应用简并引物RT—PCR扩增锌指结构域筛选新基因

目的：应用简并引物RT－PCR扩增并克隆TF－ⅢA型锌指蛋白基因表达序称标签（EST）,以最终获得新的锌指蛋白基因,方法：分别用TPA和Hemin诱导人红白血病（HEL）细胞,提取总RNA。根据TF－ⅢA型锌指蛋白保守序列设计简并引物,并以之进行RT－PCR扩增,然后将其克隆到pGEM-T easy载体中测序,应用DNAsis软件分析序列并通过GenBankblast进行序列比较。结果：克隆并测序了30个扩增片段,22个是锌指蛋白基因的EST,其中17个是新的锌指蛋白基因EST。结论：应用简并引物RT－PCR克隆一些具有保守所酸顺序结构域的蛋白基因EST是可行的。并具有简便,高效等优点,此外,还可有目的地克隆一些具有重要功能结构域的蛋白质基因。     

联合PCR技术克隆白纹伊蚊漆酶型酚氧化酶基因及其生物信息学分析

目的测定白纹伊蚊漆酶型酚氧化酶的基因的全长序列并用生物信息学方法分析其结构和功能。方法从白纹伊蚊卵、幼虫、蛹、雌蚊、雄蚊中提取总RNA,逆转录后以总cDNA为模板,设计简并引物进行巢式PCR,扩增部分序列后设计新的特异性引物补全5’端序列,使用3’-RACE法补全3’端序列,拼接全长后进一步进行生物信息学分析。结果通过巢式PCR扩增出1145bp的核苷酸序列,测序后设计5’端序列的下游引物,扩增出约900bp的核苷酸序列,设计3’端的上游引物,配合3’RACE试剂盒扩增出约600bp的核苷酸序列,寻找重复序列将三段序列进行拼接,得到国内外从未获得的长2244bp、编码747个氨基酸序列的白纹伊蚊漆酶型酚氧化酶基因的全长序列。生物信息学分析其与白纹伊蚊的相似性最高,为含信号肽的跨膜蛋白,含3个Cu氧化酶超家族位点,属于蓝色多铜氧化酶家族。结论联合PCR技术的应用使较长长度的基因序列的扩增更为方便、准确。为进一步对其进行功能的研究奠定了基础。     

大肠杆菌色氨酸酶基因的克隆与表达

应用ＰＣＲ技术从Ｅ．ｃｏｌｉＪＭ１０５中扩增出长约１．４Ｋｂ的色氨酸酶基因,将其插入高表达载体ｐＥＴ３ａ的ＮｄｅＩ／ＢａｍＨＩ位点,转化Ｅ．ｃｏｌｉＢＬ２１（ＤＥ３）,构建高产色氨酸酶基因工程菌。ＳＤＳ－ＰＡＧＥ电泳和薄层扫描表明,工程菌色氨酸酶的表达量占细胞总可溶性蛋白的６９．８％。酶活测定结果表明,７株工程菌色氨酸酶的活力比宿主菌均有不同程度的提高,其中ＷＷ－１１号比宿主菌高１６倍。     

白藜芦醇合酶基因的克隆与植物表达载体的构建

目的 为获得含有白藜芦醇(Res)的转基因植物,进行了白藜芦醇合酶(RS)基因的克隆、植物表达载体构建的研究.方法 以葡萄为材料,从其叶片中提取基因组DNA,并以此DNA为模板,利用PCR法扩增得到RS基因,将此基因连接到克隆载体PGEM-T Vector,得到重组载体pT-RS;经酶切及测序鉴定后,将RS基因克隆到植物表达载体pB1121,得到重组载体pBI-RS,用PCR及酶切方法进行鉴定.结果 重组质粒pT-RS的测序结果表明,RS基因的片段大小为1.522 kb.将此片段正向插入植物表达载体pB1121的CaMV35s启动子和NOS终止子之间,对重组子进行PCR及酶切鉴定,均得到预期大小的片断,证明RS DNA与质粒pB1121已成功连接,植物表达载体pBI-RS构建正确.结论 成功扩增得到RS基因及成功构植物表达载体pBI-RS,为RS转基因生菜的研究奠定了基础.     

桂北五步蛇纤溶酶金属蛋白酶基因的克隆和序列分析

目的：克隆桂北五步蛇纤溶酶金属蛋白酶基因,并对其进行序列分析。方法：从桂北五步蛇毒腺中抽提总ＲＮＡ,采用一步法（ＲＴ－ＰＣＲ和ＰＣＲ在同一管内进行）扩增出纤溶酶金属蛋白基因,利用平端连接的方法将ＰＣＲ扩增产物克隆至ｐＧＥＭ－Ｔ Ｅａｓｙ载体,挑选白色菌落,用酶切和ＰＣＲ法对其进行鉴定,直接利用纯化ＰＣＲ产物进行测序或提取阳性菌落进行测序。结果：ＲＴ－ＰＣＲ和ＰＣＲ扩增得到一６００ｂｐ产物,并被克隆     

系列PCR方法检测淋巴细胞白血病克隆性基因重排的选择应用

以１次、半巢式及多重ＰＣＲ方法扩增５８例淋巴细胞白血病ＩｇＨ及ＴＣＲＶγＩ－Ｊγ克隆性基因重排。结果显示：多重ＰＣＲ和１次ＰＣＲ的敏感度为１０￣（－４）～１０￣（－５）水平；半巢式ＰＣＲ敏感度可达１０￣（－５）～１０￣（－６）水平。ＩｇＨ和ＴＣＲＶγＩ－Ｊγ重排阳性率为６７．２％和６２．０％；半巢式ＰＣＲ检测ＩｇＨ重排阳性率为７０．７％。上述结果表明：多重ＰＣＲ可同时检测两对目的基因，适于初治病例检测，而对缓解病例的检测则需采用敏感度较高的半巢式ＰＣＲ方法。     

实时荧光定量PCR与酶联定量PCR技术在 HBV-DNA载量检测中的比较研究

目的:比较实时荧光定量PCR(RQ-PCR)与酶联定量PCR(ELQ-PCR)技术在检测HBV感染血清HBV-DNA载量的灵敏度,精确性.为乙型肝炎临床抗病毒治疗和评价药物疗效提供可靠的依据.方法:应用RQ-PCR方法检测212例(4组)HBV感染者血清,ELQ-PCR方法检测228例(4组)HBV感染者血清.结果:RQ-PCR和ELQ-PCR方法检测HBV-DNA,其阳性检出率分别为HBsAg,HBeAg,HBcAb-IgG( )组100%和82.61%;HBsAg,HBeAb,HBcAb-IgG( )组90.63%和73.21%;HBsAg,HBcIgG,HBcAb-IgM( )组80.00%和57.58%;HBsAg,HB-cAb-IgG( )组70.15%和51.43%.HBV-DNA载量的阳性检出率,经统计学处理有显著性差异(P＜0.05).结论:RQ-CPR方法检测HBV-DNA载量在实时监测,节时快速,高灵敏,高精确度等方面都更优于ELQ-PCR.     

幽门螺杆菌尿素酶C基因的克隆表达及其免疫原性的鉴定

目的　利用 PCR方法扩增 Hp ure C基因 ,将其克隆入表达载体 p BV2 2 0中以表达 Hp ure C重组蛋白 ,并验证其抗原性和免疫原性 .方法　用 PCR方法从 Hp临床株中扩增Hp ure C基因 ,经 Eco R 和 Bam H 双酶切后克隆入 p GEM-3Zf(- )中 ,用全自动测序仪进行双向测序 .然后将目的片段克隆入表达载体 p BV2 2 0中 ,温度诱导表达 Hp ure C重组蛋白 .用 Western Blot实验验证表达蛋白的抗原性 ,用免疫动物实验验证其免疫原性 .结果　用 PCR方法从 Hp临床株中扩增得到了一段 1173bp的 Hp ure C基因片段 ,对其进行测序 ,经BL AST分析证明所得 DNA序列与 Hp标准菌株 M6 0 398的同源性为 95 % .通过温度诱导 ,获得了 Mr为 4 4× 10 3的 Hpure C重组蛋白质 .经 Western Blot实验和免疫动物实验证实表达的蛋白质有较强的抗原性和免疫原性 .结论　成功地在E.coli中表达了 Hp ure C重组蛋白并证明其有较强的抗原性和免疫原性 .     

等位特异PCR检测结核分支杆菌耐异烟肼基因katG突变研究

目的 建立等位特异多聚酶链反应检测结核分支杆菌耐异烟肼基因katG 突变的快速敏感检测方法。方法 利用在PCR时，3′端的碱基如果与模板DNA不配对，PCR扩增阴性的原理，根据我们对katG基因突变特点的研究结果，建立了AS－PCR检测katG基因突变的方法。结果 AS－PCR检测结核菌耐异烟肼相关基因katG的敏感性为85％，特异性达90％。15株经测序证实有katG突变的菌株，AS－PCR检测均为阳性。二者的符合率为100％。与PCR－SSCP检测的总符合率为88％，阳性符合率81．0％，阴性结果的符合率为93．1％。检测试验可在数小时内完成。结论 AS－PCR方法是检测结核菌耐异烟肼基因突变的敏感方法，可为临床医师提供判断结核菌对异烟肼是否敏感的依据。     

重叠PCR克隆Exendin-4的基因及序列分析

目的克隆Exendin-4 39肽氨基酸序列基因编码区cDNA。方法根据Exendin-4氨基酸序列编码cDNA,设计正、负向引物/模板链,利用重叠延伸PCR法扩增出Exendin-4编码区基因DNA片段;将获得的基因片段插入pGEM-T-Easy质粒中;转化到大肠杆菌DH5α后挑选阳性克隆,利用限制性内切酶及核苷酸序列分析技术鉴定重组质粒。结果经质粒DNA酶切分析及序列测定,获得了Exendin-4 DNA片段序列。结论本研究成功克隆了Exendin-4 cDNA,为下一步构建Exendin-4真核表达载体打下基础,也为Exendin-4基因治疗糖尿病提供了前提条件。     

巢式PCR在乙肝病毒X基因检测中的应用

目的 :探讨巢式PCR方法在乙肝病毒X基因 (HBVX)检测中的意义。方法 :随机抽取中国医学科学院肿瘤医院 1 998年 1月至 2 0 0 0年 1 2月的 8例HCC标本石蜡切片 ,提取组织DNA ,应用巢式PCR法进行HBVX基因检测。结果 :在 8例标本中 ,7例在 2 0 0bp～ 30 0bp处出现条带 ,大小符合引物设计HBVX基因 ,检出率为 87.5 %。结论 :应用巢式PCR法进行HBVX基因检测具有方法简单、敏感性高等特点 ,可用于石蜡切片等少量标本的检测。     

巢式PCR在乙肝病毒X基因检测中的应用

目的:探讨巢式PCR方法在乙肝病毒X基因(HBV X)检测中的意义.方法:随机抽取中国医学科学院肿瘤医院1998年1月至2000年12月的8例HCC标本石蜡切片,提取组织DNA,应用巢式PCR法进行HBV X基因检测.结果:在8例标本中,7例在200 bp～300 bp处出现条带,大小符合引物设计HBV X基因,检出率为87.5%.结论:应用巢式PCR法进行HBV X基因检测具有方法简单、敏感性高等特点,可用于石蜡切片等少量标本的检测.     

巴斯德杆菌属CODEHOP PCR检测方法的建立与初步应用

目的建立巴斯德杆菌的CODEHOP PCR快速检测方法,为实验动物的呼吸道细菌的控制提供参考。方法应用CODEHOP在线简并引物设计工具,比对Genbank中13株巴斯德杆菌的RNA聚合酶β亚基(rpo B)氨基酸序列设计简并引物。对建立CODEHOP PCR方法用21株参考菌株进行特异性和敏感性评价,并应用于实验动物中的巴斯德杆菌检测。结果简并引物Past F6/PastR5扩增标准菌株的目的片段为200 bp左右。能够区分受试的巴斯德杆菌和主要的实验动物呼吸道病原菌。敏感性为0.2 pg/μL~2 pg/μL。在受试的609只实验动物中呼吸道样品中检测出巴斯德杆菌阳性率为19.1%。样品阳性片段经测序验证,准确率为100%。结论所建立的方法具有良好的特异性和敏感性,可用于动物样品中巴斯德杆菌的检测。     

简并引物在克隆盐藻热休克蛋白70基因家族中的应用

目的：利用简并引物扩增盐藻热休克蛋白70(hsp70)家族。方法：根据衣藻、矮牵牛花等真核生物hsp70氨基酸高度保守序列didlgtt，dqgnrttp，payfnds和ATKDAG设计2对简并引物，以盐藻hsp70 cDNA为模板进行巢式PCR扩增，产物经T-A克隆转化至JM109大肠杆菌中，经筛选后测序，将测序结果推导成氨基酸序列进行同源性分析。结果：得到2个分别为372bp和354bp编码126及118个氨基酸残基的部分cDNA片段。推导的氨基酸序列与衣藻、矮牵牛花、番茄、果蝇和酵母hsp70和hsp70b比较有高度同源性。结论：所克隆的序列为盐藻hsp70和hsp70b部分cDNA片段。利用简并引物筛选cDNA文库是克隆基因家族重要的方法。     

白血病相关新基因克隆的研究进展

白血病的发生、发展与其相关基因的结构及功能异常密切相关,克隆白血病相关新基因有助于深入阐述白血病发生、发展的分子生物学机制,为白血病的诊断和治疗奠定基础。目前克隆新基因全长的方法主要有cDNA文库筛选法、cDNA末端快速扩增法、反向PCR和锅柄PCR、基于表达序列标签的全长cDNA电子克隆,用这些方法克隆的新的白血病相关新基因有ZFP91、HV126、白血病复发相关候选基因、急性白血病预后风险因子1、混合性白血病融合基因。     

人趋化因子ELC的克隆与表达

目的克隆人趋化因子ELC基因,表达并初步纯化ELC融合蛋白.方法从扁桃体中提取总RNA,再进行RT-PCR,扩增ELC成熟蛋白基因,并在5′和3′分别添加NcoⅠ和EcoRⅠ酶切位点,通过这两个酶切位点重组于pET32a( )载体上,转化E.coli DH5α,筛选阳性克隆,酶切鉴定,DNA测序检测插入序列的正确性,缺失突变获得ELC天然蛋白表达载体pET32a( )/ELC,SDS-PAGE分析其表达,Western blot验证融合蛋白.大量表达并初步纯化ELC融合蛋白.结果成功克隆了ELC基因,表达并初步纯化得到ELC融合蛋白.结论构建的ELC硫氧还蛋白融合表达载体以可溶性蛋白的方式表达ELC硫氧还蛋白.     

用PCR法从大肠杆菌K12菌株中克隆tyrB基因

用PCR法从大肠杆菌K12菌株中调出一个长约1.2 kb的DNA片段,该片段插入pKK233-2表达载体后转化tyrB~-菌JP4282,得到3株tyrB~ 菌,从3株tyrB~ 菌中提取的质粒可用限制性内切酶切出一个1.2 kb长的插入片段,证明该片段具有tyrB基因活性。     

基因组简并寡核苷酸引物聚合酶链反应的影响因素

目的:对影响现有微量基因组扩增方法--简并寡核苷酸引物聚合酶链反应(degenerate oligonucleotideprimed PCR,DOP-PCR)的因素进行探讨.方法:针对现有DOP-PCR扩增过程中存在的影响产物产量和特异性的因素进行分析,分别从不同的DNA模板来源、模板梯度稀释与否以及DOP-PCR扩增产物是否采用低熔点胶回收去除干扰分析的小片段等方面进行研究,最后以特异性基因(FTCD和CBS)PCR扩增的结果作为评价指标,了解上述因素对DOP-PCR扩增的影响.结果:以小鼠单个卵细胞基因组为模板与以肝基因组DNA为模板相比,在产量上前者明显低于后者,特异性上两者相当.小鼠肝基因组DNA梯度稀释作为模板进行扩增的结果没有明显差异.与未经低熔点胶回收的DOP-PCR产物相比,经低熔点胶回收的DOP-PCR产物在常规PCR扩增反应中得到的产物特异性更好.结论:应用DOP-PCR方法进行扩增时,小鼠单个卵细胞可以用来进行DOP-PCR的扩增从而用于对特异性基因的检测,但是在扩增产量方面需要进一步的改进或优化.对现有DOP-PCR反应进行产物低熔点胶回收纯化,能够增加产物的特异性,效果满意.     

大鼠肝脏F蛋白基因的克隆和表达

目的获得大鼠肝脏F蛋白基因克隆(F-protein’s cDNA);利用原核(大肠杆菌)表达系统表达大鼠肝脏F蛋白。方法提取大鼠肝脏总RNA,对其进行反转录和PCR(RT-PCR)扩增出目的基因(F-protein’s cDNA),然后将其与pUCm-T载体进行连接获得克隆质粒pUCm-T-F并转化到大肠杆菌DH5α中;将测序结果正确的克隆片断重新与表达载体pET-15b连接,获得F抗原表达质粒pET15b-F并将其转化到表达菌株BL21(DE3)pLysS中,用1mmol/L IPTG诱导其表达。结果RT-PCR扩增出的目的基因(F-protein’s cDNA),经测序证明与Gene-bank上提供的F蛋白cDNA序列完全一致;表达后的全菌蛋白进行SDS-PAGE电泳检测,目的蛋白分子量大小约为43 kD,与预期值相符,表达量可达全菌总蛋白量的40%。结论表达的目的蛋白经His-tag柱进行亲和层析纯化,SDS-PAGE检测得到了不含其他杂蛋白的单一F蛋白条带,与豚鼠抗人F蛋白抗血清反应成阳性,说明我们经基因工程方法得到的纯化的F蛋白有免疫活性。     

低氧诱导因子-1α的基因克隆

目的克隆低氧诱导因子-lα(HIF-1α)cDNA,为进一步研究HIF-1α基因在肿瘤基因治疗中的作用提供依据。方法从健康成人外周血液中提取总的RNA,利用特异性引物,用两步法进行RT-PCR扩增出约2500 bp的HIF-1αcDNA,与T载体连接后转化感受态细胞DH5α,建立HIF-1α的cDNA克隆。结果RT-PCR产物进行琼脂糖凝胶电泳,可见一条清晰特异扩增带,长2500 bp;cDNA经酶切鉴定证实为人低氧诱导因子1α基因。结论成功克隆HIF-lαcDNA,为进一步研究HIF-1α奠定了基础。