唐氏综合征患儿外周血全基因组miRNA表达谱及染色体分布研究

目的：分析唐氏综合征（Down syndrome,DS）患儿与健康儿童外周血单个核细胞miRNA表达谱及其染色体分布特征。方法：采用Illumina测序技术分别对6例DS患儿（DS组）和6例健康儿童（对照组）外周血单个核细胞全基因组miRNA表达谱进行差异表达和染色体分布特征分析,并用Stem-loop qRT-PCR对差异表达miRNA的测序结果进行验证。结果：两样本共表达911个miRNA,编码于738个miRNA基因,在两样本中的染色体分布趋于一致,但表达丰度染色体分布却不同,DS组主要分布于7、13和21号染色体,而对照组主要分布于7和13号染色体。此外,911个miRNA中有114个miRNA在两样本中差异表达显著（差异倍数≥2且P≤0.001）,其中DS组有103种高表达,包括21号染色体编码的5个miRNA（miR-99a、let-7c、miR-125b、miR-155和miR-802）;11种低表达。结论：DS患儿外周血单个核细胞具有其特定的miRNA表达谱和染色体分布特征,两样本表达丰度差异分布染色体编码miRNA的差异表达可能与DS患者免疫缺陷等相关临床症状的形成有关。     

唐氏综合征胎儿21号染色体上新微小RNA基因的鉴定和功能分析

目的：利用Solexa高通量深度测序技术鉴定21号染色体上新的微小RNA(miRNA)基因,为阐明21号染色体功能、探索唐氏综合征(DS)患者新的治疗靶点提供依据。方法：收集5例经染色体核型分析诊断为DS胎儿的脐带血和3例正常胎儿脐带血,分析染色体核型;提取胎儿脐带血单个核细胞总RNA,构建小RNA文库,采用Solexa高通量深度测序、计算机分析、Stem-loop RT-PCR法鉴定 miRNA基因并分析其生物学功能。结果:血染色体核型分析,5例DS胎儿脐带血显示DS标准核型,3例正常胎儿脐带血显示正常核型;在DS胎儿脐带血中共发现21个新miRNA,其中仅1个候选miRNA来源于21号染色体,位于21号染色体的“DS关键区域”,命名为“miR-nov21”,后者在DS胎儿脐带血单个核细胞中表达水平高于正常胎儿。生物学功能分析,miR-nov21可调节211个靶基因共215个位点,与基因的表达、细胞分化的调节、胚胎形态的发生和心脏的发育有关。结论: 21号染色体“DS关键区域”存在1个新的miRNA基因--miR-nov21。     

唐氏综合征胎儿脐带血单个核细胞microRNA差异表达研究

目的检测唐氏综合征(Down syndrome,DS)胎儿和正常胎儿脐带血单个核细胞全基因组microRNA(miRNA)的差异表达。方法运用Solexa高通量测序技术对6例DS胎儿(DS组)和6例正常胎儿(对照组)脐带血单个核细胞miRNA表达水平进行检测,比较分析2组miRNA表达的差异,并用Stem-loop qRT-PCR对Solexa测序结果进行验证。结果 2组样本显著性差异表达miRNA有167种,8种miRNA在DS组样本中表达上调,159种miRNA表达下调;还有38种和139种miRNA分别特异性表达于DS组和对照组样本中;21号染色体上5个miRNA,除miR-802在DS组中高表达外,miR-99a、let-7c、miR-125b和miR-155均低表达。结论 DS胎儿和健康胎儿脐带血单个核细胞miRNA的表达差异显著,可能与DS胎儿免疫系统的发育缺陷及DS胎儿循环T、B淋巴细胞数目的减少有关;差异显著和特异性表达的miRNA可作为DS胎儿潜在的产前筛查诊断指标。     

唐氏综合征胎儿羊水外泌体miRNA差异表达谱分析

目的 探讨胎儿羊水外泌体中miRNA在唐氏综合征（DS）胎儿生长发育中的作用。方法 收集DS胎儿羊水和正常胎儿羊水,分别提取羊水外泌体 miRNA。设置对照组：正常胎儿羊水外泌体 miRNA;DS 组：DS 胎儿羊水外泌体 miRNA。运用miRNA测序技术筛选出两组中差异表达的miRNA,并对差异表达的miRNA进行靶基因预测及功能分析（GO）和信号通路分析。从差异表达的miRNA中挑选3个与DS表型最相关的miRNA进行qPCR验证。通过双荧光素酶报告基因技术验证let-7d-5p对BACH1的靶向调控作用。结果 和对照组相比,DS组中存在15个差异表达的miRNA,其中表达上调的miRNA有7个,表达下调的miRNA有8个。靶基因预测结果发现差异表达的miRNA可以靶向调控17种与DS相关的基因。GO分析发现靶基因主要功能与蛋白结合、蛋白转运、ATP结合、转移酶活性、突触等有关。Pathway通路分析发现富集显著的功能通路与神经系统发育有着密切的联系。qPCR验证结果发现与对照组相比,DS组中miR-140-3p、let-7d-5p水平显著降低（P<0.05）,与测序结果一致;而DS组中miR-4512水平较对照组显著增加（P<0.05）,与测序结果相反。双荧光素酶报告基因检测结果证实let-7d-5p可靶向调控BACH1的表达。结论 羊水外泌体let-7d-5p可能通过调控BACH1的表达促进DS胎儿大脑氧化应激事件。     

肾透明细胞癌相关特异miRNAs的筛选及分子网络调控机制分析

目的 miRNAs(microRNAs)是肿瘤重要的调节因子,对细胞增殖、细胞周期的控制、逃避细胞凋亡、组织侵袭及转移、血管形成、无限复制潜力均起到重要的调节作用。文中对肾透明细胞癌(clear cell renal cell carcinoma,ccRCC)与癌旁正常肾组织的差异miRNAs表达谱进行分子网络调控机制分析,找到关键miRNA并验证其靶基因。方法通过TargetScan预测得到差异miRNA调控的所有靶基因,并在筛选后利用GO显著性功能分析和KEGG Pathway显著性分析,构建差异miRNA与靶基因的调控网络。筛选关键miRNA及其靶基因,对miR-199a-5p调控的靶基因进行验证。结果 miR-22、miR-199a-5p、miR-429是调控网络的关键miRNA。转化生长因子β受体1(transforming growth factor-βreceptor 1,TGFBR1)、jun B原癌基因(jun B proto-cologene,JunB)是miR-199a-5p的靶基因。结论 miR-199a-5p通过抑制TGFBR1、JunB的表达在ccRCC进展过程中起到重要的调控作用。     

高尿酸血症患者外周血miRNA表达谱的分析及ceRNA网络构建

目的:探讨高尿酸血症(HUA)患者外周血miRNA表达谱及ceRNA网络构建。方法:对5例HUA患者及5名体检健康者外周血单个核细胞miRNA表达水平进行检测并测序,筛选出差异表达的miRNA分子。利用miRwalk、miRBD、miRTarBase和targetscan数据库预测miRNA的靶基因;circbank数据库预测circRNA-miRNA的靶向结合关系。通过DAVID和Metascape数据库对靶基因的基因功能和通路富集分析。利用Cytoscape构建主要信号通路的circRNA-miRNA-mRNA调控网络。结果:在HUA患者与体检健康者中,共发现47种已知miRNA和4种新miRNA差异表达,其中已知差异表达miRNA有25种上调,22种下调。差异表达miRNA的靶基因主要富集在癌症和细胞衰老相关信号通路。基于ceRNA理论构建的癌症相关信号通路circRNA-miRNA-mRNA调控网络,涉及96个circRNA节点、13个miRNA节点及212个mRNA节点。结论:HUA患者外周血miRNA表达谱与健康体检者存在差异,且差异表达miRNA靶基因与癌症的发生发展密切...     

胃癌SGC7901细胞长春新碱耐药性相关miRNA的初步分析

目的 探讨胃癌SGC7901细胞对长春新碱(VCR)化疗药物耐药相关的微小RNA(miRNA),并预测异常表达miRNA的靶基因.方法 体外培养胃癌SGC7901细胞和胃癌VCR耐药细胞SGC7901/VCR;提取总RNA并质检,采用miRNA 8.0微阵列芯片检测分析miRNA表达谱;荧光定量RT-PCR(qRT-PCR)验证差异表达的miRNA,生物信息学分析软件预测可能调控的靶基因;采用Western blot方法检测靶基因的蛋白表达水平.结果 芯片检测发现,SGC7901和SGC7901/ VCR细胞中63个异常表达的miRNA;其中miR-1267、miR-221、miR-223、miR-200c、miR-99a表达显著性上调;miR-122、miR-1246、miR-302a、miR-195、miR-124表达显著性下调.在胃癌细胞和胃癌组织中验证结果初步显示,miRNA-122和miR-302a可能分别调控靶基因IGF-IR和WDR62.结论 获得的差异表达miRNA,以及预测的靶基因IGF-IR和WDR62可能在胃癌化疗药物VCR耐药中起关键性作用.     

颅骨缺损山羊模型中miR-196b调节破骨细胞分化的作用机制

目的 研究miR-196b在调节破骨细胞分化过程中的作用机制。方法 通过构建山羊颅骨缺损模型，分别选取颅骨缺损山羊的颅骨组织和发育正常山羊的颅骨组织作为样本。将收集样本进行基因测序分析，得到两样本中明显差异表达的miRNAs。以这些差异表达的miRNA为对象进行KEGG pathway功能分析，并通过靶基因预测软件预测miR-196b的靶基因，研究miR-196b在破骨细胞分化过程中的作用及其与靶基因的关系。结果 miR-196b在颅骨缺损组中呈高表达（P<0.05），两样本中差异表达的miRNA在破骨细胞分化通路中富集，miR-196b调控的靶基因参与破骨细胞分化的调控通路。结论 高表达的miR-196b参与破骨细胞分化通路中对AKT、JNK、STAT2等靶基因的调控过程。其作用可能对骨组织的代谢产生影响。     

微RNA在乙型肝炎病毒感染不同时期表达谱的变化及其意义

目的探究微RNA(miRNA)在乙型肝炎病毒感染不同时期表达谱的变化及其意义。方法选取2012年3月至2014年1月于临高县人民医院就诊的乙型肝炎病毒(HBV)感染者200例,其中急性乙型肝炎、慢性乙型肝炎、肝硬化、肝癌患者和健康对照组各50例,提取外周血中单个核细胞后,分离信使RNA,采用RNA-DNA嵌合探针液态芯片技术检测miR-20a、miR-21、miR-31、miR-145、miR-222、miR-191、miR-371、miR-223、miR-126的表达水平。结果不同时期HBV感染者外周血单个核细胞中miR-21、miR-31、miR-145、miR-222、miR-191、miR-371的表达水平比较,差异无统计学意义;miR-20a的表达水平随HBV感染的发展而升高,miR-126随HBV感染的发展而降低,miR-223在急性乙型肝炎中的表达水平最高(15.44±8.52),在肝癌组中的表达水平最低(6.87±2.11),差异均有统计学意义(P<0.05)。结论 HBV感染发展不同时期的miRNA表达谱是不同的,通过检测相关miRNA的表达,可以为HBV感染的慢性化发展提供一个新的研究视角。     

糖尿病小鼠心肌组织microRNA表达谱分析

目的 观察中晚期糖尿病模型小鼠心肌组织microRNA（miRNA）表达,对差异miRNA调控的靶基因进行初步预测.方法 15只C57小鼠经腹腔一次性注射链脲佐菌素（STZ）建立糖尿病小鼠模型（模型组,n=15）,以10只未建模小鼠作为对照组.建模后8周末,超声心动图检测小鼠心脏功能指标,包括左室射血分数（EF）、左室短轴缩短率（FS）和左心室质量指数（LVWI）.动物处死后留取并制备心肌组织标本,HE染色光学显微镜观察心肌细胞形态,并结合相关软件定量分析心肌细胞面积改变;采用微距阵基因芯片技术筛选糖尿病模型小鼠心肌组织差异表达的miRNA,Real-Time PCR验证结果,并对差异miRNA调控的靶基因进行生物信息学分析.结果 建模8周末,超声心动图检测显示,模型组小鼠EF和FS明显小于对照组,LVWI显著大于对照组;差异均有统计学意义（P〈0.05）.组织学观察发现,模型组小鼠心肌细胞肥大明显.基因芯片检测并经Real-Time PCR验证发现,模型组小鼠心肌组织中有16个差异表达的miRNA,其中miR-195、miR-199a-3p、miR-700、miR-142-3p、miR-24、miR-21、miR-221、miR-499-3p、miR-208a、miR-705表达上调,miR-29a、miR-1、miR-373、miR-143、miR-20a、miR-220b表达下调.生物信息学分析发现,差异miRNA调控的靶基因与细胞增殖、凋亡、糖代谢及血管生成等生物学功能相关.结论 STZ诱导的中晚期糖尿病模型小鼠心肌组织miRNA表达谱发生明显改变,提示miRNA可能参与糖尿病心肌损伤过程.     

慢性心力衰竭患者血浆miRNA表达谱分析

目的：对慢性心力衰竭(CHF)患者的血浆miRNA进行二代测序,探讨CHF患者血浆中miRNA的表达差异。方法收集2013年7月至2015年6月间在北京大学深圳医院治疗的40例CHF患者和10例健康对照个体,应用第二代高通量测序技术对其血浆miRNA进行测序,寻找差异表达的miRNA。另收集同期CHF患者和健康对照个体各96例,用逆转录-实时荧光定量聚合酶链反应对差异表达的miRNA进行验证。结果与健康对照者相比,高通量测序显示在CHF患者的血浆中miR-184、miR-651-5p、miR-130b-5p、miR-203a-3p、miR-548e-3p和miR-106a-5p的表达水平存在显著上调,miR-31-5p和miR-5091的表达水平存在下调,逆转录-实时荧光定量聚合酶链反应检测血浆miRNA的表达差异与高通量测序的结果相符。结论 CHF患者的血浆miRNA与健康个体的表达谱存在差异,差异表达的miR-184、miR-651-5p、miR-130b-5p、miR-203a-3p、miR-548e-3p、miR-106a-5p、miR-31-5p和miR-5091或许与CHF的发生有关。     

miRNA-140-5p在人骨髓间充质干细胞成脂分化中的表达及其靶基因的预测

目的 筛选出人骨髓间充质干细胞(hMSCs)成脂分化中具有潜在价值的miRNA及其靶基因,为人类成骨细胞与脂肪细胞分化平衡调控机制的深入研究提供有力实验依据.方法 收集hMSCs成脂分化过程中的0、7、14、21 d的细胞样品,应用miRNA芯片和转录组测序(mRNA-seq)技术,分析4个点细胞中miRNA和mRNA的表达水平,并将miRNA与mRNA的表达趋势进行关联分析,聚焦具有研究价值的miRNA与mRNA相互调控关系,同时,采用TargetScan、PicTar和miRanda等数据库进行靶基因的预测.结果 发现miR-140-5p在成脂分化中表达量呈逐渐下降的趋势,而白血病抑制因子受体(LIFR)表达量呈逐渐升高趋势,二者呈现负调控的对应关系.同时经3个靶基因数据库预测,LIFR为miR-140-5p共有的靶基因.结论 miRNA-140-5p可能与人骨髓间充质干细胞的成脂分化密切相关,且通过调控其靶基因LIFR的表达而参与成脂分化.     

日本血吸虫感染小鼠肝星状细胞差异表达microRNA的鉴定

目的 筛选并验证在感染日本血吸虫小鼠肝星状细胞(hepatic stellate cells,HSCs)中差异表达的microRNA(miRNA)。方法 12只6周龄的BALB/c雄性小鼠随机分为正常对照组和感染日本血吸虫组,其中对照组3只,感染组9只。采用Ⅳ型胶原酶体外灌注、密度梯度离心和CD11b磁珠阴性分选相结合的方法,分离小鼠肝脏中的原代HSC。取正常小鼠和感染血吸虫后第42天、49天、56天小鼠的原代HSC样本进行miRNA高通量测序,筛选感染后差异表达的miRNA,并利用定量PCR（quantitative PCR, qPCR）技术验证测序结果。结果 通过miRNA测序,筛选出感染后HSC中差异表达的宿主miRNA共89条,其中75条表达上调,14条表达下调;qPCR验证部分表达改变miRNA的结果显示,miR-17-5p、miR-21a-5p、miR-25-3p、miR-100-5p、miR-122-5p的表达趋势与测序结果基本一致。结论 日本血吸虫感染导致宿主HSC部分miRNA表达谱发生了明显改变,这些差异表达的miRNA在血吸虫病肝纤维化进展中起着重要调控作用,其可能在肝纤维化发生发展过程中参与对某些信号通路的调控,确切机制需进一步深入研究。本研究结果为这些miRNA在血吸虫病肝纤维化中的功能及其机制研究提供重要基础。     

抗结核药物肝毒性对血浆miRNA分子表达的影响

目的探讨抗结核药物肝毒性（ATDH）对患者血浆中微RNA（miRNA）分子表达的影响。方法对3例活动性肺结核患者用药前和发生ATDH后的血浆标本进行miRNA芯片检测。对存在差异性表达的miRNA分子,采用Real Time-PCR进行验证。应用互联网miRNA靶基因预测软件对经证实存在差异性表达的miRNA进行靶基因预测,采用PANTHER蛋白分类系统查找靶蛋白基因本体（GO）功能分类。结果ATDH发生后,血浆中共筛选出22个与用药前比较差异性表达的miRNA分子,表达上凋和下调的miRNA各11个。RealTime-PCR验证结果显示：ATDH发生后,患者血浆中显著上调的miRNA有5个,分别为miR-378i、miR-125b-5P、miR-1224-5P、miR-194-5P和miR-34a-5P;下调的miRNA有3个,分别为miR-1260a、miR-338．3P和miR-4286。结论ATDH发生患者血浆中存在与用药前比较差异性表达的miRNA分子,这些分子的存在可能与ATDH的发生有关。     

唐氏综合征胎盘差异miRNA表达谱分析： 基于全转录组测序分析技术

目的 通过筛选唐氏综合征胎盘中表达变化的miRNAs并分析具体生物学途径来探讨唐氏综合征新的标记物及其分子发病机制。方法 运用全转录组测序分析技术分析唐氏综合征确诊胎盘（DS,n=3）和产前诊断确诊正常胎盘（n=3）样本,筛选出显著差异表达的miRNA,通过miRWalk、Targetscan、miRDB软件预测其靶基因并进行GO和KEGG-Pathway功能富集分析。结果 测序分析共检出82个差异表达的miRNA。DS胎盘组织中有29个miRNA表达上调（变化倍数≥2,P<0.05）,15个miRNA表达下调（变化倍数≥2,P<0.05）;根据表达丰度共筛选出 4 个表达上调的 miRNA,6 个表达下调的 miRNA。其共同靶基因BTBD3、AUTS2均与神经发育相关。GO富集分析结果显示差异表达miRNA的靶基因主要富集到蛋白结合、水解酶活性、金属离子结合、转移酶活性、核苷酸结合、胞质组分、细胞核组分、转录调控、RNA代谢过程调控、DNA依赖性RNA聚合酶Ⅱ启动子转录调控、眼睛发育、感觉器官发育等。KEGG富集分析结果显示差异表达miRNA靶基因主要参与的信号通路包括肿瘤相关信号通路、PI3K-Akt信号通路、Ras信号通路、Rap1信号通路、细胞骨架调控信号通路、嘌呤代谢相关信号通路、P53相关信号通路。结论 miRNAs可能参与了唐氏综合征胎盘损伤和相关的妊娠病理,并可能对其他智力障碍相关疾病提供一定临床思路及对未来的预防治疗发挥重要作用。     

新疆南部维吾尔族 HPV16 阳性宫颈鳞癌microRNA 筛选及功能分析

目的：初步探讨新疆南部维吾尔族HPV16阳性宫颈鳞癌差异表达的microRNA(miRNA)，预测并分析靶基 因功能。方法：采用miRNA微阵列芯片技术对5例HPV16阳性的新疆南部维吾尔族宫颈鳞癌进行miRNA初步研究， 挑选出差异表达的miRNA，并利用实时定量RT-PCR进行初步验证，利用targetscan，miRwalk，miRanda及pictar 4种软 件预测其靶基因。结果：新疆南部维吾尔族HPV16阳性宫颈鳞癌差异表达基因18个，对差异表达显著的miRNA-138 和miRNA-720进行初步验证并预测其靶基因，预测miRNA-138靶基因为EZH2，LYPLA1，ARHGEF3，CLNS1A， EIF4EBP1，GNAI2，LIMK1，RHOC，ROCK2，SLC20A1，TERT，H2AFX；miRNA-720靶基因为EZH2，AGAP2， SPOCK2，FGF14，HNRNPA2B1，QKI，FOXG1，ACVR1B，DNMT3A，EPHB2，LATS2，KRAS，CCND2，NBN， ENAM，AMELX，PRNP，CALB1，两者共同的靶基因是EZH2。结论：miRNA-138，miRNA-720在新疆南部维吾尔族 HPV16阳性宫颈鳞癌组织中表达均下调，两者共同的靶基因是EZH2，可能与宫颈癌的浸润和转移有关。     

非编码小RNA在肝癌发生中的作用及机制研究进展

MicroRNA(miRNA)是一类约22个核苷酸组成的小分子非编码RNA,主要在转录后水平通过促进靶基因mRNA的降解或抑制其翻译过程而发挥负调控作用.miRNA不但参与生命活动的一些基本过程,如细胞分化、细胞增殖、细胞凋亡和细胞代谢等,而且与人类疾病,尤其与恶性肿瘤的发生发展密切相关,可作为一类新的癌基因及抑癌基因,在癌症的发生发展中起重要作用.近年,我们首次在肝癌染色体变异区内发现新的肝癌转移促进因子miR-151并阐明了其分子作用机制,即RhoGDIA是miR-151下游靶基因,介导了miR-151的促肝癌转移功能;miR-151与其宿主基因FAK协同作用,活化Rac,cdc42及Rho GTPase,进而促进肝癌细胞的迁移、侵袭与转移,为阻断肝癌转移提供了新的治疗靶点.研究发现多个用于肝癌诊断及转移、复发、预后预测的miRNA分子标志物,建立了肝癌诊断、转移、复发及预后的miRNA预测模型;鉴定miR-125b为肝癌侯选抑癌基因,主要通过抑制癌基因LIN28B发挥抑癌作用;发现miR-30d为肝癌转移促进基因,转移抑制基因GNAI2为其功能靶基因;另外,发现miRNA不仅与mRNA的3’非翻译区结合,而且能与基因家族的蛋白编码区结合从而调控基因表达,为研究miRNA在肿瘤中的调控机制提供了新的思路;采用实验方法论证了单个基因能同时被多个miRNA所调控,为建立miRNA与mRNA复杂的相互作用调控网络提供了良好的实验基础.     

系统性红斑狼疮患者外周血中差异表达微小RNAs的筛选

目的通过比较微小RNAs(microRNAs,miRNA)在系统性红斑狼疮(SLE)患者和正常健康对照者外周血单个核细胞(PBMC)中的表达情况,发现在SLE中异常表达的miRNA。方法提取23例SLE患者及10例正常健康对照者PBMC中总RNA并分离miRNA,采用含1 152条探针的哺乳动物miRNA芯片对两者之间差异表达的miRNA进行分析。随机选择其中4个miRNA,应用Northern blot对芯片结果进行验证。结果 SLE患者与正常健康对照者PBMC间差异表达的miRNA共14个,其中8个表达上调,6个表达下调。Northern blot验证结果与芯片表达结果一致。结论多种miRNA在SLE患者PBMC中异常表达,提示它们可能在SLE的发生发展中起着重要的调控作用。