AFP基因启动子区甲基化与其表达的关系

【目的】研究细胞系中AFP基因启动子甲基化模式与其基因表达的关系。【方法】应用RT-PCR方法检测人源HepG2、SMMC-7721肝癌细胞系和人成纤维细胞中AFP基因的表达,应用甲基化特异性聚合酶链反应（MS-PCR）法和亚硫酸氢盐-DNA测序法检测AFP基因启动子甲基化密度及特定位点的甲基化水平。【结果】HepG2细胞高表达AFP,AFP基因启动子非甲基化程度较高;SMMC-7721细胞低表达AFP,AFP基因启动子部分甲基化;正常细胞不表达AFP,AFP基因启动子甲基化程度很高;位于AFP全基因组序列-2494bp,-2431bp处的两个CG位点有可能作为肝癌的检测位点。【结论】AFP基因启动子甲基化程度与基因表达水平存在负相关,AFP基因沉默与其启动子甲基化有关,AFP基因启动子低甲基化可能是AFP高表达的分子机理。     

丙型肝炎病毒核心蛋白对Wnt信号抑制因子SFRPs甲基化修饰的影响

目的 探讨丙型肝炎病毒核心蛋白是否通过对Wnt信号抑制因子SFRPs的甲基化修饰,从而活化Wnt信号通路.方法 将编码HCV核心蛋白的腺病毒(AdCore)或GFP对照腺病毒(AdGFP)感染SMMC-7721细胞,采用逆转录PCR(RT-PCR)方法检测SFRPs基因mRNA的表达;用5-氮杂-2′-脱氧胞苷(DAC)对AdCore或AdGFP腺病毒感染的SMMC-7721细胞进行去甲基化处理,进一步采用甲基化特异性PCR (MSP)和DNA甲基化测序,检测SFRPs基因启动子区CpG岛的甲基化程度,Western blot检测甲基化转移酶Dnmts的表达.结果 在HCV核心蛋白过表达的SMMC-7721细胞系中,SFRP2和SFRP5基因mRNA的表达量与对照组相比明显降低(P＜0.05);甲基化分析结果表明:SFRP5基因启动子区CpG岛呈现高甲基化修饰;甲基化转移酶Dnmt1、Dnmt3a表达量增加(P＜0.05).结论 HCV核心蛋白可以促进SFRP5基因启动子区CpG岛的甲基化修饰,参与HCV相关疾病的发生.     

Analysis of methylation statue of low density lipoprotein receptor gene promoter in patients with acute ST segment elevated myocardial infarction.

目的 分析急性ST段抬高心肌梗死(STEMI)患者低密度脂蛋白受体(LDLR)基因启动子区CpG岛甲基化修饰程度.方法 选择经急诊确诊的STEMI患者48例(STEMI组),立即抽取静脉血查血脂和保存用于DNA提取;以健康人群36例为对照组,亚硫酸氢盐修饰后测序检测其LDLR基因启动子区甲基化程度.结果 STEMI组患者血清低密度脂蛋白(LDL)水平较对照组升高,在LDLR基因启动子区CpG岛(-383,-140)片段中所包含的7个CG位点均无发生甲基化.结论 STEMI患者血清LDL水平改变与LDLR基因启动子区CpG岛(-383,-140)的甲基化修饰无关.     

急性ST段抬高心肌梗死患者LDLR基因启动子区的甲基化修饰

目的分析急性ST段抬高心肌梗死(STEMI)患者低密度脂蛋白受体(LDLR)基因启动子区CpG岛甲基化修饰程度。方法选择经急诊确诊的STEMI患者48例(STEMI组),立即抽取静脉血查血脂和保存用于DNA提取;以健康人群36例为对照组,亚硫酸氢盐修饰后测序检测其LDLR基因启动子区甲基化程度。结果STEMI组患者血清低密度脂蛋白(LDL)水平较对照组升高,在LDLR基因启动子区CpG岛(-383,-140)片段中所包含的7个CG位点均无发生甲基化。结论 STEMI患者血清LDL水平改变与LDLR基因启动子区CpG岛(-383,-140)的甲基化修饰无关。     

AFP启动子调控增强型绿色荧光蛋白在人肝癌细胞中表达的研究

目的研究人0.3 kb的AFP启动子序列对EGFP在人肝癌细胞中表达的影响.方法通过设计含有特定酶切位点的引物,选择性地从人基因组中扩增出人甲胎蛋白启动子(AFP promoter)序列,分别构建含有AFP启动子序列和增强型绿色荧光蛋白(EGFP)及AFP启动子序列和DTA基因的真核表达载体pAF-EGFP、pAF- DTA;将pAF- EGFP转染HepG2、SMMC-7721及NIH3T3后进行荧光强度检测.结果转染pAF-EGFP质粒细胞的EGFP表达量在HepG2细胞中明显高于SMMC-7721、NIH3T3细胞,组间差异显著(P<0.01).结论 AFP启动子可以特异性地启动它后面的目的基因在AFP阳性的细胞中高效表达.     

BORIS通过表观修饰对人肝癌细胞SOCS3表达的调控

目的 探讨人肝癌细胞系中印记位点结合因子（BORIS）对细胞因子信号传导抑制因子-3（SOCS3）表达的调控方式。方法 通过实时荧光定量PCR（qRT-PCR）检测SOCS3 mRNA在肝癌细胞中的表达;Western blot检测敲低和过表达BORIS的肝癌细胞中SOCS3蛋白的表达;在敲低和过表达BORIS的肝癌细胞系中使用甲基化特异性PCR（MSP-PCR）,检测SOCS3基因启动子区域甲基化状态;通过UCSC数据库分析,找到SOCS3基因启动子区潜在的BORIS结合位点,使用染色质免疫共沉淀（ChIP）-实时定量PCR（ChIP-qPCR）探索内源性高表达BORIS细胞中BORIS在SOCS3启动子区的富集状况;通过ChIP-qPCR检测敲低和过表达BORIS对SOCS3启动子区组蛋白甲基化状态。结果 在肝癌细胞中SOCS3 mRNA表达较高,在敲低或过表达BORIS mRNA肝癌细胞中,SOCS3蛋白表达相应下调或上调,即在肝癌细胞中BORIS以正向调控的方式调控SOCS3蛋白质的表达;MSP-PCR实验显示在SMMC-7721和HepG2细胞SOCS3启动子为非甲基化,敲低BORIS不改变甲基化状态,Huh7细胞的SOCS3启动子区为甲基化状态,过表达BORIS后,SOCS3启动子区转变为非甲基化状态,但在HCCLM3中SOCS3启动子为非甲基化,过表达BORIS不影响甲基化状态;ChIP-qPCR表明在内源性高表达BORIS的细胞中,BORIS特异性结合在SOCS3启动子区;组蛋白甲基化检测结果表明,敲低BORIS减少了BORIS在SOCS3启动子区富集,同时减少该区域H3K4 me2,增加H3K27 me3,而在过表达BORIS的细胞中呈现相反的结果。 结论 BORIS作为一个表观遗传调控因子调控SOCS3基因启动子区的甲基化状态和组蛋白甲基化修饰,影响SOCS3的表达,进而参与肝癌发生发展的过程。     

原位移植人肝癌裸鼠模型AFP基因甲基化状态与其表达的关系

【目的】探讨原位移植人肝癌模型肝癌组织中，AFP基因启动子区的甲基化状态同其异常表达的关系。【方法】采用甲基化特异性PCR（MSP）和亚硫酸氢盐测序法（BSP）分析模型肝癌组织中AFP基因启动子区甲基化状态；RT-PCR及Western Blotting两种方法检测AFP基因在转录水平和翻译水平的表达情况。【结果】10例肝癌模型的肝癌组织均有AFP基因mRNA和蛋白的表达（100％），AFP基因启动子区部分CG位点发生异常甲基化，其中－2431、－2494两个位点低于正常对照（P〈0．01）。【结论】AFP基因启动子区甲基化程度与其表达成负相关（P〈0．01）。     

对TRAIL耐药的肝癌细胞caspase-8基因甲基化状态及其mRNA表达

目的研究肝癌细胞株HepG2和SMMC 7721对肿瘤坏死因子相关与凋亡诱配体(tumor necrosis factor-related apoptosis-inducing ligand, TRAIL)的敏感性与caspase-8基因启动子区5′CpG岛的甲基化状态和mRNA表达的关系及5′-氮-2′-杂脱氧胞苷(5-Aza-CdR)对TRAIL抗癌活性的影响.方法采用甲基化特异性PCR(methylation-specific PCR method, MSP)方法检测caspase-8基因5′CpG岛甲基化状态;采用RT-PCR方法检测caspase-8 mRNA表达;采用吖啶橙/溴化乙锭(AO/EB)染色方法检测细胞凋亡.结果 2株肝癌细胞均属TRAIL耐药细胞,caspase-8基因5′CpG岛均为非甲基化状态; 5-Aza-CdR即不能增加caspase-8 mRNA表达,亦不能提高肝癌细胞对TRAIL的敏感性.结论肝癌细胞对TRAIL的敏感性与caspase-8基因的甲基化状态及mRNA表达无关,5-Aza-CdR不能提高肝癌细胞对TRAIL的敏感性.     

长链游离脂肪酸对滋养细胞线粒体三羟基酰基辅酶A脱氢酶基因启动子区甲基化程度的影响

目的 探讨长链游离脂肪酸对胎盘滋养细胞线粒体β氧化循环长链三羟基酰基辅酶A脱氢酶(LCHAD)基因启动子区甲基化程度影响,以及对甲基化修饰的时间效应.方法 体外培养原代人绒毛滋养细胞及HTR-8/SVneo永久性人滋养细胞,研究组采用长链游离脂肪酸孵育滋养细胞(LC-FFA组),并以短链游离脂肪酸(SC-FFA组)和中链游离脂肪酸(MC-FFA组)作为不同链长游离脂肪酸对照组,空白对照组无脂肪酸(F-FFA组).分别在孵育24、48及72 h收集细胞并提取DNA.在LCHAD基因转录起始位点上游2 000 bp区域内序列预测CpG岛位置,设计甲基化检测位点和引物.采用Sequenom MassArray甲基化DNA定量分析平台检测不同组CpG岛各CpG位点的甲基化程度后进行各甲基化位点和CpG岛的统计学分析.结果 (1)在LCHAD基因转录起始位点上游2 000bp区域内的17个CpG位点中获得11个位点(65％)的甲基化程度,8个为单独位点,3个为复合位点(-984、-960、-899、-853、-811、-796、-774、-727、-615、-595、-579).在不同研究组中每个位点的甲基化变化程度各不同,其中-899位点变化最明显.(2)LCHAD基因启动子区CpG岛甲基化程度变化分析:①长、中链游离脂肪酸对LCHAD基因启动子区CpG岛甲基化程度影响伴随时间的延长呈现升高趋势:LC-FFA组孵育72 h(0.55±0.08)比孵育48 h(0.35±0.12)及24 h(0.31±0.04)均明显升高(P＜0.05),48 h虽比24 h升高,但差异无统计学意义(P＞0.05).MC-FFA组孵育72 h(0.44±0.05)比孵育24 h(0.31±0.04)明显升高(P＜0.05).②不同链长游离脂肪酸在不同作用时间影响LCHAD基因启动子区CpG岛甲基化程度比较:LC-FFA组孵育72 h的甲基化程度比MC-FFA、SC-FFA组及F-FFA组的72、48及24 h均明显升高(P＜0.05).(3)作用72 h游离脂肪酸对LCHAD基因启动子区11个CpG位点甲基化程度影响比较:在LC-FFA组和MC-FFA组-899位点甲基化程度明显高于其他位点(P＜0.05).(4)长链游离脂肪酸对LCHAD基因启动子区-899位点甲基化程度影响伴随时间的延长呈现升高趋势(P＜0.05).LC-FFA组孵育72 h比MC-FFA、SC-FFA组及F-FFA组的72、48及24 h均明显升高(P＜0.05).结论 长链游离脂肪酸比中链和短链游离脂肪酸呈现较大的滋养细胞LCHAD基因启动子区甲基化的修饰作用,并伴随作用时间延长表现出明显的时间依赖效应;甲基化程度改变主要发生在LCHAD基因启动子区-899位点.     

甲基化CpG岛扩增联合代表性差异分析方法在筛查人非小细胞肺癌组织中高甲基化修饰序列的应用

目的探讨甲基化CpG岛扩增联合代表性差异分析(MCA/RDA)方法在筛查人非小细胞肺癌(NSCLC)组织中高甲基化修饰序列的应用。方法以92对NSCLC和癌旁对照组织DNA为研究对象,应用MCA/RDA方法筛查肺癌组织DNA中高甲基化修饰的CpG岛序列。应用反转录聚合酶链反应(RT-PCR)和甲基化特异性PCR(methylation-sensitive PCR,MSP)技术,分析胰岛素样生长因子结合蛋白(IGFBP-4)基因启动子区CpG岛的甲基化修饰与基因表达的相关性。结果获得5个经Slot Blot验证在肺癌组织中高甲基化修饰的CpG岛序列(IGFBP-4、KLK10、ADAM23、GADD45G和DUOX1)。甲基化抑制剂5-aza-2’-deoxycytidine处理NSCLC细胞可明显上调IGFBP-4基因的表达。在41例(44.6%)癌组织中检测到IGFBP-4表达水平显著低于癌旁对照组织。47例(51.1%)癌组织检测到IGFBP-4高甲基化显著高于癌旁组织的检出率(16.3%,15/92;P<0.001)。IGFBP-4高甲基化与基因表达呈负相关(r=-0.396,P<0.001)。IGFBP-4高甲基化与TNM分期(P=0.013)和淋巴结转移(P=0.022)相关。结论应用MCA/RDA方法筛查到5个在NSCLC组织中高甲基化修饰的CpG岛序列,并证实IGFBP-4启动子区CpG岛的高甲基化可能通过抑制基因的表达参与了NSCLC的发生。     

肝癌细胞系中SLIT2、DAPK、RIZ1、CHFR、EDNRB、3-OST-2基因甲基化状态

目的 了解SUN449、BEL-7402、SMMC-7721、Hep3B和HepG2 5种肝癌细胞系中SLIT2、DAPK、RIZ1、CHFR、EDNRB和3-OST-2 6种基因启动子区域甲基化状态.方法 体外培养以上5种肝癌细胞系,应用甲基化特异性PCR(MSP)技术,检测5种肝癌细胞系SLIT2、DAPK、RIZ...     

Gankyrin在肝癌细胞系中的表达

目的检测肝癌细胞系中癌基因Gankyrin的表达。为在肝癌细胞中对Gankyrin基因进行RNA干涉研究的体外实验筛选靶细胞。方法对肝癌细胞系HepG2、SMMC-7721、HHCC进行逆转录聚合酶链反应（RT—PCR）及Western blotting检测。结果Gankyrin基因在3种肝癌细胞系中均有表达。结论多种肝癌细胞系中均有Gankyrin基因的表达，HepG2、SMMC-7721、HHCC均可作为阳性靶细胞，进行Gankyrin基因的RNA干涉研究。     

多罗清泰颗粒对人肝癌细胞株信号转导基因表达的影响

目的观察多罗清泰颗粒对人肝癌细胞株SMMC-7721信号转导基因表达的影响。方法体内抑瘤实验研究多罗清泰颗粒对小鼠肝癌移植瘤生长的影响;采用中药血清药理学方法和基因芯片技术,分析多罗清泰含药血清对人肝癌细胞株SMMC-7721信号转导基因表达的影响。结果多罗清泰颗粒能显著抑制小鼠肝癌移植瘤生长,抑制率为63%~67.8%。多罗清泰颗粒对所检测的99条信号转导基因中的68条基因表达具有显著影响,占所测基因的69%。其中,上调的基因为42条,下调的基因为36条。在多罗清泰颗粒小剂量处理组和大剂量处理组之间,SMMC-7721细胞信号转导基因表达则存在相当大的差异。结论多罗清泰颗粒能显著抑制肝癌细胞的生长,显著影响肝癌细胞信号转导基因的表达。     

５ 氮杂 ２′ 脱氧胞苷诱导肝癌细胞株ＳＬＩＴ２基因去甲基化的实验研究

目的：观察肝细胞癌（HCC）细胞株SUN449、BEL-7402、SMMC-7721、Hep3B及epG2中SLIT2基因在5-Aza-CdR作用后,其启动子区甲基化状态及表达的变化,探讨HCC细胞株中SLIT2基因调控规律及甲基化调节抑制剂5-Aza-CdR对SLIT2基因转录的影响。方法对上述 HCC 细胞株体外培养,MSP法检测 HCC 细胞株中 SLIT2启动子相关区域的甲基化状况。应用10 mmol／L浓度的5-Aza-CdR处理体外培养的5种HCC细胞后,MSP法检测用药前后细胞中SLIT2基因的甲基化状态,RT-PCR法检测用药前后细胞中SLIT2 mRNA的变化。结果 SLIT2基因在各细胞株中启动子区呈异常高甲基化状态,mRNA低表达。经过5-Aza-CdR处理后,SLIT2基因启动子区呈显著去甲基化状态,其mRNA表达增强。结论启动子区异常甲基化是HCC细胞SLIT2基因失活的主要原因之一,去甲基化制剂5-Aza-CdR能逆转SLIT2基因甲基化状态,从而调控SLIT2基因表达。     

HHIP基因启动子区甲基化在食管癌细胞系中的研究

目的 探索人食管癌细胞系Hedgehog信号通路相关基因的表达状况、HHIP基因启动子区甲基化状态与HHIP表达的关系.方法 采用RT-PCR方法检测5个食管癌细胞系Hedgehog信号通路SHH、PTCH1、SMO、HHIP和Gli的表达情况.用基于甲基化敏感酶和甲基化依赖酶酶切、并结合荧光定量PCR方法分析食管癌细...     

SATB1在不同侵袭潜能肝癌细胞株的表达

目的研究SATB1在不同侵袭潜能的人肝癌细胞株表达状况。方法分别用荧光定量PCR,RT-PCR,Western blotting及免疫荧光方法,检测人永生化肝细胞株HL-7702及肝癌细胞株HepG2、SMMC-7721、MHCC97L、MHCC97H、HCCLM3中SATB1的表达。结果相对于HL-7702,SATB1 mRNA在其余5种肝癌细胞株中都有较高程度的表达,其中高侵袭性HCCLM3、MHCC97H表达最高,MHCC97L次之,SMMC-7721、HepG2最低(P<0.001);Western blotting分析HepG2、SMMC-7721、MHCC97L、MHCC97H、HCCLM3肝癌细胞株的蛋白相对表达量分别为0.271±0.002;0.351±0.023;0.621±0.026;0.878±0.026;1.236±0.006,高侵袭性HCCLM3相当于HepG2的4.6倍(P<0.001);免疫荧光显示SATB1在5种肝癌细胞株的胞浆和胞核内均有分布,高侵袭性细胞株HCCLM3、MHCC97H表现强阳性染色。结论 SATB1在不同侵袭潜能肝癌细胞株中的表达有差异,与肝癌转移密切相关。     

DNA去甲基化药物对肝癌SMMC-7721细胞株IGF2印迹状态及表达的影响

目的:研究5-氮杂-2′-脱氧胞苷(5-Aza-CdR)对肝癌SMMC-7721细胞株IGF2印迹状态及表达的影响。方法:用终浓度为10μmol/L的5-氮杂-2′-脱氧胞苷处理培养的SMMC-7721细胞,不含5-Aza-CdR培养液培养的细胞作为对照组;IGF2基因的印迹状态使用PCR-RFLP方法检测;IGF2基因的表达使用半定量RT-PCR确定。结果:SMMC-7721细胞中IGF2基因处于母源印迹状态,为杂合子;5-氮杂-2′-脱氧胞苷处理后IGF2基因的mRNA表达量降低,电泳条带的半定量分析显示处理和对照之间的差异具有统计学意义(P<0.01),RFLP结果未见印迹丢失。结论:胞嘧啶去甲基化药物能够改变SMMC-7721细胞中IGF2的甲基化状态,降低IGF2mRNA的表达量,但并不引起IGF2基因完全失表达。