中国东北部延边地区丙型肝炎病毒1a型感染研究

目的初步探讨东北部延边地区HCV基因型分布和1a型的感染状况。方法对44例来自延边地区的HCVRNA阳性样本进行HCV5’非编码区（5’NCR）复合酶切分型分析。将分型结果为1a型的4例样品（分别为Y2、Y4、Y6、Y8）进行5’NCR和NS5B区的扩增,测序,然后与27个HCV全基因参考序列（均来自GenBank）比对并构建遗传进化树。结果44例样品中1a／1b混合型19例（43．1％）,1b型12例（27．3％）,2a／1b混合型8例（18．2％）,1a型4例（9．1％）,2a型1例（2．3％）,2b型以及3～6型未检出。其中,1a型的4例样品Y2、Y4、Y6、Y8分别与各基因型的全基因参考序列相比较,在5’NCR与1a型参考序列HC—J1的同源性最高,分别为0．990、0．990、0．990、0．990,进化树分析也证实为1a型;在NS5B区与1b型参考序列HC—J4的同源性最高,分别为0．936、0．957、0．936、0．936,进化树分析表明为1b型。结论延边地区以1a／1b型混合感染为主,1b型和1b／2a型感染次之,与中国其他地区存在明显差异。对4例1a型HCV病毒株的分析发现,存在HCV5’NCR与NS5B分型结果不一致现象。分析推测可能是HCV基因组在生物进化过程中自然重组的表现,但尚需进一步研究证实。     

联合分析HCV种属信息区和高度保守区序列确定广东地区HCV基因型和亚型

目的扩增HCV种属信息区NS5B和高度保守区5-UTR基因序列,用系统进化树法深入分析HCV基因型和亚型,阐明广东地区丙型肝炎患者HCV基因型和基因亚型的特点。方法采集99例慢性丙型肝炎病例血清,应用RT-PCR技术分别扩增HCVNS5B区和5-UTR特定片段,测序后进行系统进化树分析,确定HCV基因型及亚型。结果99例患者标本均准确分型,其中NS5B区段分型74例,5-UTR区段分型99例。HCV基因型和亚型的分布:1a亚型1例、1b亚型59例、1型7例、2a亚型11例、3a亚型3例、3b亚型2例、3型3例、6a亚型13例;另有2例标本在两区段分型不同,5-UTR/NS5B区段分型分别为6a/1b和3a/1b。两区段共同分型74例,72例标本在两区段基因型一致,2例标本在两区段基因型不同,为HCV重组体。结论联合分析HCV不同区段基因序列,可提高HCV基因分型的准确度及灵敏性。广东地区慢性丙型肝炎患者HCV基因亚型分布以1b为主;其次为6a和2a;3型中的a、b亚型也占有一定比例。     

对比分析5'-UTR和NS5b区序列确定广东地区HCV基因亚型

［摘要］ 目的 对比丙型肝炎病毒（HCV）不同区段系统进化分析法基因分型的差异,探讨广东地区丙型肝炎患者的HCV基因亚型分布。方法 RT-PCR分别扩增HCV5'-UTR（71nt-311nt）共241bp和NS5b区（8249nt-8650nt）共402bp的片段。序列分析后进行系统进化分析以确定病毒基因型及亚型。结果 HCV NS5b区段分型74例,其中1b亚型51例,2a亚型10例,6a亚型8例,3a亚型2例,3b亚型2例,1a亚型1例;5'UTR区分型74例,其中1型45例,2型11例,6a亚型10例,3a亚型3例,3b亚型5例;两区段共同分型49例,47例基因型一致,2例不同。结论 对比分析HCV不同区段基因序列,可深化对HCV基因型和亚型的了解。初步表明广东地区慢性丙型肝炎患者HCV基因亚型分布以1b为主;其次为2a、6a,两者比例相当;3b、3a也占有一定比例。 ［关键词］丙型肝炎病毒;基因型;5'-非编码区;NS5b区;系统进化分析     

广东地区丙型肝炎患者的HCV基因分型研究

目的了解广东地区慢性丙型肝炎患者的HCV基因分型情况,为丙型肝炎病毒的诊断和预防提供有力依据。方法根据丙型肝炎病毒RNA全序列,在5′-NCR区设计引物,通过套式PCR扩增,特异性产物测序分析并分型。结果检测HCV感染样本58例,扩增出阳性样本47例,共检出3种基因型,分别为1b,2a和4型,其中1b占85.1%,2a占12.8%,4型占2.1%,4型为中国人群中极少报道被检出的罕见型。结论广东地区HCV基因型主要为1b型,其次为2a型,与中国其它地区HCV基因型分布比较一致。     

中国南部和西南地区HCV感染的基因型分布特征

目的了解中国南部和西南地区HCV感染基因型分布特点。方法用丙型肝炎病毒(HCV)5'非编码区ABC复合酶切分型的方法,对49例广州和重庆HCV感染者进行基因分型,并对检出的6a型产物进行测序。将所得序列与GenBank参考序列比对,并作同源性分析。结果49例样品中共检出4例6a型,序列分析表明这4例样品都具有6a型特征性,即第-145位的CA插入,并与6a型参考序列同源性最高。分型结果表明,34例广州样品中,1b型25例(72.53%)、2a型5例(14.71%)、3b型1例(2.94%)、6a型2例(5.88%)、1b和2a混合型1例(2.94%);15例重庆样品中1b型8例(53.33%)、2a型1例(6.67%)、3a型1例(6.67%)、3b型3例(20.00%)、6a型2例(13.33%)。结论广州和重庆两个城市的基因型分布都以1b型为主,并首次在广州检出6a型感染,但感染率低于2a型;而重庆则为2a、3a、3b和6a型等多种基因型分布的特点,说明我国南部和西南地区HCV基因型分布与中国大陆其他地区的流行模式存在差异,这可能与其地理位置及静脉药瘾者的迅速增多有关。     

广州地区丙型肝炎患者HCV基因分型研究

目的研究广州地区丙型肝炎患者HCV基因型分布的变化情况。方法收集207例HCV RAN阳性丙型肝炎患者血清,对其HCV Core区(C区)和NS5B区基因序列进行RT-nPCR扩增,两区扩增成功的PCR产物进行基因测序,测序结果分别与相应的参照株序列比对,构建系统进化树,两区基因分型结果一致者确定HCV基因亚型。结果 185例HCV C区和NS5B区都扩增成功,其中179例两区基因分型结果一致。共检出1、2、3、6型4种基因型和8种基因亚型,其中1b型占40.78%(73/179),6a型占27.37%(49/179),3b型占11.73%(21/179),3a型占8.94%(16/179),2a型占6.15%(11/179),1a型占3.91%(7/179),2b型占0.56%(1/179),6n型占0.56%(1/179)。1b株可分为A、B、C三大簇,A簇与中国广泛流行1b株接近、B簇与中国中部及南部地区流行1b株接近,6a株分为Ⅰ、Ⅱ两大簇,与献血人群及静脉吸毒人群中6a型株接近。结论广州地区丙型肝炎患者HCV基因型以1b、6a、3型为主,存在多种亚型;1b型株包含中国大部分地区的1b型株,6a、3型已取代2a型分别成为第二、三主要流行基因型;未发现6型变异株。     

丙型肝炎病毒NS5B区基因的扩增、克隆及序列分析

目的 对丙型肝炎病毒(HCV)NSSB区基因克隆并测序，研究其变异状况。方法 从HCV RNA阳性血清中抽提病毒RNA，利用巢式RT-PCR对NS5B区基因进行扩增，将扩增获得的靶cDNA克隆至P^KPL-3a质粒载体中，并以内引物为测序引物进行序列测定分析。结果 构建了已克隆HCVNS5B区基因的重组质粒KHC5—1；序列分析表明，与HCV-BDS株同源性最高，属于主要流行于我国的HCV 1b基因亚型。结论 证实了在NS5B区，与RNA依赖的RNA聚合酶(RDRP)活性密切相关的基元结构Gly-Asp-Asp及其相邻序列的同源性非常高。     

系统进化树分析慢性丙型肝炎患者HCV基因分型

目的了解浙江省慢性丙型肝炎患者HCV基因型分布情况。方法参考Ohno的分型方法,采用巢式RT-PCR法扩增抗HCV抗体阳性患者的血清样品HCV核心(core)基因部分区段(-12nt～+343nt),克隆并测序[1];以Clustalw软件对所克隆片段进行系统进化树分析并分型。结果在60份HCV抗体阳性血清中,HCV检出率为55%(33例);系统进化树分析提示共有1b、2a、3a、3b、6a 5个不同的基因型,以1b、3b和2a基因型为主,其中1b阳性率为52%(17例)。结论浙江省慢性HCV感染者中HCV基因型呈现出以1b、3b和2a为主、多基因型存在的特点。     

江苏省南通地区丙型肝炎病毒的分子流行病学分析

目的 :调查南通地区丙型肝炎病毒(hepatitis C virus,HCV)的亚型分布特征。方法 :2012年5—9月间,在南通市第三人民医院收集到109例全血样本用以病毒的RNA提取,RT-PCR扩增和测序。所得的病毒序列与HCV参考序列构建系统发育树。结果:在收集到的109例HCV抗体(Anti-HCV Ig G)阳性样本中,有49例HCV RNA阳性,基于NS5B和C/E2片段构建的进化树显示,南通地区至少流行有1b、2a、3a、3b、6a 5个亚型病毒株。其中,1b是最主要流行的病毒株,占阳性样本中的63.3%;2a次之,占20.4%;3a、3b、6a 3个亚型分别占4.1%、8.2%和4.1%。相较于在普通人群中1b(68.9%)和2a(22.2%)为主要流行的病毒株,6a(50.0%)是静脉吸毒人群中最流行的亚型。结论:多个亚型的HCV病毒株共流行于南通地区,其中1b和2a是最主要流行的病毒株。     

2a/Ⅲ型丙型肝炎病毒基因组非结构4区全长序列的扩增、克隆及分析

目的 获得2a／Ⅲ型丙型肝炎病毒（HCV）基因组全长非结构（NS）4区克隆并作序列分析。方法 用限制性长段长度多态性分析（RFLP）基因分型方法筛选出2a／Ⅲ型HCV一株。为了获得该毒株全长NS4区基因序列，依据代表株序列的NS3区之′末端及NS5区之5′末端相对保守区域合成引物，以RT－nseted-PCR方法扩增一段1.3kb的片段cDNA；将此片段插入pUC19质粒载体。结果 克隆了丙型肝炎基因组非结构NS4区全长基因，构建了pUC-NS4重组体，对重组体进行酶切鉴定，克隆的cDNA与预计的片段大小相符，并作序列测定。结论 获得全长NS4区基因克隆，经序列分析表明，与日本HC－J6有较高的同源性（92.1%）。     

GBV-C和HCV共同感染的研究

目的：了解GBV-C和HCV的共同感染率,及不同引物和自制DIG标记探针检测GBV-C的效果。方法：定量RT-PCR检测肝炎患者血清标本中的HCV,RT-nested PCR检测HCV RNA阳性标本中的GBV-C,分析部分标本扩增产物的棱苷酸和氨基酸序列,Southern杂交鉴定GBV-C扩增产物的特异性．结果：211例丙型肝炎病人血清标本中,GBV-C 5’-NCR和GBV-CNS3区检出率分别为31．8%和22．8%,总阳性率为35．1％．部分标本扩增产物的核苷酸序列分析证实,RT-nested PCR获得的检测结果可靠,但序列中存在较高频率的随机突变．自制的GBV-C 5‘-NCR和NS3 DIG标记探针有较高的特异性,可用于检测相应的扩增产物。结论：GBV-C 5‘-NCR引物的检测效果优于GBV-C NS3,GBV-C与HCV有较高的共同感染率。     

昆明地区2019年HIV/HCV共感染患者HCV核衣壳蛋白基因分型

目的 基于丙型肝炎病毒（hepatitis C virus, HCV）核衣壳蛋白（nucleocapsid protein）基因序列了解昆明地区人类免疫缺陷病毒（human immunodeficiency virus, HIV）/HCV共感染患者中HCV基因型及基因亚型流行情况。方法 2019年3—8月在云南省传染病医院收集临床诊断为HIV/HCV共感染住院且户籍地为昆明所辖14个县级市、区及县的患者血清,从血清中提取病毒RNA,反转录合成第一链cDNA,采用HCV核衣壳蛋白基因特异性引物进行巢式PCR扩增。结果 共收集到临床诊断疑似HIV/HCV患者样本64例,采用HCV核衣壳蛋白基因特异性引物扩增,其中17例样品扩增阳性。序列分析结果显示,有9例病例的序列与HCV 3b基因亚型序列位于同一个进化分支,核苷酸同源性为93.3%～95.2%;5例病例的序列与HCV 1b基因亚型序列位于同一个进化分支,核苷酸同源性为96.8%～97.6%;1例病例序列与HCV 3a基因亚型序列位于同一个进化分支,核苷酸同源性为95.2%;1例病例序列与HCV 6n基因亚型序列位于同一个进化分支,核苷酸...     

南宁市102例HIV/HCV共感染者HCV基因型特征分析

目的了解南宁市静脉注射吸毒人群(IDUs)中HIV/HCV共感染者HCV基因亚型流行情况。方法收集2012—2014年间南宁市静脉注射吸毒人员HIV/HCV共感染者血浆样本总共108份,设计特异性引物,通过巢式PCR对HCV NS5B区域长339 bp的片段进行扩增并测序,构建系统进化树对HCV进行基因分型。结果 108份血浆样本中巢式PCR成功扩增基因片段102份,系统进化分析显示检出4种HCV基因型含6种基因亚型,各基因亚型所占样本比例为6a 34.31%(35/102)、3b 33.33%(34/102)、1a 20.59%(21/102)、1b 6.87%(7/102)、3a 3.92%(4/102)和2a 0.98%(1/102)。在不同人口学特征时102份样本HCV基因型组成差异无统计学意义(P0.05)。结论南宁市IDUs人群HIV/HCV共感染者中至少存在6种HCV基因亚型流行,6a、3b和1a为主要流行亚型。     

二重RT-FCR同时测定HGV与HCV RNA方法学研究

本文对二重RT-PCR同时测定HGV与HCV RNA的反应条件进行了最佳化研究,发现在用于HGV扩增的三组引物中,NS5b区的L与S二组引物较5'NCR区的N组引物有更高的检测敏感度(P<0.01)。不同的样本贮存对HGV与HCV RNA检测结果影响较大,将逆转录与第一次扩增分开进行可使测定敏感度提高约100倍。本法在同一反应体系中可同时检测HGV与HCV RNA,减轻了实验人员的操作强度,可降低测定费用近50％。     

丙型肝炎病毒1b型NS3区与原发性肝癌的关系

目的：探讨丙型肝炎病毒（HCV）1b型的非结构蛋白3（NS3）区与原发性肝癌（HCC）的关系。方法：将患者分为丙型肝炎病毒携带者组、非HCC组及HCC组,从患者血清中提取HCV-RNA,采用巢式聚合酶链法（nested -PCR）进行HCV基因分型并扩增HCV-NS3片段,分析HCV-NS3区片段的核苷酸序列、氨基酸序列、蛋白质二级结构。结果：3组均以1b型为主,3组间1b型所占百分率比较差异无显著性(P>0.05）;3组核苷酸序列同源性95%,3组氨基酸序列的同源性为95%,且3组在NS3_1227-1206区间都无特殊的氨基酸突变;NS3_1227-1206区的蛋白质二级结构分为A、B 2型,携带组及非HCC组以A型为主,而HCC组以B型为主;携带组与非HCC组蛋白质二级结构分型差异无显著性（P>0.05）,而HCC组与携带组、非HCC组之间差异有显著性（P<0.01）。结论：1b型HCV携带者及非HCC患者与HCC患者在蛋白质二级结构上有差异,HCV-NS3与HCC的发生有关联。     

山东省HCV分离株C 区及NS5 区核苷酸序列分析

①目的 探讨山东省丙型肝炎病毒（ＨＣＶ）分离株Ｃ区、ＮＳ５区的核苷酸序列及其基因型别。②方法 以ＲＴ－ｎｅｓｔ－ＰＣＲ方法从１例临床ＨＣＶ感染者血清中分别扩增出ＨＣＶＣ区（４３２ｂｐ）及ＮＳ５区（３１９ｂｐ）的基因片段,将其克隆于Ｔ载体上,以双脱氧末端终止法自动测序并进行序列分析。③结果 该分离株与ＧｅｎＢａｎｋ中５０多个１ｂ型分离株同源性均在９０％以上,其中Ｃ区与中国北京的１ｂ型株ＨＣＵ６３３７     

青岛地区丙型肝炎基因分型的研究

目的 探讨青岛地区丙型肝炎基因型的分布状况,发现丙型肝炎病毒（HCV）流行优势株,分析丙型肝炎基因型与病人性别、感染途径、炎症活动度、病毒载量等的相关性。方法 应用RT-PCR方法,对46例青岛地区丙型肝炎病人的血清RNA提取物NS5B区和（或）CORE-E1区进行扩增,扩增片段进行基因测序,根据测序结果在PUBMED网站中获得基因分型结果,分析不同丙型肝炎基因型与病人性别、感染途径、肝病程度、HCV RNA含量及谷丙转氨酶（ALT）、谷草转氨酶（AST）水平的关系。结果 46例血清标本,HCV RNA均为阳性,44例可以分型,分型率为95.65%,其中基因1b型28例（63.64％）,2a型14例（31.81％）,3b型2例（4.55％）。丙型肝炎基因型的分布与病人性别、感染途径、肝病程度、HCV RNA含量及ALT、AST水平均无关（P〉0.05）。结论 青岛地区HCV流行株为基因 1b型和2a型,基因1b型为优势株,同时发现3b基因型。基因型与丙型肝炎的疾病进展程度及炎症活动度无关。     

张家港地区乙型肝炎病毒基因分型及其意义

目的了解张家港地区乙型肝炎病毒基因型的流行情况及其临床意义。方法随机选择HBVDNA阳性乙肝病毒感染者110例,其中无症状病毒携带者(ASC)21例,慢性乙型肝炎(CHB)65例,重型肝炎(FHF)24例。通过设计共同的上游引物和不同的下游引物进行聚合酶链反应,根据扩增产物的长度判别基因型。结果110例血清标本中,B基因型32例(29·1%),C基因型71例(64·5%),未分型者7例(6·4%),未发现B和C以外其他基因型。无症状病毒携带者中以B基因型为主,而在慢性肝病和重型肝炎者中C基因型占优势,差异有显著性(P<0·05);且C基因型组与B基因型组相比较,C型患者ALT水平明显高于B型患者,差异有显著性(P<0·05),但两者的HBV-DNA定量差异无显著性(P>0·05)。结论张家港地区HBV-DNA基因型为B型和C型,优势基因型为C,与较严重肝脏疾病的发生有关,B基因型则与慢性乙肝病毒携带有关。