长爪沙鼠ATPase8,ATPase6,COX3基因的克隆及序列分析

目的对长爪沙鼠线粒体ATPase8,ATPase6,COX3基因全序列进行测定,并对其进行鉴定及进化分析。方法根据长爪沙鼠已知基因序列设计引物,采用PCR产物测序法,对目的片段进行测序鉴定。结合已公布啮齿类动物ATPase8,ATPase6,COX3基因序列,分析其碱基组成、遗传距离、并基于最小进化法和UPGMA法构建系统进化树。结果获得长爪沙鼠线粒体ATPase8,ATPase6,COX3基因全序列,其与家鼠、小家鼠和仓鼠均具有较高的同源性(76～98%);进化分析结果显示,长爪沙鼠与家鼠、黑家鼠和仓鼠遗传距离较近;碱基G的含量分别为6.9%,10.7%,15.2%,符合mtDNA的特点;A+T含量分别为68.2%,64.1%,59.2%,明显低于G+C含量,符合哺乳动物的特点。结论本研究为首次获得长爪沙鼠ATPase8,ATPase6,COX3基因全序列,长爪沙鼠与家鼠、黑家鼠和仓鼠具有较近遗传距离,本研究为长爪沙鼠进化研究、线粒体的结构和功能研究奠定基础。     

未净化Z:ZCLA长爪沙鼠封闭群繁育及遗传稳定性分析

目的 分析未净化Z:ZCLA长爪沙鼠封闭群繁育和生长指标,并利用直接测序法分析其遗传稳定性.方法 随机选择40对Z:ZCLA长爪沙鼠,记录其繁殖胎次、产子数等指标,分析其仔鼠的生长发育情况.遗传稳定性分析选择Z:ZCLA长爪沙鼠非同胞、非亲代个体33只,提取肝脏基因组DNA,PCR扩增D-Loop序列,产物纯化后双向测序,测序结果与Z:ZCLA长爪沙鼠标准序列比对.结果 Z:ZCLA长爪沙鼠每胎产仔7只,胎间隔多在20～60d间,雄性体重高于雌性.遗传稳定性分析检测发现33只Z:ZCLA长爪沙鼠序列与标准序列完全一致.结论 Z:ZCLA长爪沙鼠群体内未发现遗传多态性,说明该群体具有较好的遗传稳定性.     

DNA条形码鉴别内蒙古地区大沙鼠

目的探究应用DNA条形码技术对鼠疫宿主动物进行分子生物学鉴定的可行性。方法本研究检测了内蒙古布氏田鼠和长爪沙鼠鼠疫自然疫源地内形态上鉴定为8种啮齿动物的78条线粒体COI基因657bp的片段序列，经过双参数法计算遗传距离，采用邻接法（M）构建分析系统发育树。结果除大沙鼠外，种内平均遗传距离为0．6％，种间平均遗传距离为23．1％，而14只大沙鼠种内遗传距离高达8．1％，而分成2组后种内遗传距离最大为0．1％。NJ进化树能清楚的区分不同的鼠种。结论通过COI基因应用DNA条码技术可以对内蒙古的鼠疫宿主动物进行鉴别，同时认为乌兰察布长爪沙鼠疫源地的大沙鼠可能存在2个亚种。     

中国地鼠线粒体DNA 16S rRNA基因序列分析及分子系统发育研究?

目的 实验通过克隆分析中国地鼠16S基因的部分序列，对中国地鼠16S基因的结构和功能进行初步探索和揭示。方法 从GeneBank中已报到的啮齿动物16S基因保守区设计一对引物，进行PCR扩增，测序。用Blastn与Genbank中7种啮齿类动物的16S基因进行序列比较，分析其碱基组成及变异情况，并用邻接法(NJ)、非加权组平均法(UPGMA)构建分子系统树，在分子水平上探讨中国地鼠和其它啮齿类动物的进化关系，对中国地鼠的种属地位进行了进一步验证。结果 获得了中国地鼠线粒体16S基因的部分序列；进化树表明，中国地鼠、金黄地鼠与欧洲仓鼠先聚为一支，小鼠与大鼠先聚为一支，东方田鼠、台湾田鼠与东欧田鼠先聚为一支。结论 中国地鼠和金黄地鼠的亲缘关系最近，与传统的分类地位基本吻合。     

陕西省榆阳区长爪沙鼠分布调查

目的:调查摸清榆阳区长爪沙鼠的分布情况。方法:对长爪沙鼠采用单公顷样方夹日法和现场挖洞法,对其他小型啮齿类动物采用五米夹线法。对家鼠采用夹夜法。结果:长爪沙鼠主要分布在榆阳区北部风沙滩区。结论:长爪沙鼠分布范围局限、集中,但局部密度较高,在榆阳区加强鼠疫监测工作是一项长期而艰巨的任务。     

宁夏啮齿动物种类与地理分布

目的了解宁夏啮齿动物的种类与地理分布。方法夹夜法和鼠笼诱捕法。结果宁夏啮齿动物8科25属38种,小家鼠、褐家鼠和草兔分布广泛,达乌尔黄鼠、黑线仓鼠、灰仓鼠、五趾跳鼠、子午沙鼠和长爪沙鼠在全区大部分地区均有分布,其它种类分布相对局限。结论基本掌握了宁夏啮齿动物的种类和地理分布,为今后开展啮齿动物防制提供了参考。     

西藏小型猪线粒体D-loop区及微卫星多态性的遗传学分析

目的通过分析西藏小型猪线粒体控制区(D-loop区)及微卫星位点的遗传多态性,检测西藏小型猪的遗传背景,从而为其作为实验动物提供分子生物学方面的可靠依据。方法利用特异性引物对西藏小型猪的线粒体D-loop区及10个具有多态性的微卫星位点进行扩增,割胶纯化并对线粒体D-loop区进行测序,另外采用聚丙烯酰胺凝胶电泳的方法分离微卫星位点的等位基因。结果西藏小型猪线粒体D-loop区全序列没有多态性,微卫星位点则具有高度的遗传多态性和杂合度,分别为0.584和0.573。结论西藏小型猪线粒体基因组无多态性,证明其在母系进化和遗传上与其他猪种较为一致,本实验所用的西藏小型猪生长于一个封闭的环境,导致其微卫星位点遗传多态性的中低度水平。     

利用双重PCR.技术研究长爪沙鼠的微卫星结构

目的 为了建立快速检测长爪沙鼠群体遗传多样性的方法及获得Z:ZCLA长爪沙鼠封闭群现用微卫星位点的结构.方法 利用17个微卫星位点(9个来自长爪沙鼠,8个来自大小鼠)进行了PCR反应体系及反应条件的优化,组合了6组双重PCR及两个复合式点样,用上述8个组合对普通级z:ZCLA长爪沙鼠封闭群43、44、45三个世代核心群各.100只种鼠进行遗传检测.结果 三个世代的300只种鼠的检测结果表明,9个长爪沙鼠位点均为微卫星,其中7个位点为完全型的微卫星,1个为复合型,1个为不完全型,多态性主要表现在核心序列的重复;来自大小鼠的8个微卫星位点,有7个在z:ZCLA长爪沙鼠核心群中得到有效扩增,只有3个位点在三个世代中均有出现,对测序结果分析后发现,其核心序列均为小卫星.结论 来自长爪沙鼠的位点,无论结构还是遗传方式均符合微卫星遗传标记的特点,可用作检测长爪沙鼠的群体遗传多样性.     

长爪沙鼠载脂蛋白E4外显子的克隆初报

目的克隆并获得长爪沙鼠载脂蛋白ApoE基因E4外显子的序列。方法根据Genbank中的相关序列,用自行设计的引物,通过常规的RT-PCR方法,从长爪沙鼠肝脏中克隆及测序得到所需要的基因序列。结果长爪沙鼠载脂蛋白ApoE基因E4外显子长约987bp,经比较发现最终测序的结果与大小鼠ApoE基因的同源性达到了73％-74％,与人ApoE基因的同源性达到了62％,与猪、牛ApoE基因的同源性达到了60％以上,与非人灵长类ApoE基因的同源性达到了57％,用DNAstar进行编码氨基酸预测,基因共编码263个氨基酸,已向genbank提交,登录号码EU780067。结论利用基因进化的保守性通过PCR方法可以得到长爪沙鼠载脂蛋白E4基因的序列,本实验为筛选长爪沙鼠高脂血症模型的遗传多样性标记,为培育长爪沙鼠的血脂代谢新品系打下基础。     

长爪沙鼠β-防御素(defβ-83)基因的克隆与鉴定

目的克隆长爪沙鼠β-防御素基因序列，并对其进行鉴定及分析。方法从长爪沙鼠小肠中提取总RNA，根据GeneBank中大小鼠的β-防御素的基因序列，通过防御素基因的保守性设计引物，采用RT-PCR技术得到预期的PCR产物，将所得的片段进行克隆、测序，并应用相关生物信息学软件对序列进行鉴定和分析，序列提交genbank。结果Blast比较发现最终测序的结果与小鼠β-防御素-1和大鼠β-防御素-1的同源性全都大于80％，genebank登录号为EU834052。结论经测序鉴定证实该PCR产物为长爪沙鼠阻防御素基因1的一部分。本研究为深入探讨长爪沙鼠β-防御素的生物学活性奠定基础。     

云南猕猴mtDNA控制区全序列测定

目的测定云南猕猴线粒体DNA控制区全序列,对其进行鉴定及进化分析。方法利用PCR技术扩增猕猴线粒体DNA控制区全序列,结合GenBank中下载的猕猴参考序列(AY612638),采用多个生物学软件对序列碱基组成、同源性、转换/颠换比等遗传信息进行分析,并基于邻接法(NJ)和最小进化法(ME)构建系统进化树。结果云南猕猴线粒体DNA控制区全长为(1 084～1 089)bp,A、T、G和C四种碱基平均含量分别为29.9%、26.9%、12.3%和30.9%,A+T含量(56.8%)高于G+C含量(43.2%)。所分析序列间的同源性为91.5%～99.5%,平均核苷酸变异率为4.5%,变异类型包括转换、颠换、插入和缺失4种形式,转换/颠换比值平均为26.1。进化树显示云南猕猴存在两个平行进化的姐妹分支。结论本研究获得了云南猕猴mtDNA控制区全序列,为猕猴进化关系研究及mtDNA控制区功能研究奠定基础。     

长沙人间布鲁菌分离株omp25基因扩增和系统进化分析

目的了解长沙地区人间布鲁菌omp25基因的序列特征并阐明其系统进化关系,为布鲁菌病防控以及omp25基因克隆与表达研究提供参考。方法根据Gen Bank公布的羊种布鲁菌16M的omp25基因序列设计1对PCR引物,采用PCR法从长沙地区布鲁菌分离株基因组中扩增omp25基因,产物用凝胶电泳进行分析后进行双向核苷酸序列测定,测序结果用DNAstar 7.1进行分析,将测序结果提交Gen Bank,并利用Mega 7软件构建布鲁菌长沙分离株系统进化树。结果 41株布鲁菌成功扩增出omp25基因片段,片段长度约640 bp,通过测序后Blast同源性分析,证实41株菌株均为羊种布鲁菌,长沙分离株与10株羊种布鲁菌序列100%相同,进化树显示长沙分离的布鲁菌和国内外羊种布鲁菌位于同一进化分支上,同广西的LA1105参考株亲缘关系最近。结论长沙地区人间布鲁菌分离株omp25基因序列与参考菌株序列同源性高,且与羊种布鲁菌在同一分支,表明omp25基因序列是一个保守序列。该研究结果可为布鲁菌的分子生物学鉴定和诊断试剂的研制提供参考。     

米非司酮对恒河猴促性腺激素分泌水平的抑制作用

目的测定西藏小型猪以及巴马小型猪、贵州香猪和五指山猪的mtDNA控制区5’端序列,比较研究其遗传变异和与国内家猪的亲缘关系。方法扩增四种小型猪的mtDNA控制区5’端,测序并进行所测序列多重比对,确定变异位点、单倍型,并建立亲缘关系树。结果与荣昌猪相比,西藏小型猪mtDNA控制区5’端侧翼区704bp,有20个变异位点,由此归纳出26个单倍型;其中有两种主体单倍型,三个转换位点（305,500,691）的碱基分别为t,a,a和c,g,g。巴马小型猪、贵州香猪和五指山猪mtDNA控制区5’端变异位点较少,分别只有4、4、3种单倍型。亲缘关系树的分析表明,西藏小型猪与其它三种小型猪有较近的亲缘关系。结论西藏小型猪群体存在遗传分化,与巴马小型猪、贵州香猪和五指山猪亲缘关系较近;巴马小型猪、贵州香猪和五指山猪遗传均一性较高,可能与长期的人工选择有关。     

我国人细小病毒B19VP1和VP2部分基因序列测定及变异分析

目的 探讨B19病毒中国株的基因变异。方法 采用长片段聚合酶链反应技术，从中国再障患儿血清中扩增HPVB19-XA2株的VP1独特区基因和VP1/VP2基因片段，进行核苷酸序列分析。结果 B19-XA2株的VP1独特区和VP1/VP2连接区基因大部分区域核苷酸序列被测定，其与国外Au株基因核苷酸序列比较，有4个核苷酸突变，并引起编码的2个氨基酸改变。结论 我国B19病毒VP1基因独特区和VP1/VP2连接区基因序列与Au株相比有变异。     

肾综合征出血热汉坦病毒分型及序列特征的研究

目的 分析黑龙江省肾综合征出血热（HFRS）患者携带汉坦病毒的基因型别及序列特征.方法 采集临床诊断为肾综合征出血热病人的全血60例,其中通过金标法检测出血热特异性抗体阳性40例、阴性20例,血凝块提取汉坦病毒RNA,应用RT-Nest-PCR及核苷酸序列测定分型技术对黑龙江地区的汉坦病毒进行分型研究,设计汉坦病毒M片段通用引物（MOF,MOR）及HTNV和SEOV的M片段特异性引物（HTNMF、HTNMR,SEOMF、SEOMR）,应用Nest-PCR进行扩增,回收阳性扩增产物进行基因序列测定,将所测基因序列与国内外HV病毒株序列进行核苷酸同源性分析,构建M基因种系进化树.结果 出血热特异性抗体阳性的病例中扩增出HTN型19份,抗体阴性的病例中扩增出HTN型1份、SEO型l份.总体来看黑龙江省流行的汉坦病毒毒株主要为HTN型和SEO型,以HTN型为主.经核苷酸及氨基酸同源性和种系进化分析表明其黑龙江地区的病毒株同源性较高,其中HTN型与76 ～ 118株同源性较高,SEO型与Z37株的同源性较高.结论 黑龙江省的HV感染病例多为HTN型,与其他GenBank中的各地标准株的核苷酸及推导的氨基酸序列均有一定差异,在系统进化树中分析HTN型与76-118株较为接近.SEO型与国内Z37较为接近.结合临床症状发现其临床症状较为相似的在系统进化发生树中较为接近.     

Subtype and sequence analysis of HIV-1 strains in Heilongjiang Province

Background Human immunodeficiency virus (HIV-1) is divided into two types, HIV-1 (groups M, N and O) and HIV-2. Heilongjiang Province located in the northeast of China, and the feature of the subtype distribution and sequence characteristics of HIV-1 strains prevalent in Heilongjiang Province is still uncertain. The aim of this study was to investigate the subtype distribution and genetic characteristics of HIV-1 strains in one hospital in Heilongjiang Province. Methods HIV-1 env gene was amplified by nested-PCR from peripheral blood mononuclear cells (PBMCs) obtained from 19 HIV-1 seropositive individuals in Heilongjiang Province. The C2-V3 region was sequenced. Aligned the nucleotide sequence of 19 samples with CLUSTAL W (BioEdit) software, results were acquired and used for phylogenetic tree analysis after artificial adjustment. Reference sequence, downloaded from Los Alamos HIV Sequence Database, was used to identify the subtype of obtained sequence. Genetic distance between sequences was assessed using the software MEGA 3.1 Kimura 2-parameter, and the Phylogenetic tree was reestablished with Neighbor-Joining method.Results Phylogenetic tree analysis showed that 19 Heilongjiang strains clustered closely to subtype B strain from Thailand and were far from other international subtype reference strains. Statistical test showed no significant discrepancy between the genetic distance of interclass and intra-class (P>0.05). The analysis of V3 loop amino sequence of 19 Heilongjiang B strains revealed that V3 tip motif of 10 samples (52.63%) was GPGQ, and of 4 samples (21.53%) was GPGR.Conclusions The subtype of 19 HIV-1 seropositive individuals in Heilongjiang Province is B’, and it is introduced from He’nan Province. V3 tip motifs of the HIV-1 isolates are mainly GPGQ and GPGR.     

人副流感病毒广州分离株ZYMgz01全基因组序列测定及分析

目的探讨广州地区副流感病毒的基因组结构和基因型。方法参照GenBank副流感病毒(U51116)全基因组序列设计11对引物,覆盖副流感病毒基因组的全长。以副流感病毒cDNA为模板分段扩增病毒基因组的全长,各片段克隆到T载体上,并进行序列测定和分析。结果人副流感病毒ZYMgz01株全基因组核酸序列为15462bp,提交到GenBank的序列号为EU326526,与3型副流感病毒保守基因同源性为94.0%,具有3型副流感病毒的结构特征。基因组序列同源性比较结果显示,ZHYMgz01株病毒与兰州的LZ22(FJ455842)病毒株的同源性最高,为99.1%;与美国突变病毒株(U51116)同源性为95.1%;与美国病毒株(Z11575)同源性为95.2%;与日本(ABO12132)病毒株的同源性为94.8%,而与加拿大(EU424062)病毒株的同源性为94.8%。系统进化树显示ZHYMgz01病毒株与兰州的LZ22病毒株同属一个进化分支。结论广州地区儿童呼吸道感染的副流感病毒ZHYMgz01全基因组为15462bp,与3型副流感病毒的同源性最高,确定ZHYMgz01是3型副流感病毒。3型副流感病毒系统进化可能与地域差异有一定的关系。     

广西褐家鼠感染路氏锥虫分子生物学鉴定及系统发育分析

目的对广西部分地区褐家鼠感染的路氏锥虫进行分子生物学鉴定,分析不同地理种群间的遗传分化。方法从广西靖西、百色、南宁、天峨4地感染路氏锥虫的褐家鼠脾脏或血凝块中提取DNA,设计ITS1保守引物进行PCR扩增,将PCR产物直接或克隆测序。用DNAstar7.1进行同源性比对,用Mega4.0进行差异分析与聚类、构建系统进化树。结果广西各地血涂片阳性鼠标本均扩增出特异性DNA条带,4地样品测序结果与GenBank上登录的路氏锥虫（T.lewisi）序列的同源性均高达96%以上。区内各地理种群之间遗传距离均在0.021以下,与其他3个近缘种T.otospermophili、T.grosi、T.kuseli间遗传距离为0.15～0.206。结论广西4地鼠感染的锥虫为路氏锥虫。ITS1可以作为路氏锥虫的种属分类和分子诊断的标记。     

深圳市一起急性出血性结膜炎爆发的分子特征分析

目的快速检测深圳市2007年一起急性出血性结膜炎爆发流行的病原并分析其基因进化。方法采集8例疑似急性出血性结膜炎患者的眼拭子标本,提取病毒核酸。用三套可能引起急性出血性结膜炎的病原体的特异性引物进行PCR反应,根据扩增产物琼脂糖凝胶电泳所产生的目的条带快速判定病原体类型。将扩增产物测序后,与不同地区、不同时期相应病原体的毒株进行同源性比较和进化树分析。结果在8例疑似急性出血性结膜炎患者中检测出5例柯萨奇病毒A24型变异株阳性,阳性率为62.5%。基因进化分析显示这5株柯萨奇病毒A24型变异株的VP4序列的组内核苷酸同源性为100%,与同时期广东省流行的CA24v毒株的VP4序列亲缘关系最近,核苷酸同源性为100%;与柯萨奇病毒A24型变异株原型株EH24/70的核苷酸同源性为84.5%;与柯萨奇病毒A24原型株Jospeh的核苷酸同源性为76.3%。结论本次急性出血性结膜炎爆发流行的病原体是柯萨奇病毒A24型变异株,毒株可能来源于同时期广东省流行的株型。