坐骨神经缺损1周背根神经节组织中microRNA的表达变化

目的：研究大鼠坐骨神经缺损后背根神经节中microRNA（miRNA）的表达变化。方法：采用miRNA芯片检测神经缺损0 d（对照组）和7 d（实验组）背根神经节组织中miRNA的表达情况,应用Real time Taqman PCR对芯片结果进行验证。结果：实验组与对照组比较发生上调1.4倍和下调〉1%以上的miRNA分别有13个和5个,Real time TaqmanPCR检测的4个miRNA的表达变化与芯片一致（上调：miR-21,miR-221;下调：miR-500,miR-551b）。结论：大鼠坐骨神经缺损1周后背根神经节组织中miRNA的表达谱发生改变。     

子痫前期胎盘中差异表达的长链非编码RNA的研究

目的通过筛选及验证在子痫前期患者胎盘组织中差异表达的长链非编码RNA(lncRNA),探讨lncRNA与子痫前期的关系。方法收集18例子痫前期胎盘样本和同期出生的20例正常妊娠产儿胎盘样本,采用lncRNA芯片进行研究,筛选出差异表达的lncRNA及基因,采用国际通用的基因本体(GO)功能注释分析法和KEGG通路分析法,对差异表达基因进行功能注释与分析,并进行实时荧光定量PCR(qRT-PCR)验证。结果检测到显著差异表达的lncRNA共有14个,其中表达上调的有9个,表达下调的有5个;检测到显著差异表达基因212个,表达上调的93个,表达下调的119个。对212个差异表达的基因进行GO功能注释分析,显示差异表达基因主要参与染色质结合、γ-谷氨酰转移酶的活性和SMAD结合等信号途径;KEGG通路分析结果显示,差异表达的基因包括细胞周期相关、补体和凝血级联反应相关、全身性红斑狼疮相关等与信号通路相关的作用基因。对显著差异表达的3个lncRNA:linc-ASCL1-3、linc-KLF6-2和linc-ROBO1-3进行qRT-PCR验证,其结果与lncRNA芯片检测结果相符。结论子痫前期的胎盘组织与正常胎盘组织相比,lncRNA表达谱发生了显著变化,可能与子痫前期的发生有关。     

胃癌转移相关长链非编码RNA差异表达谱的研究

目的 筛选与胃癌转移相关的长链非编码RNA(lncRNA),寻找可预测及逆转胃癌转移相关的候选基因.方法 利用高通量lncRNA芯片技术分别检测3例未发生远处转移胃癌组织和3例发生远处转移胃癌组织中lncRNA及mRNA表达谱的差异,并对差异表达基因进行基因本体论(GO)和京都基因与基因组百科全书(KEGG)分析.结果...     

βB2基因敲除小鼠睾丸组织长链非编码RNA的差异性表达分析

目的 探讨长链非编码RNA(lncRNA)在βB2基因敲除小鼠睾丸中的表达及其影响睾丸发育的可能机制.方法 采用lncRNA芯片技术,筛选野生型(WT)和βb2基因敲除(KO)小鼠睾丸组织(均n=3)中lncRNA及信使RNA(mRNA)表达谱的变化;对差异表达lncRNA和mRNA进行GO数据库分析及KEGG数据库分析,建立调控网络图;采用实时荧光定量PCR(qRT-PCR)验证差异表达的lncRNA和mRNA,探讨调控通路.结果 (1)两组小鼠睾丸组织差异表达的lncRNA共140条,mRNA共477条;(2)通过GO数据库分析,筛选出差异表达lncRNA共12条,其中上调7条,下调5条;(3)经KEGG数据库进行路径分析,发现差异表达mRNA主要经由Ca2+信号、配体-受体相互作用等信号通路起作用;(4)用关联矩阵法建立了lncRNA和mRNA共表达网络图,共有17个节点,12条连接,包含9条lncRNA和8条mRNA;其中Rsl1由3条lncRNA调控,Lpo和Mpo各由2条lncRNA调控,Hdac1、Ephb4等各由1条lncRNA调控.(5) qRT-PCR分析结果表明,在βB2基因敲除小鼠睾丸组织中,lncRNA A-30-P01019163和P2rx7的表达均下调(P＜0.05).结论 lncRNA与βB2基因的晶状体外功能密切相关,其中lncRNA A-30-P01019163可能通过调控下游P2rx7 mRNA的表达影响睾丸组织细胞周期及信号转导,进而调控睾丸发育.     

大鼠坐骨神经Wallerian溃变过程中LncRNA的差异表达分析*

目的：采用分子生物学和生物信息学方法筛选大鼠坐骨神经损伤后Wallerian溃变(Wallerian degeneration, WD)过程中的关键长链非编码RNA(long none coding RNA, LncRNA),并分析该关键LncRNA分子在大鼠坐骨神经损伤过程中的作用。方法：采用Affymetrix大鼠Non Coding RNA芯片,分析大鼠坐骨神经损伤后WD过程中差异表达的LncRNA;通过实时定量聚合酶链式反应验证关键LncRNA的表达;预测关键LncRNA相关基因及功能。结果：基因芯片分析结果显示共有显著差异性LncRNA 708个和mRNA 2 649个,上调LncRNA 283个,下调LncRNA 425个。通过编码—非编码基因共表达分析和预测竞争性内源RNA(competitive endogenous RNA, ceRNA)机制,显示在WD过程中发挥作用的LncRNA,其中上调19个,下调17个。WD早期差异表达的LncRNA靶基因11个,WD后期差异表达的LncRNA靶基因31个。结论：大鼠坐骨神经损伤后,LncRNA显著差异性表达,提示LncRNA在周围神经损伤修复与再生过程中可能发挥了一定作用,为进一步分析LncRNA在神经再生中的作用提供了实验基础。     

原发性大隐静脉曲张中lncRNAs的差异表达

目的 比较大隐静脉（great saphenous vein, GSV）曲张血管与正常血管差异表达的lncRNA对大隐静脉曲张的影响,并预测其可能潜在的功能。方法应用表达谱芯片检测6对配对的曲张静脉（varicose vein, VV）和相邻正常节段大隐静脉（normal vein, NV）组织lncRNA表达差异,以qRT-PCR对32例患者样本进行验证;同时以基因芯片lncRNAs和mRNA差异的分层聚类分析、基因本体及通路分析注释差异表达的mRNA通路。结果在6对VV和NV中,存在557个lncRNAs和980个mRNA表达差异;其中6个通路与代谢相关,均得到了qRT-PCR验证。编码-非编码基因共表达网络提示,这6个lncRNA中有4个可能与11个mRNAs相关,且可能与8个代谢通路有关。结论曲张大隐静脉中存在lncRNA异常表达,为lncRNAs生理功能和静脉曲张病理发生提供了新视角。     

对尿道下裂大鼠生殖结节中lncRNA表达的初步研究

目的 探讨长链非编码RNA(LncRNA)在邻苯二甲酸二丁酯(DBP)诱导的尿道下裂大鼠生殖结节中的表达 方法 在孕鼠孕13-18天时按体重800mg/kg DBP溶于1ml玉米油灌胃,对照组每天给予1ml玉米油。于孕19天时取出胎鼠,分别取下灌药组发生尿道下裂和对照组雄性胎鼠的生殖结节,提取RNA,构建RNA测序文库测序。对测序结果的lncRNA进行筛选、差异分析和功能预测,再随机筛选4条lncRNA用qRT-PCR验证其表达量。结果 与对照组相比,尿道下裂组生殖结节中有195个差异lncRNA,136个差异mRNA,qRT-PCR结果与测序结果一致。差异lncRNA功能最多分布在生长激素释放激素受体的结合;分布最多的的信号通路为金葡菌感染通路 结论 邻苯二甲酸二丁酯诱导的尿道下裂雄性大鼠与正常雄性大鼠相比,其生殖结节中lncRNA和mRNA显著改变,lncRNA可能通过与mRNA相互作用参与到尿道下裂形成过程中生殖结节的发育。     

受甲基化调控的lncRNA在乳腺癌中的表达谱及意义

目的：研究乳腺癌细胞去甲基化处理株和亲本株的lncRNA的差异表达情况,并从差异表达谱中筛选lncRNA,探讨受DNA启动子甲基化调控的lncRNA是否参与乳腺癌发生与发展。方法：取乳腺癌BT474细胞株去甲基化处理后,采用高通量lncRNA芯片技术分别检测去甲基化组和亲本组中lncRNA的表达谱,并在BT474、MB231和BT549三株乳腺癌细胞株及乳腺癌组织中应用qRT-PCR技术检测lncRNA的表达。同时寻找lncRNA的基因甲基化位点,并以重亚硫酸盐测序法（BSP）确定甲基化情况。结果：去甲基化株和亲本株lncRNA表达谱发生了显著的变化。qRT-PCR检测结果与芯片检测结果基本一致。qRT-PCR检测发现乳腺癌细胞株中lncRNA uc003lxs及uc002btf相比正常乳腺上皮细胞株表达升高（P＜0.01）,乳腺癌组织中lncRNA uc003lxs及uc002btf相比癌旁组织表达升高（P＜0.01）。BSP方法显示相比正常乳腺上皮细胞株,乳腺癌细胞株中lncRNA uc003lxs及uc002btf DNA甲基化水平显著降低（P＜0.01）;相比癌旁组织,乳腺癌组织中lncRNA uc003lxs及uc002btf DNA甲基化水平显著降低（P＜0.01）。结论：乳腺癌细胞株去甲基化处理后lncRN表达谱发生显著变化,并在差异表达谱中筛选出lncRNA uc003lxs及uc002btf,为研究受甲基化调节的lncRNA调控乳腺癌发生发展奠定前期的研究基础。     

人骨髓间充质干细胞成骨分化相关的长链非编码RNA 表达谱特征

目的：观察人骨髓间充质干细胞（hMSCs）成骨分化过程中长链非编码 RNA（lncRNA）的表达谱变化。方法以 hMSCs 及成骨诱导分化7、14、21 d 后的细胞为研究对象,利用 Agilent lncRNA 芯片技术筛选出成骨诱导分化前后2倍变化幅度的差异 lncRNA,并通过实时荧光定量 PCR（RT - PCR）对芯片结果进行验证。选取筛选结果中表达差异较大的 lncRNA 利用 UCSC Genome Browser 并结合芯片筛选结果分析 lncRNA 邻近蛋白编码基因。结果 hMSCs 经成骨诱导分化7、14、21 d 后,均具有成骨细胞特性;芯片筛选结果表明,与成骨诱导分化前的hMSCs 相比,成骨诱导分化7、14、21 d 后持续表达上调超过2倍的 lncRNA 有433条,下调超过2倍的有232条;选取其中部分 lncRNA,RT - PCR 验证与芯片结果相符合;对 lncRNA 邻近蛋白编码基因分析提示某些 lncRNA（如lncRNA ENST00000585537.1和 lncRNA eHIT00001595）可能在 hMSCs 成骨分化过程中发挥重要作用。结论 hM-SCs 成骨诱导分化前后,lncRNA 表达谱发生显著变化,提示差异表达的 lncRNA 可能与 hMSCs 成骨分化密切相关,由此可进一步解释 hMSCs 成骨分化机制。     

坐骨神经缺损后神经组织再生早期信号调控研究

目的:采用基因芯片技术结合信号传递调控网络(Signal-Flow)分析技术,探讨坐骨神经缺损近端神经组织早期分子信号调控机理。方法:SD大鼠坐骨神经缺损0h、0.5h、1h、3h、6h和9h后,取0.5cm近端神经组织进行mRNA芯片检测,进行差异基因的筛选和信号传递调控网络分析,并采用qRT-PCR对相关基因行表达趋势验证。结果:共筛选差异显著性基因2850个,抗凋亡相关因子和紧密连接蛋白等构成信号传递调控网络的核心部分。Birc2、Birc3和Tnfrsf1a早期上调抑制凋亡相关基因,紧密连接蛋白cldn14促进与其家族成员的结合。结论:抗凋亡因子和紧密连接蛋白可能是坐骨神经缺损后神经组织再生的内在早期调控分子,推测与神经组织损伤后内在的再生能力调控机制相关。     

乳腺癌紫杉醇耐药细胞中lncRNA和mRNA表达谱筛选

目的:分析紫杉醇诱导的乳腺癌MCF-7耐药细胞（MCF-7/PR）中长链非编码RNA（lncRNA）和信使RNA（mRNA）表达谱的变化,研究筛选出调控乳腺癌紫杉醇耐药的关键lncRNAs,为逆转紫杉醇耐药的分子靶点提供理论依据。方法:利用ArraystarlncRNA芯片技术检测MCF-7/PR细胞中lncRNAs和mRNAs的表达谱;使用Agilent GeneSpring GX v12.1软件筛选差异表达的lncRNAs和mRNAs,对差异mRNAs进行GO和KEGG通路分析,得到mRNA参与的生物学途径;并同时进行lncRNAs与相应mRNAs联合分析推断lncRNAs功能。结果:通过MCF-7/PR细胞和MCF-7亲本细胞相比,共有1 504个lncRNAs和2 264个mRNAs存在差异性表达（差异倍数>2.0）;通过GO聚类分析表明:上调的mRNAs和下调的mRNAs分别参与多种不同的生物过程;差异性lncRNAs可能通过影响相应mRNAs发挥其生物学功能。结论:乳腺癌紫杉醇耐药细胞中lncRNAs和mRNAs的表达存在差异,差异表达的基因可以为寻找新的化疗敏感靶点或生物标志物提供线索。     

胎盘植入组织lncRNA表达特征与ceRNA调控网络构建

目的探讨lncRNA在胎盘植入中的表达特征及潜在的ceRNA调控机制。方法随机选取2017年12月~2018年6月于我 院行剖宫产合并胎盘植入的植入部分胎盘组织与邻近正常胎盘组织各5例,采用基因芯片技术检测组织lncRNA的表达水平; 植入组与对照组比较,筛选差异表达lncRNAs;随机选取5个差异表达lncRNAs进行实时荧光定量PCR检测,验证基因芯片结 果的准确性与可靠性,对差异表达基因进行GO功能聚类分析及KEGG 通路分析;选取芯片扫描与qRT-PCR结果均显示显著差 异的ENST00000511361（RP5-875H18.4）、NR_027457（LINC00221）和NR_126415（FOXP4-AS1）3条lncRNAs构建ceRNA调 控网络。结果植入组与对照组比较,筛选出329个差异表达lncRNAs与179个差异表达mRNAs,实时荧光定量PCR变化趋势 与芯片结果相一致;差异表达mRNAs主要参与TGF-β通路的调控;ceRNA调控网络的构建提示RP5-875H18.4--miRNA-218-- SLIT2在胎盘植入的发生中存在潜在ceRNA调节机制。结论差异表达lncRNAs可能通过调控TGF-β通路参与胎盘植入的发 生发展过程,RP5-875H18.4--miRNA-218--SLIT2在胎盘植入的发生中存在潜在ceRNA调节机制,但该结果还需进一步验证。     

Let-7诱导自噬在酒精性肝病中的作用研究

[目的]探讨lncRNA/let-7在酒精性肝病(alcohol liver disease, ALD)中的作用机制。[方法]通过喂食饲料含酒精的酒精喂养组(alcohol feeding group, AF),建立基于C57BL/6小鼠的ALD动物模型。制备血液和肝脏组织样品。在ALD小鼠模型和H2O2处理的人肝癌细胞(Human hepatocellular carcinoma, HepG2)细胞氧化应激模型中测定6种let-7 miRNA候选物的表达水平。基于Targetscan 6.2和miRanda 3.3a的生物信息学分析用于预测可能与let-7相互作用的下游靶基因和长链非编码RNA (long non-coding RNA, lncRNA)候选物。然后使用qRT-PCR在小鼠肝组织中定量预测的靶miRNA和lncRNA的水平。[结果] 1) AF组肝组织中let-7表达显著低于对照饲料(pair feeding, PF)组(P0.05),特别是let-7c、let-7d和let-7g表达水平显著降低(P0.05)。2)与对照组(untreated, UT)相比,H2O2处理的HepG2细胞中let-7表达也下调(P0.05)。3) AF组中发现自噬相关基因4 (autophagy related gene 4, Atg4)、自噬相关基因1 (autophagy related gene 1, Atg1)、自噬基因Beclin、自噬微管相关蛋白1轻链3B (light chain 3B, LC3B)等多种重要自噬生物标志物的表达水平均下调(P0.05),与慢性酒精摄入可抑制细胞自噬水平的理论相一致。4)预测了3种调控let-7的潜在lncRNA候选物NONMMUT012132、NONMMUT019851和NONMMUT068425。其中,NONMMUT012132的表达在AF组中上调,而其他两个lncRNA被下调。[结论]本研究表明,由酒精消耗过量引起的肝组织氧化损伤可能导致let-7 miRNAs和细胞自噬活性的下调,lncRNA可能参与let-7活性水平的调节。     

非酒精性脂肪肝病中长链非编码 RNA的表达谱

目的：分析非酒精性脂肪肝病(non-alcoholic fatt y liver disease,NAFLD)中长链非编码RNA(lncRNA)的表达谱 特征。方法：采用lncRNA-mRNA基因芯片检测单纯性胆囊结石伴或不伴NAFLD患者的肝组织样本,获得lncRNA差异 性表达谱。进一步使用生物信息学技术对差异表达的基因予以分析。结果：与正常样本相比,NAFLD肝样本内共有 1 735个lncRNAs和1 485个mRNAs异常表达,其中535个lncRNAs和760个mRNAs上调,1 200个lncRNAs和725个mRNAs下 调。结论：与正常肝组织相比,NAFLD组织中lncRNA表达谱明显异常,这些lncRNAs可能在NAFLD的发生和发展中 发挥重要作用。     

坐骨神经缺损后损伤近端神经组织microRNA表达变化

目的:研究大鼠坐骨神经缺损后损伤近端神经组织中microRNA(miRNA)的表达变化。方法:采用miRNA芯片检测神经缺损0h(对照组),3h和6h(实验组)损伤近端神经组织miRNA的表达情况,应用real time Taqman PCR对芯片结果进行验证。结果:3h实验组与对照组比较发生上调和下调1.5倍以上的miRNA分别有4个和3个,6h实验组与对照组比较发生上调和下调1.5倍以上的miRNA分别有11个和6个,real time TaqmanPCR检测miR-132和miR-223的表达变化与芯片检测结果一致。结论:大鼠坐骨神经缺损3h和6h后损伤近端神经组织中miRNA的表达谱发生改变。     

周围神经损伤后大鼠背根神经节细胞NMDA受体表达的可塑性改变

目的 观察外周神经切断后初级感觉神经元内N-甲基-D-天冬氨酸（NMDA）受体表达的改变。方法 采用免疫细胞化学技术显示背根节内NMDAR1（NMDAR1-LI）阳性细胞数。结果 坐骨神经切断后大鼠腰段背根节内NMDAR1的表达显著下调。结论 外周神经损伤后，初级感觉神经元NMDA受体发生可塑性改变，提示脊髓内谷氨酸递质活动的改变。     

嗅觉受体在背根节神经元和坐骨神经中的表达与鉴定

目的:探讨背根节神经元和坐骨神经中存在嗅觉受体基因的表达。方法:采用表达谱芯片检测坐骨神经离断后嗅觉受体在背根节神经元和近端坐骨神经中的表达变化,并用RT-PCR验证芯片结果。结果:背根节神经元和坐骨神经中存在嗅觉受体的表达,而且在坐骨神经离断后它们的表达发生显著改变。结论:首次报道了嗅觉受体在背根节神经元和坐骨神经中的表达,推测嗅觉受体可能在坐骨神经离断后与检测各种刺激信号相关。