首页 | 本学科首页   官方微博 | 高级检索  
相似文献
 共查询到20条相似文献,搜索用时 171 毫秒
1.
目的对我们发现的1株高效抗肝肿瘤新城疫病毒溶瘤株的F基因进行扩增、序列测定和分析。方法RT—PCR扩增F基因片段,序列测定后与国际标准株弱毒株La Sota、B1及强毒株HER33、ITA/45、TEX/48、JS206WD、YG03的F基因比较研究,并对这株病毒F蛋白分子结构的疏水性、抗原表位及进化树分析。结果扩增出的F基因片段核苷酸长度为1656bp,单一的开放读码框编码552个氨基酸,其核苷酸序列与以上7种NDV的F基因同源性分别为:87.1%、87.5%、91.4%、91.7%、87.5%、90.7%、92.4%,氨基酸序列同源性为:90.2%、89.7%、94.9%、93.8%、90.8%、94.4%、95.5%。F基因裂解位点的氨基酸序列为112R—R—Q—K—R—F117,与所有强毒株在这一区域的序列(112R/K—R—Q—K/R—R—F117)相符,疏水性与抗原表位均与强毒株相似,进化树分析属于基因Ⅵ型。结论推测新发现的1株高效抗肝肿瘤新城疫病毒为NDV基因Ⅵ型强毒株。  相似文献   

2.
目的了解湖南省狂犬病毒的分子流行病学特征以及其与疫苗株的差异。方法对4株湖南狂犬病病毒P和M基因同时进行了RT-PCR扩增、克隆和测序。结果同源性分析表明,4株湖南街毒P和M基因核苷酸同源性分别为97.3%-99.4%和98.4%-99.8%;与其它I型狂犬病病毒和疫苗株核苷酸同源性比较,P基因分别为78.4%-90.2%和81.8%-86.8%;M基因的分别为81.8%-92.1%和84.7%-90.6%。4株野毒P和M基因氨基酸同源性分别为98.0%-99.3%和98.5%-99.0%。结论4株病毒P基因和M基因的核苷酸序列及推导的氨基酸序列与我国现用的人用及兽用疫苗株存在一定差异。进化关系表明,4株病毒均为基因I型狂犬病毒;与我国宁夏分离株最近;与其它I型毒株分离自菲律宾和泰国等东南亚的毒株亲缘关系较近;而与翼手目的毒株关系最远。  相似文献   

3.
目的鉴定从合肥市某医院先天性脑瘫患儿尿标本中分离的4株人巨细胞病毒(HCMV)毒株并对其UL83基因序列进行分析,为HCMV感染的预防及pp65蛋白疫苗的研制提供参考依据。方法应用细胞培养法复苏病毒,间接免疫荧光法检测pp65蛋白表达,并用特异性引物对UL73基因进行PCR,扩增的产物经凝胶纯化后测序;序列结果运用DNAMAN软件和GenBank登录的3株代表性HCMV毒株进行核苷酸和氨基酸序列比对。结果HCMV AD169株与HCMV-1分离株的UL83基因核苷酸及编码氨基酸序列的同源性均为100%,与其余3株的同源性也达99.26%~99.69%;4株HCMV分离株与Merlin株、Towne株在相应基因片段核苷酸及氨基酸的同源性最低的分别为98.95%,99.06%。结论UL83序列分析结果表明,HCMV UL83编码pp65蛋白的优势抗原决定簇氨基酸序列无变化。  相似文献   

4.
目的了解新疆肠道病毒71型(EV71)分离株VP1区基因特征。方法选取2011-2013年新疆部分地州手足口病病例标本,临床标本或其病毒培养物经实时荧光PCR鉴定后,通过RT—PCR法进行VP1区编码基因扩增,并对扩增产物进行序列测定,所得序列用ChromasPro1.7.4,BioEdit7.1.11和MEGA5.1软件进行序列校正、拼接、整理和分析,并与EV71各型及亚型参考序列构建基于VPl序列的系统进化树。结果新疆EV71分离株之间核苷酸和氨基酸序列同源性在92.8%~100.0%和97.9%~100.0%,22株病毒株与安徽阜阳和山东临沂C4a基因参考株最为相近,核苷酸和氨基酸序列序列同源性在93.9%~98.6%和98.6%~99.6%。而与A、B基因型参考株差异较大,核苷酸和氨基酸序列序列同源性在82.1%~84.8%和95.9%~98.3%。直接用临床标本进行核酸提取、扩增和序列测定的阳性率为30.0%,低于用病毒培养物的阳性率(100.0%)。结论2011—2013年新疆EV71分离株均为C4a基因型,与安徽和山东分离的EV71毒株可能有相同的起源。直接用临床标本进行核酸提取、扩增和序列测定可用于肠道病毒的分型鉴定。  相似文献   

5.
北京市1株人狂犬病病毒分离鉴定及其分子特征   总被引:1,自引:0,他引:1  
目的研究北京市一株人狂犬病病毒的N、G基因的分子特征,比较与全国流行株以及疫苗株之间的差异。方法以直接免疫荧光技术检测病人脑组织,昆明乳鼠颅内接种法分离病毒株。以RT-PCR方法扩增病毒的核蛋白及糖蛋白基因,克隆测序后进行遗传学分析。结果直接免疫荧光检测到病人脑组织中的病毒颗粒,用乳鼠颅内接种法分离到了毒株。命名为Beijing(H)株。遗传分析表明Beijing(H)株与目前我国的主要流行株N基因和G基因的核苷酸序列同源性分别是97.6%~99.1%和97.5%~99.7%。推导的氨基酸序列同源性分别是97.6%-99.2%和97.7%-99.8%。结论Beijing(H)株为基因1型狂犬病毒,属于我国目前的流行株,其与目前国内所使用的疫苗株存在一定的差异。  相似文献   

6.
感染CDV的犬病料N、H、F基因的克隆与序列分析   总被引:1,自引:0,他引:1  
目的 了解病料中犬瘟热病毒(CDV)的变异情况,为犬瘟热的预防与治疗提供理论依据.方法 采用RT-PCR方法对犬病料中CDV的血凝素蛋白(H)、融合蛋白(F)和核农壳蛋白(N)基因进行扩增,将扩增产物克隆到pGEM-T-easy载体中测序,并进行序列分析.结果 测定一株CDV的H、F和N基因大小分别为1863 bp、1653 bp和2235 bp.同源性分析表明,未发现碱基的插入和缺失.该病毒的H、F和N基因分别与国内强毒株BJ080127株的H基因、GN株的F基因和HL株的N基因亲缘关系最近,氨基酸同源性分别为97.3%、97.7%和99.3%.与国外标准野毒株A75-17在核苷酸水平上同源性依次为94.4%、93.8%和97.2%,与疫苗株CDV3在核苷酸水平上同源性分别为88.5%、88.8%和93.9%.系统进化树表明该病毒与国内强毒株在同一谱系.糖基化分析显示,该病毒在F基因3~5位氨基酸处多出1个糖基化位点.结论 本研究从犬病料中成功克隆了犬瘟热病毒血凝素蛋白、融合蛋白和核衣壳蛋白,在F基因中新增了一个糖基化位点,为犬瘟热的遗传变异和流行学研究提供了分子生物学依据.  相似文献   

7.
目的了解宁波地区流行性感冒(流感)病毒株的变异情况。方法采集2004年5月宁波大学流感爆发期间病人的含漱液进行病毒分离、鉴定,并对其中1株病毒的血凝素重链区进行了核苷酸和氨基酸序列分析。结果在9份样品中共分离到流感病毒3株,经血清学试验鉴定为甲3型。与2002年宁波市流感病毒流行株的核苷酸同源性为98.2%-98.3%,氨基酸同源性为96.7%-97.3%;与2003年流行株的核苷酸同源性为98.7%,氨基酸同源性为97.6%;与参考株A/Sydney/05/1997的核苷酸同源性为95.9%,氨基酸同源性为92.7%;与参考株A/Wuhan/359/1995的核苷酸同源性为94.6%,氨基酸同源性为91.2%。结论2004年宁波大学流感爆发的病毒为甲3型。其HA1区序列更接近2003年流行毒株,与A/Sydney/05/1997毒株的同源性要高于A/Wuhan/359/1995。该爆发流行的毒株可能是在宁波以前流行毒株的基础上进化而来的。  相似文献   

8.
目的建立中国大陆柯萨奇病毒A组16型(CoxA16)流行株的全基因参照序列。方法从GenBank中获得CoxA16中国大陆分离株的所有全基因序列和氨基酸序列,用DNAstar/MegAlign软件对所得序列进行多序列比对和进化分析,按照参照序列标准拟定CoxA16的全基因参照序列和氨基酸序列,并与参考序列进行比对分析。结果中国大陆分离的CoxA16毒株全基因序列共8株,分离于2005-2009年,其中2008年5株,广东省5株;通过序列比对获得了大陆CoxA16全基因和氨基酸参照序列;参考毒株间核苷酸序列同源性介于79.0%~98.8%,氨基酸序列同源性为94.3%~99.9%,与参照序列的核苷酸同源性为79.7%~97.0%,氨基酸同源性介于95.1%~99.5%之间,同源性最低的为2008年安徽阜阳的FY18株。结论比对分析了中国大陆CoxA16毒株全序列,成功建立了中国大陆CoxA16全基因和氨基酸参照序列。  相似文献   

9.
目的通过对广东省不同地区、不同流行期间分离的三株登革1型病毒(DVI)的结构蛋白E基因进行序列测定及分析.了解各流行株之间的遗传差异,追踪其可能的传染来源:方法应用RT-PCR技术扩增病毒的结构蛋白E基因,克隆到PMD18-T载体.转化JM109宿主菌,挑取阳性克隆进行鉴定及序列测定,应用计算机软件与国内外参考及流行株进行同源性分析.并绘制基因系统发生树:结果3株DVI病毒E基因序列长度均为l485bp,编码495个氨基酸,核苷酸序列同源性在91%~98%之间、推测的氨基酸序列同源性在94%~99%之间:GD23/95与A88核苷酸(氨基酸)同源性为95%(98%),与其他株的同源性相对较低,2株属同一基因型;GD14/97和GD05/99与Cambodia共享序列非常接近.3株同属另一基因型。结论广东省1997、1999和1995年流行的登革热可能来自境外不同的疫源地。  相似文献   

10.
汉滩病毒西安分离84FLi的M片段全基因序列测定及分析   总被引:3,自引:1,他引:2  
目的 测定我国肾综合征出血热患者流产胎儿肝脏分离病毒84FLi株的全M片段基因序列,了解其分子基础。方法 采用反转录-聚合酶链反应(RT-PCR),分节段扩增M基因片段的cDNA,直接用PCR产物或克隆人pMD18-T载体后进行测序。结果 84FLi株的全M基因序列组成为:M片段基因共由3616个核苷酸组成,四种核苷酸的比例分别为A30.92%,C18.03%,G21.18%,T29.87%。GC含量为39.21%,AT含量为60.79%,最大开放读码框为41-3448,共编码1135个氨基酸。核苷酸序列同源性分析表明84FLi株与HTN型同源性高于与其他型汉坦病毒的同源性,其中与中国株的同源性较高,与HV114株的同源性为85.5%。与HTNV的国际标准毒株76-118的核苷酸同源性分别为84.0%,氨基酸的同源性为96.0%。结论 84FLi株属于汉滩型病毒,并与分离自国内的汉滩病毒同源性较高。  相似文献   

11.
12.
目的 对2014—2019年长沙市风疹病毒进行分子流行病学、基因特征及溯源研究。方法 风疹疑似患者鼻咽拭子先通过荧光逆转录聚合酶链反应(real time-PCR, RT-PCR)进行风疹病毒核酸检测,风疹病毒阳性标本再进行RT-PCR扩增E1基因片段,序列拼接后构建进化树及氨基酸同源性分析。结果 截至2019年10月31日,收集到市区上送风疹疑似病例标本1 726份,其中阳性87份(5.04%),2014年至2019年风疹阳性率分别为1.27%(6/471)、1.70%(4/235)、1.83%(4/218)、0%(0/133)、11.18%(18/161)和10.83%(55/508)。2018年开始风疹病例显著增多。感染人群中62.07%(54/87)分布于10~20岁。本研究共获得31株风疹病毒序列,2014年3株2B型,1株1E型;2016年1株2B型;2018年10株1E型;2019年16株1E型。GenBank序列号为MN251800-MN251830。进化树分析显示2018—2019年毒株与香港地区本土循环流行的1E基因型毒株位于同一分支,区别于2018年以前长沙市地区流行的毒株。毒株之间的核苷酸同源性为99.5%~100.0%,与WHO参考株核苷酸同源性为96.0%~96.4%。E1基因第324位A突变为T,第329位F突变为L,关键位点未发生变化。结论 2018—2019年长沙地区风疹流行毒株为不同地区同一1E基因型毒株感染造成,应加强本地学生及成年人中风疹疫苗接种计划及风疹病毒学的监测。  相似文献   

13.
目的了解2008年广西一起甲型肝炎暴发流行株基因型。方法采自甲型肝炎暴发流行中3所学校现症病人的血清。经RT-PCR对HAV-VP1区核苷酸进行扩增和序列分析。结果来自3所学校的HAV流行株VP1区核苷酸序列同源性为100%,与AH2株的同源性最高,为98.6%,同属于IA亚型;氨基酸水平上没有发生氨基酸的缺失、插入,未发生有意义的突变。结论IA亚型是导致此次甲肝暴发的流行株,3所学校具有相同的传染源和流行株。人群甲肝疫苗免疫水平低是甲肝流行的主要因素,应加强甲肝疫苗的免疫水平及甲肝分子流行病学监测。  相似文献   

14.
目的了解2005年宁夏麻疹流行株基因型特征,为进一步的麻疹防治策略提供科学依据。方法采集宁夏2005年麻疹暴发病例的咽拭子或尿液标本19份,用EB病毒转化的狨猴淋巴母细胞(B95a)分离麻疹病毒。使用逆转录-聚合酶链反应(RT-PCR)方法扩增出分离的麻疹病毒株核蛋白(N)基因C末端676个核苷酸。再对扩增产物进行核苷酸序列测定和分析,并以C末端456个核苷酸片断构建基因亲缘性关系树,进行核苷酸同源性分析。结果从19份标本中分离到13株麻疹病毒,均为H1基因型H1a亚型。结论引起2005年宁夏部分地区麻疹暴发流行的野毒株为H1基因型,并以H1a为绝对优势亚型。不同暴发之间存在相同毒株引起的传播链,同一暴发中存在不同毒株的传播。  相似文献   

15.
目的 对2015年深圳市报告的首例输入性登革热病例进行溯源分析。方法 收集该病例流行病学资料及血清样本,并通过免疫层析法和实时荧光RT-PCR对该病例血清中的特异性IgM抗体、IgG抗体、NS1抗原及病毒核酸进行检测。用C6/36细胞对血清进行病毒分离。对分离株的E基因进行序列测定,与不同型别的标准株及不同地区的分离株进行同源性分析并构建系统发生树。同时对糖基化位点、毒力位点上的序列进行比较。结果 从该病例血清中检测出IgM抗体、NS1抗原和2型登革病毒RNA,并成功从血清样本中分离出登革病毒DEN2-SZ1503。 SZ1503与标准2型登革病毒NGC株E基因的核苷酸及氨基酸序列同源性分别为93.8%和97.8%。系统发生树表明SZ1503与SG(EHI)D2 / 06572Y13株(Malaysia 2013),具有最高相似性,且位于系统发育树的同一分支中。该分离株同1051株(Indonesia 76)、10株(Somalia 84)和271-206株(Sri Lanka 90)一起属于基因型Ⅳ。SZ1503株E基因的糖基化位点与其他登革热2型毒株相同,毒力位点也与之前报道的毒株一致。结论 病毒学、血清学和流行病学结果表明,该输入登革热病例是由2型登革热病毒引起的,SZ1503病毒株的遗传特征与马来西亚流行的登革热病毒一致。  相似文献   

16.
宁夏2004-2007年流行麻疹野病毒基因特征分析   总被引:1,自引:0,他引:1  
目的了解宁夏2004-2007年流行的麻疹野病毒分离株基因特征,为控制、消除麻疹提供科学依据。方法用B95a、Vero/Slam细胞从疑似麻疹暴发和散发患者的标本中分离麻疹病毒,通过逆转录-聚合酶链反应(RT-PCR),从分离到的麻疹病毒中扩增出核蛋白(nucleoprotein,N)基因C末端676个核苷酸片段,再对扩增产物进行核苷酸序列测定和分析,并以C末端456个核苷酸片段构建基因亲缘性关系树,进行核苷酸、氨基酸同源性分析。结果分离的36株麻疹野病毒全部为H1基因型H1a亚型。36株麻疹野病毒的核苷酸同源性为96.2%-100.0%,氨基酸同源性为94.0%-100.0%。宁夏14株麻疹病毒代表株与中国S191疫苗株的核苷酸同源性为91.0%-92.5%,氨基酸同源性为85.4%-89.4%。结论宁夏2004-2007年流行的麻疹野病毒为H1基因型H1a亚型,未发现其它基因亚型。H1a基因亚型病毒株引起了多个传播链造成宁夏各市的麻疹流行。  相似文献   

17.
西安市麻疹野病毒核蛋白基因序列分析   总被引:2,自引:0,他引:2  
司源  李平  侯铁军  孙亚辉  关蓉晖  姬亦昕  王枫 《医学争鸣》2006,27(21):1953-1955
目的:研究西安市流行麻疹病毒的基因型别及特征. 方法:采集3 d内出疹麻疹患者咽拭子标本分离病毒,提取病毒RNA,逆转录聚合酶链反应(RT-PCR)扩增病毒的核蛋白N基因碳末端的450 bp的核苷酸片段,对扩增产物进行序列测定和比较分析. 结果:采集咽拭子标本13份,分离出麻疹病毒8株,分离率62%;8株麻疹病毒均为H1基因型. 结论:H1基因型麻疹病毒是西安市麻疹病毒的优势流行株,与全国麻疹病毒流行株无明显差异.  相似文献   

18.
目的探讨宁波市麻疹流行株的基因型别和遗传特征。方法利用细胞培养从宁波市2004~2005年28例临床诊断麻疹病例的咽拭子中分离麻疹病毒,通过RT-PCR扩增出病毒核蛋白(N)基因C末端456bp片段进行测序,并分析其和GenBank中麻疹病毒各基因型代表株的同源性。结果分离到8株麻疹病毒,其N基因片段与H1型代表株Hunan.CHN的同源性为97.6%~98.5%,与麻苗Shanghai-191的同源性为92.8%~93.4%。结论宁波市麻疹流行株属于H1基因型。  相似文献   

19.
目的通过分析石家庄地区急性呼吸道感染病例中人偏肺病毒(human metapneumovirus,hMPV)的感染情况、临床特点和基因特征,掌握石家庄地区hMPV流行特点。方法采集2012年1~12月,河北省儿童医院和石家庄市人民医院两所医院门诊呼吸道感染病例标本297份,收集相关临床资料,采用多重RT-PCR方法检测包括hMPV在内的15种呼吸道病毒核酸。hMPV阳性标本通过RT-PCR扩增M基因片段,并进行核酸测序。用Mega 6软件比对序列和绘制系统进化树。结果从297份标本中检出阳性标本130份,总阳性率为43.77%,其中hMPV阳性标本5份,核酸阳性率为1.68%。患者年龄为2个月~57岁。1例病例混合感染鼻病毒和副流感病毒。临床诊断为上呼吸道感染和支气管肺炎。3株间核苷酸同源性为92.0%~99.9%。基因进化分析显示石家庄Hebei2012-1为A2b基因型,Hebei2012-2和Hebei2012-3属于B1基因型。结论石家庄地区hMPV流行基因型别为A2b和B1型。  相似文献   

20.
目的 分析2011—2020年福建省流行性腮腺炎流行病学特征,为制定有效防制措施及评价防治效果提供依据。方法 通过中国疾病预防控制信息系统,收集2011—2020年福建省流行性腮腺炎报告病例,对腮腺炎病例的咽拭子标本进行细胞培养、基因定型和基因序列分析。采用描述流行病学方法,分析流行性腮腺炎病例的时间、地区和人群分布特征。结果 2011—2020年福建省流行性腮腺炎平均报告发病率为14.49/10万,各年发病率在4.69/10万~43.17/10万,2011年发病率最高,2013年后发病率呈明显下降趋势;9个地级市及平潭综合实验区均有腮腺炎病例报告,发病无明显地域性特征;每年发病季节呈现明显的双峰分布,第一个发病高峰为4—7月,第二个小高峰在11月到次年1月;男性多于女性,男女性别比1.74∶1,男、女发病差异有统计学意义(P<0.01) 。发病人群以学生和儿童为主(占72.71%),年龄主要分布在5~14岁,随年龄增长呈下降趋势;聚集性疫情主要发生在小学和中学,发生地为农村中小学30.43%(21/69)低于城镇中小学及中等教育学校69.57%(48/69)。病原学监测发现,福建省存在F和G两种不同基因型腮腺炎病毒流行传播。结论 2011—2020年福建省流行性腮腺炎发病呈下降趋势,仍需加强学校和托幼机构等重点场所的防控工作,避免发生聚集性疫情;F和G两种不同基因型在福建省存在传播链,需加强病原学监测工作。  相似文献   

设为首页 | 免责声明 | 关于勤云 | 加入收藏

Copyright©北京勤云科技发展有限公司  京ICP备09084417号