及功能初步分析

目的:克隆小鼠干扰素基因刺激因子(STING)基因启动子,并对其启动子活性和转录调控机制进行初步探讨?方法:利用PCR方法扩增小鼠STING基因5′上游1 005 bp(-927~+77)的片段,亚克隆至pGL3-basic质粒,然后通过步移缺失构建不同缺失片段的重组质粒?双荧光素酶报告活性分析检测重组质粒在NIH3T3中的活性,并利用生物信息学方法预测转录因子结合位点?结果:经酶切?测序鉴定,成功构建了小鼠STING启动子荧光素酶报告基因重组质粒?与pGL3-basic质粒相比,STING启动子重组质粒的相对荧光素酶活性增加(P < 0.05)?通过生物信息学软件预测小鼠STING启动子区域(-177~-48)可能含有GATA?IK2?MZF1?SP1/SP3?STAT等转录因子结合位点?结论:成功构建小鼠STING不同缺失片段的启动子荧光素酶报告基因重组质粒?通过活性比较,推测小鼠STING的核心启动子区位于-177~+77区域,其中可能含有多个潜在的转录因子结合序列?     

电离辐射影响成纤维细胞基因调控网络的初步研究

目的 探讨电离辐射影响人成纤维细胞基因表达的转录调控机制,并构建基因与相应转录因子的调控网络.方法 先对前期研究已经获得的差异表达基因进行功能注释,选择结合功能类基因(数量最多)进人研究:再用MaxLAPS,TFME和SCOPE 3种软件预测这些基因的转录因子和转录因子结合位点;利用Bibliosphere软件构建转录因子与基因的转录调控网络.结果 获得25条Gene Symbols,基因本体功能注释集中于结合功能(共19条),2种程序预测得到14个相同的转录因子,得分最高的6个转录因子结合位点对应的转录因子与预测的基本一致.按照最高水平标准构建的转录调控网络,显示CASPASE-3位于网络的核心.结论 电离辐射很可能经转录因子TP53介导CASPASE-3激活而致人成纤维细胞凋亡.     

生物信息学分析鉴定干扰素调节因子7作为早期糖尿病肾病免疫损伤枢纽基因的研究

目的 分析糖尿病肾病(DN)中肾小管差异表达基因(DEGs)的生物学功能和潜在机制。方法 从NCBI-GEO数据库中检索获得GSE95376高通量测序数据,利用ARCHS4数据库及R语言软件相关程序包处理、分析并筛选出DEGs,应用CTD数据库搜索DN相关基因,最终筛选出CTD数据库与NCBI-GEO测序数据共有的差异表达基因(co-DEGs)。应用Cytoscape软件构建co-DEGs编码蛋白质的相互作用网络及模块分析,并利用DAVID 6.8在线生物信息数据库对co-DEGs进行京都基因和基因组百科全书(Kyoto Encyclopedia of Genesand Genomes, KEGG)通路和基因本体论(GO)富集分析。将富集在Module-1的基因与富集在免疫反应集群中的基因进行维恩图分析,鉴定出免疫应答核心基因群,应用cytoHubba插件筛选出最关键的枢纽基因。通过体外细胞实验对枢纽基因进行进一步验证。对枢纽基因进行通路分析,绘制整合的信号通路图。结果 通过ARCH4数据库及R语言软件的limma软件包分析GSE95376数据集,发现早期DN小鼠的4个干预时间点有43...     

SLC22A3基因负性调控元件的定位

目的：拟寻找和确定人第6号染色体q26-q27区域的SLC22A3 基因intron7序列中具有重要负性调控功能的核心调控元件的具体序列位置。方法：用基因重组的方法,分别构建intron7截短型野生重组质粒,分段查找该负性调控元件的具体序列位置。以包含人SLC22A3基因全长序列的细菌人工染色体为模板,PCR 扩增所需截短型片段,分别插入荧光素酶报告基因载体pGL3-Promoter,将重组质粒与内参质粒pRL-SV40以50∶1的比例共转染HEK293T细胞,24 h后检测荧光素酶活性（lu－ciferase activity）,通过对比重组质粒和pGL3-Promoter荧光素酶活性,判断插入片段是否具有调控作用,并对发现的元件进行转录因子结合位点预测。结果：截短型野生重组质粒pGL3-pro-SLCi7-NO6,pGL3-pro-SLCi7-NO10,pGL3-pro-SLCi7-NO6.2,pGL3-pro-SLCi7-NO6.3,p-GL3-pro-SLCi7-NO10.2,pGL3-pro-SLCi7-NO6.21,pGL3-pro-SLCi7-NO10.22各组荧光素酶活性较pGL3-Promoter组降低（P<0.05）;而截短型野生重组质粒pGL3-pro-SLCi7-NO6.21-300 bp（P>0.05）和pGL3-pro-SLCi7-NO10.22-300 bp（P >0.05）组荧光素酶活性较pGL3-Promoter组无统计学差异。结论：人类第6号染色体q26-q27区域的SLC22A3基因intron7序列中存在2个负性调控元件,为今后进一步对SLC22A3基因蛋表达调控方面的研究提供了理论依据。     

人线粒体转录因子A的表达与前列腺癌细胞顺铂耐药性的机制研究

  目的 探讨人线粒体转录因子A(TFAM)的表达在前列腺癌非激素依赖型细胞系PC3中对顺铂耐药性的影响。方法 应用蛋白免疫印迹法（Western Blot法）,检测PC3细胞与顺铂高耐受性细胞PCDP6中TFAM的表达。并应用小干扰RNA降低PC3细胞中TFAM表达水平,检测细胞对顺铂的耐受性变化,绘制耐药曲线,计算IC50。结果 相比其母细胞PC3,顺铂高耐受性PCDP6细胞高表达TFAM。当用小干扰RNA降低TFAM表达后,PC3细胞对顺铂的敏感性增强。并且TFAM的低表达可引起survivin的低表达。结论 TFAM的表达促进PC3细胞对顺铂的耐受,TFAM能提高细胞耐药性很可能与TFAM调控survivin的表达有关。     

干扰素调节因子3促结直肠癌细胞增殖与侵袭相关探索

目的·分析结直肠癌中干扰素调节因子3 (interferon regulatory factor 3,IRF3)表达水平与临床病理特征及患者预后的关系,观察IRF3过表达对结直肠癌细胞增殖与侵袭能力的影响及其相关蛋白通路。方法·下载癌症基因组图谱（The Cancer Genome Atlas,TCGA）数据,分析IRF3表达水平与恶性肿瘤患者（肾癌、结直肠癌、肝癌、前列腺癌）预后的关系。采用免疫组织化学法检测10例结直肠癌或肾癌患者的癌组织与癌旁正常组织切片中IRF3表达水平的差异。针对IRF3蛋白的C端残基位点进行改造,构建拟磷酸化IRF3-5D (396/398/402/404/405-D)高表达的HEK-293T细胞。分别在细胞培养12、24 h时,采用TANK结合激酶1 (TANK-binding kinase 1,TBK1)抑制剂进行处理,并采用蛋白质印迹法检测细胞IRF3、p-IRF3 (Ser386)蛋白表达水平。采用RNA测序技术探索IRF3-5D高表达与肿瘤相关蛋白表达水平的相关性。构建野生型IRF3 (IRF3-WT)和IRF3-5D过表达的结直肠癌细胞CT26、...     

神经生长因子诱导背根节感觉神经元细胞iNOS和P物质的表达及干扰素调节因子-1的作用

目的:研究神经生长因子(nerve growth factor,NGF)对脊髓C7-T5背根节感觉神经元细胞内诱导型一氧化氮合酶(inducible nitric oxide synthase,iNOS)和P物质表达的影响及干扰素调节因子-1(interferon regulatory factor-1,IRF-1)的...     

Association of rs10954213 polymorphisms and haplotype diversity in interferon regulatory factor 5 with systemic lupus erythematosus: A meta-analysis

The rs10954213 polymorphism and the haplotype diversity in interferon regulatory factor 5 (IRF5) play a special role in systemic lupus erythematosus (SLE) but with inconclusive results. We conducted a meta-analysis integrating case-control and haplotype variant studies in multiple ethnic populations to clearly discern the effect of these two variants on SLE. Eleven studies on the relation between rs10954213 polymorpisms in IRF5 and SLE were included and we selected a random effect model to calculate the pooled odds ratios (ORs) and the corresponding 95% confidence interval (95% CI). A total of 6982 cases and 8077 controls were involved in the meta-analysis. The pooled results indicated that A allele was significantly associated with increased risk of SLE as compared with the IRF5 rs10954213 G allele (A vs. G, P<0.00001) in all subjects. The same pattern of the results was also obtained in the European, African American, and Latin American. Asian population had a much lower prevalence of the A allele (49.1%) than any other population studied, and Europeans had the highest frequency of the IRF5 rs10954213 A allele (62.1%). The significant association of increased SLE risk and TCA haplotype was indicated in the contrast of TCA vs. TTA as the pooled OR was 2.14 (P=0.002). The same result was also found in the contrast of TCA vs. TTG as the pooled OR was 1.45 (P=0.004). This meta-analysis suggests that the A allele of rs10954213 and TCA haplotype (rs2004640-rs2070197-rs10954213) in IRF5 is associated with the increased risk of SLE in different ethnic groups, and its prevalence is ethnicity dependent.     

神经生长因子通过诱导IRF-1核内转运增强PC-12细胞钠电流的表达

目的:初步探讨神经生长因子(nerve growth factor,NGF)和干扰素调节因子-1(interferon regulatory factor-1,IRF-1)对类感觉神经元细胞株大鼠嗜铬细胞(rat pheochromocytoma cell,PC-12)中的Na+电流变化的影响.方法:用不同浓度的NGF...     

曲古抑菌素A上调CD4T细胞叉头框蛋白3基因表达

目的 探讨组蛋白去乙酰化酶抑制剂曲古抑菌素A(TSA)干预对正常人CD4+T细胞FOXP3表达的影响.方法 采用密度梯度离心法分离正常人外周血单个核细胞,免疫磁珠分离CD4+T细胞,分别给予TSA 处理培养相应时间后收集细胞,RT-PCR法分析TSA干预对正常CD4+T细胞FOXP3 mRNA表达影响.结果 100 nmol/L TSA干预48h可上调正常CD4+T细胞FOXP3表达.结论 TSA干预能上调CD4+T细胞FOXP3表达.     

新疆维吾尔族干扰素调节因子6基因单核苷酸多态性与非综合征性唇腭裂相关性研究

目的：探讨新疆地区维吾尔族人群干扰素调节因子6（IRF6）基因 rs 7545538、rs7545542、rs2235373位点单核苷酸多态性与非综合征性唇腭裂的相关性。方法选择新疆地区世居维吾尔族非综合征性唇腭裂（NSCL/P）患者100例,对照组为60例因上呼吸道感染而住院的新疆籍维吾尔族儿童,抽取其静脉血,用新一代测序方法对目标区域测序,进行遗传学分析。结果在新疆维吾尔族人群中,rs7545538位点 CC 基因型（P ＝0．037）和 C等位基因（P ＝0．007）、rs7545542位点 C 等位基因（P ＝0．044）和 rs2235373位点 G 等位基因（P ＝0．049）与NSCL/P 有关联;对以上3个 SNPs 进行连锁不平衡分析,未能证实存在连锁不平衡（r 2＜0．8）。结论新疆维吾尔族人群 IRF6基因 rs7545538、rs7545542、rs2235373位点 SNPs 可能与新疆维吾尔族人群唇腭裂发病可能存在相关性。     

转录调控因子在中药次生代谢调控中的研究进展

许多中药的有效成分为植物次生代谢产物,具有重要的药用价值。但次生代谢的产物的量往往很低。转录调控因子可调控多个参与代谢途径基因的表达。采用基因工程的方法调控转录因子,往往可导致植物中该转录因子所控制性状的较大改变,从而提高中药中有效成分的量,具有广阔的应用前景。     

芪冬活血饮通过干扰素调节因子5抑制肺组织M1巨噬细胞募集治疗急性肺损伤的作用机制研究

目的 探讨芪冬活血饮通过干扰素调节因子5(IRF5)抑制肺组织M1巨噬细胞募集治疗急性肺损伤(ALI)的作用机制。方法 24只C57BL/6小鼠随机分成四组,即空白组、模型组、芪冬活血饮低剂量(1 g/mL)和高剂量(2 g/mL)组,每组6只。采用脂多糖(LPS)制备ALI模型,采用苏木素-伊红(HE)染色法观察肺组织病理学改变;采用酶联免疫吸附试验(ELISA)检测肺泡灌洗液炎症因子[肿瘤坏死因子α(TNF-α)、白细胞介素-1β(IL-1β)、白细胞介素(IL-6)]水平;采用原位末端转移酶标记技术(TUNEL)染色检测肺组织细胞凋亡情况;采用流式细胞术检测肺组织M1型巨噬细胞水平,采用蛋白质印迹法检测半胱氨酸天冬氨酸蛋白酶3剪切体(cleaved caspase3)、B淋巴细胞瘤-2蛋白(Bcl-2)、BCL2相关X蛋白(Bax)表达;采用实时荧光定量聚合酶链式反应(qRT-PCR)检测肺组织IRF5 mRNA表达;采用免疫荧光法检测IRF5蛋白在肺组织中的原位表达。结果 与空白组比较,模型组小鼠肺组织肺泡结构破坏,肺间质水肿增厚,炎性细胞浸润,红细胞渗出,肺组织细胞凋亡显著增...     

维生素D3信号与干扰素应答在疾病中的关系研究进展

维生素D3(vitamin D3,VD3)介导的生物学效应和适度的干扰素（interferon,IFN）应答反应是机体健康的必备条件。但在多种疾病（包括微生物感染与肿瘤等）发生与进展中均有观察到VD3缺乏/不足与IFN应答受损等现象,且VD3和IFN联合所取得的临床疗效因病种及涉及到的靶器官或细胞不同而有显著差异,提示VD3信号与IFN应答间的互调模式及机制极为复杂。本文就该主题进行概述,以期为该领域基础和临床转化研究提供有益的参考依据。     

干扰素调节因子8抑制辅助性T淋巴细胞17分化在白塞病发病机制中的作用

白塞病是一种主要表现为复发性口腔溃疡、生殖器溃疡、眼炎和皮肤损害的慢性系统性血管炎。白塞病发病机制尚不明确,可能是遗传易感个体在感染或环境等因素触发下发生的自身免疫性疾病,辅助性T淋巴细胞17（Th17）在白塞病发病过程中有重要作用。干扰素调节因子8（IRF8）可抑制Th17分化,从而抑制Th17及白细胞介素17产生的炎性反应。基因组学研究提示,IRF8相关单核苷酸多态性位点是白塞病的风险基因位点。近年来,IRF8抑制Th17分化在白塞病发病机制中的作用已经成为研究热点。